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仿刺参胶原蛋白源二肽基肽酶抑制肽虚拟筛选及分子对接研究 被引量：2
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作者 曲亭菲 赵前程 +3 位作者 李双双 韩明哲 李嘉欣 马永生 《食品安全质量检测学报》 CAS 北大核心 2023年第2期9-17,共9页
目的 采用生物信息学和分子对接方法筛选仿刺参胶原蛋白来源的二肽基肽酶(dipeptidyl peptidase-Ⅳ,DPP-Ⅳ)抑制肽。方法 以仿刺参胶原蛋白序列为对象,进行生物信息学分析和计算机辅助虚拟酶解,基于生物毒性、致敏性、水溶性及吸收、分... 目的 采用生物信息学和分子对接方法筛选仿刺参胶原蛋白来源的二肽基肽酶(dipeptidyl peptidase-Ⅳ,DPP-Ⅳ)抑制肽。方法 以仿刺参胶原蛋白序列为对象,进行生物信息学分析和计算机辅助虚拟酶解,基于生物毒性、致敏性、水溶性及吸收、分配、代谢、排泄及毒性(absorption,distribution,metabolism,excretion,toxicity,ADMET)预测,筛选得到6条具有潜在生物活性的寡肽,氨基酸序列分别为CD、CQ、CS、GR、SM、MDG,进一步通过分子对接分析肽段与DPP-Ⅳ的结合活性,并分析其结合位点及方式。结果 生物信息学分析表明仿刺参胶原蛋白是生物活性肽的潜在优良来源,经木瓜蛋白酶、碱性蛋白酶及模拟胃肠道虚拟水解后能够释放出DPP-Ⅳ抑制肽;分子对接表明俩条新肽段CS、SM通过氢键、疏水相互作用分别与DPP-Ⅳ的S1、S2活性口袋结合。结论 本研究提供了一种快速筛选刺参胶原蛋白中DPP-Ⅳ抑制肽的方法。 展开更多
关键词 仿刺参 虚拟酶解 分子对接 生物活性肽 二肽基肽酶 Ⅱ型糖尿病
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基于分子对接技术筛选抗SARS-CoV-2海洋活性肽的研究 被引量：5
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作者 步营 刘瑛楠 +5 位作者 何玮 朱文慧 李学鹏 仪淑敏 徐永霞 励建荣 《包装与食品机械》 CAS 北大核心 2021年第4期18-23,共6页
通过对蓝鳍金枪鱼的肌球蛋白(G9M5T1)进行模拟酶解,得到30条海洋活性肽,与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白、2019-nCoV Mpro水解酶进行分子对接,筛选出与其结合紧密的肽段。由试验结果得到NIRSF,STHPHFVR,DIAGF,IRIHF,ASWMIYTYSG五条对SARS-Co... 通过对蓝鳍金枪鱼的肌球蛋白(G9M5T1)进行模拟酶解,得到30条海洋活性肽,与SARS-CoV-S/ACE2复合蛋白、2019-nCoV Mpro水解酶进行分子对接,筛选出与其结合紧密的肽段。由试验结果得到NIRSF,STHPHFVR,DIAGF,IRIHF,ASWMIYTYSG五条对SARS-CoV-2有潜在抑制作用的活性肽。本研究为研发具有抗新冠病毒功能食品提供了新的思路。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 虚拟酶解 SARS-CoV-S/ACE2 2019-nCoV Mpro水解酶 分子对接
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分子对接技术筛选菲律宾蛤仔抗炎肽 被引量：1
3
作者 姜玉 林海生 +5 位作者 秦小明 高加龙 曹文红 陈忠琴 郑惠娜 伍彬 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2023年第13期144-151,共8页
基于分子对接技术筛选菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)来源的具有抗炎作用的活性肽。采用三氯乙酸-丙酮沉淀法提取菲律宾蛤仔蛋白质,通过双向凝胶电泳(2-dimensional electro phoresis,2-DE)技术和液质联用(LC-MS/MS)技术分离和鉴... 基于分子对接技术筛选菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)来源的具有抗炎作用的活性肽。采用三氯乙酸-丙酮沉淀法提取菲律宾蛤仔蛋白质,通过双向凝胶电泳(2-dimensional electro phoresis,2-DE)技术和液质联用(LC-MS/MS)技术分离和鉴定其蛋白质,借助BIOPEP-UWM在线工具对主要蛋白进行虚拟酶解,使用PeptideRanker和ToxinPred等程序对肽段进行评分和理化性质分析;利用Discovery studio 2019和AutoDock Vina软件进行分子对接筛选潜在抗炎肽片段,探讨人工合成抗炎肽对LPS诱导的RAW264.7细胞炎症的改善作用。结果表明,原肌球蛋白和组蛋白为肌肉组织的主要蛋白质。选用原肌球蛋白作为底物,通过虚拟酶解和分子对接筛选出8种潜在的新颖活性肽。其中DQTF与TLR2和TLR4分别存在7个氨基酸残基和8个氨基酸残基结合位点,而GYTR与TLR2分子中的10个氨基酸残基和TLR4分子中的7个氨基酸残基紧密结合(结合能均低于-5 kcal/mol),表明其是潜在的抗炎肽。活性验证结果表明,2条合成寡肽均能显著增强RAW264.7细胞活力(P<0.001),并显著降低细胞产NO能力(P<0.05),表现出良好的抗炎活性。综上,基于虚拟酶解和分子对接方法可用于筛选菲律宾蛤仔来源的抗炎肽。 展开更多
关键词 菲律宾蛤仔 原肌球蛋白 虚拟酶解 分子对接 RAW264.7细胞 抗炎寡肽
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基于高通量转录组测序和网络药理学方法筛选抗高尿酸血症燕麦活性肽
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作者 冯思婷 刘佩 +3 位作者 张译鹤 武贤婧 任书强 高飞 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2024年第15期10-24,共15页
从组学出发为挖掘和筛选抗高尿酸血症燕麦活性肽,并研究燕麦活性肽在抗高尿酸血症上的作用机制。本研究以燕麦籽粒为原料提取RNA,用于高通量转录组测序,通过与参考基因组比对和蛋白编码基因表达量定量以获取燕麦籽粒蛋白序列,利用高通... 从组学出发为挖掘和筛选抗高尿酸血症燕麦活性肽,并研究燕麦活性肽在抗高尿酸血症上的作用机制。本研究以燕麦籽粒为原料提取RNA,用于高通量转录组测序,通过与参考基因组比对和蛋白编码基因表达量定量以获取燕麦籽粒蛋白序列,利用高通量虚拟酶解、Peptide Ranker和ADME/T筛选燕麦活性肽成分,借助网络药理学技术挖掘燕麦蛋白源抗高尿酸血症活性多肽。结果表明,‘坝莜1号’和‘白燕7号’燕麦籽粒在籽粒形成期和灌浆期所表达重复性低于90%的蛋白序列数分别为6310、3157和5804、5107条。其中最优肽文库为在灌浆期裸燕麦‘坝莜1号’的蛋白序列经蛋白酶K模拟酶解产生的肽文库,在该条件获得的肽文库中预测筛选出42条具有潜在活性和良好成药性的燕麦活性肽。初步筛选主要抗高尿酸血症燕麦活性肽序列为PPF、PPPL、MPF、MPL和PPPF,可能通过靶向ALB、IL1B、SRC、CASP3和STAT3等基因,作用于癌症、脂质与动脉粥样硬化和化学致癌-受体激活等信号通路干预高尿酸血症。分子对接验证显示结合能小于-5 kJ/mol占整体82.86%,表示燕麦多肽主要活性成分与大部分靶点结合活性较好。此外,最优燕麦合成多肽PPF表现出良好的黄嘌呤氧化酶抑制效果(IC_(50)=6.132 mmol/L)。裸燕麦蛋白可作为酶解释放抗高尿酸血症活性肽的良好前体,同时为燕麦蛋白酶解生产生物活性肽和利用燕麦活性肽开发抗高尿酸血症功能性食品提供理论参考。 展开更多
关键词 燕麦活性肽 转录组分析 高通量虚拟酶解 网络药理学 高尿酸血症
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