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基于宏基因组的城市污水处理厂生物脱氮污泥菌群结构分析 被引量：39
1
作者 彭永臻 钱雯婷 +4 位作者 王琦 李夕耀 张琼 吴蕾 马斌 《北京工业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期95-102,共8页
为了探求活性污泥系统中含有的复杂微生物群落对污水处理厂污水中污染物去除的重要作用,通过对Illumina Hi Seq 4000平台宏基因组测序结果分析,探究了污水处理厂中生物脱氮系统中的微生物群落的多样性、功能菌种以及主要的代谢途径.在K... 为了探求活性污泥系统中含有的复杂微生物群落对污水处理厂污水中污染物去除的重要作用,通过对Illumina Hi Seq 4000平台宏基因组测序结果分析,探究了污水处理厂中生物脱氮系统中的微生物群落的多样性、功能菌种以及主要的代谢途径.在KEEG和COG数据库水平上进行生物分类和功能注释.生物检测结果表明:在门水平上的优势菌种是:变形菌门、拟杆菌门、硝化螺旋菌门、放线菌门、绿弯菌门、厚壁菌门.各个菌的丰度分别占到测序细菌的53. 6%、25. 3%、5. 86%、2. 43%、1. 71%、1. 46%. Nitrosomonas、Nitrospira和Thauera菌是检测到的典型的AOB、NOB和反硝化菌,分别占到5. 82%、2. 26%、4. 30%,表明该生物系统具有良好的脱氮性能.同时,对氮循环过程中的各种主要的酶进行了阐述,量化分析了硝化和反硝化过程中涉及的功能基因(amo:1 966 hits,hao:1 000hits,nar G:8 204 hits,nap A:1 828 hits,nirk:1 854 hits,nor B:2 538 hits,nos Z:5 158 hits),同时亚硝酸盐氧化还原酶的功能基因数量为8 204 hits.本研究对生物脱氮系统中的菌群结构和多样性做了综合的阐述,可为优化系统中营养物的去除提供理论基础. 展开更多
关键词 宏基因组测序 微生物菌群结构 生物脱氮性能 菌群多样性 代谢途径
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黄芪多糖(APS)对断奶仔猪生长性能、血液生理生化指标及菌群多样性的影响 被引量：37
2
作者 甄玉国 陈雪 +2 位作者 王晓磊 杨平平 周雪飞 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1954-1958,1968,共6页
通过对断奶仔猪生长性能及血液生理生化指标的测定筛选出黄芪多糖（APS）的最适添加量，同时分析最适宜添加量的APS组对盲肠菌群多样性的影响。将40头（杜×长×大）28日龄断奶仔猪根据初始体质量相近原则分为5组，每组8头，I... 通过对断奶仔猪生长性能及血液生理生化指标的测定筛选出黄芪多糖（APS）的最适添加量，同时分析最适宜添加量的APS组对盲肠菌群多样性的影响。将40头（杜×长×大）28日龄断奶仔猪根据初始体质量相近原则分为5组，每组8头，I组为对照组，饲喂基础日粮，Ⅱ组添加150mg／kg金霉素，Ⅲ～Ⅴ组分别添加200，400，800mg／kgAPS，试验期28d。测定断奶仔猪生长性能，血液生理生化指标及盲肠的菌群多样性。在整个试验期，与对照组相比，日粮中添加200mg／kgAPS使肉料比显著升高（P〈0．05）；添加200mg／kgAPS提高了血清中总蛋白、白蛋白、谷草转氨酶、谷丙转氨酶和碱性磷酸酶的含量，降低了血清尿素氮和葡萄糖的含量（P〉0．05）；日粮中添加抗生素和APS均能显著提高血液中淋巴细胞数和血小板数（P〈0．05），除添加200mg／kgAPS的试验组外，其余各组均可显著提高血液中白细胞和红细胞数量（P〈0．05），添加200mg／kgAPS后盲肠菌群丰富度高且优势条带明显。 展开更多
关键词 APS 断奶仔猪 生长性能 血液指标 菌群多样性
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脓毒症患者肠道菌群紊乱的临床研究 被引量：31
3
作者 刘丹 王晓红 +5 位作者 张小彬 闫晶 杨小娟 刘勤富 孙婷 杨晓军 《中华急诊医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期736-742,共7页
目的分析ICU内脓毒症及非脓毒症患者肠道菌群紊乱特征。方法采用前瞻性观察性研究方法,纳入2017年2月至2017年6月收住宁夏医科大学总医院重症医学科(ICU)的脓毒症患者10例(脓毒症组)、同期入住宁夏医科大学总医院ICU内未并发脓毒症的患... 目的分析ICU内脓毒症及非脓毒症患者肠道菌群紊乱特征。方法采用前瞻性观察性研究方法,纳入2017年2月至2017年6月收住宁夏医科大学总医院重症医学科(ICU)的脓毒症患者10例(脓毒症组)、同期入住宁夏医科大学总医院ICU内未并发脓毒症的患者10例(非脓毒症组)以及健康人10例(对照组)。采集脓毒症、非脓毒症组患者入住ICU后2 d内的粪便标本,健康对照组为随机粪便样本,运用高通量16S rRNA基因测序技术进行肠道菌群检测。记录脓毒症组及非脓毒症组患者入ICU第1天急性生理学与慢性健康状况评分Ⅱ(APACHE Ⅱ)、序贯器官衰竭(SOFA)评分。结果与健康对照组比较,非脓毒症组、脓毒症组患者肠道菌群α多样性呈下降趋势,β多样性显示菌群结构均存在差异,且个体差异性更加明显。在菌门水平,非脓毒症组和脓毒症组患者肠道厚壁菌门+拟杆菌门比例均明显下降(P=0.013、0.028)、变形菌门比例升高(P=0.017、0.026),而梭杆菌门仅在非脓毒症组比例升高(P<0.01)。在菌属水平,非脓毒症、脓毒症患者均可见有益共生菌属比例均下降,如瘤胃球菌属(P=0.045、0.026)、假丁酸弧菌属(P=0.009、<0.01)、厌氧棒状菌属(P=0.011、0.003)、粪球菌属(P=0.045、0.011)、考拉杆菌属(P=0.008、0.022)、罕见小球菌属(P=0.006、0.026)。而乳酸杆菌属、多尔菌属、粪杆菌属、罗斯菌属、布劳特菌属在非脓毒症组、脓毒症组均呈下降趋势,但乳酸杆菌属仅在非脓毒症组下降具有统计学意义(P=0.005),而多尔菌属、粪杆菌属、罗斯菌属、布劳特菌属仅在脓毒症组下降具有统计学意义(P分别为0.037、0.038、0.002和0.017)。非脓毒症组患者肠道菌群中的梭杆菌属、放线菌属、消化链球菌属、链球菌属等条件致病菌比例升高(P分别为0.001、0.019、0.011和0.014),而致病葡萄球菌属(P=0.035、0.006)、肠球菌属(P=0.001、0.001)、厌氧球菌属(P=0.006� 展开更多
关键词 脓毒症 肠道微生态 肠道菌群 16S RRNA 菌群紊乱 菌群多样性 有益菌属 致病菌属
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添加芽孢杆菌污泥反硝化特性及菌群结构分析 被引量：30
4
作者 王思宇 李军 +2 位作者 王秀杰 王维奇 柴建中 《中国环境科学》 EI CAS CSSCI CSCD 北大核心 2017年第12期4649-4656,共8页
以普通活性污泥为对照,研究投加芽孢杆菌菌剂的活性污泥(以下称芽孢杆菌活性污泥)的反硝化性能,以及芽孢杆菌对微生物菌群结构的影响.结果表明,在一定范围内两污泥反硝化速率与碳氮比呈正相关,实验组污泥在碳氮比为10时最大比反硝化速... 以普通活性污泥为对照,研究投加芽孢杆菌菌剂的活性污泥(以下称芽孢杆菌活性污泥)的反硝化性能,以及芽孢杆菌对微生物菌群结构的影响.结果表明,在一定范围内两污泥反硝化速率与碳氮比呈正相关,实验组污泥在碳氮比为10时最大比反硝化速率可达27.144mg TN/(g MLSS·h),约为对照组的2.7倍.利用Miseq高通量测序技术对比两组污泥菌群结构,发现在细菌门、纲、目、科、属层面实验组菌群多样性均优于对照组,在细菌属水平上实验组污泥主要包括芽殖杆菌属(Gemmobacter)、短单胞杆菌属(Brachymonas)、热单胞菌属(Thermomonas)、Defluviimonas、长绳菌属(Longilinea)、Ornatilinea、Aridibacter、微小杆菌属(Exiguobacterium)等优势菌属,在碳源充足的条件下这些细菌协同作用,使芽孢杆菌活性污泥具有高效反硝化特性. 展开更多
关键词 芽孢杆菌 菌群多样性 高效反硝化 比反硝化速率
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高通量测序研究补肾化痰方对去势骨质疏松大鼠肠道菌群结构与多样性的影响 被引量：28
5
作者 周广文 向楠 +4 位作者 张妍 李章青 周亚娜 胡娅 张麟 《中华中医药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3305-3310,共6页
目的:观察补肾化痰方对去势骨质疏松大鼠肠道菌群结构与多样性的影响。方法:6月龄SD大鼠随机分为假手术组、模型组、补肾化痰组和补肾组,以去卵巢(OVX)建立去势骨质疏松大鼠模型。造模后第5周开始分组灌胃,12周末处死取材。每组选取3只... 目的:观察补肾化痰方对去势骨质疏松大鼠肠道菌群结构与多样性的影响。方法:6月龄SD大鼠随机分为假手术组、模型组、补肾化痰组和补肾组,以去卵巢(OVX)建立去势骨质疏松大鼠模型。造模后第5周开始分组灌胃,12周末处死取材。每组选取3只大鼠,取结肠粪便样本并提取总DNA,利用Illumina Miseq平台进行高通量测序。采用micro CT检测大鼠的骨密度及骨微结构,比较分析各组间各个指标的差异。结果:与假手术组相比,模型组大鼠的BMD、Tb.N、Tb.Th均显著降低(P<0.05),Tb.Sp显著升高(P<0.05);与模型组相比,各中药组BMD、Tb.N显著升高(P<0.05)。与假手术组相比,模型组大鼠肠道菌群多样性均降低,厚壁菌门丰度降低,而拟杆菌门丰度增加;与模型组相比,各中药组厚壁菌门丰度均增加,拟杆菌门丰度减少,而补肾化痰组的样品多样性最高。结论:补肾化痰方能够通过改善骨微结构,升高骨密度,其作用机制可能同增加肠道菌群的多样性、调节肠道菌群结构有关。 展开更多
关键词 肠道菌群 高通量测序 补肾化痰方 绝经后骨质疏松症 骨密度 骨微结构 菌群多样性 菌群结构
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发酵谷物液体饲料对超早期断奶仔猪生长性能和肠道微生物菌群多样性的影响 被引量：29
6
作者 李永明 徐子伟 +2 位作者 李芳 陶新 吕金辉 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期1650-1657,共8页
本研究旨在评价发酵谷物液体饲料对超早期断奶仔猪生长性能和肠道微生物菌群多样性的影响。选取144头(14±2)日龄断奶的杜长大健康仔猪,按完全随机区组原则分为2个组,每个组6个重复,每个重复12头猪,对照组饲喂固态饲料,试验组饲喂... 本研究旨在评价发酵谷物液体饲料对超早期断奶仔猪生长性能和肠道微生物菌群多样性的影响。选取144头(14±2)日龄断奶的杜长大健康仔猪,按完全随机区组原则分为2个组,每个组6个重复,每个重复12头猪,对照组饲喂固态饲料,试验组饲喂发酵谷物液体饲料,试验期28 d。于试验结束时,每重复选3头猪,肛门采集粪样,等比例混合均匀后提取基因组DNA,采用16S rDNA PCR-DGGE技术分析肠道微生物菌群多样性。结果表明,与对照组相比,试验组平均日采食量提高22.63%(P<0.01),平均日增重提高13.50%(P<0.05);对照组和试验组样品16S rDNA PCR-DGGE指纹图谱非加权算术平均组对(UPGMA)聚类分析分别聚为一类;试验组仔猪肠道微生物菌群Shannon-Wiener多样性指数(P<0.01)、Pielou均匀度指数(P=0.06)和丰富度指数(P<0.05)均高于对照组,Simpson优势度指数(P<0.01)低于对照组。上述结果提示,发酵谷物液体饲料能促进仔猪消化道在经历断奶应激后建立菌群多样性丰富且平衡的微生态系统,进而改善仔猪生长性能。 展开更多
关键词 发酵谷物液体饲料 仔猪 生长性能 16S RDNA DGGE 菌群多样性
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早产儿坏死性小肠结肠炎肠道菌群多样性及其动态研究 被引量：29
7
作者 李阳 余加林 +7 位作者 艾青 冯晋兴 郑树芳 唐小丽 杨静丽 贺雨 王政力 李禄全 《中国循证儿科杂志》 CSCD 2014年第2期117-121,共5页
目的采用16S rDNA PCR产物变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术探讨早产儿坏死性小肠结肠炎(NEC)肠道菌群多样性及其动态变化。方法以2009年8月至2012年12月在重庆医科大学附属儿童医院和深圳市儿童医院诊断为NEC的早产儿为NEC组,并分为Ⅰ、Ⅱ... 目的采用16S rDNA PCR产物变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术探讨早产儿坏死性小肠结肠炎(NEC)肠道菌群多样性及其动态变化。方法以2009年8月至2012年12月在重庆医科大学附属儿童医院和深圳市儿童医院诊断为NEC的早产儿为NEC组,并分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ期亚组,每个亚组各7例;以2家医院同期住院的非NEC早产儿为对照组,选择与NEC 3个亚组胎龄、日龄、出生体重相匹配者作为对照Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ亚组,每个亚组亦各7例。在NEC组和对照组入院后1、3、5、7和9 d时点采集粪便标本,进行DNA扩增和DGGE,对条带进行回收、克隆和测序。分析丰富度S和Shannon指数,通过T-A克隆测序,分析NEC组和对照组肠道细菌种类分布及常见优势菌。结果①入院后1 d时点NEC组Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ期亚组Shannon指数分别为(2.01±0.73)、(1.93±0.27)和(1.54±0.36),均显著低于相应的对照亚组[分别为(2.65±0.26)、(2.74±0.16)和(2.56±0.22),P<0.05],且NEC组Ⅲ期亚组Shannon指数显著低于NEC组Ⅰ期和Ⅱ期亚组(P<0.05)。②NEC组和对照组各10例获得全部5个时点的粪便标本,对照组Shannon指数保持较为稳定的水平,NEC组Shannon指数随入院时间的延迟呈升高趋势,于入院9 d时点接近对照组水平。③DGGE胶回收测序结果显示,NEC组与对照组所包含的细菌类别总体差别不大,但NEC组双歧杆菌属、乳酸杆菌属和大肠杆菌属的比例有低于对照组的趋势,而克雷伯菌属和拟杆菌属所占比例有高于对照组的趋势。结论肠道菌落种类和数量的减少,尤其是益生菌的减少,致使克雷伯菌属的相对优势,可能是NEC发病机制中的重要因素。 展开更多
关键词 坏死性小肠结肠炎 变性梯度凝胶电泳 菌群多样性 益生菌
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应用糖皮质激素进行鼻腔冲洗对慢性鼻窦炎患者鼻腔菌群多样性和生物膜的影响 被引量：26
8
作者 朱雅静 刘环海 +2 位作者 陶绮蕾 王天宇 杜煜聪 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期710-715,共6页
目的分析应用糖皮质激素进行鼻腔冲洗对慢性鼻窦炎(CRS)患者鼻腔菌群多样性及生物膜的影响。方法将2018年1月至2018年6月于我院治疗的40例慢性鼻窦炎患者随机分成两组,每组各20例,一组给予0.9%氯化钠注射液进行鼻腔冲洗(NS组),另一组给... 目的分析应用糖皮质激素进行鼻腔冲洗对慢性鼻窦炎(CRS)患者鼻腔菌群多样性及生物膜的影响。方法将2018年1月至2018年6月于我院治疗的40例慢性鼻窦炎患者随机分成两组,每组各20例,一组给予0.9%氯化钠注射液进行鼻腔冲洗(NS组),另一组给予0.9%氯化钠注射液及布地奈德进行鼻腔冲洗(NS+BUD组),对两组患者治疗前后的菌群结构差异、多样性及细菌生物膜生成情况进行比较。结果治疗前两组患者菌群多样性指标(Chao1指数、Ace指数、Simpson指数及Shannon指数)比较,差异均无统计学意义(均P>0.05),治疗后两组患者的Chao1指数、Ace指数及Shannon指数均明显下降(均P<0.05),且NS+BUD组患者明显低于NS组(t=3.130,3.867,2.587;均P<0.05),而Simpson指数较前明显升高,且NS+BUD组明显高于NS组(t=2.095,P=0.043)。治疗后两组患者组内鼻腔粘膜菌群群落结构发生明显变化,组间部分菌群群落重叠,但仍有明显差异。且治疗后两组患者细菌生物膜的定性及定量分析均较前下降,但NS组患者细菌生物膜的定性及定量分析均明显高于NS+BUD组(均P<0.05)。结论应用糖皮质激素对慢性鼻窦炎患者进行鼻腔冲洗可降低患者鼻腔微生物多样性,减少菌群的异常增殖,降低主要致病菌的生物膜表达,提高临床疗效。 展开更多
关键词 鼻腔冲洗 糖皮质激素 慢性鼻窦炎 菌群多样性 细菌生物膜
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罗非鱼-鱼腥草共生养殖池塘沉积物菌群结构与功能特征 被引量：26
9
作者 史丽娜 可小丽 +4 位作者 刘志刚 张健东 姚振锋 柯浩 卢迈新 《中国农学通报》 2015年第14期64-73,共10页
为探究鱼腥草浮床对罗非鱼池塘沉积物中细菌群落的影响,采用Biolog-Eco和PCR-DGGE技术,对比分析了2013年9—11月鱼腥草浮床(试验塘)和常规养殖(对照塘)2种模式下,罗非鱼养殖池塘沉积物中菌群的结构和功能多样性特征。Biolog-Eco结果显... 为探究鱼腥草浮床对罗非鱼池塘沉积物中细菌群落的影响,采用Biolog-Eco和PCR-DGGE技术,对比分析了2013年9—11月鱼腥草浮床(试验塘)和常规养殖(对照塘)2种模式下,罗非鱼养殖池塘沉积物中菌群的结构和功能多样性特征。Biolog-Eco结果显示:9月份试验塘沉积物微生物代谢强度和菌群多样性指数均低于对照塘;但10—11月份则明显高于对照塘,且不同月份丰富度指数与对照塘相比均差异显著(P<0.05),说明鱼腥草浮床在养殖中、后期能有效增加细菌生物量和提高种群丰富度。主成分分析(PCA)显示:试验塘和对照塘不同月份沉积物中菌群对羧酸类碳源的相对利用率差异较大,且不同月份利用碳源的差异程度为10月>11月>9月;DGGE结果显示:试验塘和对照塘沉积物主要的菌群结构组成相似,分属于6个门,包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和梭杆菌门(Fusobacteria),其中变形菌门(54.17%)均为优势菌群,但同一月份试验塘菌群多样性均明显多于对照塘。结果表明,鱼腥草浮床具有增加罗非鱼池塘沉积物菌群功能多样性和优化菌群结构的作用。 展开更多
关键词 吉富罗非鱼 鱼腥草浮床 微生态板(Biolog-Eco) 变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE) 沉积物 菌群多样性
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红曲黄酒传统酿造过程挥发性风味组分及微生物菌群多样性分析 被引量：26
10
作者 洪家丽 李秋艺 +9 位作者 潘雨阳 郭伟灵 黄梓芮 赵立娜 钱敏 白卫东 倪莉 饶平凡 刘斌 吕旭聪 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第12期137-144,共8页
为探究红曲黄酒传统酿造过程中的挥发性风味组分及菌群结构动态变化规律,采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术、主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析模型,系统比较传统酿造初期、中期和末期3 个时期酒醅样中的挥发性风味成分,... 为探究红曲黄酒传统酿造过程中的挥发性风味组分及菌群结构动态变化规律,采用顶空固相微萃取-气相色谱-质谱联用技术、主成分分析和正交偏最小二乘法判别分析模型,系统比较传统酿造初期、中期和末期3 个时期酒醅样中的挥发性风味成分,同时运用二代高通量测序技术解析传统酿造过程不同时期的微生物菌群结构。结果表明:红曲黄酒传统酿造过程挥发性风味组分及菌群结构变化显著,优势菌群-挥发性风味组分的Spearman相关性分析发现:红曲黄酒中的挥发性风味物质大多与传统酿造中、末期中的优势菌群呈正相关。研究结果阐明红曲黄酒传统酿造过程中香气组分形成与微生物菌群之间的关系,确定与关键香气组分形成密切相关的微生物类型,为红曲黄酒中功能微生物的分离筛选和发酵调控提供基础数据。 展开更多
关键词 红曲黄酒 挥发性风味组分 菌群多样性 高通量测序 正交偏最小二乘法判别分析
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不同原料厌氧发酵及其微生物种群的研究 被引量：24
11
作者 李海红 巴琦玥 +1 位作者 闫志英 刘晓风 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第5期1449-1457,共9页
使用PCR-DGGE技术,对以鸡粪、猪粪、牛粪、秸秆为发酵原料的发酵体系的微生物群落多样性进行了研究.在发酵不同时间取样,进行了日产甲烷量、日产甲烷浓度的变化分析和DGGE分析.结果表明,日产甲烷量整体趋势为猪粪>鸡粪>秸秆>牛... 使用PCR-DGGE技术,对以鸡粪、猪粪、牛粪、秸秆为发酵原料的发酵体系的微生物群落多样性进行了研究.在发酵不同时间取样,进行了日产甲烷量、日产甲烷浓度的变化分析和DGGE分析.结果表明,日产甲烷量整体趋势为猪粪>鸡粪>秸秆>牛粪,日平均产甲烷量分别为2.67、2.24、0.99、0.49L;猪粪、鸡粪、秸秆的日产甲烷浓度在整个发酵周期大多可维持在50%以上,牛粪的日产甲烷浓度大部分时间低于30%;细菌的优势菌群有拟杆菌属(Bacteroidetes)、密螺旋体属(Treponema)、厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)等,新增优势菌群有梭菌属(Clostridium)、脱硫叶菌属(Desulfobulbus)、毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)、醋弧菌属(Acetivibrio);古菌的优势菌群有甲烷鬃菌属(Methanosaeta)、甲烷八叠球菌属(Methanosarcina)、甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales),新增优势菌群有斯氏甲烷球菌属(Methanosphaera stadtmanae). 展开更多
关键词 鸡粪 猪粪 牛粪 秸秆 厌氧发酵 PCR-DGGE 菌群多样性
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基于16SrDNA测序技术分析重症肺炎患者肠道菌群的变化 被引量：23
12
作者 张小亚 杨小娟 +4 位作者 张振祺 雷萌萌 张小彬 王晓红 杨晓军 《中华危重病急救医学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1479-1484,共6页
目的用16SrDNA测序技术分析重症肺炎患者肠道菌群变化的特征.方法采用前瞻性研究方法,收集2018年6月至12月住宁夏医科大学总医院重症医学科(ICU)16例重症肺炎患者入院2 d内自然排便或灌肠所得的粪便标本,以及10例健康体检者的粪便标本,... 目的用16SrDNA测序技术分析重症肺炎患者肠道菌群变化的特征.方法采用前瞻性研究方法,收集2018年6月至12月住宁夏医科大学总医院重症医学科(ICU)16例重症肺炎患者入院2 d内自然排便或灌肠所得的粪便标本,以及10例健康体检者的粪便标本,采用16SrDNA测序技术对粪便菌群进行检测并进行生物学信息分析.结果①对重症肺炎患者和健康者粪便样本进行16SrDNA测序共得到1015475条有效序列,样本序列平均有效长度为458.35 bp,总样本平均序列条数为39056.73条.②肠道菌群α多样性分析显示,与健康对照组比较,重症肺炎组患者肠道菌丰度指数Ace指数、Chao指数及肠道菌群多样性指数Shannon指数显著下降〔Ace指数:167.23(143.14,211.26)比227.71(214.53,247.05),Chao指数:152.38(138.09,182.54)比228.25(215.49,248.95),Shannon指数:2.37(1.68,2.89)比3.39(3.03,3.63),均P<0.01〕,肠道菌群多样性指数Simpson指数显著升高〔0.21(0.11,0.33)比0.07(0.06,0.12),P<0.01〕,提示重症肺炎患者肠道菌群的丰度和多样性下降.③肠道菌群β多样性分析(采用主坐标分析)显示,健康对照组菌群结构相似度高,重症肺炎组菌群结构差异较大.Adonis分析显示,重症肺炎组与健康对照组菌群群落结构存在显著差异(R2=0.061,P=0.05).④门水平差异菌分析显示,重症肺炎组厚壁菌门比例较健康对照组显著下降〔27.36(18.12,39.28)%比52.25(38.36,63.82)%,P=0.02〕,而放线菌门、互养菌门和梭杆菌门的比例均较健康对照组明显增加〔2.30(0.30,4.80)%比0.02(0.00,0.06)%,0.36(<0.01,0.57)%比<0.01(<0.01,<0.01)%,0.01(<0.01,0.08)%比<0.01(<0.01,<0.01)%,均P<0.05〕.⑤属水平差异菌分析显示,重症肺炎组有益共生菌属双歧杆菌属、瘤胃球菌属、假丁酸弧菌属、粪球菌属、毛螺菌属、普氏菌属比例均较健康对照组显著下降〔0.18(0.01,0.25)%比3.40(0.46,5.78)%,0.01(<0.01,0.29)%比2.26(0.84,4.86)%,0.01(<0.01,0.02)%比2.73(1.87,5.74)%,0.02(< 展开更多
关键词 重症肺炎 16SrDNA 肠道菌群 肠道微生态 菌群多样性
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贮藏温度对即食小龙虾品质及微生物菌群多样性的影响 被引量：23
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作者 周涛 吴晓营 +3 位作者 罗海波 满文曾 王芮 万辰玥 《食品与机械》 北大核心 2019年第9期141-146,共6页
先通过测定理化指标确定即食小龙虾货架期,再分别从4,25℃两种贮藏温度下中、末期的样品中提取即食小龙虾总DNA,通过高通量测序技术探究贮藏期间其微生物菌群变化。结果表明:随贮藏时间的延长,物种多样性逐渐降低;4℃贮藏条件下,末期优... 先通过测定理化指标确定即食小龙虾货架期,再分别从4,25℃两种贮藏温度下中、末期的样品中提取即食小龙虾总DNA,通过高通量测序技术探究贮藏期间其微生物菌群变化。结果表明:随贮藏时间的延长,物种多样性逐渐降低;4℃贮藏条件下,末期优势菌群为海洋杆菌属(Oceanobacillus,81.522%)和希瓦氏菌属(Shewanella,3.625%);25℃贮藏条件下,末期优势菌群为哈撒韦氏菌属(Hathewaya,78.700%)、芽孢杆菌属(Bacillus,12.380%)和狭义梭菌属(Clostridium sensu stricto,8.707%)。 展开更多
关键词 即食小龙虾 高通量测序 优势菌属 菌群多样性
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给水生物预处理反应器的细菌种群多样性和群落结构 被引量：20
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作者 钦颖英 李道棠 杨虹 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期104-107,共4页
提取一生产性规模的给水生物预处理反应器中生物膜样品的总DNA,构建细菌16S rDNA克隆文库,并通过16S rDNA序列的系统发育分析,对生物膜中的细菌种群多样性和群落结构进行了研究.实验结果表明,给水生物膜反应器中的细菌种群多样性十分丰... 提取一生产性规模的给水生物预处理反应器中生物膜样品的总DNA,构建细菌16S rDNA克隆文库,并通过16S rDNA序列的系统发育分析,对生物膜中的细菌种群多样性和群落结构进行了研究.实验结果表明,给水生物膜反应器中的细菌种群多样性十分丰富;生物膜中的细菌分别属于10个主要类群,其中α-Proteobacteria是克隆文库中的最大细菌类群,占克隆子总数的32.28%,其次是β-Proteobacteria;与Rhodobacter系统关系密切的细菌是克隆文库中所占比例最大的一个菌属,占克隆子总数的12.6%;反应器中与硝化作用有关的是Nitrosomonas和Nitrospira属的细菌.研究结果表明,给水生物预处理反应器中的细菌群落结构和废水生物处理反应器中的细菌群落结构是有所差异的. 展开更多
关键词 微污染水源水 生物膜 16S rDNA克隆文库 菌群多样性
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肠道菌群多样性变性梯度凝胶电泳分析法的建立 被引量：14
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作者 刘健华 陈杖榴 +1 位作者 李云 俞道进 《中国兽医科技》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期445-449,共5页
采用珠磨法、冻融研磨法和酶法对粪便细菌进行裂解,提取粪便细菌DNA,并采用16SrRNAV3区引物(P3GCf、P2r)和V6V8区引物(U968GCf、L1401r)扩增细菌16SrRNA基因可变区,对变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法用于肠道菌群多样性分析的各种条件进行... 采用珠磨法、冻融研磨法和酶法对粪便细菌进行裂解,提取粪便细菌DNA,并采用16SrRNAV3区引物(P3GCf、P2r)和V6V8区引物(U968GCf、L1401r)扩增细菌16SrRNA基因可变区,对变性梯度凝胶电泳(DGGE)方法用于肠道菌群多样性分析的各种条件进行了优化,建立了分析人和动物粪便菌群多样性的DGGE方法。2对引物的粪便DGGE结果都表明,珠磨法和冻融研磨法对细菌的裂解效果优于酶法;P3GCf、P2r引物的条带数明显多于U968GCf、L1401r引物;珠磨法PCRDGGE对普通拟杆菌、青春双歧杆菌和粪肠球菌的检测限分别为(6.4±0.1)×102、(6.1±0.7)×103和(7.2±0.2)×105个细菌,珠磨法对这3种细菌的检测限均低于酶法。结果表明,珠磨法和P3GCf、P2r引物更适宜用于粪便菌群多样性DGGE分析。 展开更多
关键词 变性梯度凝胶电泳 肠道菌群 DNA提取 菌群多样性
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脓毒症模型小鼠的肠道菌群组成与变化 被引量：18
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作者 赵赫 匡重伸 +1 位作者 李芳冷 玉鑫 《中华危重病急救医学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期10-16,共7页
目的探讨脓毒症小鼠肠道菌群动态变化。方法选择雄性SPF级C57BL/6小鼠42只,采用盲肠结扎穿孔术(CLP)构建脓毒症模型,按制模后时间分为CLP 6~12 h组(n=9)及1、2、3 d组(均n=10),并设假手术(Sham)组(n=3)。取小鼠结肠腔内粪便进行肠道菌群... 目的探讨脓毒症小鼠肠道菌群动态变化。方法选择雄性SPF级C57BL/6小鼠42只,采用盲肠结扎穿孔术(CLP)构建脓毒症模型,按制模后时间分为CLP 6~12 h组(n=9)及1、2、3 d组(均n=10),并设假手术(Sham)组(n=3)。取小鼠结肠腔内粪便进行肠道菌群16S rRNA测序,并对有效序列进行聚类,获得操作分类单元(OTU),用于Alpha多样性分析、物种组成分析、主坐标分析(PCoA分析)和物种差异分析(LEfSe分析),观察CLP后肠道菌群动态变化。结果与Sham组比较,随CLP后时间延长,小鼠肠道菌群Alpha多样性呈下降趋势,表现为群落丰富程度指数降低(CLP后3 d Chao1指数:367.9±162.6比508.3±105.9,Ace指数:372.5±151.9比498.8±104.2),群落多样性指数中Shannon指数降低(CLP后3 d:2.57±1.06比4.30±0.57),Simpson指数升高(CLP后3 d:0.26±0.19比0.04±0.03),提示随CLP后时间延长,肠道菌群丰富程度和多样性均下降。物种组成分析显示,在OTU水平,OTU 633在CLP后1 d时占比最高(24.79%),OTU 1016在CLP后2 d、3 d时占明显优势,CLP后3 d占比最高(61.75%);在属水平,未标记鼠杆菌的丰度随CLP后时间延长呈先轻度升高后明显下降的趋势,大肠杆菌-志贺菌丰度在CLP后2 d、3 d显著升高,乳杆菌丰度随CLP后时间延长呈先增长后下降趋势,拟杆菌属丰度则随CLP后时间延长呈逐渐升高趋势,提示随CLP后时间延长,小鼠肠道菌群结构发生变化。PCoA分析显示,CLP 6~12 h组菌群结构与Sham组相似度较高,随CLP后时间延长,菌群结构发生变化,CLP 3 d组变化显著。LEfSe分析显示,引起组间差异的主要成分为鼠杆菌科未标记属、普雷沃菌科UCG-001、鼠杆菌科未标记属拟杆菌未定义种、副杆菌、大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016。大肠杆菌-志贺菌和OTU 1016在5组样本丰度差异性排名中分别居属水平及OTU水平首位;大肠杆菌-志贺菌丰度从CLP 6~12 h的0.01%(0%,0.02%)随CLP后时间延长而逐渐升高到3 d的44.79%(3.71%,53.75%),OTU 展开更多
关键词 脓毒症 肠道菌群 16S rRNA 菌群多样性 粪菌移植
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饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂对杜寒杂交羊瘤胃发酵参数和瘤胃液菌群多样性的影响 被引量：19
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作者 丁赫 刘旺景 +4 位作者 敖长金 哈斯额尔敦 李书仪 李英 张佐忠 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期324-333,共10页
本试验旨在研究饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂对杜寒杂交羊瘤胃发酵参数和瘤胃液菌群多样性的影响。选取体重相近的杜寒杂交羊30只,随机分为3组,每组10只,各组饲喂饲粮如下:对照组,基础饲粮;沙葱组,基础饲粮+沙葱粉(沙葱粉添加量为... 本试验旨在研究饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂对杜寒杂交羊瘤胃发酵参数和瘤胃液菌群多样性的影响。选取体重相近的杜寒杂交羊30只,随机分为3组,每组10只,各组饲喂饲粮如下:对照组,基础饲粮;沙葱组,基础饲粮+沙葱粉(沙葱粉添加量为饲粮干物质的0.46%);复合益生菌组,基础饲粮+复合益生菌制剂(复合益生菌制剂添加量为饲粮干物质的4.35%)。饲喂90 d后,随机从每组羊群中选取体重相近的试验羊4只,屠宰后采集瘤胃液,检测瘤胃发酵参数,并运用高通量测序方法检测瘤胃菌群多样性。结果表明:1)与对照组相比,复合益生菌组瘤胃液乙酸浓度显著提高(P<0.05),沙葱组瘤胃液乙丙比下降(P>0.05),复合益生菌组瘤胃液乙丙比则升高(P>0.05)。2)复合益生菌组瘤胃液香农指数显著高于对照组(P<0.05),而沙葱组瘤胃液香农指数虽高于对照组,但差异不显著(P> 0.05)。3)在前10种菌门中,沙葱组各菌门相对丰度与对照组存在差异,但差异均不显著(P>0.05);复合益生菌组拟杆菌门、疣微菌门和互养菌门的相对丰度显著高于对照组(P<0.05),而变形菌门的相对丰度显著低于对照组(P<0.05);在科水平上,沙葱组和复合益生菌组氨基酸球菌科的相对丰度均显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加沙葱粉或复合益生菌制剂均可以改变瘤胃发酵类型,并可不同程度地丰富瘤胃液菌群多样性。 展开更多
关键词 沙葱粉 复合益生菌制剂 杜寒杂交羊 瘤胃发酵 菌群多样性
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活性污泥中菌群多样性及其功能调控研究进展 被引量：17
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作者 李炳堂 胡智泉 +1 位作者 刘冬啟 吴丁山 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2009-2019,共11页
活性污泥是污水处理厂生物处理工艺的功能主体,活性污泥中菌群的种类、数量及活性是提高污水处理能力与效果的重要基础。本文综述了活性污泥处理工艺中的主要功能细菌(絮凝菌、脱氮菌、除磷菌等)生物群落的多样性与生态特征,并对目前主... 活性污泥是污水处理厂生物处理工艺的功能主体,活性污泥中菌群的种类、数量及活性是提高污水处理能力与效果的重要基础。本文综述了活性污泥处理工艺中的主要功能细菌(絮凝菌、脱氮菌、除磷菌等)生物群落的多样性与生态特征,并对目前主流的菌群鉴定方式进行总结,最后从运行条件、定向驯化及生物强化3个方面对菌群调控进行论述,以期为活性污泥法污水处理工艺提供一些理论指导。 展开更多
关键词 活性污泥 菌群多样性 生物鉴定 定向驯化 生物强化
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斜纹夜蛾幼虫肠道细菌分离鉴定及其功能初步分析 被引量：17
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作者 孙博通 蓝波妙 +2 位作者 王倩 夏晓峰 尤民生 《生物资源》 CAS 2017年第4期264-271,共8页
昆虫肠道微生物对其寄主的生长发育、营养代谢、免疫以及农药抗性等方面都发挥着重要作用。为研究斜纹夜蛾Spodoptera litura幼虫肠道细菌的多样性,并为其功能验证做准备,本文利用传统微生物分离纯培养方法从斜纹夜蛾4龄幼虫肠道中共分... 昆虫肠道微生物对其寄主的生长发育、营养代谢、免疫以及农药抗性等方面都发挥着重要作用。为研究斜纹夜蛾Spodoptera litura幼虫肠道细菌的多样性,并为其功能验证做准备,本文利用传统微生物分离纯培养方法从斜纹夜蛾4龄幼虫肠道中共分离鉴定得到10株细菌,分别为属于变形菌门(Proteobacteria)的脱氮假单胞菌(Pseudomonas denitrificans),不动细菌(Acinetobacter sp.),肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)和肠杆菌(Enterobacter sp.);属于厚壁菌门(Firmicutes)的鸡葡萄球菌(Staphylococcus gallinarum),蒙氏肠球菌(Enterococcus mundtii),蜡样芽胞杆菌(Bacillus cereus)和枯草芽胞杆菌(Bacillus subtilis)以及放线菌门(Actinobacteria)的微杆菌(Microbacteriums sp.)和乳酪棒杆菌(Corynebacterium casei)。变形菌门和厚壁菌门是斜纹夜蛾肠道可培养细菌中的优势菌群。功能验证实验表明肠杆菌具备纤维素降解能力,微杆菌具备很强的苯酚降解能力。本研究为未来深入研究斜纹夜蛾肠道微生物的功能提供了方向和菌株材料。 展开更多
关键词 斜纹夜蛾 肠道微生物 菌群多样性 植食性
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重症肺炎患者肠道菌群变化及其与免疫功能的关系 被引量：11
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作者 李智强 黄剑明 +5 位作者 周畅军 王先圆 雷孝波 杨苗 郭颖 李林子 《山东医药》 CAS 2023年第11期15-18,共4页
目的研究重症肺炎(SP)患者肠道菌群变化情况,并分析其与免疫功能的相关性。方法选择SP患者16例为观察组,体检健康者10例为对照组。收集两组新鲜粪便,采用16S rDNA基因测序技术分析粪便中的肠道菌群丰度(Ace指数、Chao指数)和多样性(Simp... 目的研究重症肺炎(SP)患者肠道菌群变化情况,并分析其与免疫功能的相关性。方法选择SP患者16例为观察组,体检健康者10例为对照组。收集两组新鲜粪便,采用16S rDNA基因测序技术分析粪便中的肠道菌群丰度(Ace指数、Chao指数)和多样性(Simpson指数、Shannon指数),并比较两组在门水平和属水平上的肠道菌群丰度。比较两组的免疫球蛋白(IgA、IgG、IgM)、淋巴细胞亚群(CD3^(+)、CD4^(+)、CD8^(+)T淋巴细胞计数)、白细胞计数(WBC)、中性粒细胞计数(NEUT)。分析观察组属水平上的肠道菌群相对丰度与免疫相关指标的相关性。结果观察组Ace指数、Chao指数、Shannon指数、CD3^(+)、CD4^(+)和CD8^(+)T淋巴细胞计数及IgA、IgG均低于对照组,Simpson指数、WBC、NEUT及IgM高于对照组(P均<0.05)。观察组厚壁菌门、变形菌门及双歧杆菌属、大肠杆菌属、瘤胃球菌属、毛螺菌属、梭菌属相对丰度均低于对照组,拟杆菌门、放线菌门及肠球菌属、链球菌属、克雷伯菌属相对丰度均高于对照组(P均<0.05)。观察组肠道菌群中克雷伯菌属相对丰度与CD3^(+)、CD8^(+)T淋巴细胞计数呈正相关关系,瘤胃球菌属和毛螺菌属相对丰度与CD8^(+)T淋巴细胞计数呈正相关关系,梭菌属相对丰度与IgM水平呈正相关关系,链球菌属相对丰度与IgM水平呈负相关关系,大肠杆菌属和克雷伯菌属与IgG水平呈负相关关系,肠球菌属与WBC呈负相关关系(P均<0.05)。结论SP患者肠道菌群丰度及多样性均降低,有益菌丰度下降、条件致病菌丰度升高,肠道菌群改变可能会间接通过影响免疫功能而参与SP的发生及发展。 展开更多
关键词 肠道菌群 免疫功能 菌群丰度 菌群多样性 重症肺炎
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