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白血病患儿和健康儿童TPMT基因多态性检测分析 被引量:8
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作者 陈小文 岳丽杰 +3 位作者 李成荣 李长钢 石红松 张民 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期457-460,共4页
目的研究硫嘌呤甲基转移酶(thiopurine S-methyltransferase,TPMT)基因编码区突变及多态性在急性白血病(acute leukemia,AL)患儿和健康儿童中的分布情况。方法应用逆转录聚合酶链变性梯度凝胶电泳结合DNA直接测序技术,对53例AL... 目的研究硫嘌呤甲基转移酶(thiopurine S-methyltransferase,TPMT)基因编码区突变及多态性在急性白血病(acute leukemia,AL)患儿和健康儿童中的分布情况。方法应用逆转录聚合酶链变性梯度凝胶电泳结合DNA直接测序技术,对53例AL患儿和115名健康儿童的cDNAs进行了TPMT突变及多态性的筛查与鉴定,分析各基因型在两组之间的分布差异。结果在健康儿童组TPM丁中发现2个国内外未见报道的基因突变位点:210C〉T(C70C)和622T〉C(F208L)杂合子各1例,提交至GenBankdbsNP,分别获NCBI—SS序列号:107796292、107795933。鉴定了2种已知的编码区单核苷酸多态性(single—nucleotide polymorphisms within the coding region,cSNPs),474T〉C(11581)即TPMT*1S和719A〉G(T240C)即TPMT*3C在中国AL患儿及健康儿童中的等位基因频率,分别为14.2%,2.83%与17.0%,3.04%,等位基因总频率分别为16.2%,2.99%。两种cSNPs在两组人群的等位基因频率差异无统计学意义。结论发现了两个新的基因突变位点,提供了为预测不同个体间对硫嘌呤类药物潜在敏感性差异的遗传学标志。确定了两种已知cSNPs在中国AL患儿及健康儿童中的基因型分布和等位基因频率,发现它们与白血病的易感性无相关性。 展开更多
关键词 TPMT基因 突变 编码区单核苷酸多态性 梯度凝胶电泳 白血病
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中国急性白血病儿童与正常儿童CDA基因多态性研究 被引量:4
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作者 岳丽杰 陈小文 +3 位作者 李成荣 李长钢 石红松 张民 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期699-702,共4页
目的研究胞苷脱氨酶(cytidine deaminase,CDA)基因编码区单核苷酸多态性(coding single nucleotide polymorphisms,cSNPs)在急性白血病(acute leukemia,AL)患儿和正常中国儿童中的频率分布特征,为探讨CDA变异与AL患者阿糖胞苷化... 目的研究胞苷脱氨酶(cytidine deaminase,CDA)基因编码区单核苷酸多态性(coding single nucleotide polymorphisms,cSNPs)在急性白血病(acute leukemia,AL)患儿和正常中国儿童中的频率分布特征,为探讨CDA变异与AL患者阿糖胞苷化疗效应之间可能的相关性及肿瘤化疗个体化提供理论依据。方法采用变性梯度凝胶电泳、限制性片段长度多态性分析及DNA序列测定等方法对87例AL患儿和199名正常儿童的DNA进行了CDAcSNPs的筛查与鉴定,分析各基因型在两组之间的分布差异。结果在中国儿童CDA中鉴定了3种已知的cSNPs,即79A〉C(K27Q)、208G〉A(A70T)和435T〉C,其等位基因频率分别是12.1%、0.52%和76.2%。这些多态性与白血病的易感性无相关性。结论确定了中国儿童CDA中存在3种cSNPs以及各自的基因型分布和等位基因频率。提供了为预测不同个体间对脱氧胞苷同系物潜在敏感性差异的遗传学标志。 展开更多
关键词 胞苷脱氨酶基因 编码区单核苷酸多态性 梯度凝胶电泳 白血病
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应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP遗传标记
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作者 陶瑞旸 王守宇 +2 位作者 袁春艳 夏若成 李成涛 《法医学杂志》 CAS CSCD 2023年第5期465-470,共6页
目的探讨基于SNaPshot技术的精液特异性编码区单核苷酸多态性(coding region single nucleo⁃tide polymorphism,cSNP)遗传标记检测在精液(斑)溯源及混合体液(斑)鉴定中的可行性。方法制备16例精液斑和11例精液-静脉血混合斑样本,提取其... 目的探讨基于SNaPshot技术的精液特异性编码区单核苷酸多态性(coding region single nucleo⁃tide polymorphism,cSNP)遗传标记检测在精液(斑)溯源及混合体液(斑)鉴定中的可行性。方法制备16例精液斑和11例精液-静脉血混合斑样本,提取其基因组DNA(genomic DNA,gDNA)和总RNA,并将总RNA逆转录为互补DNA(complementary DNA,cDNA)。在已验证的精液特异性mRNA编码基因上筛选cSNP遗传标记。基于SNaPshot技术构建cSNP复合检测体系并通过CE对样本进行基因分型。结果成功构建了包含5个精液特异性cSNP的复合检测体系。在16例精液样本中,除了位于TGM4基因上的cSNP在cDNA的检测结果中出现等位基因丢失外,其余cSNP的gDNA和cDNA分型结果高度一致。检测精液-静脉血混合斑时,检出的cSNP分型结果均与精液提供者的基因型一致,未受到静脉血提供者基因型的干扰。结论应用SNaPshot技术检测精液特异性cSNP的方法可以应用于法医学精液(斑)的基因分型,并为混合体液(斑)中精液来源个体的判定提供信息。 展开更多
关键词 法医遗传学 体液鉴定 混合斑鉴定 编码区单核苷酸多态性 SNapShot技术 精液
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浅表性膀胱移行细胞癌复发与CDH1基因启动子C/A编码区单核苷酸多态性的关系 被引量:1
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作者 马鑫 张旭 +5 位作者 郑涛 李宏召 张军 傅斌 郎斌 许凯 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期868-870,共3页
目的探讨CDH1基因启动子160C/A编码区单核苷酸多态性(cSNP)和浅表性膀胱移行细胞癌(STCCB)的复发之间的关系。方法健康对照组50例,无复发STCCB组33例,复发STCCB组28例,其中复发组按复发后有无临床分期和病理分级的升高分为进展组(10例)... 目的探讨CDH1基因启动子160C/A编码区单核苷酸多态性(cSNP)和浅表性膀胱移行细胞癌(STCCB)的复发之间的关系。方法健康对照组50例,无复发STCCB组33例,复发STCCB组28例,其中复发组按复发后有无临床分期和病理分级的升高分为进展组(10例)和非进展组(18例);PCRRFLP技术检测各组样本CDH1基因启动子160位点基因型。结果复发STCCB组该位点A等位基因频率(0.66)高于无复发STCCB组(0.48),P<0.05,差异有统计学意义;携带A等位基因的STCCB患者治疗后复发的危险性高于C等位基因携带者,OR值3.54,95%CI为1.52~5.73。结论CDH1基因启动子160A等位基因与浅表性膀胱移行细胞癌的复发密切相关。 展开更多
关键词 编码区单核苷酸多态性 基因启动子 浅表膀胱移行细胞癌 癌复发 PCR-RFLP STCC 等位基因频率 健康对照组 基因携带者 病理分级 临床分期 技术检测 0.05 无复发 B组 基因型 统计学 治疗后 OR值 位点
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大麦Amy32b的遗传多样性及其对α-淀粉酶活性的影响 被引量:3
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作者 姜晓东 张京 郭刚刚 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期823-831,共9页
【目的】通过对Amy32b遗传多样性研究,发掘与α-淀粉酶活性相关的等位变异。【方法】设计能够覆盖Amy32b序列的特异引物,研究该基因在中国大麦的等位变异类型:单核苷酸多态性位点(SNP)及插入(insert)、缺失(delete)等。利用RT-PCR获得Am... 【目的】通过对Amy32b遗传多样性研究,发掘与α-淀粉酶活性相关的等位变异。【方法】设计能够覆盖Amy32b序列的特异引物,研究该基因在中国大麦的等位变异类型:单核苷酸多态性位点(SNP)及插入(insert)、缺失(delete)等。利用RT-PCR获得Amy32b的全长cDNA序列,分别将携带等位变异的全长cDNA和截短cDNA连入表达载体pET-28a(+),并对表达产物进行纯化、活力测定及比较研究。【结果】根据对已公布的Amy32b(x05166)的扩增,发现在基因编码区有一多态性位点G/A(cSNP)和1个A碱基的插入/缺失突变。分别位于Amy32b的碱基序列2 269 bp和2 403 bp,其中,G/A转换导致第355位氨基酸由谷氨酸(E)替换为赖氨酸(K);A碱基插入导致终止密码的形成,引发了碱基片段缺失以及编码氨基酸序列和α-淀粉酶蛋白C端的提前终止。克隆出Amy32b全长和截短cDNA,长度分别为1 314 bp和1 266 bp。酶活性测定结果表明,两种全长重组酶(rAmy32b_A和rAmy32b_G)均具有正常且相同的淀粉酶活性,而截短的突变酶(rΔAmy32b)未能测出淀粉酶活性。【结论】Amy32b的碱基插入/缺失突变形成终止子,引发碱基片段缺失和编码α-淀粉酶C端截短,造成酶活性的丧失;而G/A转换造成的氨基酸替换则对该酶活性没有影响。 展开更多
关键词 大麦 Amy32b 编码区单核苷酸多态性 Α-淀粉酶活
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转录组测序数据中cSNP和表达差异基因的分析方法 被引量:1
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作者 李少波 傅国辉 《上海交通大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期129-133,共5页
目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测... 目的确立本次转录组测序数据中编码区单核苷酸多态性(cSNP)和表达差异基因的分析方法,筛选出可能导致蛋白质功能改变的单核苷酸多态性(SNP)位点和不同表型细胞中存在的表达差异基因。方法对正常培养的胃癌细胞系MKN28和SGC7901进行RNA测序(RNA-Seq),将测序数据与参考基因组进行比对,对测序的reads数、测得的基因数、MKN28和SGC7901中各自表达上调的基因数、SNP数及可变剪接形式进行统计学分析。运用在线的软件和数据库并结合计算机编程,对2株胃癌细胞系转录组测序数据中的SNP进行筛选和功能预测;对2株细胞中表达差异基因GO聚类结果进行分析比较。结果筛选并预测了8种类别709种基因的SNP,分析出了6个经预测能够导致蛋白功能改变的SNP位点。对表达差异基因的分析得到了丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶在2株细胞中的表达情况;经Western blotting和PCR验证了部分分析结果。结论确立了1种转录组测序后cSNP数据的分析方法,该方法能够对大量SNP数据进行高效筛选和分析;通过聚类分析后再比较得到了一组在MKN28中高表达而在SGC7901中低表达的蛋白激酶基因;这些结果为后续实验提供了依据。 展开更多
关键词 编码区单核苷酸多态性 转录组 RNA测序 表达差异基因 胃癌
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大鼠Hrh1基因的编码区单核苷酸多态性研究
7
作者 杨天燕 贺澎 +1 位作者 韦锦斌 王乃平 《广西医科大学学报》 CAS 2009年第5期657-660,共4页
目的:对大鼠Hrh1基因编码区进行单核苷酸多态性(SNP)检测及定位。方法:提取健康SD大鼠全血基因组DNA,聚合酶链式反应(PCR)高保真扩增Hrh1基因的编码区(CDS)全长序列,结合DNA测序方法进行cSNP(codingSNP)筛查。结果:在大鼠Hrh1CDS全长146... 目的:对大鼠Hrh1基因编码区进行单核苷酸多态性(SNP)检测及定位。方法:提取健康SD大鼠全血基因组DNA,聚合酶链式反应(PCR)高保真扩增Hrh1基因的编码区(CDS)全长序列,结合DNA测序方法进行cSNP(codingSNP)筛查。结果:在大鼠Hrh1CDS全长1461bp中,共有4个cSNP位点,分别为:①237位C/T多态;②928位A/G多态;③1041位C/T多态;④1342位A/G多态。其中928位、1342位为非同义cSNP,237位、1041位为同义cSNP。结论:大鼠Hrh1基因编码区内4个cSNP位点中928位A/G多态与1342位A/G多态引起的错义突变,可造成编码氨基酸多肽链一级结构的改变,从而可能影响受体蛋白的特性和功能。大鼠Hrh1928cSNP与1342cSNP可能导致大鼠Hrh1基因遗传多态性,表现出Hrh1受体活性的个体差异。 展开更多
关键词 Hrh1基因 编码区 编码区单核苷酸多态性
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RT-PCR-DGGE检测急性白血病儿童胸苷酸合成酶基因多态性研究
8
作者 陈小文 岳丽杰 +3 位作者 李长钢 李成荣 张民 石红松 《中国当代儿科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期251-254,共4页
目的胸苷酸合成酶(TS)是DNA合成的关键酶,在DNA合成与修复中起重要作用,是叶酸代谢循环中起中心作用的酶类之一,也是以5-氟尿嘧啶(5-FU)为基础化疗的靶酶,TS的遗传多态性在抗白血病等肿瘤疾病5-FU类药物的体内代谢中起着重要作用。该文... 目的胸苷酸合成酶(TS)是DNA合成的关键酶,在DNA合成与修复中起重要作用,是叶酸代谢循环中起中心作用的酶类之一,也是以5-氟尿嘧啶(5-FU)为基础化疗的靶酶,TS的遗传多态性在抗白血病等肿瘤疾病5-FU类药物的体内代谢中起着重要作用。该文研究胸苷酸合成酶基因编码区单核苷酸多态性(cSNP)及基因突变在急性白血病(AL)患儿和正常儿童中的分布情况,以探讨TS基因变异与AL患儿5-FU类药物化疗效应之间可能的相关性。方法应用RT-PCR-变性梯度凝胶电泳(RT-PCR-DGGE)结合DNA直接测序技术,对53例AL患儿和115例正常儿童的cDNAs进行了TS基因cSNP及基因突变的筛查与鉴定,分析各基因型在两组之间的分布差异。结果首次鉴定了儿童TS 381 A>G(E127E)cSNP位点,其在AL患儿及正常儿童中的等位基因频率分别为12.3%,13.5%,与国际SNP文库中12.3%基本一致。该cSNP在两组人群的等位基因频率差异无显著性意义,与白血病的易感性无相关性。研究未发现T349C,G470T及C500T变异。结论采用RT-PCR-DGGE结合DNA测序法首次确定了儿童TS基因存在381 A>G cSNP位点,其等位基因频率为13.1%,基因型分布频率在AL患儿及正常儿童两组人群中差异无显著性。 展开更多
关键词 胸苷合成酶基因 编码区单核苷酸多态性 梯度凝胶电泳 白血病 儿童
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用5′端核酸外切酶法检测基因印迹——编码区单核苷酸多态性
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作者 万谟彬 朱冠山 郑瑞英 《中华医学遗传学杂志》 EI CAS CSCD 2003年第3期225-227,共3页
目的 建立一种快速、高效确认人类基因印迹的新方法。方法 以一对荧光标记探针 ,用 5′端核酸外切酶法结合逆转录 - PCR,分别在人传代淋巴细胞系基因组 DNA和 c DNA水平对一已知印迹基因即核内小核糖核蛋白 N( small nuclear ribonucl... 目的 建立一种快速、高效确认人类基因印迹的新方法。方法 以一对荧光标记探针 ,用 5′端核酸外切酶法结合逆转录 - PCR,分别在人传代淋巴细胞系基因组 DNA和 c DNA水平对一已知印迹基因即核内小核糖核蛋白 N( small nuclear ribonucleotide protein N,SNRPN)中的一编码区单核苷酸多态性( coding single nucleotide polymorphism ,c SNP)位点 rs70 5 ( C/ T)进行 SNP分型。结果 等位基因分辨结果显示 SNRPN只表达一个等位基因。这一结果通过以逆转录 - PCR为基础的限制性片段长度多态性分析 ,得到了进一步证实。家系分析确认被表达的等位基因均来自父亲 ,这与以往的报道一致。结论  c SNP是用 展开更多
关键词 5’端核外切酶法 检测 基因印迹 编码区单核苷酸多态性 胎儿 生长发育 行为发育
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家兔TAS1R2基因与生长发育性状的关联性分析 被引量:1
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作者 杨嵩 沈峻宇 +1 位作者 陈定超 冉强 《四川畜牧兽医》 2015年第3期29-31,34,共4页
TASlR2基因是味觉受体I型家族的第2个成员。本试验采集新西兰兔共417个样本,采用PCR产物直接测序法检测了家兔TASlR2基因上的单核苷酸多态性(SNPs),分析不同基因型与日龄重的遗传效应。研究结果如下:家兔TASlR2基因exon6的c.1581G... TASlR2基因是味觉受体I型家族的第2个成员。本试验采集新西兰兔共417个样本,采用PCR产物直接测序法检测了家兔TASlR2基因上的单核苷酸多态性(SNPs),分析不同基因型与日龄重的遗传效应。研究结果如下:家兔TASlR2基因exon6的c.1581G〉A突变基因型AA极显著影响40日龄、56日龄和84日龄家兔的体重以及35~84日龄的平均日增重(P〈0.01),可考虑将TASlR2基因作为家兔生产性状的候选基因,以期为家兔生长性状标记辅助选择提供理论依据。 展开更多
关键词 TAS1R2基因 基因编码区单核苷酸多态性 生长 平均日增重 关联分析
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