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从土壤腐殖质分组到分子有机质组学认识土壤有机质本质 被引量:32
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作者 潘根兴 丁元君 +10 位作者 陈硕桐 孙景玲 冯潇 张晨 Marios Doross 郑聚锋 张旭辉 程琨 刘晓雨 卞荣军 李恋卿 《地球科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期451-470,共20页
梳理了与土壤生态系统功能相联系的,特别是对固碳减排的土壤有机质本质认识的研究进展及路径,探讨了经典腐殖质学说存在的问题,概述了新近的有机质保护稳定学说及腐殖质组学学说,并追溯了生物标志物有机质分子研究,最后从土壤学的基本... 梳理了与土壤生态系统功能相联系的,特别是对固碳减排的土壤有机质本质认识的研究进展及路径,探讨了经典腐殖质学说存在的问题,概述了新近的有机质保护稳定学说及腐殖质组学学说,并追溯了生物标志物有机质分子研究,最后从土壤学的基本理念和理论出发讨论和重新认识土壤有机质的本质及其价值。从形成条件、分离条件和分子鉴定等多方面分析,土壤腐殖质形成和稳定学说越来越显示出局限性;而面向气候变化的碳固定研究可以深入探析土壤有机质的复杂存在状态。越来越认识到土壤有机质是投入土壤的有机物质经不同程度生物利用或降解的产物残留,只是被土壤不同程度地区隔和封闭,本质上仍是分子量变化极大的生命源有机物的集合。因此,可通过生物标志物分子作为靶标在土壤中提取和识别,该技术的发展将孕育萌生土壤有机质分子组学。后者可以用于判读土壤有机质的结构支撑、反应活性和促生功能等方面的本质差别,这些差别可能是由有机分子组成结构及存在状态所决定而不是由有机分子稳定性决定的。从这个概念出发,类似于土壤微生物分子生态,土壤有机质的丰度、组成、结构与功能间的联系可能是土壤有机质本质的核心问题。对这种关系的量化和参数化表征可用以探索土壤有机质永续固定,且可以保持生命活性的土壤有机质的管理策略及技术,并配合土壤的团聚体理论诠释土壤的本质和生态系统功能服务,这将是未来土壤学服务人类可持续发展的理论立足点。 展开更多
关键词 土壤有机质 土壤腐殖质 腐殖质组学 生物标志物 分子有机质组学 结构功能关系
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肿瘤坏死因子与其受体相互作用的计算机模拟研究 被引量:2
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作者 王国力 周晓巍 +1 位作者 黄培堂 黄翠芬 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 1998年第3期280-288,共9页
利用同源模建方法,以TNFR55受体胞外区的晶体结构为参考模板,预测了TNFR75受体胞外区Cys18~Phe147片段的三维结构.根据R55受体胞外区与LT相结合的复合物的晶体结构,预测了TNF与R55及R75胞外... 利用同源模建方法,以TNFR55受体胞外区的晶体结构为参考模板,预测了TNFR75受体胞外区Cys18~Phe147片段的三维结构.根据R55受体胞外区与LT相结合的复合物的晶体结构,预测了TNF与R55及R75胞外区的复合物的三维结构,模拟了TNF与受体之间的相互作用.由于TNF与受体的作用形式是三聚体对三聚体,因此在模拟TNF与受体相互作用时选择了包括一个非对称的TNF三聚体和一个受体(R55或R75)单体的模拟系统.结合已有的突变体实验结果,利用计算机模拟分析手段,发现了一些TNF突变体之所以具有受体选择性的三维结构基础和发挥了关键作用的氨基酸残基以及这些残基之间的主要作用形式.研究深化了对已有的突变体实验结果的认识,建立了不同的实验结果之间的内在关联,为以后有目的的新型突变体设计和实验研究打下了基础. 展开更多
关键词 受体 同源模建 结构功能关系 肿瘤坏死因子
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含锌酶分子生物学及其在骨钙化中的作用 被引量:3
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作者 柴雨力 王治伦 《中国地方病防治》 CAS 2010年第3期187-189,235,共4页
关键词 分子生物学 含锌酶 骨钙化 地方性骨病 地方性氟骨症 结构功能关系 发生机制 碱性磷酸酶
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胰岛素受体胞外区三维结构的模建及结构功能关系 被引量:2
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作者 岳俊杰 梁龙 +2 位作者 王月兰 俞炜源 黄培堂 《生物技术通讯》 CAS 2002年第1期30-33,37,共5页
利用计算机辅助分子设计技术模建了人胰岛素受体α亚基N端三个结构域的空间结构。实验研究证明胰岛素受体结合胰岛素的主要决定要素在这三个结构域。在模建的结构中,三个结构域围成了一个很大的开放的空洞,这个空洞的体积大小足以容纳... 利用计算机辅助分子设计技术模建了人胰岛素受体α亚基N端三个结构域的空间结构。实验研究证明胰岛素受体结合胰岛素的主要决定要素在这三个结构域。在模建的结构中,三个结构域围成了一个很大的开放的空洞,这个空洞的体积大小足以容纳一个胰岛素分子,这个空洞可能就是胰岛素受体与底物的作用的部位。另外,突变实验研究表明在胰岛素受体中有一个结合底物的“footprint”,由4个在一级结构上不连续的片段组成。从三维结构角度看,这4个片段中,有3个出现在邻近的平行折叠股。在我们的模型中,胰岛素受体分子中有一个两性表面,这个表面位于L1结构域,并且面向三个结构域围成的空洞。这个表面可能就是受体识别胰岛素和与底物发生初始作用的部位。“foot-print”和两性表面的大部分残基是相同的。 展开更多
关键词 胰岛素受体 三维结构 结构功能关系 模型
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分子伴侣GroE系统相互作用中结构与功能关系研究 被引量:1
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作者 熊晓然 艾建宇 +4 位作者 吴显辉 冯胜彦 陈蔚梅 郭明雄 吴斌 《武汉大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期741-746,共6页
根据大肠杆菌分子伴侣GroE系统的晶体结构数据 ,分析了GroEL顶端区域在其靶蛋白和GroES结合前后结构与功能的关系 ,讨论了GroEL的结构转变对其中心通道可及性和疏水特性的影响 提出了一种用以分析蛋白质之间相互作用趋势的方法 ,并用... 根据大肠杆菌分子伴侣GroE系统的晶体结构数据 ,分析了GroEL顶端区域在其靶蛋白和GroES结合前后结构与功能的关系 ,讨论了GroEL的结构转变对其中心通道可及性和疏水特性的影响 提出了一种用以分析蛋白质之间相互作用趋势的方法 ,并用该方法分析了GroEL和GroES相互作用的 3个氨基酸 ,得到了很好的结果 在此基础上 ,进一步用SwissPDBViewer对GroEL的核酸结合口袋进行了分析 ,结果表明活性中心与ADP磷酸键结合的残基Thr30可能与能量的传递有关 . 展开更多
关键词 分子伴侣 GroE系统 相互作用 结构功能关系 蛋白质 晶体结构 活性中心 能量传递
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椎间盘组织工程学细胞培养的研究进展
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作者 宁斌 刘勇 胡有谷 《中国脊柱脊髓杂志》 CAS CSCD 2005年第6期368-371,共4页
关键词 组织工程学 椎间盘 细胞培养 结构功能关系 生物学研究 1988年 生物相容性 生命科学 工程科学 生物活性 病理组织 哺乳动物 生物材料 降解吸收 组织细胞 体外培养 基金会 替代物 原理 器官
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遗传性异常纤维蛋白原的结构功能关系 被引量:2
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作者 松田道生 候庆明 《血栓与止血学》 1998年第4期174-180,共7页
纤维蛋白原(Fibrinogen,Fbg)是一个二聚体,由两个完全相同的单体构成,每个单体由三个不同的亚单位多肽组成,分别称为Aα、Bβ、和γ链,它们通过二硫键连接在一起。作为止血血栓和伤口处纤维蛋白基质的主要成分,Fbg发挥多种功能。
关键词 纤维蛋白丝 纤维蛋白原 凝血酶 纤维蛋白单体 结合位点 结构功能关系 自然突变体 N型 遗传性 交联
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CYP116B家族单加氧酶的发现、表征及分子改造研究进展 被引量:2
8
作者 李仁结 张龑 +1 位作者 许建和 郁惠蕾 《生物加工过程》 CAS 2019年第1期29-35,43,共8页
CYP116B家族单加氧酶属于细胞色素P450单加氧酶的第IV家族,能够催化包括羟化、硫醚氧化、O-脱烷基、N-脱烷基和环氧化等在内的多种类型反应,具有广阔的应用前景。近年来,多个CYP116B家族成员酶的发现、分子改造及底物谱拓展使人们对它... CYP116B家族单加氧酶属于细胞色素P450单加氧酶的第IV家族,能够催化包括羟化、硫醚氧化、O-脱烷基、N-脱烷基和环氧化等在内的多种类型反应,具有广阔的应用前景。近年来,多个CYP116B家族成员酶的发现、分子改造及底物谱拓展使人们对它的酶学性质有了更为深入的理解,为开发新型具有工业应用潜力的CYP116B家族成员酶提供了研究基础。本文中,笔者主要从CYP116B家族单加氧酶的发现、表征、分子改造及结构功能关系等方面综述CYP116B在生物催化领域的研究进展。 展开更多
关键词 CYP116B家族单加氧酶 表征 分子改造 结构功能关系
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白介素-2的结构-功能关系 被引量:2
9
作者 徐荻 刘新垣 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1992年第5期329-332,共4页
对白介素-2的一级结构和空间结构与其生物活性的关系,尤其是与白介素-2受体中不同亚基亲和力的关系作了概述和总结,对研制具有不同生物学活性的新型白细胞介素-2有重要的指导意义。
关键词 白细胞介素 结构功能关系
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利用光谱技术定量研究蛋清溶菌酶结构与功能关系 被引量:2
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作者 罗双华 张筱蕾 +5 位作者 唐俊妮 刘骥 赵燕英 陈娟 潘春凤 朱丹实 《渤海大学学报(自然科学版)》 CAS 2018年第4期351-359,共9页
通过对蛋清溶菌酶(hen egg white lysozyme,HEWL)热处理过程中圆二色谱(CD)和紫外差谱(UV diff.)信号测定,利用蛋白质去折叠二态转变模型,对CD和UV diff.信号进行最小二乘法非线性拟合,定量获取蛋白质稳定性热力学数据.实验结果表明:随p... 通过对蛋清溶菌酶(hen egg white lysozyme,HEWL)热处理过程中圆二色谱(CD)和紫外差谱(UV diff.)信号测定,利用蛋白质去折叠二态转变模型,对CD和UV diff.信号进行最小二乘法非线性拟合,定量获取蛋白质稳定性热力学数据.实验结果表明:随pH下降,蛋白质构象稳定性降低.功能性质分析发现:随pH下降,HEWL的酶活性降低,但表面活性(乳化性和乳化稳定性)升高.进一步,将蛋白质构象稳定性(ΔG_(25℃,water))数据和酶活性、乳化性和乳化稳定性数据进行相关性分析发现:蛋白构象稳定性与酶活性、乳化活性和乳化稳定性呈较好的相关性.这些结果说明:蛋白质构象稳定性降低引起蛋白质柔性增加,使其铺展到油水两相界面能力提高.该研究为从分子水平定量研究食品蛋白结构和功能关系奠定了基础. 展开更多
关键词 鸡蛋清溶菌酶 CD/UVdiff.谱图 蛋白质稳定性 结构功能关系
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用计算机模拟研究人肿瘤坏死因子的结构功能 被引量:1
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作者 陈建军 孙苗 +1 位作者 陈常庆 王德宝 《高技术通讯》 EI CAS CSCD 2000年第2期6-12,5,共8页
人肿瘤坏死因子(humantumornecrosisfactor,hTNFα)的生物学活性是由两种不同受体(TNFR1/R55和TNFR2/R75)介导的。为了了解hTNFα与这两种受体相互作用的异同之处,以便指导hTNFα的蛋白质工程改造,根据LT与R55受体胞外区复合物的晶体结... 人肿瘤坏死因子(humantumornecrosisfactor,hTNFα)的生物学活性是由两种不同受体(TNFR1/R55和TNFR2/R75)介导的。为了了解hTNFα与这两种受体相互作用的异同之处,以便指导hTNFα的蛋白质工程改造,根据LT与R55受体胞外区复合物的晶体结构及hTNFα和LT与两种受体结合的相似性,预测了hTNFα与其两种受体胞外区形成复合物的三维结构模型。并根据所得的计算机模型,分析了hTNFα和受体结合前后的溶剂可及表面积的变化,以及受体与hTNFα之间可能形成的氢键、明显的静电作用和疏水作用。然后根据模型对hTNFα的结构-功能关系进行了分析,并以此为基础设计了几个新的hTNFα突变体。 展开更多
关键词 人肿瘤坏死因子 计算机模拟 结构功能关系
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《黄钟》 1990年1——4期 总目录 被引量:1
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《黄钟(武汉音乐学院学报)》 CSSCI 北大核心 1991年第1期93-95,共3页
关键词 黄钟 总目录 中国传统音乐 结构功能关系 音乐思想 音乐社会学 音乐研究 自度曲 同步性 音乐史学
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hIL-6与其受体作用的结构基础及拮抗剂的研究进展
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作者 杨镇珲 冯健男 沈倍奋 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第6期707-712,共6页
通过对大量的分子生物学实验及晶体衍射结果的分析 ,从分子水平揭示人白细胞介素 6(hIL 6 )与其受体相互作用的结构模式及结合表位 .hIL 6属于促红细胞生成素受体超家族 ,首先和hIL 6受体α低亲和力结合 ,两者形成的复合物再与hIL 6受... 通过对大量的分子生物学实验及晶体衍射结果的分析 ,从分子水平揭示人白细胞介素 6(hIL 6 )与其受体相互作用的结构模式及结合表位 .hIL 6属于促红细胞生成素受体超家族 ,首先和hIL 6受体α低亲和力结合 ,两者形成的复合物再与hIL 6受体 β(gp130 )的胞外区相互作用形成高亲和力三聚体 ,但是hIL 6不能单独和gp130结合 ,需要借助于hIL 6受体α的桥梁作用才能将二者联系起来进而促进六聚体的形成 .hIL 6是一种能够介导细胞表面信号转导 ,调节机体免疫及造血干细胞增殖和分化的细胞因子 ,许多疾病的发病机理及发展进程都和hIL 6过表达有关 .基于对hIL 6与其受体相互作用方式的探究 ,为hIL 6小分子拮抗剂的药物设计提供了理论模型 ,在此基础上已研究开发了许多不同种类的hIL 6新型分子拮抗剂 ,其中部分拮抗剂已应用于临床指导 . 展开更多
关键词 人白细胞介素-6 结构功能关系 拮抗剂
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肿瘤坏死因子与其受体相互作用的计算机模拟研究
14
作者 王国力 黄培堂 黄翠芬 《生物技术通讯》 CAS 1997年第2期49-56,共8页
利用同源模建方法,以肿瘤坏死因子(TNF)R55受体胞外区的晶体结构为参考模板,预测了TNFR75受体胞外区Cys18-Phe147片段的三维结构。根据R55受体胞外区与LT相结合的复合物的晶体结构,预测了TNF与R55及R75胞外区的复合物的三维结构,模拟了... 利用同源模建方法,以肿瘤坏死因子(TNF)R55受体胞外区的晶体结构为参考模板,预测了TNFR75受体胞外区Cys18-Phe147片段的三维结构。根据R55受体胞外区与LT相结合的复合物的晶体结构,预测了TNF与R55及R75胞外区的复合物的三维结构,模拟了TNF与受体之间的相互作用。由于TNF与受体的作用形式是三聚体对三聚体,因此在模拟TNF与受体相互作用时选择了包括一个非对称的TNF三聚体和一个受体(R55或R75)单体的模拟系统。结合已有的突变体实验结果,利用计算机分析手段,发现了一些TNF突变体之所以具有受体选择性的三维结构基础和发挥了关键作用的氨基酸残基以及这些残基之间的主要作用形式。研究深化了对已有的突变体实验结果的认识,建立了不同的实验结果之间的内在关联,为以后有目的的新型突变体设计和实验研究打下了基础。 展开更多
关键词 TNF-受体复合物 同源模建 结构功能关系
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Extraction and structural investigation of jute cellulose nanofibers
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作者 Zhong-Xuan Bian Xia-Ran Miao +3 位作者 Jin-You Lin Feng Tian Feng-Gang Bian Hui Li 《Nuclear Science and Techniques》 SCIE CAS CSCD 2018年第7期209-216,共8页
Cellulose nanofibrils(CNFs) are a type of natural nanomaterials extracted from plants and animals that have expanding applications in numerous areas benefiting from their inherent properties of renewability,biodegrada... Cellulose nanofibrils(CNFs) are a type of natural nanomaterials extracted from plants and animals that have expanding applications in numerous areas benefiting from their inherent properties of renewability,biodegradability,and sustainability.For energy consumption reduction,CNFs were extracted from raw jute fibers,which were not pretreated in a hot alkali or acid solution,by TEMPOmediated oxidation.Synchrotron radiation wide-angle scattering was performed to realize the crystallization of the CNF crystallites;Fourier transform infrared spectroscopy,transmission electron microscopy,and fieldemission scanning electron microscopy were used to characterize the changes in chemical groups and visualized morphology of CNFs.The simplified preparation and shortened cycle should further help the study of the structure–function relationship of jute CNFs subjected to chemical modification. 展开更多
关键词 结构功能关系 纤维素 黄麻 扫描电子显微镜 FOURIER 抽取 化学修正 同步加速器
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高性能分子动力学模拟在生物大分子结构和功能研究中的应用
16
作者 吴超 马路遥 黄牛 《科研信息化技术与应用》 2010年第4期60-68,共9页
基于经典物理学理论的分子动力学模拟是研究生物大分子结构和功能的重要工具。然而,分子动力学模拟对计算资源的巨大需求,限制了其在生物领域的应用。近几年来,随着计算机科学的迅猛发展以及计算化学理论和方法的完善,进行生物大分子在... 基于经典物理学理论的分子动力学模拟是研究生物大分子结构和功能的重要工具。然而,分子动力学模拟对计算资源的巨大需求,限制了其在生物领域的应用。近几年来,随着计算机科学的迅猛发展以及计算化学理论和方法的完善,进行生物大分子在溶液状态下微秒时间尺度的模拟具备了可行性。本篇综述主要介绍近期高性能分子动力学模拟的发展,及在蛋白质三维结构、动态构象变化和生物学功能上的具体应用实例。 展开更多
关键词 分子力学 力场 分子动力学模拟 蛋白结构功能关系
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t-PA K1区的同源模建及Kringle区与赖氨酸相互作用的研究
17
作者 王国力 刘士辉 +3 位作者 黄君健 俞炜源 黄培堂 黄翠芬 《生物技术通讯》 CAS 1996年第1期15-20,28-29,共8页
利用同源模建方法预测了t-PAK1区的三维结构。通过结构叠合确定了t-PAK1、K2区,纤溶酶原K1、K4区及UKK区的赖氨酸结合口袋。静电势计算及疏水性分析表明,在t-PAK2区以及纤溶酶原K1、K4区与纤维蛋白裸露的赖氨酸之间存在明显的静电势互... 利用同源模建方法预测了t-PAK1区的三维结构。通过结构叠合确定了t-PAK1、K2区,纤溶酶原K1、K4区及UKK区的赖氨酸结合口袋。静电势计算及疏水性分析表明,在t-PAK2区以及纤溶酶原K1、K4区与纤维蛋白裸露的赖氨酸之间存在明显的静电势互补和疏水面契合。确定了影响Kringle区结合口袋与赖氨酸亲和的重要氨基酸,分析了t-PAK1区、UKK区不能结合赖氨酸的原因,由此设计了具有赖氨酸亲和力的新型t-PAK1区及UKK区突变体。利用模拟残基突变技术预测了突变体的结构变化,分析了突变后t-PAK1区及UKK区与赖氨酸亲和力的变化,初步在理论上肯定了设计方案的合理性。 展开更多
关键词 同源模建 结构功能关系的计算机模拟 分子设计 Kringle区
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天然多糖分子修饰研究进展 被引量:31
18
作者 赖萍 林跃鑫 《生命的化学》 CAS CSCD 2003年第3期183-187,共5页
多糖衍生物因其在生物学上的重要作用引起了科学家们的高度重视。近年来 ,国内外在多糖的分子修饰方法、多糖衍生物的药理学、结构与功能关系、临床应用上的研究已取得很大进展。本文综述了近年来国内外多糖的分子修饰方法及其衍生物的... 多糖衍生物因其在生物学上的重要作用引起了科学家们的高度重视。近年来 ,国内外在多糖的分子修饰方法、多糖衍生物的药理学、结构与功能关系、临床应用上的研究已取得很大进展。本文综述了近年来国内外多糖的分子修饰方法及其衍生物的生物活性研究 。 展开更多
关键词 多糖 分子修饰 结构功能关系 临床应用
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丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)生物学功能的结构基础 被引量:33
19
作者 龚小卫 姜勇 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期5-11,共7页
丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK)是生物体内重要的信号转导系统之一 ,能对广泛的细胞外刺激发生反应 .蛋白激酶的空间构象是其功能的重要决定因素 .对MAPK蛋白结构的研究表明 ,MAPK的结构与功能之间具有密切的关系 .尽管MAPK各亚族的结构非... 丝裂原活化蛋白激酶 (MAPK)是生物体内重要的信号转导系统之一 ,能对广泛的细胞外刺激发生反应 .蛋白激酶的空间构象是其功能的重要决定因素 .对MAPK蛋白结构的研究表明 ,MAPK的结构与功能之间具有密切的关系 .尽管MAPK各亚族的结构非常相似 ,但也存在着一些差异 ,这些差异是不同亚族对不同的细胞外刺激产生特异性反应的结构基础 .某些关键性结构 ,例如Loop12 ,在MAPK对上游激酶的作用、下游底物的选择以及亚细胞定位中都具有重要作用 .进一步深入研究MAPK的空间结构 ,探讨MAPK的生物学功能与其空间构象之间的关系 。 展开更多
关键词 丝裂原活化蛋白激酶 Loop12 结构-功能关系 生物学功能
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天然食品来源的血管紧张素转换酶抑制肽的研究进展 被引量:31
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作者 赵海珍 陆兆新 刘战民 《中国生化药物杂志》 CAS CSCD 2004年第5期315-317,共3页
血管紧张素转换酶 (ACE)在血压调节中扮演着重要的角色。最近抑制肽的研究在食品医药界倍受关注 ,ACE抑制肽通过抑制血管紧张素Ⅰ向血管紧张素Ⅱ的转换以及阻止ACE使激肽失活而起到降压作用。利用某些蛋白酶对食品蛋白质进行定向水解或... 血管紧张素转换酶 (ACE)在血压调节中扮演着重要的角色。最近抑制肽的研究在食品医药界倍受关注 ,ACE抑制肽通过抑制血管紧张素Ⅰ向血管紧张素Ⅱ的转换以及阻止ACE使激肽失活而起到降压作用。利用某些蛋白酶对食品蛋白质进行定向水解或通过微生物发酵可产生具有降压作用的活性短肽 ,现在人们已从许多蛋白质源中分离到了各种ACE抑制肽。此文对近年来天然食品蛋白质来源的ACE抑制肽的研究进展做一简介。 展开更多
关键词 血管紧张素转换酶 血管紧张素转换酶抑制肽 结构功能关系
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