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题名基因调控网络的模块化组织研究
被引量：2
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作者
王正华
刘齐军
朱云平
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机构
国防科技大学并行与分布处理国家重点实验室
军事医学科学院放射医学研究所北京蛋白质组研究中心蛋白质组学国家重点实验室
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出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第1期20-27,共8页
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基金
国家重点基础研究发展规划(973计划)项目(编号:2006CB910706、2006CB910800)
国家高技术研究发展计划项目(863计划)(编号:2006AA02A312)
国家自然科学基金(编号:30621063,60603054)项目资助~~
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文摘
基因调控网络表现的是大量基因受到转录因子的调控而最终转录翻译为蛋白质进而实现生物功能的复杂信息,是人们理解生物过程和基因功能的重要内容。为了理解基因调控网络中的调控机理,网络的拓扑结构及其组织方式是极其重要的研究内容之一。它不仅能说明网络的局部特征,并且能揭示调控网络的构造方法,同时还能对调控信号通路进行全面系统的分析。调控网络可分为4层结构:调控元件、Motif、模块和整个网络。当前,这种层次结构受到人们越来越多的认可。文中重点讨论motif和模块两层,比较分析了近年来对网络组织结构的多方面研究内容,阐述了各个研究结果与结论具有的生物学意义,并指出了其中存在的问题。在此基础上,文中还针对这些问题提出了可能存在的研究方向,并展望了基因调控网络模块化组织的研究前景。
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关键词
基因调控网络
网络motif
网络模块
模块化组织
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Keywords
gene regulatory network
network motif
network module
modular organization
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分类号
Q3
[生物学—遗传学]
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题名生物复杂网络motif发现的并行算法
被引量：2
- 2
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作者
杨伏长
朱嘉富
孙佳敏
谢江
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机构
上海大学计算机工程与科学学院
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出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2019年第1期72-77,共6页
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基金
国家重点研发计划重点专项(2017YFB0701501)
上海市自然科学基金资助项目(17ZR1409900)~~
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文摘
生物复杂网络motif发现是一种研究生物网络的重要方法,它基于复杂网络的理论研究,以新的视角来研究生命现象和生命机制,但是在处理较大的网络规模或者需挖掘较大的motif时计算效率低。针对这个问题,在现有串行网络motif发现算法ESU的基础上,提出一种基于消息传递接口(MPI)的并行化ESU算法。该方法在ESU计算过程中优化了节点值以解决节点值依赖问题,并以ESU算法的子图发现策略统计各节点子图数,利用动态规划策略寻找最佳节点分配策略以解决负载不均衡问题。模拟网络数据和真实生物网络数据的实验结果表明,并行化ESU算法优化了节点值依赖问题,实现了基于动态规划的负载均衡策略,其运行时间比串行算法缩短了90%,并且该并行算法对不同类型不同规模的网络都具有较强的适用性,有效地提高了网络motif发现问题的计算效率。
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关键词
网络motif发现
子图枚举
同构比较
并行化
消息传递接口
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Keywords
network motifs discovery
Enumerate SUbgraph(ESU)
homogeneous comparison
parallelization
Message Passing Interface(MPI)
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分类号
TP301.6
[自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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