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基于基因组数据分析的细菌耐药基因识别与表型预测
被引量:
1
1
作者
周秀娟
何逸尘
+2 位作者
张利达
崔妍
史贤明
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期432-442,共11页
利用基因组数据和生物信息学分析方法,快速鉴定耐药基因并预测耐药表型,为细菌耐药状况监测提供了有力辅助手段。目前,已有的数十个耐药数据库及其相关分析工具这些资源为细菌耐药基因的识别以及耐药表型的预测提供了数据信息和技术手...
利用基因组数据和生物信息学分析方法,快速鉴定耐药基因并预测耐药表型,为细菌耐药状况监测提供了有力辅助手段。目前,已有的数十个耐药数据库及其相关分析工具这些资源为细菌耐药基因的识别以及耐药表型的预测提供了数据信息和技术手段。随着细菌基因组数据的持续增加以及耐药表型数据的不断积累,大数据和机器学习能够更好地建立耐药表型与基因组信息之间的相关性,因此,构建高效的耐药表型预测模型成为研究热点。本文围绕细菌耐药基因的识别和耐药表型的预测,针对耐药相关数据库、耐药特征识别理论与方法、耐药数据的机器学习与表型预测等方面展开讨论,以期为细菌耐药的相关研究提供手段和思路。
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关键词
细菌
耐药
耐药
数据库
生物信息学
耐药
基因识别
耐药
表型预测
原文传递
我国动物源细菌耐药性监测系统简介
被引量:
21
2
作者
张纯萍
宋立
+1 位作者
吴辰斌
徐士新
《中国动物检疫》
CAS
2017年第3期34-38,共5页
本文介绍了我国动物源细菌耐药性监测网络的组成和主要内容,详细阐述了其过程控制,包括采样、细菌分离鉴定和耐药性检测、耐药性检测结果汇总分析等,并介绍了我国取得的成就,如建立了动物源细菌耐药性监测技术平台和耐药性细菌资源库、...
本文介绍了我国动物源细菌耐药性监测网络的组成和主要内容,详细阐述了其过程控制,包括采样、细菌分离鉴定和耐药性检测、耐药性检测结果汇总分析等,并介绍了我国取得的成就,如建立了动物源细菌耐药性监测技术平台和耐药性细菌资源库、创建了具有自主知识产权的动物源细菌耐药性数据库、摸清了我国动物源细菌的耐药性状况等。针对我国动物源细菌的耐药现状,提出了应对措施,包括规范我国兽用抗菌药物饲料添加剂的使用、加强动物处方药的管理并建立治疗用抗菌药物的分级管理制度、持续开展畜禽细菌耐药性动态监测等。
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关键词
动物源细菌
细菌
耐药
耐药
性监测系统
耐药
性
数据库
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职称材料
高通量测序技术在细菌耐药中的应用
被引量:
5
3
作者
陈慧娟
刘琪琦
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期865-874,共10页
细菌耐药已成为威胁全球人类公共健康的重要因素之一,快速、准确明确细菌耐药的特性、机制及传播特征对疾病治疗及控制耐药菌的传播具有重要意义。高通量测序技术可以同时平行检测多个基因序列的状态,已广泛应用于细菌耐药检测。目前高...
细菌耐药已成为威胁全球人类公共健康的重要因素之一,快速、准确明确细菌耐药的特性、机制及传播特征对疾病治疗及控制耐药菌的传播具有重要意义。高通量测序技术可以同时平行检测多个基因序列的状态,已广泛应用于细菌耐药检测。目前高通量测序技术在细菌耐药领域的应用主要有:全基因组测序技术、目标区域测序技术和宏基因组测序技术。所采用的测序平台主要为Illumina、Ion Torrent、BGI等二代测序和Pacific Biosciences、Oxford Nonopore等三代测序平台。通过细菌耐药基因预测细菌耐药表型的准确性在很大程度上依赖于成熟的专业耐药基因数据库,各种通用型、特异型及隐马尔可夫模型耐药基因数据库的建立和完善,为高通量测序技术在细菌耐药领域的应用提供了坚实的基础。本文简要介绍了高通量测序技术、数据分析方法及相应测序平台在细菌耐药领域中的应用进展,并同时介绍了细菌耐药数据库的现状。
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关键词
高通量测序技术
测序平台
细菌
耐药
耐药
基因
耐药
基因
数据库
下载PDF
职称材料
题名
基于基因组数据分析的细菌耐药基因识别与表型预测
被引量:
1
1
作者
周秀娟
何逸尘
张利达
崔妍
史贤明
机构
上海交通大学农业与生物学院、中美食品安全联合研究中心微生物代谢国家重点实验室
上海健康医学院健康与公共卫生学院
出处
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期432-442,共11页
基金
国家重点研发计划(2019YFE0119700)。
文摘
利用基因组数据和生物信息学分析方法,快速鉴定耐药基因并预测耐药表型,为细菌耐药状况监测提供了有力辅助手段。目前,已有的数十个耐药数据库及其相关分析工具这些资源为细菌耐药基因的识别以及耐药表型的预测提供了数据信息和技术手段。随着细菌基因组数据的持续增加以及耐药表型数据的不断积累,大数据和机器学习能够更好地建立耐药表型与基因组信息之间的相关性,因此,构建高效的耐药表型预测模型成为研究热点。本文围绕细菌耐药基因的识别和耐药表型的预测,针对耐药相关数据库、耐药特征识别理论与方法、耐药数据的机器学习与表型预测等方面展开讨论,以期为细菌耐药的相关研究提供手段和思路。
关键词
细菌
耐药
耐药
数据库
生物信息学
耐药
基因识别
耐药
表型预测
Keywords
bacterial antibiotic resistance
antibiotic resistance database
bioinformatics
identification of antibiotic resistance genes
prediction of antibiotic resistance phenotypes
分类号
Q933 [生物学—微生物学]
原文传递
题名
我国动物源细菌耐药性监测系统简介
被引量:
21
2
作者
张纯萍
宋立
吴辰斌
徐士新
机构
中国兽医药品监察所
出处
《中国动物检疫》
CAS
2017年第3期34-38,共5页
基金
国家自然科学基金"农业部动物源细菌耐药性监测计划"(31302142)
文摘
本文介绍了我国动物源细菌耐药性监测网络的组成和主要内容,详细阐述了其过程控制,包括采样、细菌分离鉴定和耐药性检测、耐药性检测结果汇总分析等,并介绍了我国取得的成就,如建立了动物源细菌耐药性监测技术平台和耐药性细菌资源库、创建了具有自主知识产权的动物源细菌耐药性数据库、摸清了我国动物源细菌的耐药性状况等。针对我国动物源细菌的耐药现状,提出了应对措施,包括规范我国兽用抗菌药物饲料添加剂的使用、加强动物处方药的管理并建立治疗用抗菌药物的分级管理制度、持续开展畜禽细菌耐药性动态监测等。
关键词
动物源细菌
细菌
耐药
耐药
性监测系统
耐药
性
数据库
Keywords
bacteria from food animals
drug resistance
antimicrobial resistance monitoring system
database ofdrug resistance
分类号
S852.61 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
高通量测序技术在细菌耐药中的应用
被引量:
5
3
作者
陈慧娟
刘琪琦
机构
北京工业大学环境与生命学部生命科学与化学学院生物医学工程系
军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第7期865-874,共10页
文摘
细菌耐药已成为威胁全球人类公共健康的重要因素之一,快速、准确明确细菌耐药的特性、机制及传播特征对疾病治疗及控制耐药菌的传播具有重要意义。高通量测序技术可以同时平行检测多个基因序列的状态,已广泛应用于细菌耐药检测。目前高通量测序技术在细菌耐药领域的应用主要有:全基因组测序技术、目标区域测序技术和宏基因组测序技术。所采用的测序平台主要为Illumina、Ion Torrent、BGI等二代测序和Pacific Biosciences、Oxford Nonopore等三代测序平台。通过细菌耐药基因预测细菌耐药表型的准确性在很大程度上依赖于成熟的专业耐药基因数据库,各种通用型、特异型及隐马尔可夫模型耐药基因数据库的建立和完善,为高通量测序技术在细菌耐药领域的应用提供了坚实的基础。本文简要介绍了高通量测序技术、数据分析方法及相应测序平台在细菌耐药领域中的应用进展,并同时介绍了细菌耐药数据库的现状。
关键词
高通量测序技术
测序平台
细菌
耐药
耐药
基因
耐药
基因
数据库
Keywords
high throughput sequencing
sequencing platform
antimicrobial resistance(AMR)
antibiotic resistance genes
antimicrobial resistance database
分类号
R73 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于基因组数据分析的细菌耐药基因识别与表型预测
周秀娟
何逸尘
张利达
崔妍
史贤明
《微生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
原文传递
2
我国动物源细菌耐药性监测系统简介
张纯萍
宋立
吴辰斌
徐士新
《中国动物检疫》
CAS
2017
21
下载PDF
职称材料
3
高通量测序技术在细菌耐药中的应用
陈慧娟
刘琪琦
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
5
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职称材料
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