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胃腺癌预后非编码长链RNA及抗肿瘤药敏分析
1
作者 黄玉妹 黄静 吴阿贞 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期22-26,共5页
目的本研究旨在探索长链非编码RNA(lncRNAs)对胃腺癌(STAD)患者的预后价值。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中检索STAD患者的RNA测序数据和对应的临床资料。用生物信息学方法鉴定差异表达lncRNAs。用生存分析、独立预后分析和受试者... 目的本研究旨在探索长链非编码RNA(lncRNAs)对胃腺癌(STAD)患者的预后价值。方法从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中检索STAD患者的RNA测序数据和对应的临床资料。用生物信息学方法鉴定差异表达lncRNAs。用生存分析、独立预后分析和受试者工作特征(ROC)曲线分析筛选并鉴定出有独立预后价值的lncRNAs。进一步对与预后lncRNAs共表达的基因进行基因本体(GO)功能富集分析,最后通过抗肿瘤药敏预测“oncoPredict”R包预测抗肿瘤临床治疗的反应。结果从343例STAD肿瘤组织和30例癌旁组织中共鉴定出差异表达的lncRNAs 1583个。通过筛选得到有生存和独立预后价值并且可以预测患者临床结局的风险因子lncRNAs AP000695.1,预测患者5年生存率的AUC达到0.836。lncRNAs AP000695.1的基因共表达分析发现,AP000695.1与16个参与肿瘤细胞侵袭、转移和扩散的基因有共表达关系。基于该因子的抗肿瘤药敏预测,发现低AP000695.1的患者对多种靶向抗肿瘤药物的敏感性更强。结论本研究发现一个有独立预后价值的风险因子lncRNAs AP000695.1,可用于预测STAD患者的临床结局和为个体化抗肿瘤治疗提供参考。 展开更多
关键词 胃腺癌 非编码长链RNA 药物敏感性预测 预后分析
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头颈部鳞状细胞癌铜死亡相关非编码长链RNA预后模型及药敏分析 被引量：1
2
作者 姚天赐 高鸿 曹伟 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第22期3331-3335,共5页
目的 探索铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNAs)作为的新生物标志物在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)预后价值。方法 从美国公共基因数据库癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HNSCC的RNA转录组数据和临床数据。通过软件/数据库进行差异lncRNAs筛选,... 目的 探索铜死亡相关长链非编码RNA(lncRNAs)作为的新生物标志物在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)预后价值。方法 从美国公共基因数据库癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载HNSCC的RNA转录组数据和临床数据。通过软件/数据库进行差异lncRNAs筛选,并鉴定出有预后价值的铜死亡相关的lncRNAs。然后进行最小绝对值收敛和选择算子回归(LASSO)回归分析,构建预后预测模型,并利用基因本体功能查询数据库(GO)和京都基因和基因组数据库(KEGG)对其生物学特征进行评价,最后通过化疗药物敏感性分析“pRRophetic”R包预测肿瘤差异lncRNAs表达水平和临床化疗反应的关系。结果 本研究在HNSCC患者肿瘤组织中,鉴定出25个与HNSCC患者的生存预后有相关的lncRNAs(P<0.05),进一步使用LASSO算法,构建出13个lncRNAs的预后风险模型。HNSCC通过模型把所有患者分为高风险组和低风险组绘制风险散点图和Kaplan-Meier生存曲线,高风险组的生存情况分布和生存时间均显著低于低风险组(均P<0.01)。模型预测的HNSCC患者的1年、3年和5年生存期的曲线下面积(AUC)分别为0.680、0.663和0.651。单因素、多因素回归分析中,风险评分的风险比(HRs)分别为1.396和1.488(P<0.01)。基因功能GO富集分析显示,差异表达的基因(DEGs)主要参与了免疫相关的生物过程,如体液免疫反应、淋巴细胞介导的免疫和免疫反应等;KEGG信号通路分析显示,DEGs主要参与人免疫反应、免疫反应调节及B细胞激活等信号通路。药敏分析发现高低风险组对10种抗肿瘤药物的IC50存在显著差异(均P<0.01),且低风险型组对这些抗肿瘤药物的敏感性更强;风险评分与IC50值成正相关关系(P<0.01)。结论 本研究构建的铜死亡基因相关lncRNAs预后模型可以用于预测HNSCC患者的临床结局,并可为抗肿瘤个体化治疗提供参考。 展开更多
关键词 头颈部鳞状细胞癌 非编码长链RNA 药物敏感性预测 预后分析
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类器官在肿瘤转化医学中的应用和进展 被引量：2
3
作者 王若彤 王欣 沈波 《中国癌症杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期1105-1114,共10页
随着精准医学概念的提出,肿瘤作为一类高度异质性的疾病,其个体化治疗已成为精准医学的一个关键领域也受到更多关注。近期提出的类器官模型为肿瘤的基础研究和个体化治疗带来了新突破。类器官指从干细胞或器官祖细胞来源,以类似体内细... 随着精准医学概念的提出,肿瘤作为一类高度异质性的疾病,其个体化治疗已成为精准医学的一个关键领域也受到更多关注。近期提出的类器官模型为肿瘤的基础研究和个体化治疗带来了新突破。类器官指从干细胞或器官祖细胞来源,以类似体内细胞分化的方式组织成的器官特异性的细胞集合。肿瘤类器官指利用原代恶性细胞经过体外3D培养构建的恶性细胞团,在体外培养条件下可持续增殖,一定程度上保留了原代肿瘤的病理学形态特征、基因组与转录组特征、药物敏感性及恶性细胞间异质性,为体外肿瘤研究提供了新方法,尤其在预测患者药物敏感性、药物高通量筛选等方面有巨大潜力,为肿瘤个体化治疗作出了贡献。但该模型仍存在不足,如无法重现体内肿瘤微环境等,使其在临床等方面的应用受限。目前将肿瘤类器官与其他肿瘤成分共培养、与微流控设备和生物打印技术等联合应用将有望弥补其缺陷、突破肿瘤治疗领域的瓶颈。本文将常用肿瘤研究模型的特点进行对比,总结部分肿瘤类器官的培养方法,并描述了肿瘤类器官的临床相关应用,最后对其与其他技术联合应用进行了叙述,并对未来肿瘤类器官的发展方向予以展望。 展开更多
关键词 肿瘤 类器官 转化医学 药物敏感性预测 药物筛选
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计算机辅助预测EGFR突变的非小细胞肺癌药物敏感性的研究进展 被引量：2
4
作者 石禹龙 谢冬 +1 位作者 徐志建 朱维良 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第21期2834-2841,共8页
表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)既是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的常见驱动基因,也是临床上NSCLC的重要治疗靶标。但EGFR突变导致的耐药性问题严重影响了靶向药物的治疗效果,限制了精准... 表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)既是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)的常见驱动基因,也是临床上NSCLC的重要治疗靶标。但EGFR突变导致的耐药性问题严重影响了靶向药物的治疗效果,限制了精准医疗的发展。本文对目前上市的EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-tyrosine kinase inhibitors,EGFR-TKIs)的靶标结合模式进行综述,旨在为新型EGFR-TKIs开发提供理论依据,并回顾总结应用计算机预测EGFR突变体的药物敏感性的研究进展,以期推动发展临床决策的辅助工具来帮助临床医师设计个性化治疗方案。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 表皮生长因子受体 酪氨酸激酶抑制剂 药物敏感性预测
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基于集成学习的肿瘤药物敏感性预测研究 被引量：2
5
作者 黄鹏杰 林勇 +5 位作者 张梦欢 吕琳 刘振浩 裴潇倜 许林锋 谢鹭 《中国医学物理学杂志》 CSCD 2021年第4期511-517,共7页
肿瘤药物敏感性预测对个性化精准用药具有重要意义。本文基于GDSC数据库通过Boosting集成学习构建了面向RNA-seq基因表达和癌症药物敏感性数据的预测模型。先将183种药物集分别做归一化处理和基因特征降维,接着用AdaBoost集成SVM的方法... 肿瘤药物敏感性预测对个性化精准用药具有重要意义。本文基于GDSC数据库通过Boosting集成学习构建了面向RNA-seq基因表达和癌症药物敏感性数据的预测模型。先将183种药物集分别做归一化处理和基因特征降维,接着用AdaBoost集成SVM的方法建模,并采用十折交叉验证。实验结果表明构建的预测模型具有较高的预测精度,13种药物的AUC大于0.95,108种大于0.9,174种大于0.8。对比验证实验中,AdaBoost+SVM相比单学习器模型在整体药物集的综合评价指标中约提高4%,与其他集成模型相比提高2%。同时本文探讨了药物特异性,通过特征选择和富集分析对药物作用通路进行验证,从生物学角度提供了模型可解释性,证明其应用于临床用药指导的价值。 展开更多
关键词 集成学习 肿瘤 药物敏感性预测 ADABOOST 富集分析
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