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基于环境的编码方法在预测HLA-A*0201结合多肽中的应用
1
作者
赵璞
李通化
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期1309-1313,共5页
T淋巴细胞对抗原的识别是产生与调节有效免疫应答的关键,T细胞只识别主要组织相容性复合物(MHC)呈递上来的抗原,因此MHC与抗原多肽的结合就成为一系列免疫应答过程中基础的一环.为了辅助疫苗设计,多种机器学习技术已被普遍应用于MHC结...
T淋巴细胞对抗原的识别是产生与调节有效免疫应答的关键,T细胞只识别主要组织相容性复合物(MHC)呈递上来的抗原,因此MHC与抗原多肽的结合就成为一系列免疫应答过程中基础的一环.为了辅助疫苗设计,多种机器学习技术已被普遍应用于MHC结合多肽的预报领域中.本文以支持向量机(SVM)为手段,以HLA-A*0201的实验数据集为对象,对多种肽段编码方法形成的模型进行评价,得到的AUC值的范围在0.932～0.936之间.提出一种新的利用抗原多肽结合环境的编码方法,使预报的AUC值提高到0.953.对独立数据集进行建模预报,同样证明环境编码模型的预报准确率高于传统编码方法的准确率.
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关键词
HLA—A＊0201
结合
多肽
预测
支持向量机(SVM)
编码
受试者工作曲线(ROC)
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职称材料
题名
基于环境的编码方法在预测HLA-A*0201结合多肽中的应用
1
作者
赵璞
李通化
机构
同济大学化学系
出处
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009年第7期1309-1313,共5页
基金
国家自然科学基金(批准号:20675057
20705024)资助
文摘
T淋巴细胞对抗原的识别是产生与调节有效免疫应答的关键,T细胞只识别主要组织相容性复合物(MHC)呈递上来的抗原,因此MHC与抗原多肽的结合就成为一系列免疫应答过程中基础的一环.为了辅助疫苗设计,多种机器学习技术已被普遍应用于MHC结合多肽的预报领域中.本文以支持向量机(SVM)为手段,以HLA-A*0201的实验数据集为对象,对多种肽段编码方法形成的模型进行评价,得到的AUC值的范围在0.932～0.936之间.提出一种新的利用抗原多肽结合环境的编码方法,使预报的AUC值提高到0.953.对独立数据集进行建模预报,同样证明环境编码模型的预报准确率高于传统编码方法的准确率.
关键词
HLA—A＊0201
结合
多肽
预测
支持向量机(SVM)
编码
受试者工作曲线(ROC)
Keywords
HLA-A ＊ 0201
Binding peptides prediction
Support Vector Machine （SVM）
Data representations
Receiver Operating Characteristic （ROC）
分类号
O652 [理学—分析化学]
Q516 [理学—化学]
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职称材料
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作者
出处
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被引量
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1
基于环境的编码方法在预测HLA-A*0201结合多肽中的应用
赵璞
李通化
《高等学校化学学报》
SCIE
EI
CAS
CSCD
北大核心
2009
0
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