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基于结构动力学的EGFR罕见突变型(S768I)致NSCLC分子机制研究
1
作者 王雨婷 刘梦婷 +3 位作者 王妍雯 侯清梅 杨力权 桑鹏 《原子与分子物理学报》 CAS 北大核心 2025年第1期41-48,共8页
表皮生长因子受体(EGFR)基因突变是导致非小细胞肺癌(NSCLC)的重要诱因.S768I点突变作为EGFR的一种罕见突变,目前尚无标准的靶向治疗方法,因此详细了解EGFR S768I突变体与野生型的结构差异对于开发相关药物至关重要.为了探究S768I突变在... 表皮生长因子受体(EGFR)基因突变是导致非小细胞肺癌(NSCLC)的重要诱因.S768I点突变作为EGFR的一种罕见突变,目前尚无标准的靶向治疗方法,因此详细了解EGFR S768I突变体与野生型的结构差异对于开发相关药物至关重要.为了探究S768I突变在NSCLC中的作用,对WT-EGFR和S768I-EGFR进行分子动力学(MD)模拟、本质动力学(ED)分析和自由能图谱(FEL)重构.MD模拟表明S768I突变增加了EGFR的全局和局部柔性;ED分析得出的大尺度协同运动表明,区分活性状态和非活性状态的两个重要结构元件A-loop和αC-helix在S768I-EGFR中比在WT-EGFR中具有更明显的过渡到活动状态的趋势;自由能计算显示S768I-EGFR的FEL比WT-EGFR的更粗糙更复杂,这意味着S768I突变体具有更丰富的构象多样性.研究结果为S768I突变导致NSCLC提供了合理的分子机理解释,并为开发针对S768I突变患者的新靶向治疗药物提供帮助. 展开更多
关键词 表皮生长因子受体(EGFR) S768I 分子动力学模拟 本质动力学 自由能图谱
H47Q突变对促炎蛋白hGIIA结构稳定性的影响
2
作者 张忠弘 宗大庆 +1 位作者 宋玲 李智 《现代盐化工》 2024年第2期25-26,29,共3页
为研究H47Q突变对促炎蛋白hGIIA结构稳定性的影响,分别对天然型和突变型(H47Q)的hGIIA进行多次重复模拟,然后对串联轨迹进行了几何性质比较、基本动力学分析并构建了自由能图谱。结果显示,与天然型hGIIA相比,突变型hGIIA拥有更多的原子... 为研究H47Q突变对促炎蛋白hGIIA结构稳定性的影响,分别对天然型和突变型(H47Q)的hGIIA进行多次重复模拟,然后对串联轨迹进行了几何性质比较、基本动力学分析并构建了自由能图谱。结果显示,与天然型hGIIA相比,突变型hGIIA拥有更多的原子间非键相互作用,更小的回旋半径,更低的整体构象柔性和全局自由能最小化区域。与天然型hGIIA相比,突变型hGIIA结构可能采取了更加紧凑包装,导致hGIIA整体构象柔性的下降,局限在更小的构象空间,不利于hGIIA与底物和整合素的结合。 展开更多
关键词 IIA分泌型磷脂酶A2 hGIIA 分子动力学 本质动力学 自由能图谱
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蛋白质折叠、动力学以及蛋白质-配体结合的物理化学基础 被引量：4
3
作者 李慧敏 谢月辉 +1 位作者 刘次全 柳树群 《中国科学：生命科学》 CSCD 北大核心 2014年第5期433-449,共17页
蛋白质是生物体的重要组成部分并参与细胞内几乎所有的生物学过程.随着越来越多物种基因组序列的测定,准确理解基因产物的功能并探索蛋白质功能多样性的原因,已经成为当前的研究热点.为了研究蛋白质的功能,已有大量蛋白质的静态三维结... 蛋白质是生物体的重要组成部分并参与细胞内几乎所有的生物学过程.随着越来越多物种基因组序列的测定,准确理解基因产物的功能并探索蛋白质功能多样性的原因,已经成为当前的研究热点.为了研究蛋白质的功能,已有大量蛋白质的静态三维结构被测定.但是,蛋白功能最终受其动力学行为所控制,这包括折叠过程、构象波动、分子运动以及蛋白质-配体相互作用等.基于自由能图谱理论,本文深入讨论了蛋白质动力学的底层物理化学机制,并回答了以下问题:蛋白质为什么能够折叠、以及如何折叠成其天然三维结构?为什么蛋白质的动力学特征是固有的?其动力学行为如何控制蛋白质的功能?讨论结果将有助于后基因组时代生命科学研究中蛋白质结构-功能关系的理解. 展开更多
关键词 自由能图谱 熵-焓 非互补性 粗糙性 驱动力 热力学 能力学
原文传递
碱性和中性食线虫真菌丝氨酸蛋白酶动力学行为差异研究 被引量：3
4
作者 桑鹏 杨丕仁 +3 位作者 许丹 朱月勋 沈建新 杨力权 《云南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期1006-1016,共11页
食线虫真菌丝氨酸蛋白酶被认为是病原真菌感染线虫最重要的毒力因子之一.研究表明,碱性体壁降解丝氨酸蛋白酶比中性蛋白酶具有更强的催化活性和杀线虫活性.研究选取中性丝氨酸蛋白酶PII和碱性丝氨酸蛋白酶PR1为研究对象,通过分子动力学... 食线虫真菌丝氨酸蛋白酶被认为是病原真菌感染线虫最重要的毒力因子之一.研究表明,碱性体壁降解丝氨酸蛋白酶比中性蛋白酶具有更强的催化活性和杀线虫活性.研究选取中性丝氨酸蛋白酶PII和碱性丝氨酸蛋白酶PR1为研究对象,通过分子动力学模拟、元动力学模拟和本质动力学分析等手段研究二者的结构动力学差异及对催化能力的影响.研究结果表明,模拟过程中PII比PR1具有更高的全局构象柔性; PII较PR1具有更为粗糙的自由能表面和更高的自由能最小化值,说明PR1比PII具备更高的热稳定性和全局结构稳定性.对于两者底物结合区域柔性的比较结果表明,PR1的底物结合区域比PII具备更高的RMSF、Rg和SASA,同时具备更少NHB和NNC,说明PR1底物结合部位具有更强的构象柔性.通过对二者的模拟平衡轨迹进行本质动力学分析表明,PII和PR1具有不一样的主要运动模式,PII的大尺度协同运动主要为分子表面环区的运动,而PR1的大尺度协同运动则是底物结合区域与功能相关的协同运动.以上动力学行为的差异可能使得碱性丝氨酸蛋白酶PR1较中性丝氨酸蛋白酶PII具备更强的催化活性和杀线虫活性. 展开更多
关键词 丝氨酸蛋白酶 分子动力学模拟 自由能图谱 动力学行为差异
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