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湘西盲高原鳅群体同工酶分析 被引量：10
1
作者 贺刚 何力 +3 位作者 许映芳 王雪光 李晓莉 张征 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期2037-2041,共5页
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)对洞穴鱼类——湘西盲高原鳅(Triplophysa xiangxiensis)群体遗传多样性进行了研究。对其肌肉、心脏、肝脏、脑、脾脏和肾脏等6种组织中的乳酸脱氢酶(LDH)、苹果酸脱氢酶(MDH)、苹果酸酶(ME)、酯酶(EST)、... 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)对洞穴鱼类——湘西盲高原鳅(Triplophysa xiangxiensis)群体遗传多样性进行了研究。对其肌肉、心脏、肝脏、脑、脾脏和肾脏等6种组织中的乳酸脱氢酶(LDH)、苹果酸脱氢酶(MDH)、苹果酸酶(ME)、酯酶(EST)、醇脱氢酶(ADH)、谷氨酸脱氢酶(GDH)和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G-6-PDH)等7种同工酶进行分析,检测到26个座位,其中多态座位4个(Ldh-3、Ldh-4、s-Mdh、m-Mdh),多态座位比例为15.38%,观察杂合度0.0398,预期杂合度0.0411,Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)为-0.0316,存在杂合子缺失。结果表明,湘西盲高原鳅群体群体遗传多样性较低,纯合度较高。 展开更多
关键词 湘西盲高原鳅 同工酶 群体遗传分析
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基于简化基因组技术的云南蓝果树群体遗传分析 被引量：8
2
作者 张珊珊 康洪梅 杨文忠 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期899-907,共9页
极小种群野生植物云南蓝果树是国家和云南省实施极小种群野生植物保护工程的代表性物种。为有效保护其遗传资源,本研究通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析现存群体的遗传结构和遗传多... 极小种群野生植物云南蓝果树是国家和云南省实施极小种群野生植物保护工程的代表性物种。为有效保护其遗传资源,本研究通过二代测序技术,对其进行简化基因组测序,开发一批特异性高的单核苷酸多态性标记,分析现存群体的遗传结构和遗传多样性。经过遗传变异检测,本次研究中共获得SNP位点98498个,通过样品最低测序深度>2,样品缺失率<0.5,次要基因型频率(MAF)>0.05筛选以后,得到有效SNP位点6309个。基于过滤后的SNP,运用生物信息学分析方法,对云南蓝果树完成了群体的遗传分析,其中:系统进化树分析将云南蓝果树划分为3大类,研究分析了云南蓝果树各分类的私人等位基因数目(Private)、平均观测杂合度(H o)、平均期望杂合度(H e)、核苷酸多样性(π)和平均近交系数(F IS)5个遗传多样性参数;群体结构和主成分分析进一步证明了,云南蓝果树现存植株之间亲缘关系较远,遗传多样性差异较大,具有很高的遗传资源保存价值。本研究结果将为基于遗传管理的云南蓝果树就地保护、遗传资源保存和种群重建等保护工程提供科学依据。 展开更多
关键词 云南蓝果树 简化基因组测序 SNP 群体遗传分析 遗传管理
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CAPN1基因遗传变异及其对牛肉质性状的效应分析 被引量：7
3
作者 武秀香 施雪奎 +4 位作者 吴海涛 毛永江 杨章平 李俊雅 高会江 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1466-1473,共8页
【目的】探索钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异,以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体... 【目的】探索钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异,以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。【方法】采用PCR-SSCP技术对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因Exon11-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用SPSS17.0软件中的GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性。【结果】发现了CAPN1基因DNA序列中的两个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型。相关分析表明,A4558G位点GG基因型个体剪切力和大理石花纹评分显著低于AG和AA型个体(P<0.05);C4684T位点TT基因型个体剪切力显著低于CT型个体(P<0.05)。组合基因型分析表明,GGTT组合剪切力显著低于CCAA、CTAG和CTAA(P<0.05),大理石花纹评分显著低于其它基因型组合(P<0.05),脂肪颜色评分显著高于AGTT(P<0.05),其余指标间无显著差异(P<0.05)。【结论】初步推测CAPN1基因A4558G和C4684T的位点,可以作为牛肉嫩度和大理石花纹评分的遗传标记。 展开更多
关键词 钙蛋白酶1基因 群体遗传分析 肉质性状 SNP
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基于高密度SNP数据的东亚人群遗传结构研究 被引量：1
4
作者 顾佳琪 江丽 +3 位作者 徐景怡 王寒 魏以梁 李彩霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2739-2752,共14页
目的东亚疆域辽阔,民族众多,有着广泛多样的语言。中国34个省级行政区可划分为7个地理分区,人群主要分属世界七大语系。已有研究主要集中在东亚人群的起源、迁徙、融合等遗传历史。本文基于5147份世界人群个体的高密度单核苷酸多态性(S... 目的东亚疆域辽阔,民族众多,有着广泛多样的语言。中国34个省级行政区可划分为7个地理分区,人群主要分属世界七大语系。已有研究主要集中在东亚人群的起源、迁徙、融合等遗传历史。本文基于5147份世界人群个体的高密度单核苷酸多态性(SNP)数据,从地域及语言两个角度研究东亚人群尤其是中国人群与世界其他人群的遗传关系,研究中国人群的遗传关系和遗传结构。方法收集了5147份世界人群个体的高密度SNP数据,并对其进行质控、合并。通过频率差异分析方法对最终获得的32789个SNP进行统计学检验,并进一步使用主成分分析、系统发育树、祖先成分分析和D检验统计等方法,对东亚人群与世界其他人群的遗传关系,以及中国人群的遗传关系和遗传结构进行研究。结果研究发现东亚人群与非洲、美洲和欧洲人群存在显著差异。中国人群可分为7个亚群,不同人群间的遗传聚类与其地理分布、语系语族和族源历史有很强的相关性。结论本文研究了中国人群与世界人群的遗传关系和差异,并系统研究了中国人群的遗传亚结构。这将丰富东亚人群的群体遗传学、法医遗传学等研究基础,为个体化医疗等工作提供数据支撑。 展开更多
关键词 群体遗传分析 法医遗传学 东亚人群 遗传关系
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基于线粒体细胞色素b基因序列的新安江流域温州光唇鱼群体遗传研究 被引量：4
5
作者 周华兴 胡玉婷 +3 位作者 段国庆 凌俊 江河 潘庭双 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2019年第2期43-50,共8页
为了解新安江流域温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)的群体遗传变异规律,本研究采集6个不同地理群体共170个体,采用线粒体基因组细胞色素b(mtDNA Cyt b)测序方法,研究群体遗传结构以及群体变化的历史动态。研究显示,温州光唇鱼... 为了解新安江流域温州光唇鱼(Acrossocheilus wenchowensis)的群体遗传变异规律,本研究采集6个不同地理群体共170个体,采用线粒体基因组细胞色素b(mtDNA Cyt b)测序方法,研究群体遗传结构以及群体变化的历史动态。研究显示,温州光唇鱼不同地理群体间的遗传多样性差异较大,整体遗传多样性水平较低。群体间检测到了不同程度的遗传分化,但由于分化时间较短(上新世晚期),分子遗传变异主要来自于群体内。温州光唇鱼约于335万年前发生过群体扩张事件。群体扩张时,全球处于末次冰川时期的早期,群体的扩张并未受到低温的影响,因此,推测新安江流域可能是潜在的冰期避难所。祖籍地重建分析结果表明,新安江流域温州光唇鱼起源于率水上游和练江上游,经过一系列的群体扩散–隔绝–分化事件,形成现今的分布。原种的鉴定为新安江流域光唇鱼群体保育工作提供理论依据。 展开更多
关键词 新安江流域 温州光唇鱼 MTDNA CYTB 群体遗传分析
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部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性 被引量：3
6
作者 张彩霞 吴建平 +4 位作者 赵生国 蔡原 李天科 张娟 雷赵民 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期14-19,共6页
通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜... 通过研究部分肉牛类群CAPN1基因第9外显子多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉牛生产性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程,提高肉牛生产性能提供参考。采用PCR-SSCP技术对早胜牛(庆阳类群、平凉类群)、南杂牛(南德温牛×早胜牛庆阳类群)、秦杂牛(秦川牛×早胜牛平凉类群)、西杂牛(西门塔尔牛×早胜牛平凉类群)、荷斯坦奶公牛和澳洲黑牛共391头个体的CAPN1基因外显子9进行遗传变异检测,运用SPSS17.0软件分析早胜牛平凉类群遗传变异与肉质性状的关联性。结果表明,CAPN1基因第9外显子存在突变位点G458C,并检测到GG、GC和CC 3种基因型。相关性分析表明,CAPN1的G458C位点与pH、剪切力和滴水损失差异显著相关(P<0.05),CC基因型剪切力和滴水损失显著低于GG和GC型(P<0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,推测CAPN1基因的突变位点G458C可以作为牛肉嫩度的遗传标记。 展开更多
关键词 肉牛 CAPN1基因 SNP 群体遗传分析 肉质性状
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安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性和遗传结构研究 被引量：2
7
作者 张烨 凌俊 +4 位作者 段国庆 胡玉婷 潘庭双 周华兴 江河 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2019年第3期383-388,共6页
为探究安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性差异和遗传分化水平,研究采集了安徽长江、新安江流域的4个地理群体,共142个河川沙塘鳢样本。选择线粒体基因作为分子标记,进行测序与分析。结果显示,标记全长1 291 bp,包含52个变异位点,定... 为探究安徽河川沙塘鳢不同地理群体遗传多样性差异和遗传分化水平,研究采集了安徽长江、新安江流域的4个地理群体,共142个河川沙塘鳢样本。选择线粒体基因作为分子标记,进行测序与分析。结果显示,标记全长1 291 bp,包含52个变异位点,定义了15个单倍型。4个群体总体遗传多样性水平远高于群体内遗传多样性水平,分子变异主要来源于群体间。所有群体形成了3个反映物种的地理分布关系的支系,且未曾发生过扩张。河川沙塘鳢群体间的分化程度很高,具有较高的保护和选育价值。 展开更多
关键词 河川沙塘鳢 不同地理群体 线粒体基因标记 群体遗传分析
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牛CAPN1基因遗传变异及其对胴体性状的效应分析 被引量：2
8
作者 武秀香 杨章平 +3 位作者 毛永江 施雪奎 黄必志 王安奎 《安徽农业科学》 CAS 2015年第29期54-56,共3页
[目的]探讨钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。[方法]采用PCR-SSCP对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因... [目的]探讨钙蛋白酶1(CAPN1)基因在中国黄牛不同群体中的变异以及CAPN1基因作为影响牛肉质性状候选基因的可能性,寻找与牛肉质性状相关的分子标记。[方法]采用PCR-SSCP对雷琼牛、云南高峰牛、BMY牛与中国西门塔尔牛共367个个体CAPN1基因Exon11-Exon16与Intron21遗传变异检测,运用GLM模型分析检测到的遗传变异与中国西门塔尔牛部分肉质性状的关联性。[结果]发现CAPN1基因DNA序列中的2个突变位点A4558G和C4684T,分别检测到AA/AG/GG和CC/CT/TT 3种基因型,优势基因分别为A和G。效应分析结果表明,A4558G多态对骨重、胴体产肉率及肉骨比性状效应显著(P<0.05),C4684T多态对宰前活重、净肉重、胴体重、头重、骨重、前蹄重、网膜油重及肠系膜油重性状效应显著(P<0.05)。[结论]CAPN1基因可以作为肉牛胴体性状的主效基因或与主效基因相连锁的一个标记。 展开更多
关键词 钙蛋白酶1基因 群体遗传分析 胴体性状 SNP
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CALCA基因遗传变异及其与肉质性状关联分析 被引量：1
9
作者 张彩霞 赵生国 +1 位作者 李天科 雷赵民 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2014年第5期114-118,共5页
旨在分析早胜牛及其杂交牛CALCA基因第4外显子的多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉质性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程提供参考。利用PCR-SSCP技术对早胜牛、南杂牛、秦杂牛和西杂牛共362个个体的CALCA基因第4外显子进行了... 旨在分析早胜牛及其杂交牛CALCA基因第4外显子的多态性及其与肉质性状的相关性,发现与肉质性状相关的分子标记,为加快肉牛选育进程提供参考。利用PCR-SSCP技术对早胜牛、南杂牛、秦杂牛和西杂牛共362个个体的CALCA基因第4外显子进行了遗传变异检测,并运用SPSS 17.0软件对早胜牛(平凉类群)遗传变异与经济性状关联性进行了分析。结果表明,CALCA基因第4外显子存在2个突变位点T3237A和G3289A,并检测到AA和AB2种基因型。相关性分析表明,CALCA基因突变位点与剪切力、眼肌面积、热胴体重和熟肉率显著相关(P<0.05),AA基因型个体剪切力、热胴体重和熟肉率显著高于AB基因型个体(P<0.05),而AB基因型个体眼肌面积显著高于AA基因型个体(P<0.05),其他性状在各基因型间差异不显著。因此,初步推测CALCA基因的突变位点可以作为评定早胜牛肉质性状的遗传标记。 展开更多
关键词 肉牛 CALCA基因 SNP 群体遗传分析 肉质性状
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