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题名一种新的蛋白质结构字母序列优化算法
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作者
高静宇
马文丽
孙汉顺
孙立哲
郑文岭
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机构
上海大学电子生物中心
华南基因组研究中心
南方医科大学基因工程研究所
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出处
《生物信息学》
2010年第3期202-205,共4页
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基金
广州市科技计划项目(2006z1-10061)
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文摘
基于蛋白质结构字母的预测和分析方法,一个必然的步聚,是将目标蛋白质离散成结构字母序列。本文在对蛋白质结构字母序列空间,及其最小根均方偏差变化,穷举分析的基础上,提出了一种新的蛋白质结构字母序列优化算法,全局贪婪算法。全局贪婪算法避免了基本贪婪算法过度依赖候选集大小,计算量过大、以及过早收缩于局部最小等缺点。经实验分析,全局贪婪算法在性能上优于基本贪婪算法和局部最优方法。。
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关键词
结构字母
基本贪婪算法
全局贪婪算法
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Keywords
protein structure alphabet
basic greed algorithm
global greed algorithm
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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题名基于CGR的蛋白质相似性比较
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作者
徐占
董洪伟
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机构
江南大学信息工程学院
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出处
《计算机工程》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第14期233-234,237,共3页
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文摘
从蛋白质结构特性出发,利用结构字母表和CGR游走技术将蛋白质三维结构信息转换到二维坐标空间中。通过分析所得图像找出蛋白质分子的主体结构,获得各结构点在CGR图中的坐标,利用Hausdorff距离判定要比较的蛋白质对象相似性。该方法实现了蛋白质相似性比较的结构-序列模式转变,利用Hausdorff距离比较两点集间相似性的优势,为蛋白质相似性比较提供了一种简便有效的方法。
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关键词
结构字母表
主体结构
HAUSDORFF距离
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Keywords
structure alphabet
main structure
Hausdorff distance
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分类号
TP393
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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