生物信息学分析软件的开发及在药学领域的应用 被引量：6

1

作者 王非 郑珩 +2 位作者 杨欣 张玉彬 吴梧桐 《药学进展》 CAS 2002年第1期43-48,共6页

针对新药研发需求开发了中文生物信息学分析软件—— Wonderful生物信息学系统。本系统能提供生物信息学常规分析工具 ,包括核酸、蛋白质序列统计分析 ,开放阅读框 (ORF)搜索定位 ,基因组、蛋白质组信息搜索、分析、同源性比对等工具 ,... 针对新药研发需求开发了中文生物信息学分析软件—— Wonderful生物信息学系统。本系统能提供生物信息学常规分析工具 ,包括核酸、蛋白质序列统计分析 ,开放阅读框 (ORF)搜索定位 ,基因组、蛋白质组信息搜索、分析、同源性比对等工具 ,并为实验室 PCR克隆扩增靶分子基因、进行基因产物改造及修饰等提供简便的设计操作软件 。 展开更多

关键词 生物信息学 同源性分析 联配 新药设计

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蛋白质结构成对比较的新方法 被引量：5

2

作者 张保红 丁达夫 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1993年第3期353-361,共9页

介绍一种蛋白质三维结构的快速比较方法.此方法毋需初始联配,而能自动寻找和智能迭代.利用本程序对珠蛋白、丝氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、钙结合蛋白和溶菌酶作了系统的结构比较,取得了满意的结果.本文也讨论了衡量联配结果好坏的要... 介绍一种蛋白质三维结构的快速比较方法.此方法毋需初始联配,而能自动寻找和智能迭代.利用本程序对珠蛋白、丝氨酸蛋白酶、天冬氨酸蛋白酶、钙结合蛋白和溶菌酶作了系统的结构比较,取得了满意的结果.本文也讨论了衡量联配结果好坏的要素问题. 展开更多

关键词 联配 叠加 拓扑等价 蛋白 结构

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生物序列比对算法的实现与集成 被引量：2

3

作者 王非 杨欣 June Y.Liberamy 《计算机与应用化学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第4期583-586,共4页

为了使不同的比对算法产生的结果能够方便地横向比较进而评价最佳的比对模式,深入地研究了序列比对领域最经典和最常用的比对算法,其中包括经典的动态规划、半经验式的 BLAST 和 FASTA、启发式的 CLUSTALW 以及相似组方法等,并对各种方... 为了使不同的比对算法产生的结果能够方便地横向比较进而评价最佳的比对模式,深入地研究了序列比对领域最经典和最常用的比对算法,其中包括经典的动态规划、半经验式的 BLAST 和 FASTA、启发式的 CLUSTALW 以及相似组方法等,并对各种方法加以程序化的实现,研制成功了集成化的序列比对平台,为科研人员提供了有效的序列比对及其评价工具。 展开更多

关键词 序列比对 联配 集成 算法研究 生物信息学

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积极探索深入推进高校后勤物资联合采供工作 被引量：1

4

作者 姚海强 傅祖浩 《高校后勤研究》 2010年第1期47-48,共2页

一、浙江省高校后勤物资联合配送中心发展历程(一)'四校'联合采购模式开启了浙江省高校后勤物资联合配送中心之门浙江工商大学、杭州师范大学、杭州电子科技大学、浙江财经学院等四所同处下沙高教园区,因学校规模相近、餐饮管... 一、浙江省高校后勤物资联合配送中心发展历程(一)'四校'联合采购模式开启了浙江省高校后勤物资联合配送中心之门浙江工商大学、杭州师范大学、杭州电子科技大学、浙江财经学院等四所同处下沙高教园区,因学校规模相近、餐饮管理和运行模式相似。 展开更多

关键词 高校后勤 浙江省 积极探索 配送中心 阳光采购 联合采购 采购模式 物资 发展历程 联配

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生物序列集成式分析平台的研制及其应用

5

作者 郑珩 王非 +2 位作者 吴梧桐 杨欣 张玉彬 《生物技术通报》 CAS CSCD 2002年第5期33-37,共5页

应用生物信息学基础理论 ,以信息技术为手段 ,开发了方便高效的生物序列分析平台。该系统可进行核酸及蛋白质序列统计、性质分析、PCR引物设计、联配及同源性分析等。使用该系统设计PCR引物 ,克隆了灰葡萄孢霉菌 3-羟 - 3-甲基戊二酰辅... 应用生物信息学基础理论 ,以信息技术为手段 ,开发了方便高效的生物序列分析平台。该系统可进行核酸及蛋白质序列统计、性质分析、PCR引物设计、联配及同源性分析等。使用该系统设计PCR引物 ,克隆了灰葡萄孢霉菌 3-羟 - 3-甲基戊二酰辅酶A还原酶序列片段 ,并进行同源性分析 ,表明该系统操作简便、分析结果可靠。 展开更多

关键词 生物序列集成式分析平台 研制 应用 生物信息学 同源性分析 联配 引物设计

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宫腰(Miyakoshi)商业表格印刷机

6

《中国印刷物资商情》 1999年第3期5-6,共2页

一、宫腰(Miyakoshi)系列商业表格机印刷的特点 电脑票据除有普通票据的性能和特点外,还必须满足连续、精确、积累误差微小的特点,否则将无法达到多联配页、电脑打印顺畅的要求。因此,此类票据验收时单份票据几乎都能完全合格,但连续上... 一、宫腰(Miyakoshi)系列商业表格机印刷的特点 电脑票据除有普通票据的性能和特点外,还必须满足连续、精确、积累误差微小的特点,否则将无法达到多联配页、电脑打印顺畅的要求。因此,此类票据验收时单份票据几乎都能完全合格,但连续上机打印则不一定合格,所以对生产厂家和使用单位都造成很大的浪费。这就要求此类设备要有高性能的输料单元来严格监测、控制承印物(纸卷、不干胶等)进入印刷机组前的张力。这也是此类设备是否好用的关键和要害。宫腰商业表格印刷机是通过MS—550来完成承印物张力的监控。其构成如下: 展开更多

关键词 商业表格印刷 承印物 检出器 普通票据 可互换 张力 磁粉离合器 印顺 联配 积累误差

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基于多序列联配的攻击特征自动提取技术研究 被引量：25

7

作者 唐勇 卢锡城 +1 位作者 胡华平 朱培栋 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2006年第9期1533-1541,共9页

误用入侵检测系统的检测能力在很大程度上取决于攻击特征的数量和质量.该文提出一种基于多序列联配的攻击特征自动提取方法:首先将可疑的网络数据流转化为序列加入到可疑数据池中;通过聚类将这些序列分为若干类别;最后利用该文提出的多... 误用入侵检测系统的检测能力在很大程度上取决于攻击特征的数量和质量.该文提出一种基于多序列联配的攻击特征自动提取方法:首先将可疑的网络数据流转化为序列加入到可疑数据池中;通过聚类将这些序列分为若干类别;最后利用该文提出的多序列联配算法对同一类中的序列进行联配,并以产生的结果代表一类攻击的特征.该方法的核心是该文提出的两种序列联配算法:奖励相邻匹配的全局联配算法CMENW(Contiguous-Matches Encouraging Needleman-Wunsch)和层次式多序列联配算法HMSA(Hierarchical Multi-Sequence Align-ment).CMENW算法克服了Needleman-Wunsch算法易产生碎片的问题,使得连续的特征片段能够尽量地予以保留;HMSA算法以层次式策略对多序列进行联配,支持通配符,并带有剪枝功能.该方法可以自动地提取包括变形病毒和缓冲区溢出在内的新攻击的特征,其主要优点是:(1)产生的攻击特征包含位置相关信息,因而相对传统的方法结果更加准确;(2)具有良好的抗噪能力. 展开更多

关键词 攻击特征提取 入侵检测 序列联配 变形蠕虫 缓冲区溢出攻击

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基因预测方法的研究进展 被引量：8

8

作者 张恩民 海荣 俞东征 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2009年第3期271-273,共3页

基因预测一般指预测DNA序列中编码蛋白质的部分。其方法主要有两大类:一类是基于相似性的预测方法,即利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段,达到基因预测的目的;另一类是基于统计学模型的从头预测方法,即利用... 基因预测一般指预测DNA序列中编码蛋白质的部分。其方法主要有两大类:一类是基于相似性的预测方法,即利用已知的mRNA或蛋白质序列为线索在DNA序列中搜寻所对应的片段,达到基因预测的目的;另一类是基于统计学模型的从头预测方法,即利用统计学模型训练出相应参数,再对基因进行预测,这种方法可不依赖已知的DNA序列进行预测。现就基因预测的方法、基因预测中存在的一些问题等做一概述。 展开更多

关键词 基因预测 剪接联配 开放读码框 马尔可夫模型

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存储约束条件下的序列联配算法 被引量：6

9

作者 李昭 杨琪 祝明发 《微电子学与计算机》 CSCD 北大核心 2002年第6期1-5,共5页

序列联配算法是生物信息处理中非常重要的一类算法,最基本的序列联配算法是动态规划算法,其时间和空间复杂度都为O(m×n),(其中m和n为两序列的长度)。实际应用中,该算法的空间复杂度是限制问题规模的瓶颈。Hirschberg在1975年提出... 序列联配算法是生物信息处理中非常重要的一类算法,最基本的序列联配算法是动态规划算法,其时间和空间复杂度都为O(m×n),(其中m和n为两序列的长度)。实际应用中,该算法的空间复杂度是限制问题规模的瓶颈。Hirschberg在1975年提出的算法减少了序列联配问题的空间需求,其空间复杂度为O(m+n),但是Hirschberg算法的时间需求是基本动态规划算法的两倍。文章提出一种新的序列联配算法FastAlignment(FA),FA算法的时间复杂度和空间复杂度介于基本动态规划算法和Hirschberg算法之间,通过对算法参数k的调节,可以获得在不同存储条件下最小序列联配问题解决时间。 展开更多

关键词 存储约束条件 序列联配算法 生物信息处理 Hirschberg算法 动态规划算法 线性空间 计算机

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豆壳过氧化物酶的序列联配、二级结构预测及疏水性分析 被引量：5

10

作者 刘稳 李杨 +3 位作者 段新源 齐飞 高培基 方靖 《纤维素科学与技术》 CAS CSCD 2001年第1期8-16,共9页

利用生物大分子数据库和软件技术对豆壳过氧化物酶 (Soybeanhullperoxidase ,SHP ,EC 1 .1 1 .1 .7)进行了序列联配、二级结构预测及疏水性分析 ,通过与其它来源过氧化物酶的比较研究 ,分析了结构保守性与功能域的关系 ,从分子水平探讨... 利用生物大分子数据库和软件技术对豆壳过氧化物酶 (Soybeanhullperoxidase ,SHP ,EC 1 .1 1 .1 .7)进行了序列联配、二级结构预测及疏水性分析 ,通过与其它来源过氧化物酶的比较研究 ,分析了结构保守性与功能域的关系 ,从分子水平探讨了过氧化物酶活性位点结构特征。 展开更多

关键词 豆壳 过氧化物酶 序列联配 二级结构 疏水性 结构域

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用于蛋白质同源模建及三维结构预测的结构比较方法 被引量：3

11

作者 汤海旭 丁达夫 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1995年第1期60-66,共7页

继前面的工作把测试蛋白从三族扩大到十一族，寻求联配参数的普适“缺省值”；比较不同的主链曲率和挠率的计算方法，进一步确认主链的折线线分几何刻划方法的有效性；寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明，编制的蛋白质多... 继前面的工作把测试蛋白从三族扩大到十一族，寻求联配参数的普适“缺省值”；比较不同的主链曲率和挠率的计算方法，进一步确认主链的折线线分几何刻划方法的有效性；寻找有效的可变缺失突变惩罚函数的形式。结果表明，编制的蛋白质多重联配软件系统是满意的，可用于蛋白质三维结构预测。 展开更多

关键词 结构联配 同源模建 三维结构 预测 蛋白

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多序列联配问题的模拟退火求解 被引量：2

12

作者 梁爽 莫忠息 《武汉大学学报（理学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期23-27,共5页

在描述多序列联配问题及其优化模型的基础上 ,构造了适合多序列联配问题的邻域结构 ,给出了一种使用模拟退火算法求解该问题的方案 ,并给出了该方案的一个实例 ,实验结果表明 ,模拟退火求解多序列联配问题是有效的 .

关键词 多序列联配问题 领域结构 模拟退火算法 SP准则 生物信息学 计算分子生物学

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农村电商物流融合发展助推乡村振兴的对策——以蒙阴县为例 被引量：2

13

作者 张艳群 《山西农经》 2023年第18期179-181,共3页

电商与物流相辅相成,高效、便捷的物流配送体系能够支撑农村电商蓬勃发展,而农村电商产业也能利用集群优势降低物流企业配送成本。推动农村电商与物流融合,能够实现电商企业和物流公司“双赢”。文章以蒙阴县为例,介绍了蒙阴县电商与物... 电商与物流相辅相成,高效、便捷的物流配送体系能够支撑农村电商蓬勃发展,而农村电商产业也能利用集群优势降低物流企业配送成本。推动农村电商与物流融合,能够实现电商企业和物流公司“双赢”。文章以蒙阴县为例,介绍了蒙阴县电商与物流产业的发展现状,概述了两者融合在降低农村电商运营成本、增加物流企业经营利润、提供更多就业岗位等方面的优势。并从实际出发,提出了加大政府扶持力度、完善物流配送体系、提高电商服务水平以及建立联配联送机制等对策,为新时期的农村电商与物流产业融合发展提供了一定帮助。 展开更多

关键词 农村电商 乡村振兴 物流配送网络 联配联送机制

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木马网络通信特征提取模型的设计与实现 被引量：3

14

作者 邢云冬 刘胜利 《计算机工程与设计》 CSCD 北大核心 2010年第20期4382-4384,4446,共4页

由于木马等窃密型恶意程序对网络安全的危害性日益增加,为了提高网络入侵检测系统对木马的检测效果,研究分析了木马的网络通信形式和特点,结合一种改进的序列联配算法,设计并实现了一个木马网络通信特征自动提取模型。该模型提高了对木... 由于木马等窃密型恶意程序对网络安全的危害性日益增加,为了提高网络入侵检测系统对木马的检测效果,研究分析了木马的网络通信形式和特点,结合一种改进的序列联配算法,设计并实现了一个木马网络通信特征自动提取模型。该模型提高了对木马通信特征进行分析的自动化程度和准确性,实例测试表明了该模型的实用性和有效性。 展开更多

关键词 特洛伊木马 网络通信 入侵检测 序列联配 特征提取

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基于虚拟蜜罐技术的互联网攻击特征提取与安全防御 被引量：3

15

作者 苏延平 《重庆科技学院学报（自然科学版）》 CAS 2021年第5期102-106,112,共6页

针对传统被动网络防御技术存在的攻击识别准确率低、误判率高、特征提取效率低等问题,提出了基于虚拟蜜罐的攻击特征提取方法和防御策略。在本地服务器网络中布置多个蜜罐,形成具有完整拓扑结构的防御密网,以提高对攻击数据样本的捕获能... 针对传统被动网络防御技术存在的攻击识别准确率低、误判率高、特征提取效率低等问题,提出了基于虚拟蜜罐的攻击特征提取方法和防御策略。在本地服务器网络中布置多个蜜罐,形成具有完整拓扑结构的防御密网,以提高对攻击数据样本的捕获能力;对网络攻击序列的特征提取,采用字符串全局联配方法判断攻击数据的性质和类别;为了提高特征提取效率,基于层级式比对方法提升算法的效率。实验结果表明,针对不同的攻击类型,密网技术可以获得更稳定的特征匹配结果和更高的安全防御指标值。 展开更多

关键词 虚拟蜜罐 互联网攻击 特征提取 全局联配

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基于最优树联配的正则表达式学习算法 被引量：3

16

作者 邓绪斌 《复旦学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期797-802,共6页

由于正则表达式(RE)被广泛用于信息抽取、模式学习和生物序列分析等领域,因此开发能够从正样例集学习RE的算法很有实际意义.为克服现有RE学习算法在所学RE类型、样例数目和样例类型等方面存在的限制,基于最优树联配原理提出了一种基于... 由于正则表达式(RE)被广泛用于信息抽取、模式学习和生物序列分析等领域,因此开发能够从正样例集学习RE的算法很有实际意义.为克服现有RE学习算法在所学RE类型、样例数目和样例类型等方面存在的限制,基于最优树联配原理提出了一种基于树结构的RE学习算法.该算法的特点包括:采用自适应方法自动选择最优代价阈值;对所学RE类型、样例数目和样例类型等限制很少,因此适合于绝大多数RE应用.实验表明,该算法在所学结果 RE的实用性方面优于现有RE学习算法. 展开更多

关键词 最优树联配 正则表达式 样例集 分析树

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基于SVM和序列联配的攻击特征提取方法 被引量：2

17

作者 刘卫国 胡勇刚 《中南大学学报（自然科学版）》 EI CAS CSCD 北大核心 2012年第11期4328-4332,共5页

针对序列联配应用于攻击特征提取时的碎片和噪声干扰问题,采用SVM分类器将多攻击样本转换成单一攻击样本,以减少联配过程中的噪声序列;在两序列联配Smith-Waterman算法的基础上,改变空位罚分方式,引入连续匹配字符奖励,提出一种改进的Sm... 针对序列联配应用于攻击特征提取时的碎片和噪声干扰问题,采用SVM分类器将多攻击样本转换成单一攻击样本,以减少联配过程中的噪声序列;在两序列联配Smith-Waterman算法的基础上,改变空位罚分方式,引入连续匹配字符奖励,提出一种改进的Smith-Waterman(ISW)算法。结合SVM分类器与ISW算法构建攻击特征提取模型。研究结果表明:该模型的联配结果能准确地表达攻击特征,降低检测系统的误报率。 展开更多

关键词 入侵检测 攻击特征自动提取 支持向量机 序列联配 SMITH-WATERMAN算法

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基于HPM模型的Smith-Waterman算法并行优化 被引量：2

18

作者 李玉岗 刘志勇 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期56-58,共3页

用于生物序列联配的Smith Waterman算法在生物信息学中有着重要的意义,但是,算法需要的空间复杂度和时间复杂度都是O(mn),极大地限制了算法的应用。该文从并行计算模型HPM出发,从通信、存储两方面对Smith Waterman算法进行分析,提出了针... 用于生物序列联配的Smith Waterman算法在生物信息学中有着重要的意义,但是,算法需要的空间复杂度和时间复杂度都是O(mn),极大地限制了算法的应用。该文从并行计算模型HPM出发,从通信、存储两方面对Smith Waterman算法进行分析,提出了针对CoSMPs系统的分层的分块行流水并行算法,并通过计算不同规模的长序列进行验证,实验结果与理论分析一致。 展开更多

关键词 生物序列联配 动态规划 HPM模型

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用非联配方法预测人类转录调节模体

19

作者 吕军 罗辽复 +1 位作者 张颖 赵巨东 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1044-1050,共7页

通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcriptionregulatoryk-mermotifs,TRKMs)的非联配快速算... 通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcriptionregulatoryk-mermotifs,TRKMs)的非联配快速算法——基于距离的保守k-mer搜索算法(distance-basedconservativek-mersearchingalgorithm,DCKSalgorithm).应用该算法,对人7-mer转录调节模体进行预测,预测结果敏感性为90%,特异性为78%,相关系数为0.65. 展开更多

关键词 转录调节模体 非联配途径 基于距离的保守k-mer搜索算法 二次判别分析

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剖面隐马氏模型训练算法的改进

20

作者 王斌宾 史定华 《应用数学与计算数学学报》 2006年第1期26-32,共7页

利用剖面隐马氏模型获得多序列联配,一般需要经过初始化、训练、联配三个过程．然而,目前广泛采用的Baum-Welch训练算法假设各条可观察序列互相独立,这与实际情况有所不符．本文对剖面隐马氏模型,给出可观察序列在互相不独立情况下的改... 利用剖面隐马氏模型获得多序列联配,一般需要经过初始化、训练、联配三个过程．然而,目前广泛采用的Baum-Welch训练算法假设各条可观察序列互相独立,这与实际情况有所不符．本文对剖面隐马氏模型,给出可观察序列在互相不独立情况下的改进Baum-Welch算法,在可观察序列两种特殊情况下(互相独立和一致依赖),得到了改进算法的具体表达式,讨论了一般情况下权重的选取方法．最后通过一个具体的蛋白质家族的多序列联配来说明改进算法的效果． 展开更多

关键词 剖面隐马氏模型 Baum—Welch算法 多序列联配 可观察序列的相依性

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