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基于生物信息学分析参与结核病的关键基因和通路 被引量：3
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作者 吴茜 宋兴勃 +2 位作者 钟慧钰 温阳 应斌武 《华西医学》 CAS 2019年第9期1033-1041,共9页
目的探索结核病的发病机制,为结核病的早期诊断和治疗评估提供新思路。方法从基因表达数据库中获取GSE54992基因表达谱,使用美国国立生物技术信息中心在线实验室筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),并使用基因本体论... 目的探索结核病的发病机制,为结核病的早期诊断和治疗评估提供新思路。方法从基因表达数据库中获取GSE54992基因表达谱,使用美国国立生物技术信息中心在线实验室筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),并使用基因本体论分析、代谢通路分析(pathway分析)、基因信号网络分析、共表达分析的方法对所获得基因进行分析。结果与健康对照相比,在结核病患者中筛选出共3 492个DEG。其中,1 686个基因上调,1 806个基因下调;DEG主要涉及小分子代谢过程、信号转导、免疫反应、炎症反应、先天免疫反应等方面,pathway分析发现主要通路涉及趋化因子信号通路、肺结核、核因子kappa-B信号通路、细胞因子受体相互作用等方面;基因信号网络分析发现核心基因为AKT3、PLCB1、MAPK8、NFKB1;共表达网络分析推测核心基因为PYCARD、TNFSF13、PHPT1、COMT、GSTK1。结论 AKT3、PYCARD、IRG1、CD36等基因及其相关的生物过程可能是结核发生发展过程中的重要参与者,生物信息学有助于全面深入研究疾病发生机制,筛选可能的核心靶点,为临床诊断及治疗结核提供参考。 展开更多
关键词 生物信息学 结核 基因表达数据库 美国国立生物技术信息中心
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基于DNA条形码技术的俄罗斯特色药用植物资源调查 被引量：4
2
作者 罗凌龙 张弛 +5 位作者 邓博 赵保胜 张耀圣 邵远洋 晋小雁 王学勇 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期175-180,共6页
目的:调查俄罗斯高加索、阿尔泰野外地区药用植物的分布现状,明确该地区药用植物的种类、功效信息,深入挖掘一带一路沿线国家地区的药用植物新资源、新功效。方法:在野外搜寻并采集药用植物制成蜡叶标本运回国,提取腊叶标本的植物总DNA... 目的:调查俄罗斯高加索、阿尔泰野外地区药用植物的分布现状,明确该地区药用植物的种类、功效信息,深入挖掘一带一路沿线国家地区的药用植物新资源、新功效。方法:在野外搜寻并采集药用植物制成蜡叶标本运回国,提取腊叶标本的植物总DNA,使用内转录间隔区(ITS)序列通用引物进行聚合酶链式反应(PCR)扩增,PCR产物送双向测序,测序结果经软件进行拼接,根据美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库BLAST所获相似度最高物种的同属ITS序列,经DNAman软件对待鉴定物种的ITS序列和同属ITS序列进行相似度分析,利用MEGA 7软件作进化树,采用Kimura-2参数遗传距离,采用邻接法构建邻接法(NJ)系统树,发育树各分支的置信度用自举检验法检验,共进行2 000次循环,根据聚类结果进行鉴定。在此基础上对俄罗斯高加索、阿勒泰野外地区的重点药用植物进行归纳与分析。结果:经过NCBI数据库BLAST比对,各标本ITS序列与NCBI数据库上登录序列聚为一支,与外类群明显分开,结合植物标本性状特征,确定了待鉴定标本的种属分类。该次野外收集的标本中共鉴定出51种植物,覆盖17科44属,有明确功效记载的植物共有29种。查阅俄罗斯联邦国家药品目录和《中国药典》,分析国内常用药用植物,总结出20种中俄常见药材其在当地具有不同药用功效。该研究对扩大中药用药范围和临床经验具有重要的借鉴意义,也为当地加强物种保护和开发利用野生药用植物资源提供了依据。 展开更多
关键词 药用植物 内转录间隔区序列 DNA条形码 美国国立生物技术信息中心数据库
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