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木薯AGPase酶活性及其同工酶位点检测 被引量：3
1
作者 闵义 王静 +2 位作者 姚远 胡新文 郭建春 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期298-302,共5页
本文以3个亲缘关系较远的高产木薯品种(SC124,SC8和Arg7)为材料,对块根发育过程中的AGPase活性和淀粉含量进行了测定,并利用AGPase同工酶电泳技术(非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳)对AGPase酶活性较高时期同工酶位点进行检测,旨在分析木薯块根... 本文以3个亲缘关系较远的高产木薯品种(SC124,SC8和Arg7)为材料,对块根发育过程中的AGPase活性和淀粉含量进行了测定,并利用AGPase同工酶电泳技术(非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳)对AGPase酶活性较高时期同工酶位点进行检测,旨在分析木薯块根AGPase同工酶位点与AGPase酶活性和淀粉积累的关系。结果表明:木薯块根发育过程中AGPase酶活性和淀粉含量呈极显著正相关(R=0.80212),Arg7的AGPase酶活性和淀粉含量在块根发育都显著高于SC124和SC8。同工酶分析表明,木薯至少有6个同工酶位点(AGPa,AGPb,AGPc,AGPd,AGPe和AGPf),且品种间具有多态性。其中,3个品种共有的4个同工酶位点分别为AGPa、AGPc、AGPd和AGPf,AGPe位点只在Arg7中出现,初步判断同工酶位点AGPe可能与其较高的酶活性和淀粉含量有关。本研究为系统研究木薯品种间AGPase酶活性与淀粉积累的关系提供了参考。 展开更多
关键词 木薯 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(agpase) 同工酶位点 酶活性 淀粉含量
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木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基基因全长克隆 被引量：2
2
作者 郭雅静 罗兴录 陈会鲜 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期1147-1153,共7页
【目的】克隆木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)小亚基基因cDNA全长序列,为木薯高淀粉品种的分子育种提供依据。【方法】根据木薯AGPase小亚基基因已知片段设计特异性引物,以木薯根、茎、叶为材料,利用PCR及RACE克隆木薯AGPase小... 【目的】克隆木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)小亚基基因cDNA全长序列,为木薯高淀粉品种的分子育种提供依据。【方法】根据木薯AGPase小亚基基因已知片段设计特异性引物,以木薯根、茎、叶为材料,利用PCR及RACE克隆木薯AGPase小亚基基因cDNA全长序列。运用生物信息学方法对其核苷酸序列和推导氨基酸的理化性质、蛋白质三级结构进行系统分析。【结果】克隆获得木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基cDNA全长1566bp,其中包括1566bp的完整ORF,编码一个含521个氨基酸的多肽。其理论蛋白质分子量57.01kDa,等电点6.1,呈酸性。多重序列比较分析结果显示,木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基核苷酸序列与蓖麻、麻风树和杨树相应序列的相似性分别为87%、87%和86%。结合系统进化树分析结果推测,木薯淀粉合成关键酶AGPase小亚基在不同物种及进化过程中具有高度的保守性。蛋白三级结构分析结果表明,木薯AGPase小亚基蛋白具有15个α-螺旋、24个β-折叠和多个转角。【结论】木薯AGPase小亚基基因cDNA全长序列与蓖麻、麻风树和杨树等具有较高的同源性。 展开更多
关键词 木薯 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(agpase) 基因克隆 序列分析 基因全长
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陆地棉AGPase基因家族的鉴定及表达分析
3
作者 晁毛妮 董洁 +4 位作者 胡根海 黄玲 张金宝 付远志 王清连 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2022年第4期299-312,共14页
【目的】腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(adenosine diphosphate-glucose pyrophosphorylase,AGPase)是淀粉生物合成途径的限速酶,在植物“源”、“库”器官淀粉的合成与积累过程中扮演着重要角色,然而棉花中AGPase基因家族的系统研究工作... 【目的】腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(adenosine diphosphate-glucose pyrophosphorylase,AGPase)是淀粉生物合成途径的限速酶,在植物“源”、“库”器官淀粉的合成与积累过程中扮演着重要角色,然而棉花中AGPase基因家族的系统研究工作尚未开展。【方法】基于已公布的陆地棉标准系TM-1基因组数据,利用生物信息学方法对陆地棉AGPase基因家族进行全基因组鉴定,并对该家族成员的理化性质、系统进化关系、基因结构、启动子区顺式作用元件进行分析。利用转录组数据和实时荧光定量聚合酶链式反应分析AGPase家族基因的组织表达特性和在非生物胁迫下的表达模式。【结果】在陆地棉基因组中,共鉴定到20个AGPase基因(GhAGP),不均匀地分布在16条染色体上。GhAGP基因包含12个大亚基基因和8个小亚基基因共2类,同一类GhAGP基因具有相似的保守基序和外显子-内含子结构。GhAGP基因启动子区含有多个与植物激素、非生物胁迫响应相关的顺式作用元件。组织表达分析结果显示,GhAGP基因具有不同的组织表达模式。非生物胁迫下的表达分析表明,多数GhAGP基因响应低温、高温、盐和干旱胁迫诱导表达,其中GhAGPL1和GhAGPL7参与棉花对多种逆境胁迫的响应。【结论】明确了陆地棉AGPase基因家族成员的分布特征、结构特征以及系统进化特征,初步揭示了该家族基因在棉花响应外界环境胁迫中的功能,可为棉花淀粉性状的遗传改良和抗逆育种提供重要的候选基因资源。 展开更多
关键词 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(agpase) 基因家族 非生物胁迫 表达模式 陆地棉
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木薯AGPase基因家族的生物信息学及其表达分析 被引量：1
4
作者 王明 肖鑫辉 +4 位作者 应东山 王琴飞 李莉萍 张如莲 叶剑秋 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期222-229,共8页
【目的】搜索鉴定木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)的基因家族成员,并分析其生物学信息及不同组织和非生物胁迫下的表达情况,为木薯AGPase基因的功能挖掘及淀粉性状遗传改良提供理论依据。【方法】从木薯基因组数据库(Phytozome... 【目的】搜索鉴定木薯腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(AGPase)的基因家族成员,并分析其生物学信息及不同组织和非生物胁迫下的表达情况,为木薯AGPase基因的功能挖掘及淀粉性状遗传改良提供理论依据。【方法】从木薯基因组数据库(Phytozome)下载木薯全基因组序列,从中筛选含NTP_transferase(Pfam编号PF00483)保守结构域序列的AGPase基因家族成员,利用生物信息学方法对其结构特征及编码蛋白序列进行分析。基于NCBI转录组测序(RNA-seq)数据,对木薯AGPase基因家族成员在不同组织及冷害和干旱胁迫下的表达模式进行分析。【结果】从木薯全基因组序列中共鉴定出9个AGPase基因家族成员,包含6个AGPase大亚基(LS)基因和3个小亚基(SS)基因。6个LS基因在长度和编码氨基酸数目上差异明显,但3个SS基因间的差异不明显。LS基因外显子数目为8～15个,SS基因外显子数目均为9个。9个木薯AGPase基因家族成员分布于8条染色体和1个scalefold中,未在染色体上发现串联成簇分布现象。木薯AGPase基因家族启动子区域含有多个干旱响应元件、光响应元件、激素响应元件及多种除干旱外的其他非生物胁迫响应元件。9个AGPase基因家族成员在不同木薯组织间的表达模式具有组织特异性。经冷害胁迫后,除MeAGL1.3基因外,其余8个基因表达量均极显著(P<0.01,下同)或显著(P<0.05,下同)下调;经干旱胁迫后,MeAGL1.4、MeAGS1.1、MeAGS1.2和MeAGS2基因表达量极显著或显著下调,MeAGL1.3基因的表达量显著上调,其余基因与对照无显著差异(P>0.05)。【结论】木薯AGPase基因家族成员具有保守的基因结构和功能结构域,其表达具有组织特异性,大多数成员表达水平受冷害和干旱胁迫调控。 展开更多
关键词 木薯 腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶基因(agpase) 生物信息学 组织 干旱 冷害 表达分析
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