藏猪和杜洛克猪SCD、CPT1B基因表达差异及其与IMF含量相关性分析 被引量：11

1

作者 陶璇 顾以韧 +6 位作者 梁艳 杨雪梅 钟志君 陈晓晖 杨跃奎 曾凯 吕学斌 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第7期82-85,共4页

为了揭示脂肪型的藏猪和瘦肉型的杜洛克猪肌内脂肪(IMF)沉积相关基因的表达差异,试验采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测了两猪种背最长肌中硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)基因、肉碱脂酰转移酶Ⅰ(CPT1B)基因在180日龄的表达差异,分析其表达与... 为了揭示脂肪型的藏猪和瘦肉型的杜洛克猪肌内脂肪(IMF)沉积相关基因的表达差异,试验采用荧光定量PCR(qRT-PCR)方法检测了两猪种背最长肌中硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)基因、肉碱脂酰转移酶Ⅰ(CPT1B)基因在180日龄的表达差异,分析其表达与IMF含量的相关性。结果表明:180日龄藏猪SCD mRNA表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01),而藏猪CPT1B mRNA表达量显著高于杜洛克猪(P<0.05)。相关性分析结果显示,SCD、CPT1B mRNA表达量均与IMF含量呈正相关。 展开更多

关键词 猪 背最长肌 荧光定量pcr(qrt—pcr) 硬脂酰辅酶A去饱和酶(SCD)基因 肉碱脂酰转移酶Ⅰ(CPT1B)基因 肌内脂肪(IMF)含量

原文传递

全氟辛烷磺酸(PFOS)对斑马鱼卵黄蛋白原mRNA水平的影响 被引量：10

2

作者 程艳 崔媛 +4 位作者 党志超 谢文平 李海山 殷缓缓 陈会明 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1865-1870,共6页

为了研究环境低剂量全氟辛烷磺酸(perfluorooctane sulfonate,PFOS)对水生生物的内分泌干扰效应和可能的作用机制,测定了PFOS对斑马鱼(Brachydanio rerio)肝脏中卵黄蛋白原(vitellogenin,VTG)mRNA水平的影响.将斑马鱼暴露于4个PFOS的环... 为了研究环境低剂量全氟辛烷磺酸(perfluorooctane sulfonate,PFOS)对水生生物的内分泌干扰效应和可能的作用机制,测定了PFOS对斑马鱼(Brachydanio rerio)肝脏中卵黄蛋白原(vitellogenin,VTG)mRNA水平的影响.将斑马鱼暴露于4个PFOS的环境低剂量浓度组(0.1、1、10、100μg.L-1)中进行21d毒性试验,收集肝脏样品,提取RNA,采用荧光定量PCR(qRT-PCR)分别检测VTG1和VTG3的mRNA水平.结果表明:①PFOS暴露引起雄性斑马鱼肝脏VTG1和VTG3 mRNA水平升高,VTG1 mRNA水平升高与剂量呈正相关,在100μg.L-1暴露浓度处与对照组呈现显著性差异;VTG3的mRNA水平变化与剂量呈倒U型曲线,呈现典型的毒物刺激荷尔蒙效应,在10和100μg.L-1暴露浓度处与对照组呈现显著性差异;②PFOS暴露引起雌性斑马鱼肝脏中VTG1 mRNA水平升高,在10μg.L-1暴露浓度处与对照组呈现显著性差异,但在高浓度(10和100μg.L-1)处试验结果误差较大;VTG3 mRNA水平只在10μg.L-1暴露浓度处升高,但相比于对照组均没有显著性差异.试验结果表明PFOS暴露对斑马鱼的内分泌干扰作用明显,其毒性作用机制可能是类雌激素效应,而肝脏中VTG1和VTG3mRNA水平可能作为PFOS内分泌干扰效应评价的敏感生物标志物,但VTG1和VTG3 mRNA水平的响应曲线呈现基因亚型和性别差异. 展开更多

关键词 全氟辛烷磺酸(PFOS) 斑马鱼(Brachydanio rerio) 卵黄蛋白原(VTG) MRNA水平 荧光定量pcr(qrt-pcr)

原文传递

低盐胁迫下坛紫菜叶状体的转录组分析 被引量：4

3

作者 冯畅 丁洪昌 严兴洪 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期1842-1849,共8页

为探索坛紫菜叶状体响应低盐胁迫的分子生理学机制,本研究采用第二代高通量测序技术,分析比较在正常盐度(26,对照组)和低盐度(3,胁迫组)下培养不同时间(3、6和9 h)的坛紫菜叶状体转录组数据。结果显示,测序数据经de novo组装,获得了33 ... 为探索坛紫菜叶状体响应低盐胁迫的分子生理学机制,本研究采用第二代高通量测序技术,分析比较在正常盐度(26,对照组)和低盐度(3,胁迫组)下培养不同时间(3、6和9 h)的坛紫菜叶状体转录组数据。结果显示,测序数据经de novo组装,获得了33 872条unigenes,平均长度为612 bp;与对照组相比,3个胁迫组分别产生了1108、1638和1881条差异性表达基因。GO功能富集分析显示,一些可能与低盐胁迫相关的重要生物过程得到了显著富集,如单分子有机物代谢过程,单糖的合成代谢和分解过程,糖质新生,有机物分解代谢过程等。KEGG代谢通路富集分析发现,低盐胁迫不同时间富集到的代谢通路存在很大差异,低盐胁迫3 h响应的差异性表达基因富集到3个KEGG代谢通路,其中2个与氨基酸合成相关,1个与光合作用相关;而低盐胁迫6和9 h的差异性表达基因则大多富集到与糖类功能相关的代谢通路。荧光定量PCR(q RT-PCR)验证结果显示,所选取的8个差异性表达基因的表达趋势与高通量测序结果相一致。上述结果说明,坛紫菜叶状体在受到低盐胁迫时,应激反应具有时间特异性,早期主要通过合成或者降解蛋白质来抵御低盐环境,随着胁迫时间延长,细胞通过改变可溶性物质的含量、减慢能量代谢等途径以抵御低盐逆境。 展开更多

关键词 坛紫菜 低盐胁迫 转录组 荧光定量pcr(qrt-pcr) 差异性表达基因

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高亚硝酸盐胁迫下日本囊对虾肝胰腺的转录组分析 被引量：1

4

作者 陈亭君 栗志民 +2 位作者 袁乐 刘建勇 梁彩凤 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期287-306,共20页

为研究日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)耐高亚硝酸盐的分子调控机制,利用新一代高通量Illumina测序技术,对日本囊对虾在高亚硝酸盐胁迫下的肝胰腺进行转录组测序,通过对高质量序列的拼接组装以及功能基因的注释和分类,发掘与耐高亚... 为研究日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)耐高亚硝酸盐的分子调控机制,利用新一代高通量Illumina测序技术,对日本囊对虾在高亚硝酸盐胁迫下的肝胰腺进行转录组测序,通过对高质量序列的拼接组装以及功能基因的注释和分类,发掘与耐高亚硝酸盐相关性状的候选基因。实验结果表明:①10个文库共获得920785608个净读本,数据量为6.48G~7.34G。②Q30>93.07%。利用Trinity软件组装后获得46308条单基因簇,N50为1833 bp。③与对照组相比,高亚硝酸盐组分别识别出593、606、1089、497和988个差异表达基因。④对DEGs进行功能注释,得到与免疫和代谢相关的通路和基因。⑤采用qPCR对随机选择的9个差异基因(DPD、ABCH、ProPOb、ACADL、CYP2J、PAT4、BHMT、CLEC和PEPCK)在高亚硝酸盐胁迫下的表达情况进行检测,其表达量与转录组测序技术(RNA Sequencing,RNA-seq)趋势一致。本研究结果丰富了对虾cDNA数据库的信息,为日本囊对虾在高亚硝酸盐胁迫下的分子机制研究奠定了基础。 展开更多

关键词 日本囊对虾 转录组 高亚硝酸盐胁迫 荧光定量pcr(qrt-pcr) 差异基因表达

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羽衣甘蓝BoRACK1基因克隆、亚细胞定位及表达分析 被引量：2

5

作者 庞可勤 刘宏伟 +4 位作者 甄萍萍 郭君洁 李伟 李大红 李鸿雁 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期635-642,共8页

【目的】克隆羽衣甘蓝蛋白激酶C1受体(RACK1)基因(BoRACK1)序列,并对其进行亚细胞定位及表达分析,为研究RACK1基因在植物生长发育过程中的调控机制提供理论参考。【方法】PCR扩增BoRACK1基因,构建其亚细胞定位表达载体,通过基因枪法转... 【目的】克隆羽衣甘蓝蛋白激酶C1受体(RACK1)基因(BoRACK1)序列,并对其进行亚细胞定位及表达分析,为研究RACK1基因在植物生长发育过程中的调控机制提供理论参考。【方法】PCR扩增BoRACK1基因,构建其亚细胞定位表达载体,通过基因枪法转化洋葱表皮细胞后在激光共聚焦显微镜下观察绿色荧光蛋白(GEP)的分布情况。利用荧光定量PCR(qRT-PCR)检测BoRACK1基因在不同组织中及在非生物胁迫(200 mmol/L NaCl、100μmol/L ABA和1 mmol/L H2O2溶液)下幼苗中的表达情况。【结果】PCR扩增获得BoRACK1基因的开放阅读框(ORF)序列,其cDNA全长980 bp,编码326个氨基酸,氨基酸序列与其他植物的RACK1具有较高同源性,在65%以上,尤其与拟南芥的同源性高达93%。BoRACK1基因在羽衣甘蓝的根、茎、叶、花和种子中均有表达,其中在根、叶和种子中的表达量较高,而在花、幼芽和茎的表达量较少。BoRACK1基因在ABA、H_2O_2和NaCl胁迫下的表达量整体上呈下调趋势,其中NaCl胁迫下其表达量在6 h时降至最低,而其他胁迫下其表达量均在4 h时降至最低。BoRACK1定位于细胞质、细胞核和细胞质膜。【结论】BoRACK1基因表达无组织特异性,除了与羽衣甘蓝花、果实及营养器官的发育存在关联外,还可能参与了植物的抗逆性调控过程。 展开更多

关键词 蛋白激酶C1受体(RACK1) 羽衣甘蓝 亚细胞定位 荧光定量pcr(qrt-pcr)

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不同浓度Cd2+胁迫下烟草实时荧光定量PCR内参基因的筛选 被引量：9

6

作者 池俊玲 赵一博 +3 位作者 郭江波 张龙 刘汉阳 辛翠花 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期2133-2140,共8页

【目的】筛选出镉(Cd)胁迫下烟草的最佳内参基因,为后续研究与Cd^2+相关的功能性基因提供理论依据。【方法】分别以0、250和500 mg/L氯化镉(CdCl2)溶液对本生烟草进行胁迫处理,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测不同浓度Cd^2+胁迫处理... 【目的】筛选出镉(Cd)胁迫下烟草的最佳内参基因,为后续研究与Cd^2+相关的功能性基因提供理论依据。【方法】分别以0、250和500 mg/L氯化镉(CdCl2)溶液对本生烟草进行胁迫处理,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测不同浓度Cd^2+胁迫处理下肌动蛋白基因(ACT)、微管蛋白基因(TUB)、蛋白磷酸酶2基因(PP2A)、18S rRNA、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)及转录延伸因子基因(EF1a)6个候选内参基因的表达情况,并利用geNorm和Norm-Finder综合评价Ct各内参基因表达的稳定性。【结果】以不同浓度Cd^2+胁迫处理的本生烟草cDNA为模板均可PCR扩增出ACT、TUB、18S rRNA、PP2A、GAPDH和EF1a等6个内参基因。6个内参基因的qRT-PCR扩增曲线走势正常,平行性好,无引物二聚体和非特异性条带产生,且绘制的标准曲线上各点基本分布在一条直线上,扩增效率在要求范围(90.00%~105.00%)之内,符合下一步评价要求,且斜率的回归系数(R2)>0.9800,说明线性关系较好。GAPDH和EF1a基因的表达丰度较高,18S rRNA处于中等水平,ACT、TUB和PP2A基因的表达丰度较低。geNorm分析结果显示,6个内参基因的表达稳定性排序为EF1a基因>GAPDH基因>ACT基因>TUB基因>PP2A基因>18S rRNA;Norm-Finder分析结果显示,6个内参基因的表达稳定性排序为EF1a基因>TUB基因>GAPDH基因=PP2A基因>ACT基因>18S rRNA。【结论】EF1a基因在不同浓度Cd^2+胁迫处理下表达水平较高,稳定性最好,可作为Cd胁迫下本生烟草的最佳内参基因。 展开更多

关键词 烟草 镉胁迫 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 内参基因 筛选

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基于基因组预测和分析甘薯间座壳菌(Diaporthe batatas)分泌蛋白中效应因子 被引量：2

7

作者 唐伟 张成玲 +6 位作者 马居奎 杨冬静 陈晶伟 高方园 谢逸萍 王芳 孙厚俊 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第3期665-673,共9页

甘薯间座壳菌(Diaporthe batatas)是引起甘薯基腐病的病原菌之一,近年来在中国东南沿海发生较为普遍。由于效应因子在致病过程中发挥着重要作用,本研究采用SignalP 5.0、GPI-SOM、WoLF PSORT、TMHMM-2.0和EffectorP 3.0等生物信息学软件... 甘薯间座壳菌(Diaporthe batatas)是引起甘薯基腐病的病原菌之一,近年来在中国东南沿海发生较为普遍。由于效应因子在致病过程中发挥着重要作用,本研究采用SignalP 5.0、GPI-SOM、WoLF PSORT、TMHMM-2.0和EffectorP 3.0等生物信息学软件,对甘薯间座壳菌效应因子进行预测和分析。结果表明,从D.batatas全基因组编码的13864个蛋白质中筛选到359个候选效应因子,其中248个为质外体效应因子,68个为胞内效应因子,43个既可能是质外体效应因子又可能是胞内效应因子。在信号肽分析中,所有候选效应因子信号肽长度为14~37个氨基酸,在信号肽切割位点-3位到+2位出现频率最高的氨基酸分别为丙氨酸、丝氨酸、丙氨酸、丙氨酸、脯氨酸。利用HMMER、DIAMOND和eCAMI 3个软件对359个候选效应因子进行碳水化合物活性酶(CAZyme)类分析,结果表明,有89个蛋白质属于CAZyme,其中糖苷水解酶类最多。eggNOG-mapper分析结果显示,在359个候选效应因子中有227个具有功能注释,主要涉及碳水化合物转运和代谢,翻译后修饰、蛋白质周转、分子伴侣等生理过程。通过qRT-PCR检测9个候选效应因子基因在D.batatas侵染过程中的相对表达水平,发现有7个候选效应因子基因在侵染过程中显著上调,有2个没有显著变化。这些结果的获得为明确甘薯间座壳菌效应因子的功能,分析甘薯基腐病发病机理,筛选寄主抗性基因及研发特异性靶向农药提供了参考。 展开更多

关键词 甘薯间座壳菌 分泌蛋白 效应因子 基因功能分析 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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木薯华南8号及其四倍体块根淀粉代谢相关基因表达分析 被引量：6

8

作者 安飞飞 冷青云 +1 位作者 李开绵 陈松笔 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1484-1489,共6页

【目的】分析木薯华南8号(SC8)及其四倍体块根中淀粉代谢相关基因表达情况,为揭示多倍化影响木薯块根淀粉代谢的分子机制及木薯块根中淀粉的合成与分解途径提供理论参考。【方法】利用秋水仙素诱导木薯腋芽以获得SC8四倍体,采用实时荧... 【目的】分析木薯华南8号(SC8)及其四倍体块根中淀粉代谢相关基因表达情况,为揭示多倍化影响木薯块根淀粉代谢的分子机制及木薯块根中淀粉的合成与分解途径提供理论参考。【方法】利用秋水仙素诱导木薯腋芽以获得SC8四倍体,采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对蔗糖磷酸合酶(SPS)、ADP葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)、可溶性淀粉合成酶(SSS)、颗粒结合合成酶(GBSS)、分支酶(SBE)、α-淀粉酶(α-amylase)、β-淀粉酶(β-amylase)和淀粉磷酸化酶(SP)等基因的表达情况进行分析。【结果】经秋水仙素诱导获得的SC8四倍体植株叶片较SC8二倍体厚,且叶色深绿。SC8四倍体块根的干物率和粗淀粉含量均较SC8二倍体显著降低(P<0.05,下同),而支链淀粉和直链淀粉比例均未发生显著变化(P>0.05,下同)。与SC8二倍体相比,MeSPS2、Meα-amylase和Meβ-amylase基因的表达量显著上调(P<0.05,下同),表明SC8四倍体块根中淀粉的分解能力较SC8二倍体强;MeAGPase、MeSSS1、MeSP1和MeSP2基因的表达量显著上调,表明SC8四倍体块根淀粉的合成能力较SC8二倍体弱;MeGBSSI和MeSBE1基因的表达量未发生显著变化,表明SC8四倍体块根中直链淀粉和支链淀粉的合成能力与SC8二倍体无明显差异。【结论】利用秋水仙素诱导获得的SC8四倍体块根淀粉合成能力降低和淀粉分解能力升高是导致其块根中粗淀粉含量显著降低的主要原因。 展开更多

关键词 木薯 四倍体 淀粉含量 淀粉代谢 基因表达 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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铅胁迫下红麻生理特性及DNA甲基化分析 被引量：6

9

作者 李增强 丁鑫超 +7 位作者 卢海 胡亚丽 岳娇 黄震 莫良玉 陈立 陈涛 陈鹏 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1031-1042,共12页

DNA甲基化在植物响应生物和非生物胁迫中起重要作用,但是有关铅胁迫下植物DNA甲基化水平变化的研究报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行不同浓度(0、200、400、600μmol L^(-1))PbCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状、根系... DNA甲基化在植物响应生物和非生物胁迫中起重要作用,但是有关铅胁迫下植物DNA甲基化水平变化的研究报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行不同浓度(0、200、400、600μmol L^(-1))PbCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状、根系ROS含量和抗氧化酶活性等变化情况;利用甲基化敏感扩增多态性技术(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析600μmol L^(-1)铅胁迫条件下根系DNA甲基化水平变化,回收差异甲基化片段并克隆测序,采用qRT-PCR技术对DNA甲基化差异基因进行表达分析。结果表明,不同浓度PbCl_(2)胁迫均显著抑制幼苗的茎粗、根长和根表面积,且400μmol L^(-1)及以上浓度PbCl_(2)胁迫显著抑制红麻幼苗的株高和全鲜重。随着铅浓度的提高,红麻幼苗根系的铅含量显著升高,O_(2)^(-)和MDA含量显著增加,SOD活性显著升高,POD活性呈先降低后升高,CAT活性呈先升高后降低的趋势。对照及600μmol L^(-1)PbCl_(2)处理下的幼苗根系DNA甲基化率分别为71.13%、62.20%,其中全甲基化率分别为50.52%、37.80%,半甲基化率分别为20.62%、24.40%,即铅胁迫显著降低了红麻幼苗根系的DNA甲基化率和全甲基化率,提高了根系的半甲基化率。qRT-PCR分析表明,7个与抗性密切相关的DNA甲基化差异基因也存在表达量差异,推测DNA甲基化水平变化在响应红麻铅胁迫中发挥重要作用。本结果为深入探索DNA甲基化响应植物非生物胁迫的潜在机制,以及生产上利用红麻改良土壤铅污染提供了理论基础。 展开更多

关键词 红麻 铅胁迫 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(MSAP) 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 抗氧化酶系统

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东方泽泻实时荧光定量PCR内参基因的筛选及AoSS基因的组织表达特性分析 被引量：4

10

作者 刘青芝 谷巍 +5 位作者 孙云飞 吴启南 巢建国 桑晓华 王小浩 刘琪 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第8期1467-1475,共9页

【目的】筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础。【方法】从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GA... 【目的】筛选适用于东方泽泻实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因,并分析其鲨烯合酶基因(AoSS)的表达特性,为后续研究东方泽泻原萜烷型三萜生物合成调控及诱导机制打下基础。【方法】从东方泽泻转录组中选取内参基因18S rRNA、EF1α、GAPDH、ACT、UBQ和UBC,应用qRT-PCR检测其在不同组织和激素处理下的表达情况,并借助Delta CT、GeNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder对其表达稳定性进行分析评价。以筛选到的内参基因分析AoSS基因在不同组织中的表达情况。【结果】18S r RNA、GAPDH和EF1α基因在东方泽泻不同组织的表达稳定性较高,但18S rRNA、UBC和EF1α基因在不同激素处理下的表达稳定性均较高。以18S rRNA、GAPDH和EF1α基因为内参分析AoSS基因在东方泽泻不同组织中的表达量情况,结果显示,AoSS基因在东方泽泻不同组织中均有表达,其表达情况基本一致,均在东方泽泻块茎中表达量最高,其次是叶柄和叶,而在根中表达量最低。【结论】18S rRNA、GAPDH和EF1α基因是研究东方泽泻不同组织中基因表达分析的首选内参基因;18S rRNA、EF1α和UBC基因是研究激素处理下基因表达的首选内参基因。AoSS基因的表达具有组织特异性,其可能在东方泽泻的生长发育中发挥重要的调控功能。 展开更多

关键词 东方泽泻 内参基因 鲨烯合酶(SS) 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 表达特性

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红麻DNA甲基化响应镉胁迫及甲基化差异基因的表达分析 被引量：3

11

作者 卢海 李增强 +7 位作者 唐美琼 罗登杰 曹珊 岳娇 胡亚丽 黄震 陈涛 陈鹏 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期2324-2334,共11页

DNA甲基化是植物重要的表观遗传修饰方式之一,在响应逆境胁迫中具有重要作用,但是有关镉胁迫下植物DNA甲基化水平变化的报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行300μmol L^(-1)的CdCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状及镉含量... DNA甲基化是植物重要的表观遗传修饰方式之一,在响应逆境胁迫中具有重要作用,但是有关镉胁迫下植物DNA甲基化水平变化的报道甚少。本研究以红麻P3A为材料,采用水培法对幼苗进行300μmol L^(-1)的CdCl_(2)处理,测定幼苗农艺性状及镉含量;利用甲基化敏感扩增多态性技术(methylation-sensitive amplification polymorphism,MSAP)分析镉胁迫下根系DNA甲基化水平变化;回收甲基化差异片段并克隆测序,采用qRT-PCR技术对DNA甲基化差异基因的表达量进行分析。结果表明,CdCl_(2)胁迫显著抑制红麻幼苗的株高、茎粗、根长、根表面积以及全鲜重。对照及镉处理下幼苗根系的DNA甲基化率分别为62.78%、68.23%,其中全甲基化率分别为37.50%、36.36%,半甲基化率分别为25.28%、31.87%,表明镉胁迫显著提高红麻幼苗根系的DNA甲基化水平。qRT-PCR分析表明,7个与抗性密切相关的DNA甲基化差异基因也存在表达量的差异,推测DNA甲基化水平变化在响应红麻镉胁迫中发挥重要作用。本结果为深入探索DNA甲基化响应植物镉胁迫的潜在机制提供了理论基础。 展开更多

关键词 红麻 镉胁迫 DNA甲基化 甲基化敏感扩增多态性(MSAP) 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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葡萄不同摘心处理下qRT-PCR内参基因的筛选与验证 被引量：4

12

作者 赖呈纯 潘红 +4 位作者 张静 王琦 高慧颖 陈源 黄贤贵 《江西农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期890-900,共11页

摘心处理是保证葡萄产量和品质的关键栽培技术之一,选择稳定可靠的内参基因,有利于葡萄摘心响应分子机制相关基因表达的研究。本研究以不同摘心处理的葡萄叶片和茎杆为材料,利用qRT-PCR分析15个候选内参基因Actin、AP-2、Cyclophilin、E... 摘心处理是保证葡萄产量和品质的关键栽培技术之一,选择稳定可靠的内参基因,有利于葡萄摘心响应分子机制相关基因表达的研究。本研究以不同摘心处理的葡萄叶片和茎杆为材料,利用qRT-PCR分析15个候选内参基因Actin、AP-2、Cyclophilin、EF1-α、GAPDH、VAG、SAND、α-Tubulin、β-Tubulin、UBQ-L40、NAD5、ADH2、60SRP、18S rRNA、UBQ等在所供材料中的转录水平,并用RefFinder软件对候选内参基因稳定性进行综合评价。试验结果表明,葡萄叶片为材料的试验体系的最稳定内参基因为SAND和VAG,而葡萄茎杆为材料的试验体系以AP-2和Actin为最稳定的内参基因,且采用双内参基因组合,可以进一步提高试验结果的精确度;通过目的基因VvSS4转录水平数据标准化的验证,所获得的2组内参基因在各自的试验体系中可靠性高,可用于后续相关目的基因定量表达的研究。 展开更多

关键词 葡萄 摘心 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 内参基因 表达稳定性

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10种免疫相关基因在斜带石斑鱼组织中的表达分析 被引量：3

13

作者 葛辉 林克冰 +7 位作者 周宸 吴建绍 朱志煌 陆振 郑乐云 吴水清 林琪 黄种持 《渔业研究》 2017年第5期379-385,共7页

采用相对实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)技术,以β-肌动蛋白(β-actin)的表达量作为内参,对健康养殖斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)不同组织(头肾、心脏、肝脏、脾脏、鳃、肌肉、鳍、眼、肠道)中的10种免疫相... 采用相对实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,qRT-PCR)技术,以β-肌动蛋白(β-actin)的表达量作为内参,对健康养殖斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)不同组织(头肾、心脏、肝脏、脾脏、鳃、肌肉、鳍、眼、肠道)中的10种免疫相关基因:免疫球蛋白(IgM)、CD4、MHCIIa、TCRβ、CD8a、MHCIa、ISP16、Mx、TNFR14、HSP90的mRNA表达量进行了研究。结果显示,10种免疫相关基因在斜带石斑鱼的10种组织中均有表达。其中体液免疫相关基因[免疫球蛋白(IgM)、CD4和MHCIIa]在鳃中的表达量最高,在其他组织部位的表达量相对较少。细胞免疫相关基因(TCRβ、CD8a和MHCIa)也是在鳃中的表达量最高,在眼、肌肉、肝和肠的部位表达量相对较少。ISP16在鳃和肝中的表达量较高,在肌肉和肠中的表达量较低。Mx在鳃中的表达量较高,在肌肉和肠的表达量较低。TNFR14在眼的表达量较高,在肠的表达量较低。HSP90在鳃和肝中的表达量相对较高,在心和肌肉的表达量较低。 展开更多

关键词 斜带石斑鱼 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 免疫基因

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褐飞虱GSK-3调控糖原与海藻糖代谢的潜在功能 被引量：2

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作者 丁艳娟 刘永康 +4 位作者 罗雨嘉 邓颖梅 徐红星 唐斌 徐彩娣 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1237-1246,共10页

【目的】昆虫胰岛素信号途径能够介导糖原合成酶激酶3(glycogen synthase kinase 3,简称GSK-3或GSK3)调控体内糖原及海藻糖等糖代谢过程,从而控制昆虫的各项生命活动。论文旨在探究糖原合成酶激酶在褐飞虱(Nilaparvata lugens)体内对糖... 【目的】昆虫胰岛素信号途径能够介导糖原合成酶激酶3(glycogen synthase kinase 3,简称GSK-3或GSK3)调控体内糖原及海藻糖等糖代谢过程,从而控制昆虫的各项生命活动。论文旨在探究糖原合成酶激酶在褐飞虱(Nilaparvata lugens)体内对糖原与海藻糖代谢的调控作用。【方法】首先,基于GSK-3的cDNA编码序列,利用ExPASy工具翻译GSK-3氨基酸序列,预测蛋白分子量大小及等电点(pI);然后利用SignaIP4.1Server对其信号肽进行分析。其次,以笔者实验室饲养的褐飞虱为研究对象,从4龄开始,每12 h取材,取至成虫48 h。利用Trizol法提取褐飞虱总RNA,根据反转录试剂盒合成第一链DNA,以18S作为内参基因,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测褐飞虱GSK-3在不同龄期mRNA水平上的相对表达量。然后利用RNAi技术,向褐飞虱体内显微注射双链RNA(dsRNA)抑制GSK-3,以注射ds GFP的褐飞虱作为对照组。注射后48 h利用qRT-PCR技术检测GSK-3的表达情况,确定抑制效果。另外,取注射后48 h虫体,分别测定褐飞虱体内海藻糖、葡萄糖、糖原含量及海藻糖酶(trehalase,TRE)活性变化。最后采用qRT-PCR检测胰岛素信号通路胰岛素受体基因(insulin receptor,InR)、类胰岛素多肽基因(insulin-like peptides,Ilps)及海藻糖代谢途径TRE、海藻糖合成酶基因(trehalose-6-phophate synthase,TPS)、糖原磷酸化酶基因(glycogen phosphorylase,GP)、糖原合成酶基因(glycogen synthase,GS)中相关基因的表达,分析GSK-3在胰岛素信号通路及海藻糖代谢途径中的调控作用。【结果】褐飞虱GSK-3开放阅读框为1 914 bp,编码637个氨基酸;预测蛋白分子量为69.25 kD,等电点为9.15,为偏碱性蛋白,无信号肽结构,序列高度保守。发育表达模式结果显示GSK-3在不同发育阶段表达不一致,5龄若虫蜕皮前后低表达。GSK-3的dsRNA注射后48 h,与对照组ds GFP相比,GSK-3表达极显著下降,表明RNA干扰效果明显。糖原含量和两类 展开更多

关键词 褐飞虱 RNA干扰 糖原合成酶激酶3 糖原与海藻糖代谢 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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不同猪种背最长肌中miR-27a和miR-378的差异表达研究 被引量：1

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作者 杨雪梅 顾以韧 +6 位作者 梁艳 陶璇 钟志君 杨跃奎 曾凯 陈晓晖 吕学斌 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第11期90-92,共3页

为了研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性,试验采用实时荧光定量PCR(qRTPCR)检测了藏猪和大约克夏猪背最长肌中miR-27a、miR-378的差异表达。结果表明:藏猪在6月龄时背最长肌中miR-27a和miR-378的表达量均极显著低于大约克夏猪(P... 为了研究miRNA表达量与肉质风味表型指标的相关性,试验采用实时荧光定量PCR(qRTPCR)检测了藏猪和大约克夏猪背最长肌中miR-27a、miR-378的差异表达。结果表明:藏猪在6月龄时背最长肌中miR-27a和miR-378的表达量均极显著低于大约克夏猪(P<0.01)。相关性分析显示,miR-27a、miR-378与肌内脂肪含量和硫胺素呈负相关,而与肌纤维直径、眼肌面积和瘦肉率呈显著或极显著正相关(P<0.05或P<0.01)。说明miR-27a和miR-378对猪肉品质具有重要的负调控作用。 展开更多

关键词 猪 miR-27a miR-378 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 背最长肌

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长链非编码RNA-BC043614在胰腺导管腺癌中的表达及其临床意义 被引量：1

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作者 周永平 陈波 +6 位作者 戴途 丁文周 蒋小华 胥明 王旭菁 王永坤 钱海鑫 《中华肝胆外科杂志》 CSCD 北大核心 2017年第12期832-835,共4页

目的检测胰腺导管腺癌（PDAC）组织中长链非编码RNA—BC043614（LncRNA。BC043614）的表达，分析其与PDCA患者临床病理特征和预后的关系。方法收集2013年6月至2014年6月在无锡市第二人民医院行胰腺癌根治手术的42例患者的组织样本、临... 目的检测胰腺导管腺癌（PDAC）组织中长链非编码RNA—BC043614（LncRNA。BC043614）的表达，分析其与PDCA患者临床病理特征和预后的关系。方法收集2013年6月至2014年6月在无锡市第二人民医院行胰腺癌根治手术的42例患者的组织样本、临床病理和随访资料。采用实时荧光定量PCR（qRT—PCR）检测癌组织和癌旁组织中LncRNA-BC043614表达水平，X。检验分析其表达量与胰腺癌患者临床病理特征的关系，应用Log—rank检验和COX回归模型分析其与胰腺癌患者手术预后的关系。结果LncRNA—BC043614在癌组织的表达高于癌旁组织（P〈0．05）；PDCA组织中LncRNA．BC043614的表达量与肿瘤大小、分化程度、有无脉管癌栓、患者血清CA19-9相关（P〈0．05）；LncRNA—BC043614高表达患者术后无瘤生存时间明显缩短（P〈0．05），胰腺癌组织中LncRNA—BC043614高表达是影响胰腺癌患者术后无瘤生存期的独立危险因素（P〈0．05）。结论LncRNA—BC043614在胰腺癌组织中高表达，与患者术后无瘤生存期存在相关性，可能成为判断PDCA患者预后的标志物。 展开更多

关键词 长链非编码RNA 胰腺导管腺癌 实时荧光定量pcr(qrt-pcr) 预后

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虎杖PcMYB1基因实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量：1

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作者 林艳丽 李鲁汉 +6 位作者 廖辉 覃建兵 伍翔 王岩岩 吴端阳 张鸿杰 柳忠玉 《长江大学学报（自然科学版）》 CAS 2020年第3期91-94,I0007,共5页

为建立实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测虎杖(Polygonum cuspidatum)转录因子PcMYB1基因表达的方法,将PcMYB1基因的ORF片段亚克隆于pUC19载体,得到重组质粒pUC19-PcMYB1,再以pUC19-PcMYB1作为标准样品,建立目的基因的标准曲线,优化qRT-PCR... 为建立实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测虎杖(Polygonum cuspidatum)转录因子PcMYB1基因表达的方法,将PcMYB1基因的ORF片段亚克隆于pUC19载体,得到重组质粒pUC19-PcMYB1,再以pUC19-PcMYB1作为标准样品,建立目的基因的标准曲线,优化qRT-PCR反应体系与反应条件,分析qRT-PCR的灵敏度。结果表明,在qRT-PCR体系中,退火温度为54.1℃时检测结果最好;构建的目的基因标准曲线,其循环阈值与模板拷贝数对数值呈良好的线性关系,扩增效率为92.3%;该方法最低可检测101copies/μL的目的基因。 展开更多

关键词 虎杖(Polygonum cuspidatum) PcMYB1基因 MYB转录因子 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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肉兔Follistatin基因的表达研究 被引量：1

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作者 郑洁 谢晓红 +4 位作者 雷岷 张翔宇 邝良德 杨超 任永军 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2017年第11期221-224,299,共5页

为了揭示肉兔卵泡抑素(Follistatin)基因对骨骼肌发育的作用,试验采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,以加利福尼亚兔(U兔)和齐卡巨型白兔(G兔)为研究对象,检测了不同品种、不同性别、不同日龄肉兔Follistatin基因在股二头肌中的表达量,... 为了揭示肉兔卵泡抑素(Follistatin)基因对骨骼肌发育的作用,试验采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,以加利福尼亚兔(U兔)和齐卡巨型白兔(G兔)为研究对象,检测了不同品种、不同性别、不同日龄肉兔Follistatin基因在股二头肌中的表达量,测定个体活体重和日增重。结果表明:300日龄时G兔Follistatin基因表达量极显著高于U兔(P<0.01),不同日龄公兔Follistatin基因表达量均高于母兔,35和56日龄公兔股二头肌中Follistatin基因表达量极显著高于母兔(P<0.01),并且Follistatin基因在两个品种肉兔股二头肌中的表达变化趋势较为一致,即随个体日龄增长呈现M型趋势。股二头肌中Follistatin基因发育变化与活体重呈负相关,与日增重的变化呈显著正相关(P<0.05)。说明Follistatin基因在肉兔的骨骼肌发育过程中具有重要的调控作用。 展开更多

关键词 卵泡抑素(Follistatin) 股二头肌 实时荧光定量pcr(qrt—pcr) 加利福尼亚兔 齐卡巨型 白兔

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基于转录组测序的不同光学分光膜下生菜叶片的基因表达差异分析

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作者 周念念 高洁 +5 位作者 丁明珠 安玉兰 翟克清 史加银 甘德芳 刘文 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第2期323-332,共10页

新型光伏农业是在满足农作物生长的光照需求下进行光伏发电。为研究不同光学分光膜下生菜叶片的差异基因表达情况,以‘阿迪娜’生菜为试验材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析在覆盖红蓝滤光膜(RBFF)和远红光截止膜(RICF)条件下生菜... 新型光伏农业是在满足农作物生长的光照需求下进行光伏发电。为研究不同光学分光膜下生菜叶片的差异基因表达情况,以‘阿迪娜’生菜为试验材料,利用转录组测序(RNA-seq)技术分析在覆盖红蓝滤光膜(RBFF)和远红光截止膜(RICF)条件下生菜叶片的基因表达水平。结果表明,RBFF条件下有2685个基因存在差异表达,其中有1380个上调表达基因,1305个下调表达基因。RICF条件下有3264个基因差异表达,其中上调表达基因有881个,下调表达基因2383个。进一步分析发现,1498个差异表达基因在RBFF和RICF条件下均表达,1187个基因在RBFF条件下差异表达,1766个在RICF条件下差异表达。从上述差异表达基因中筛选出10个可能与光胁迫相关的基因,实时荧光定量验证转录组数据的可靠性。结果表明,大部分基因的表达情况与测序结果一致,说明转录组数据是可靠的。光响应相关基因的表达分析结果显示,RBFF覆盖下大部分基因在覆盖15 d时大量表达,达到表达高峰。RICF下的3个基因表达量较高,其余的表达量较低,大部分基因在15~21 d时达到表达高峰。本研究为进一步挖掘生菜基因组中光响应基因以及揭示生菜对光响应的分子机制提供理论依据和数据支持。 展开更多

关键词 生菜 光学分光膜 转录组分析 实时荧光定量pcr(qrt-pcr)

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利用qRT-PCR技术对PVY重组株系的鉴定 被引量：4

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作者 尚慧 韩树鑫 +6 位作者 高艳玲 张威 范国权 申宇 聂先舟 吕文河 白艳菊 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期238-244,共7页

【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)作为制约马铃薯生产的重要病毒之一,株系分化繁杂。近年被科学家研究分离的PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系而言,其基因组结构极为相似但致病性差异较大。【方法】本研究利用qRT-PCR方法,方便快... 【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)作为制约马铃薯生产的重要病毒之一,株系分化繁杂。近年被科学家研究分离的PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系而言,其基因组结构极为相似但致病性差异较大。【方法】本研究利用qRT-PCR方法,方便快捷的检测出马铃薯Y病毒的这2种不同株系,同时并使之可成功且稳定的应用于马铃薯生产中。通过查找Gen Bank已公布的PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系的全基因组序列,设计用于qRT-PCR检测,扩增目的片段大小为150 bp左右的特异性引物,应用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)进行检测。【结果】通过设计的引物对保存的试管苗毒源进行检测,可以成功的精准鉴别出PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系;同时对100份田间采集的叶片样品进行检测,成功的检测出100份样品中32份样品,受到PVY^(N-Wi)株系侵染;27份样品,受到PVY^(NTN-NW)株系侵染;同时存在9份样品,可能同时受到PVY^(N-Wi)、PVY^(NTN-NW)株系的侵染。【结论】实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)可适用于马铃薯叶片样品的检测,为株系的快速鉴定提供了可靠的方法,可用于生产中大规模样品的检测,有利于及时采取防控措施,降低损失。 展开更多

关键词 马铃薯Y病毒(PVY) 株系分化 实时荧光定量pcr技术(qrt-pcr)

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