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草莓6种病毒多重PCR快速检测方法的建立 被引量：4
1
作者 李素 许腾飞 +4 位作者 侯圣凡 董振飞 赵晓丽 李楠 王红清 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期116-124,共9页
为快速鉴定草莓病毒病种类以预防病毒病扩散,根据草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓轻型黄边病毒(strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)、草莓白化病毒(strawb... 为快速鉴定草莓病毒病种类以预防病毒病扩散,根据草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓轻型黄边病毒(strawberry mild yellow edge virus,SMYEV)、草莓白化病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)、草莓病毒1(strawberry virus 1,StrV-1)和芸薹黄化病毒(brassica yellows virus,BrYV)的基因保守区域设计特异性引物,建立了能够同时检测这6种病毒的多重PCR方法。该多重PCR反应体系中,2×SanTaq PCR Master Mix用量为10μL,上下游引物(10μmol/L)用量为4μL,其中SVBV为0.25μL、SMoV为0.50μL、SMYEV为0.10μL、SPaV为0.15μL、StrV-1为0.50μL和BrYV为0.50μL,模板1μL,ddH_(2)O为5μL,总体积20μL。多重PCR反应程序设定为:94℃预变性5 min,94℃变性30 s,53℃退火30 s,72℃延伸120 s,最后72℃延伸10 min,循环数为35。该检测体系的灵敏度可以达到107copies/μL。该多重PCR方法可以同时实现6种草莓病毒的高效快速检测,为草莓病毒病的早期发现和针对性防治提供了技术支持。 展开更多
关键词 草莓 多重PCR 草莓镶脉病毒 草莓斑驳病毒 草莓轻型黄边病毒 草莓白化病毒 草莓病毒1 芸薹黄化病毒
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利用小RNA深度测序快速鉴定草莓病毒 被引量：7
2
作者 何成勇 高德航 +3 位作者 范灵姣 邢飞 李世访 王红清 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第8期54-60,共7页
病毒侵染直接影响草莓的生长发育及果实品质,快速检测及鉴定病毒是病毒防治的前提。本研究以‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓为试材,利用小RNA(sRNA)测序结合RT-PCR技术对2种栽培草莓品种中存在的病毒进行了研究。对sRNA测序结果进行组装和... 病毒侵染直接影响草莓的生长发育及果实品质,快速检测及鉴定病毒是病毒防治的前提。本研究以‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓为试材,利用小RNA(sRNA)测序结合RT-PCR技术对2种栽培草莓品种中存在的病毒进行了研究。对sRNA测序结果进行组装和注释,结果表明:在混合样品中共有242个contigs比对到5种草莓病毒,分别为草莓白化病毒(strawberry pallidosis associated virus,SPaV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,SVBV)、草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,SMoV)、草莓毛形病毒3(strawberry crinivirus 3,SCrV 3)和草莓毛形病毒4(strawberry crinivirus 4,SCrV 4)。利用RT-PCR技术对sRNA测序结果进行验证,结果表明:SMoV、SVBV和SCrV 3在‘丰香’草莓和‘哈尼’草莓中均检测到,而SPaV和SCrV 4只在‘哈尼’草莓样品中检测到。本研究利用sRNA测序技术鉴定了2个草莓品种中存在的病毒,首次在我国生产的同一个草莓品种中检测到5种病毒,为草莓病毒的检测和防控提供了新的思路。 展开更多
关键词 草莓 sRNA测序 草莓白化病毒 草莓毛形病毒 RT-PCR
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基于高通量测序技术鉴定栽培草莓资源携带的病毒种类 被引量：1
3
作者 刘思佳 曾祥国 +2 位作者 肖桂林 王涌 韩永超 《江苏农业科学》 北大核心 2023年第19期18-23,共6页
分析草莓种质资源的病毒携带情况,为草莓脱毒种苗的繁育和病毒病的防治提供依据。针对保存的86份栽培草莓材料,分别提取每份材料的叶片总RNA,将待测草莓总RNA混样,然后采用高通量测序技术进行测序。根据每种病毒的序列保守区设计引物,采... 分析草莓种质资源的病毒携带情况,为草莓脱毒种苗的繁育和病毒病的防治提供依据。针对保存的86份栽培草莓材料,分别提取每份材料的叶片总RNA,将待测草莓总RNA混样,然后采用高通量测序技术进行测序。根据每种病毒的序列保守区设计引物,采用RT-PCR对高通量测序的结果进行验证。利用设计的引物分别对每份草莓品种材料进行RT-PCR检测,明确每份材料的带毒情况。测序结果表明,从86份草莓资源中检测出3种病毒,分别为草莓斑驳病毒(strawberry mottle virus,简称SMoV)、草莓镶脉病毒(strawberry vein banding virus,简称SVBV)和草莓白化病毒(strawberry pallidosis-associated virus,简称SPaV),该结果与RT-PCR验证的结果相符。在所有86份供试样品中,28份材料带有病毒,病毒感染率为32.56%;其中,23份材料带有SVBV;11份材料带有SMoV;5份材料带有SPaV。单一病毒侵染样品18份,复合侵染材料共10份,草莓种苗带毒率高,草莓病毒病危害严重。 展开更多
关键词 草莓 病毒病 高通量测序 RT-PCR 草莓白化病毒
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草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析 被引量：7
4
作者 陈道 张洁 +1 位作者 吴祖建 丁新伦 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期146-152,共7页
草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因... 草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。 展开更多
关键词 草莓 草莓白化相关病毒 高通量测序 RT-PCR 基因组序列
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草莓白化伴随病毒RT-LAMP检测方法的建立
5
作者 王涌 曾祥国 +4 位作者 肖桂林 温昕 周鑫鑫 邓江丽 韩永超 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期237-245,253,共10页
草莓白化伴随病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)能引起草莓白化病,与其他病毒复合侵染后会加重症状。本研究建立了SPaV的反转录环介导等温扩增方法(reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification,RT-... 草莓白化伴随病毒(strawberry pallidosis-associated virus,SPaV)能引起草莓白化病,与其他病毒复合侵染后会加重症状。本研究建立了SPaV的反转录环介导等温扩增方法(reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification,RT-LAMP),对反应体系的各条件进行评估优化后,检测了RT-LAMP的特异性和灵敏度,且对田间样品进行了测试。结果表明,优化后的反应体系包含2.5μL 10×Isothermal Amplification Buffer、6 mmol/L Mg^(2+)、1 mmol/L dNTPs、1μmol/L SPaV-FIP和SPaV-BIP,0.1μmol/L SPaV-F3和SPaV-B3,0.3μmol/L SPaV-LB,0.4 mol/L Betaine,0.256 U/μL WarmStart Bst 2.0 DNA Polymerase,0.12 U/μL WarmStart RTx Reverse Transcriptase,1μL RNA,反应条件为61℃恒温孵育40 min。采用优化后的反应体系,在特异性检测中,只有携带了病毒SPaV的样品才能发生阳性扩增。灵敏度测试中,RT-LAMP比RT-PCR灵敏度高10倍。田间应用中,RT-LAMP和RT-PCR检测结果一致。本研究建立的SPaV RT-LAMP检测方法操作简便、快速、特异,可供实验室及生产实践中应用,助力脱毒种苗的鉴定和田间病毒病调查。 展开更多
关键词 草莓白化伴随病毒 反转录环介导等温扩增 可视化 快速检测
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