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基于语义数据的药物网络模型构建与分析
1
作者
王爽
冯志勇
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期31-36,42,共7页
针对传统生物数据分析方法无法高效处理规模不断增大的生物语义数据集的现状,将基于属性共现的节点相似度算法应用于Ch EMBL数据集,构建基于药物天然产物-活性的二部图模型,应用Graphlab框架计算基于活性特征的药物天然产物相似度,并对...
针对传统生物数据分析方法无法高效处理规模不断增大的生物语义数据集的现状,将基于属性共现的节点相似度算法应用于Ch EMBL数据集,构建基于药物天然产物-活性的二部图模型,应用Graphlab框架计算基于活性特征的药物天然产物相似度,并对相似度较高的药物天然产物进行活性推荐。实验结果表明,该方法能有效利用生物数据集的语义信息发现药物天然产物潜在的活性特征,从而指导药物研发早期的活性探测以及药物靶标的发现和选择过程。
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关键词
语义数据
ChEMBL数据集
活性
Graphlab并行计算
节点
相似
度
算法
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职称材料
题名
基于语义数据的药物网络模型构建与分析
1
作者
王爽
冯志勇
机构
天津大学计算机科学与技术学院
天津大学天津市认知计算与应用重点实验室
出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期31-36,42,共7页
基金
国家自然科学基金资助项目(61173155
61373035)
+1 种基金
国家"863"计划基金资助项目(2007AA01Z130
2013AA013204)
文摘
针对传统生物数据分析方法无法高效处理规模不断增大的生物语义数据集的现状,将基于属性共现的节点相似度算法应用于Ch EMBL数据集,构建基于药物天然产物-活性的二部图模型,应用Graphlab框架计算基于活性特征的药物天然产物相似度,并对相似度较高的药物天然产物进行活性推荐。实验结果表明,该方法能有效利用生物数据集的语义信息发现药物天然产物潜在的活性特征,从而指导药物研发早期的活性探测以及药物靶标的发现和选择过程。
关键词
语义数据
ChEMBL数据集
活性
Graphlab并行计算
节点
相似
度
算法
Keywords
semantic data
ChEMBL dataset
activity
Graphlab parallel computing
node similarity algorithm
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于语义数据的药物网络模型构建与分析
王爽
冯志勇
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2016
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