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基于33个遗传多样性水稻材料的泛基因组分析揭示“隐藏”的基因组变异 被引量：24
1
作者 钦鹏 陈薇兰 +1 位作者 王淏 李仕贵 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期275-278,共4页
【目的】基因组结构变异(SV)和基因拷贝数变异(g CNV)是动植物中主要的遗传变异来源,全面准确地鉴定和分析SV和g CNV对挖掘优异等位基因、保障水稻粮食安全具有重要意义。【方法】利用长片段测序数据和基因组装方法(HERA),对31个具有遗... 【目的】基因组结构变异(SV)和基因拷贝数变异(g CNV)是动植物中主要的遗传变异来源,全面准确地鉴定和分析SV和g CNV对挖掘优异等位基因、保障水稻粮食安全具有重要意义。【方法】利用长片段测序数据和基因组装方法(HERA),对31个具有遗传多样性的水稻栽培稻进行了高质量基因组组装,结合日本晴和蜀恢498高质量基因组,进行了系统的基因组比较分析。【结果】共鉴定到171072个非冗余SVs和25549个g CNVs,其中82.8%的PAV未在先前基于短序列测序数据获得的PAV中鉴定到。利用非洲栽培稻CG14作为外群,对发生在亚洲栽培稻群体的SV(d SV)进行了推断,发现大多数d SV位于基因非编码区,以及泛基因组中50%(32668)基因上下游2 kbp区域在32个亚洲栽培稻种至少有一个d SV。进一步结合转录组数据分析发现SVs和g CNVs对调控基因表达量对具有重要作用。对SV形成机制分析发现,SV主要由TEI(转座子插入)和NHEJ(非同源末端连接)两种机制形成,但不同类型SV的主要形成机制有所不同。该研究还构建了水稻中首个图形基因组,结合674份材料的二代测序和叶片早衰数据,发现17.5%的SV与其附近SNP的连锁度非常低,GWAS分析发现一个与叶片早衰显著相关的位点只能被SV检测到。相关研究成果以"Pan-genome analysis of 33 genetically diverse rice accessions reveals hidden genomic variations"为题于2021年5月发表在国际期刊Cell。【结论】提供了一个高质量泛基因组水平的基因组变异资源,将促进水稻的功能基因组和进化生物学研究、优异基因资源发掘和水稻育种。 展开更多
关键词 水稻 泛基因组 高质量基因组 结构性变异 基因拷贝数变异 图形基因组
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基于GIS的鲁东南典型丘陵平原区农田土壤养分空间变异特征及影响因素研究 被引量：11
2
作者 段友春 《中国农学通报》 2021年第23期61-68,共8页
以鲁东南丘陵平原区的某镇为例,利用采集的200个农田表层土壤样点数据,运用地统计学方法研究了土壤中有机质(SOM)、全氮(TN)、碱解氮(AN)、速效磷(AP)和速效钾(AK)含量的空间变异特征及其影响因素。结果表明:SOM、TN、AN、AP和AK的平均... 以鲁东南丘陵平原区的某镇为例,利用采集的200个农田表层土壤样点数据,运用地统计学方法研究了土壤中有机质(SOM)、全氮(TN)、碱解氮(AN)、速效磷(AP)和速效钾(AK)含量的空间变异特征及其影响因素。结果表明:SOM、TN、AN、AP和AK的平均含量分别为13.52 g/kg、0.75 g/kg、87.27 mg/kg、50.55 mg/kg和103.20 mg/kg,土壤养分含量总体属于稍缺水平,变异系数依次按大小排序为AP>AN>AK>TN>SOM,全部为中等变异程度。地统计分析表明,5种土壤养分的变异函数符合指数模型,通过普通克里格法对土壤养分进行空间插值来绘制了养分含量等级空间分布图,总体来说研究区土壤的有机质和全氮含量水平都较低,其他有效组分在含量等级及分布范围相对于有机质和全氮的状况要稍好。地形地貌、土壤类型和土地利用方式等因素对研究区土壤养分的空间变异程度有显著影响,其中地形地貌、土壤类型等结构性因素的影响程度较强。 展开更多
关键词 鲁东南丘陵平原区 农田土壤 土壤养分 GS+ 半变异函数 克里金插值 结构性变异
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结直肠神经内分泌肿瘤细胞突变类型分析
3
作者 王婷婷 郭丹 +4 位作者 陆君阳 徐徕 董海涛 林佃新 肖毅 《基础医学与临床》 CAS 2024年第4期523-527,共5页
目的 探讨结直肠神经内分泌肿瘤(NETs)的突变类型,更好地了解结直肠NETs的发病机制。方法 招募结直肠NETs手术患者,取结直肠NETs和对应的癌旁组织,并进行全基因组测序(WGS)和进一步深入分析。结果 通过WGS测序发现,结直肠NETs突变类型多... 目的 探讨结直肠神经内分泌肿瘤(NETs)的突变类型,更好地了解结直肠NETs的发病机制。方法 招募结直肠NETs手术患者,取结直肠NETs和对应的癌旁组织,并进行全基因组测序(WGS)和进一步深入分析。结果 通过WGS测序发现,结直肠NETs突变类型多样,包括单核苷酸突变、小片段序列的插入和缺失突变(InDel)、基因拷贝数变异(CNV),以及大的结构性变异(SV)如插入(INS)、缺失(DEL)、染色体内易位(ITX)、染色体间易位(CTX)和反转(INV)等。结论 在结直肠NETs发生时,体细胞发生了大量的突变,尤其以染色体CTX变异最为显著。 展开更多
关键词 结直肠神经内分泌肿瘤 单核苷酸突变 插入和缺失 基因拷贝数变异 结构性变异
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人类核仁形成区结构性变异与随体联合的研究 被引量：3
4
作者 王戈华 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 1989年第1期67-73,共7页
本文以硝酸银染色法研究了200对正常夫妇及200对唐氏综合征(DS)患者双亲淋巴细胞染色体核仁形成区(NOR)。结果发现双核仁形成区(dNOR)的检出率在两组人群中均为0.5％;随体联合(SA)的结果表明,负有dNOR染色体的SA频率并不随其核糖体RNA(r... 本文以硝酸银染色法研究了200对正常夫妇及200对唐氏综合征(DS)患者双亲淋巴细胞染色体核仁形成区(NOR)。结果发现双核仁形成区(dNOR)的检出率在两组人群中均为0.5％;随体联合(SA)的结果表明,负有dNOR染色体的SA频率并不随其核糖体RNA(rRNA)基因含量的明显增加而上升,提示除rRNA基因含量及其活性外,尚有其他因素影响SA的形成。dNOR携带者与DS的发生亦无明显关系。 展开更多
关键词 双核仁形成区 随体联合 结构性变异
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80年代的博弈 被引量：1
5
作者 李洁非 《渤海大学学报（哲学社会科学版）》 2010年第4期5-21,共17页
"80年代文学"很明显由两条线索组成,两条线索平行而相对独立。一方面,体制文学毫无疑问依然占据主导地位,它对于文学生产的组织尽管已不如五六十年代,但较诸90年代以后,却仍旧称得上是有力的。另一方面,又明显存在大量位于其... "80年代文学"很明显由两条线索组成,两条线索平行而相对独立。一方面,体制文学毫无疑问依然占据主导地位,它对于文学生产的组织尽管已不如五六十年代,但较诸90年代以后,却仍旧称得上是有力的。另一方面,又明显存在大量位于其组织之外的创作和其他文学活动,这是以往从未有过的新情况。它们呈现了不同的演进。组织框架内的文学,依自身关系向前运动,"自发文学"也自有其取向、延展和转承。不过,相对独立并非彼此隔绝,两条线索在某些点上也形成交叉和互相影响。总的来说,"80年代文学"表现得像一场博弈。文学体制意志和"自发文学"意愿之间,从始至终你进我退、此消彼长。还有一点值得注意,在一贯整一严密的文学体制内部,对文学走向乃至对文学本身的认识,亦不复统一,因而在制订何种政策以及如何领导文艺上出现深刻裂缝,并在掣肘之间寻求进展。 展开更多
关键词 文学体制 自发文学 对话 策略感 结构性变异
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“规例”的变化与波动溢出效应——基于中国股票市场的实证研究 被引量：1
6
作者 兰鹏 李铭 《经济论坛》 2012年第9期84-88,共5页
2001年2月19日,经国务院批准,中国证监会颁布通知,允许中国境内投资者以合法持有的外汇账户进行境内上市外资股(简称B股)的交易。本文研究的是当规例发生变化时,所引起的中国A、B股市场间波动溢出效应的结构性变异。在计量模型的选取上... 2001年2月19日,经国务院批准,中国证监会颁布通知,允许中国境内投资者以合法持有的外汇账户进行境内上市外资股(简称B股)的交易。本文研究的是当规例发生变化时,所引起的中国A、B股市场间波动溢出效应的结构性变异。在计量模型的选取上,本文引入双变量广义自回归异方差(BGARCH)模型,运用收集到的78家同时在A、B股上市的公司高频交易数据进行量化分析。实证结果表明,规例变化以后,A股对B股的波动溢出效应加剧,进而增加了整个市场的风险;而B股对A股的波动溢出效应减缓,在一定程度上降低了市场的风险水平。我们同时还对结构性变异的影响因子做进一步分析,发现政府所有权、机构持股情况、公司规模、B股所占比例、市值与账面价值比、股利政策、相对流动性等因子会减缓市场整体风险的结构性变异;相反,首席执行官和董事局主席的双重角色、公司规模与B股占比的协同效应等因子会加速市场整体风险的结构性变异。 展开更多
关键词 BGARCH 中国股票市场 结构性变异 波动溢出
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当前中国消费结构性变异的内在特征、发生机制与破解思路 被引量：1
7
作者 张杰 《南京政治学院学报》 CSSCI 2019年第1期18-28,共11页
进入2018年以来,中国出现了社会消费品零售总额同比增速下降和消费者信心指数和预期指数突然掉头向下的重大现象,这引发了中国是否发生“消费降级”“消费升级”和“消费分级”现象的诸多争论。从“消费结构性变异”现象的界定和定义入... 进入2018年以来,中国出现了社会消费品零售总额同比增速下降和消费者信心指数和预期指数突然掉头向下的重大现象,这引发了中国是否发生“消费降级”“消费升级”和“消费分级”现象的诸多争论。从“消费结构性变异”现象的界定和定义入手,通过对中国消费结构性变化的诸多方面典型事实的梳理和内在特征的分析,可以得出的一个判断是,当下可能正在发生“消费结构性变异”的重大现象,即在实际收入水平增长出现绝对停滞或者相对停滞的情形下,某些消费群体的消费能力、消费预期和消费层次发生了短暂性或相对较长时期内的下移状态,形成了典型的“消费降级”和“消费升级”并存现象以及“消费分层”的重大事实。如果进一步从房地产泡沫对消费者消费能力带来的挤出效应和扭曲效应、吸收就业数量最多的制造业等相关行业长期的相对低工资水平、股市的跨周期持续下行以及当前理财产品收益率普遍下降导致的财富效应消失、直接国外消费需求增加对国内消费的替代效应、执行中有失偏颇的环保治理行动对特定区域必需品和日常消费品价格的推高作用等方面来探究,可知中国消费结构性变异现象的发生机制以及可能的深层次因素,据此方能提出相应的破解思路和具体对策。 展开更多
关键词 经济下行压力 消费结构性变异 消费分级 发生机制 破解思路
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