不同还田方式对砂质潮土理化性质及微生物的影响 被引量：20

1

作者 李培培 汪强 +4 位作者 文倩 李慧 吴传发 熊伟东 韩燕来 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第11期3665-3672,共8页

为探索不同物料还田方式对中低产田砂质潮土的改良效果,在黄淮海平原麦玉轮作区典型砂质潮土上进行了连续6季的田间小区试验,设置全量秸秆翻耕还田(TS),秸秆等碳量的生物炭(TB)及半量秸秆半量生物炭配合翻耕还田(TSB),全量秸秆免耕覆盖... 为探索不同物料还田方式对中低产田砂质潮土的改良效果,在黄淮海平原麦玉轮作区典型砂质潮土上进行了连续6季的田间小区试验,设置全量秸秆翻耕还田(TS),秸秆等碳量的生物炭(TB)及半量秸秆半量生物炭配合翻耕还田(TSB),全量秸秆免耕覆盖还田(NTS)和半量秸秆半量生物炭配合免耕覆盖还田(NTSB),共5种还田方式。结果表明,与常规秸秆翻耕还田(TS)相比,生物炭翻耕还田(TB)显著降低土壤容重,增加玉米各个生育期土壤水分和p H值,有机质含量提升了16.4%,但TB处理的土壤大团聚体降低了21.2%和微生物数量降低了16.1%;翻耕秸秆配合生物炭还田(TSB)除了显著降低了大团聚体数量,对其余理化及微生物指标的影响均不显著;免耕模式下的秸秆还田(NTS)和秸秆生物炭配施(NTSB)分别在玉米生长的喇叭口期和收获期显著增加了土壤水分含量、耕层土壤的微生物数量和有效降低砂质潮土分形维数,对容重和有机质含量有一定的改善,其中NTSB有机质含量提升了14.9%和微生物数量增加了53.7%,对砂质潮土改良效果更好。总体来说,短期内用等碳量的生物炭替代秸秆翻耕还田更多的表现为物理的掺混效应,虽能有效提升土壤有机质含量,但不能有效改善砂质潮土的物理结构及生物性质,一半秸秆用生物炭替代还田对该类土壤的理化及微生物指标的改良效果也不显著,而免耕条件下秸秆配合生物碳还田效果最佳,可为砂质潮土的改良提供新的途径和理论依据。 展开更多

关键词 免耕覆盖 砂质潮土 秸秆还田 生物炭 土壤团聚体 细菌16S RDNA

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纳米Fe3O4对生菜生长及土壤细菌群落结构的影响 被引量：12

2

作者 徐江兵 王艳玲 +1 位作者 罗小三 冯有智 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期3003-3010,共8页

纳米Fe_3O_4的广泛应用增加了其暴露到农田环境的可能性,因此亟待研究纳米Fe_3O_4对农业生态环境的影响.本研究采用盆栽试验方式,研究不同浓度纳米Fe_3O_4颗粒(1、10、100 mg·kg^(-1))对生菜生长及土壤细菌群落的影响,并与相应浓... 纳米Fe_3O_4的广泛应用增加了其暴露到农田环境的可能性,因此亟待研究纳米Fe_3O_4对农业生态环境的影响.本研究采用盆栽试验方式,研究不同浓度纳米Fe_3O_4颗粒(1、10、100 mg·kg^(-1))对生菜生长及土壤细菌群落的影响,并与相应浓度的普通Fe_3O_4处理进行对比.通过测定植物光合速率常数、植株Fe含量来评价植物生长;采用高通量测序技术研究土壤细菌群落结构及组成.结果表明:不同浓度纳米Fe_3O_4的影响不同.低浓度纳米Fe_3O_4能提高植物生物量,增强植物叶片光合速率,增加土壤中黄单胞菌目的相对丰度,降低蓝细菌、鞘脂杆菌纲的相对丰度,但对群落多样性指数影响不显著.高浓度纳米Fe_3O_4抑制作物生长,提高植株中Fe积累及土壤电导率,降低细菌群落系统发育多样性,降低黄单胞菌目、鞘脂杆菌纲相对丰度,增加蓝细菌相对丰度.此外,一些土壤功能微生物对纳米Fe_3O_4及普通Fe_3O_4处理的响应也存在差异,说明不同粒径及浓度的Fe_3O_4均会对土壤微生物群落产生影响,并可能影响地上部分植物性状.因此,在评估纳米颗粒的生物学效应时需较多关注土壤微生物. 展开更多

关键词 净光合速率 高通量测序 细菌16S RRNA 群落多样性

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双季稻田冬闲期土壤细菌数量及结构对施氮的响应 被引量：9

3

作者 聂江文 王幼娟 +2 位作者 吴邦魁 刘章勇 朱波 《植物营养与肥料学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期889-896,共8页

[目的]研究不同施氮水平对湖南双季稻区冬闲期土壤细菌结构与数量的影响,为双季稻区水稻可持续生产提供理论依据。[方法]依托湖南省双季稻区连续8年的定位试验,选取3个氮肥水平处理:CK(不施氮肥)、N1(施N 100 kg/hm^2)、N2(施N 200 kg/h... [目的]研究不同施氮水平对湖南双季稻区冬闲期土壤细菌结构与数量的影响,为双季稻区水稻可持续生产提供理论依据。[方法]依托湖南省双季稻区连续8年的定位试验,选取3个氮肥水平处理:CK(不施氮肥)、N1(施N 100 kg/hm^2)、N2(施N 200 kg/hm^2),取稻田冬闲期5—20 cm耕层土样,采用高通量测序和荧光定量PCR方法测定了土壤细菌数量与结构。[结果]与CK相比,N1、N2处理显著增加了双季稻产量,提升了冬闲期土壤总氮、全碳含量,降低了土壤pH、硝态氮及碳氮比(P<0.05)。N1和N2处理的细菌16s rDNA基因拷贝数分别为CK的48.25和40.31倍。施氮显著增加土壤总细菌丰度,土壤细菌丰度与土壤全氮、碳氮比呈显著正相关,与土壤全碳呈显著负相关。施氮改变了冬闲期稻田土壤细菌的多样性及群落结构。与CK相比,N1处理提高了稻田土壤微生物多样性;N2处理显著增加稻田土壤细菌丰富度,但显著降低稻田土壤细菌多样性。此外,3个处理土壤菌群相对丰度最高的是Proteobacteria(变形菌门),达40.16%~51.16%。N2处理的变形菌门相对丰度显著高于CK与N1,N1处理的变形菌门相对丰度显著低于CK。3个处理属水平细菌相对丰度较高的是Anaerolineaceae_uncultured(厌氧绳菌属)和Nitrospira(硝化螺旋菌属),其相对丰度分别为8.6%~14.56%和8.16%~11.46%。Spearman相关性分析显示,11个优势门菌群数量均与土壤化学性质存在显著相关性。稻田11个优势菌群的数量与土壤化学性质显著相关。[结论]湖南双季稻区施氮降低冬闲期稻田土壤pH和C/N比,低施氮水平可增加稻田微生物多样性,高施氮量虽然增加稻田细菌丰富度,但降低了微生物多样性。 展开更多

关键词 实时荧光定量PCR 高通量测序 细菌16s RDNA 氮肥 双季稻田

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桑叶穿孔病病叶表面的微生物分离鉴定和微型害虫调查 被引量：6

4

作者 陈杰 白文文 +8 位作者 陈洁 万津渝 杨远萍 谢忠良 杨建宁 赖祥弟 陈谷 朱洪顺 万永继 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期979-987,共9页

桑叶穿孔病是近年来新发现的桑树病害之一,目前尚未明确其病原物。2015年8月在四川省绵阳市三台县发生桑叶穿孔病的桑园观察桑树感病症状后,将采集的桑树病叶带回实验室分离、鉴定病叶上分布的微生物菌株以及微型害虫种类。采用细菌和... 桑叶穿孔病是近年来新发现的桑树病害之一,目前尚未明确其病原物。2015年8月在四川省绵阳市三台县发生桑叶穿孔病的桑园观察桑树感病症状后,将采集的桑树病叶带回实验室分离、鉴定病叶上分布的微生物菌株以及微型害虫种类。采用细菌和真菌的常规分离方法,从病叶样本中分离并依据菌落特征初步鉴定的细菌有5种43株,基于细菌菌株的16S r DNA序列鉴定为成团泛菌(Pantoea agglomerans)23株、菠萝泛菌(Pantoea ananatis)10株、栖稻假单胞菌(Pseudomonas oryzihabitans)2株、Pseudomonas argentinensis 3株以及醋酸钙不动杆菌(Acinetobacter calcoaceticus)5株;分离并依据菌落特征和菌株ITS r DNA序列初步鉴定的6种真菌分别是黑孢菌(Nigrospora sp.MF01)、稻黑孢菌(Nigrospora oryzae MF02)、球黑孢霉(Nigrospora sphaerica MF03)、白腐真菌(Phanerochaete sordida MF04)、拟茎点霉(Phomopsis sp.MF05)和黑附球菌(Epicoccum nigrum MF06)。另在显微镜下观察到病叶叶面有桑蓟马(Pseudodendrothrips mori)、桑粉虱(Pealius mori)、叶螨(Tetranychus sp.)和叶甲(Chrysomeloidea sp.)4种微型害虫,这些微型害虫危害桑叶的创伤可能有利于病原菌感染致病。上述结果为进一步探究桑叶穿孔病的发生机制及致病菌的鉴定积累了重要的基础信息。 展开更多

关键词 桑树穿孔病 细菌 真菌 微型害虫 细菌16S RDNA序列 真菌ITS RDNA序列

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珠穆朗玛峰北坡6000m以上主要生境细菌群落特征 被引量：4

5

作者 刘勇勤 姚檀栋 +4 位作者 康世昌 焦念志 曾永辉 黄思军 骆庭伟 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第13期1542-1547,共6页

流式细胞技术及构建的细菌16SrRNA基因文库揭示了珠穆朗玛峰北坡6600-8000m表层雪中细菌的数量。以及6000m冰塔林、6350m冰川融水和6600m表层雪中细菌的群落特征．珠峰北坡表层雪中细菌数量高于南极地区，但与其他高山雪中相似．表层雪... 流式细胞技术及构建的细菌16SrRNA基因文库揭示了珠穆朗玛峰北坡6600-8000m表层雪中细菌的数量。以及6000m冰塔林、6350m冰川融水和6600m表层雪中细菌的群落特征．珠峰北坡表层雪中细菌数量高于南极地区，但与其他高山雪中相似．表层雪中细菌的数量有随海拔升高而增多的趋势，但与离子的浓度相关性不太．珠峰北坡冰冻环境中的细菌16S rRNA序列与土壤、湖泊和河流、动植物体及其他冷冻环境中细菌的相似．冰塔林、冰川融水和表层雪中细菌具不同的群落特征，Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides（CFB）类群细菌在冰川融水中占绝对优势，冰塔林中属于β-Proteobacteria和CFB类的细菌为优势种，而表层雪中细菌则以β-Proteobacteria和Actinobacteria类的细菌为主，不同生境中细菌群落的不同可能是由于细菌的沉积后变化引起． 展开更多

关键词 珠穆朗玛峰 6000 m以上 细菌数量 细菌16S RRNA

原文传递

润滑油降解菌的筛选及其alkB基因的PCR分析 被引量：6

6

作者 余瑛 郭志龙 +3 位作者 卫泽峰 罗微 黄伟九 陈波水 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2011年第1期282-285,共4页

从重庆地区受润滑油污染的酸性土壤中筛选润滑油降解菌,采用形态学和16 srDNA分析鉴定其分类地位,研究它们以润滑油作为唯一碳源的生长能力,并对其烷烃羟化酶基因(alkB)进行了PCR分析。从污染的土壤样品中分离出11株细菌。用酶法检测和... 从重庆地区受润滑油污染的酸性土壤中筛选润滑油降解菌,采用形态学和16 srDNA分析鉴定其分类地位,研究它们以润滑油作为唯一碳源的生长能力,并对其烷烃羟化酶基因(alkB)进行了PCR分析。从污染的土壤样品中分离出11株细菌。用酶法检测和干重法检测发现9株细菌均能分解利用润滑油,16 srDNA分析表明这些菌分属Pseudom onas,Cupriavidus,Bacillus,Acine-tobacter,Stenotrophom onas。对这些菌株的PCR分析发现其alkB基因扩增片段大小介于160和400 bp之间。 展开更多

关键词 润滑油 生物降解 细菌16s RDNA 聚合酶链式反应

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采用ARDRA研究双孢蘑菇培养料后发酵过程中的细菌群落结构(Ⅰ)——细菌16S rDNA全长文库的建立 被引量：5

7

作者 何丽鸿 于荣利 +1 位作者 陈明杰 潘迎捷 《食用菌学报》 2008年第4期11-19,共9页

采用化学裂解和酶解相结合的方法,以加入PVPP的高盐缓冲液作为细胞裂解反应体系,用PEG- 8000进行DNA沉淀.从双孢蘑菇堆肥后发酵的4个代表时期培养料样品中提取微生物总DNA,再以总DNA为模板,以专用引物F27和R1498进行PCR扩增,获得16S rDN... 采用化学裂解和酶解相结合的方法,以加入PVPP的高盐缓冲液作为细胞裂解反应体系,用PEG- 8000进行DNA沉淀.从双孢蘑菇堆肥后发酵的4个代表时期培养料样品中提取微生物总DNA,再以总DNA为模板,以专用引物F27和R1498进行PCR扩增,获得16S rDNA片段,经纯化后构建4个时期样品的细菌16S rDNA文库。试验结果表明,本试验获得的总DNA质量较好。采用PCR扩增可获得多个细菌、放线菌和真菌特异片段;细菌16S rDNA文库的目的片段插入效率在90%以上。 展开更多

关键词 双孢蘑菇 培养料后发酵 细菌16S rDNA文库

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基于年龄因素的肠镜阴性人群与结直肠息肉患者肠道菌群结构及多样性研究 被引量：5

8

作者 鲁弘骎 陈晖 黄颉刚 《长江大学学报（自然科学版）》 CAS 2019年第4期119-124,共6页

目的:结直肠息肉病具有显著的人口学特征,基于年龄为主要风险因素,探讨结直肠息肉患者和肠镜检查结果阴性人群的肠道菌群构成和多样性差异。方法:①筛选出结直肠息肉患者7例以及肠镜检查结果阴性人群47例的粪便样本;②提取样本菌群的DNA... 目的:结直肠息肉病具有显著的人口学特征,基于年龄为主要风险因素,探讨结直肠息肉患者和肠镜检查结果阴性人群的肠道菌群构成和多样性差异。方法:①筛选出结直肠息肉患者7例以及肠镜检查结果阴性人群47例的粪便样本;②提取样本菌群的DNA、PCR扩增、纯化及产物定量,菌群作16S rDNA基因测序;③样本分组:息肉组(7例)、对照组(47例),后者又分为对照一组(年龄≥40岁)、对照二组(年龄<40岁);④使用I-Sanger云平台进行高通量数据分析,物种差异分析使用秩和检验。结果:①Alpha多样性分析,息肉组与对照组肠道菌群构成不同;②在门水平上,息肉组梭杆菌门(Fusobacteria)相对丰度显著低于对照组;在科水平上,息肉组伯克氏菌科(Burkholderiaceae)、梭杆菌科(Fusobacteriaceae)、产碱杆菌科(Alcaligenaceae)的相对丰度显著低于对照组;在属水平上,息肉组洋葱伯克霍尔德菌(Burkholderia-Paraburkholderia)的相对丰度显著低于对照组;③息肉组与对照一组和2组的Alpha多样性差异无统计学意义(P>0.05)。结论:①息肉组与对照组肠道菌群构成不同;②随着年龄增大,维荣球菌科(Veillonellaceae)、巨单胞菌属(Megamonas)相对丰度下降与结直肠息肉发病风险增大有关。 展开更多

关键词 结直肠息肉 肠道菌群 肠镜阴性 细菌16S RDNA 高通量测序

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16S rDNA文库构建技术辅助诊断长病程患者血流感染病原菌方面的应用

9

作者 吴赓 冯林 +3 位作者 殷荷 党甜甜 李光琪 赵志军 《分子诊断与治疗杂志》 2024年第11期2116-2120,共5页

目的探讨16S rDNA文库构建技术在长病程患者细菌血流感染病原学诊断中的应用价值。方法随机收集2023年脓毒血症患者的血浆以及静脉血样本各20例。利用血培养、16S rDNA文库构建技术与16S rDNA高通量测序技术同时检测样本中的病原菌,比... 目的探讨16S rDNA文库构建技术在长病程患者细菌血流感染病原学诊断中的应用价值。方法随机收集2023年脓毒血症患者的血浆以及静脉血样本各20例。利用血培养、16S rDNA文库构建技术与16S rDNA高通量测序技术同时检测样本中的病原菌,比较三种方法检测结果的一致性和性能指标。进一步比较疑似混合感染组(SMIG)和单一感染组(SIG)患者的预后情况。结果通过一致性评价和临床性能指标分析后发现,16S rDNA文库构建技术的结果一致率为80.00%,灵敏度为88.24%,特异性为33.3%。16S rDNA高通量测序技术的结果一致率为70.00%,灵敏度为82.35%。通过K⁃M生存曲线分析显示,疑似混合感染组患者的住院时长以及PCT恢复正常时长明显高于单一感染组且差异有统计学意义(P<0.05)。结论疑似混合细菌血流感染患者的住院时长与病程长于单一细菌血流感染患者,且利用16S rDNA文库构建技术能够有效辅助血培养技术诊断长病程血流感染病原菌,辅助临床医生针对长病程血流感染患者制定更加精准的诊疗方案。 展开更多

关键词 血流感染 血培养 细菌16S rDNA 高通量测序技术

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不同生产状态下佛手山药土壤微生物群落多样性分析

10

作者 杨小林 郭姗姗 +4 位作者 吕亮 常向前 张舒 张佑宏 刘新琼 《中国农学通报》 2024年第32期91-98,共8页

佛手山药是湖北省“农产品地理标志产品”。大田种植佛手山药有多种生产方式。为了探讨不同生产状态下佛手山药土壤微生物群落结构,进行取样分析。以湖北省武穴市佛手山药主产区佛手山药的土壤样品为研究材料,样品取自于4种不同的自然... 佛手山药是湖北省“农产品地理标志产品”。大田种植佛手山药有多种生产方式。为了探讨不同生产状态下佛手山药土壤微生物群落结构,进行取样分析。以湖北省武穴市佛手山药主产区佛手山药的土壤样品为研究材料,样品取自于4种不同的自然生产状态(1、施2%阿维菌素连作1年地;2、施2%阿维菌素连作2年地;3、未施2%阿维菌素非连作地;4、未施2%阿维菌素连作2年地)。采取5点取样法分别采集5~10 cm、10~20 cm、20~30 cm深度土壤层土壤,每深度土壤层重复取样3次,并提取土壤基因组DNA;采用细菌16S RNA和真菌ITS技术进行高质量测序。序列数据分析结果表明共获得2539748条真菌ITS有效序列和1964285条细菌16S有效序列。门分类水平上确认了12个真菌分类单元和50个细菌分类单元,属水平共鉴定到193个真菌物种和1023个细菌物种,显示佛手山药根际土壤在不同生产状态下细菌群落组成的差异性相比真菌群落更为明显,连作对真菌群落结构的影响可能超过了施药处理,土壤深度对细菌群落结构的影响可能更为显著。佛手山药土壤真菌和细菌群落结构特征提示在不同自然生长状态和不同生长深度的土壤中,真菌和细菌群落在门和属水平均呈现多样性,佛手山药大田连作种植易增加根部病害发生的风险。 展开更多

关键词 佛手山药 自然生产状态 细菌16S RNA 真菌ITS技术 土壤微生物群落结构 多样性

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固脱清腑汤胃肠道灌注对重症多发伤患者血液细菌16S rRNA的影响 被引量：2

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作者 张竝 王伟 +7 位作者 张庚 俞勇 金冶 陈扬波 陈云 蔡乾荣 詹元起 周钰 《中国中西医结合杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期589-592,共4页

目的观察固脱清腑汤早期胃肠道灌注对重症多发伤患者血液细菌16S rRNA基因的影响。方法 60例严重多发伤患者分为治疗组(33例)和对照组(27例),伤后两组经胃肠营养管分别滴入自拟中药汤剂固脱清腑汤和生理盐水,两组其余治疗原则相同。观... 目的观察固脱清腑汤早期胃肠道灌注对重症多发伤患者血液细菌16S rRNA基因的影响。方法 60例严重多发伤患者分为治疗组(33例)和对照组(27例),伤后两组经胃肠营养管分别滴入自拟中药汤剂固脱清腑汤和生理盐水,两组其余治疗原则相同。观察两组患者伤后第3、6、9天的血细菌16S rRNA基因阳性率、体温、白细胞计数、血清超敏C反应蛋白(CRP)、血培养阳性率、感染性并发症的发生率和病死率。结果治疗组伤后第9天体温[(37.6±0.12)℃]显著低于对照组[(38.10±0.15)℃,P<0.05];伤后第6、9天CRP治疗组分别为(52.4±6.3)mg/L和(42.9±7.5)mg/L,显著低于对照组[分别为(104.3±20.1)mg/L和(92.5±17.1)mg/L,均为P<0.05];伤后第6、9天血细菌16S rRNA基因阳性率分别为33.3%和30.3%,显著低于对照组(分别为59.3%和77.8%),差异均有统计学意义(P<0.05,P<0.01);伤后血培养结果两组差异无统计学意义(P>0.05);治疗组感染性并发症的发生率(30.3%)也显著低于对照组(59.3%,P<0.05)。结论固脱清腑汤早期胃肠道灌注可能有益于严重创伤患者肠黏膜屏障功能的改善,对减少肠道细菌易位,降低感染性并发症的发生率有一定的作用。 展开更多

关键词 固脱清腑汤 重症多发伤 细菌16S RRNA 肠道细菌易位 感染性并发症

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16S rRNA及18S rRNA同时检测脑脊液中的病原菌 被引量：2

12

作者 杨林 潘世扬 《江苏医药》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期364-365,共2页

目的　提高脑脊液中病原菌的快速、准确鉴定率。方法　以细菌的保守序列 16SrRNA和真菌的 18SrRNA为通用引物 ,用多重PCR技术对标准菌株及 4 6例中枢神经系统感染患者的脑脊液进行扩增 ,同时与脑脊液的培养结果进行比较。结果　标准菌... 目的　提高脑脊液中病原菌的快速、准确鉴定率。方法　以细菌的保守序列 16SrRNA和真菌的 18SrRNA为通用引物 ,用多重PCR技术对标准菌株及 4 6例中枢神经系统感染患者的脑脊液进行扩增 ,同时与脑脊液的培养结果进行比较。结果　标准菌株金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌、脑膜炎奈瑟菌、结核分枝杆菌、化脓性链球菌及白色念球菌均出现特异条带 ,人白细胞DNA为阴性。 4 6份脑脊液标本培养阳性 39例 ,另有 2例PCR阳性而培养阴性 ,后经诱导传代培养证实为L型金黄色葡萄球菌。PCR阳性 4 1例 ,与培养分离鉴定结果符合率为 10 0 %。结论　多重PCR可快速鉴定脑脊液中病原菌 。 展开更多

关键词 中枢神经系统感染 脑脊液检验 多重PCR技术 “细菌16S rRNA基因测序”“真菌18S rRNA基因测序”

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采用扩增核糖体DNA限制性分析(ARDRA)研究双孢蘑菇培养料后发酵过程中的细菌群落结构(Ⅱ)-细菌群落结构ARDRA分析 被引量：2

13

作者 何丽鸿 于荣利 +1 位作者 陈明杰 潘迎捷 《食用菌学报》 北大核心 2009年第1期1-5,共5页

采用ARDRA对双孢蘑菇[Agaricus bisporus(Large)Sing.]培养料后发酵过程中的细菌群落结构进行研究。细菌16S rDNA文库ARDRA分析结果表明,细菌群落在后发酵过程中发生了明显变化,4个时期文库的16S rDNA组成分别以各自独有酶切类型为主。A... 采用ARDRA对双孢蘑菇[Agaricus bisporus(Large)Sing.]培养料后发酵过程中的细菌群落结构进行研究。细菌16S rDNA文库ARDRA分析结果表明,细菌群落在后发酵过程中发生了明显变化,4个时期文库的16S rDNA组成分别以各自独有酶切类型为主。ARDRA文库优势类群的序列分析结果显示,培养料中的细菌组成远多于传统分离方法所获得的类群:在"空气调节"时期培养料(C6)中发现了一些未曾报道的Bacilli门成员,如Trichococcus属、Planococcus属和Caryophanon属,以及γ-Proteobacteria亚纲;而在"后发酵"开始和结束的培养料(C1和C7)中分别检测到了Ther mus ther mophilus和α-Proteobacteria亚纲的细菌,这些是近年来利用分子生物学方法在高温堆肥中发现的新类群;同时,在整个"后发酵"过程中还发现了大量目前尚未获得培养的细菌类群。 展开更多

关键词 双孢蘑菇 培养料后发酵 细菌16S RDNA 细菌群落结构 ARDRA

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高寒草甸鼠兔活动对土壤微生物群落特征的影响 被引量：1

14

作者 章妮 陈克龙 祁闻 《生态科学》 CSCD 2023年第3期83-91,共9页

高原鼠兔活动严重影响了高寒草甸生态系统的多样性及稳定性,土壤微生物对环境变化高度敏感,其群落特征受到了高原草甸鼠兔活动的显著影响。为探究鼠兔活动对土壤微生物群落结构及多样性的影响,本实验以青海湖高寒草甸鼠兔活动干扰下的... 高原鼠兔活动严重影响了高寒草甸生态系统的多样性及稳定性,土壤微生物对环境变化高度敏感,其群落特征受到了高原草甸鼠兔活动的显著影响。为探究鼠兔活动对土壤微生物群落结构及多样性的影响,本实验以青海湖高寒草甸鼠兔活动干扰下的土壤微生物为研究对象,基于细菌16s rRNA进行高通量测序。不同处理下的土壤细菌的优势菌群相似,主要包括变形菌门和酸杆菌门。与自然状态下的高寒草甸相比,鼠兔活动下的土壤细菌群落丰富度显著增加,多样性指数显著降低(P<0.05)。鼠兔活动显著影响了土壤细菌的群落结构(P<0.05),对照与鼠兔活动分组间存在104个差异菌群,鼠兔活动下的亚表层土壤(10—20 cm)仅有3个菌群相对丰度显著升高,鼠兔活动下的表层土壤(0—10 cm)则存在52个差异菌群。FAPROTAX预测分析表明,土壤细菌群落功能基团多为碳氮代谢相关的功能基团,另有部分与无氧呼吸途径及人类疾病有关。总体而言,鼠兔活动显著影响了高寒草甸土壤细菌的群落结构及多样性特征,且表层土壤的细菌群落对鼠兔活动的响应更为明显。 展开更多

关键词 高寒草甸 鼠兔活动 土壤微生物 高通量测序 细菌16s rRNA1

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石油污染对土壤细菌结构特征的影响 被引量：7

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作者 谭银萍 马媛 吕杰 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期193-198,共6页

[目的]探究准东油田地区石油污染对土壤细菌结构特征的影响。[方法]提取准东油田的背景土和油污土中的细菌DNA并进行PCR扩增,利用Miseq平台对其16S r DNA进行测序统计。[结果]总共得到93 033个细菌16S rRNA有效序列,划分为371个OTU单元... [目的]探究准东油田地区石油污染对土壤细菌结构特征的影响。[方法]提取准东油田的背景土和油污土中的细菌DNA并进行PCR扩增,利用Miseq平台对其16S r DNA进行测序统计。[结果]总共得到93 033个细菌16S rRNA有效序列,划分为371个OTU单元;样品中优势菌群是放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)及变形菌门(Proteobacteria),厚壁菌门在背景样本中总数为29 732个,污染样本中为8 097个,数量剧减;变形菌门和放线菌门在石油污染土样中数目分别增长70%和47%;污染样品中多样性shannon指数平均为3.77,高于背景样品的2.77。[结论]证明了石油污染物对环境中的细菌结构影响显著,石油污染土壤中细菌结构多样性高于背景土壤,环境中能降解利用石油烃的菌种可能属于放线菌门和变形菌门。 展开更多

关键词 石油污染 细菌16SrRNA 细菌群落结构 Miseq平台 多样性

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慢性非细菌性前列腺炎患者前列腺组织中细菌16SrRNA基因和大肠杆菌tufA mRNA基因的检测 被引量：3

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作者 石理华 庞自力 +2 位作者 李辉 宋洁 刘维如 《中国男科学杂志》 CAS CSCD 2007年第2期34-36,共3页

目的探讨细菌感染与慢性非细菌性前列腺炎的相关性。方法应用PCR方法检测慢性非细菌性前列腺炎患者前列腺组织中的细菌16SrRNA基因,同时用RT-PCR方法检测其中的大肠杆菌tufAmRNA基因。结果38例慢性非细菌性前列腺炎患者前列腺组织中31例... 目的探讨细菌感染与慢性非细菌性前列腺炎的相关性。方法应用PCR方法检测慢性非细菌性前列腺炎患者前列腺组织中的细菌16SrRNA基因,同时用RT-PCR方法检测其中的大肠杆菌tufAmRNA基因。结果38例慢性非细菌性前列腺炎患者前列腺组织中31例(81.5%)呈细菌16SrRNA基因阳性;在31例细菌16SrRNA基因阳性的患者前列腺组织中,有6例(19.4%)检出大肠杆菌tufAmRNA基因。结论慢性非细菌性前列腺炎患者的前列腺组织中不仅有细菌的存在,而且部分被证实是活力细菌。细菌在慢性非细菌性前列腺炎的病因中可能起一定的作用。 展开更多

关键词 慢性非细菌性前列腺炎 细菌16SRRNA基因 大肠杆菌tufAmRNA基因 聚合酶链式反应 逆转录聚合酶链式反应

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北方黑土土壤细菌16S rDNA扩增体系的优化 被引量：4

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作者 李秋红 吴凤芝 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期341-347,共7页

采用降落PCR方法扩增目的基因，设计两次正交试验对PCR反应体系中的各组分浓度进行筛选，同时对退火时间、延伸时间及循环次数进行摸索。结果表明，适合北方黑钙土土壤细菌16SrDNA扩增体系为：在25μl体系中，10×buffer2．5μl，DN... 采用降落PCR方法扩增目的基因，设计两次正交试验对PCR反应体系中的各组分浓度进行筛选，同时对退火时间、延伸时间及循环次数进行摸索。结果表明，适合北方黑钙土土壤细菌16SrDNA扩增体系为：在25μl体系中，10×buffer2．5μl，DNA模板20ng，Mg^2＋ 2．5mmol L^-1,dNTPs0．25mmol L^-1，引物0．3μmol L^-1，TaqDNA聚合酶1．5U。降落PCR扩增程序为：95℃，5min；95℃，45s；65～56℃，60s；72℃，90s；每两个循环降低1℃。95℃，45s；55℃，60S；72℃，90s；10个循环。最后72℃，10min。 展开更多

关键词 土壤细菌16S RDNA 降落PCR 优化

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急性呼吸窘迫综合征病人呼吸道和上消化道微生物组的变化特征 被引量：3

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作者 孔忆秋 宫蓓蕾 +3 位作者 高山 王穆群 朱裕林 张永 《蚌埠医学院学报》 CAS 2019年第3期284-288,292,共6页

目的:了解急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)病人肺内和消化道内菌群结构的动态变化特征。方法:收集7例ARDS病人的肺泡灌洗液(BALF)和上消化道液(GJ)以及4名健康志愿者(对照组)的BALF(HB)的标本。通过对标... 目的:了解急性呼吸窘迫综合征(acute respiratory distress syndrome,ARDS)病人肺内和消化道内菌群结构的动态变化特征。方法:收集7例ARDS病人的肺泡灌洗液(BALF)和上消化道液(GJ)以及4名健康志愿者(对照组)的BALF(HB)的标本。通过对标本中细菌16S rDNA进行高通量测序和生物信息学分析,了解各组标本细菌群落的构成、演变及关联性。结果:ARDS病人肺内厚壁菌门细菌(Firmicutes)丰度显著增加,占全部细菌88.99%,对照组为38.56.%,差异有统计学意义(P<0.05);而拟杆菌门细菌(Bacteroidetes)分布明显下降,占7.69%,对照组为24.50%,差异有统计学意义(P<0.05);变形菌门细菌(Proteobacteria)也较对照组明显下降(2.55%vs.10.54%,P<0.05)。但随着插管时间延长,ARDS病人肺内菌群中变形菌门细菌相对丰度由2.55%增加至74.65%、厚壁菌门细菌相对丰度则由88.99%降至9.81%。ARDS病人上消化道内菌群在插管期间亦有变化,但是在门水平改变并无统计学意义,仅Acinetobacter属(0.53%vs.53.70%,P<0.05)相对丰度增加。结论:ARDS病人肺内菌群多样性发生改变,且与消化菌群变化有趋同现象,提示其或参与ARDS发生发展,也提示其可能作为ARDS诊断、监测生物标记物的潜在价值。 展开更多

关键词 急性呼吸窘迫综合征 微生物组 细菌16SrDNA 机械通气

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细菌16SrDNA聚合酶链反应用于败血症诊断的临床研究 被引量：2

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作者 邓正华 王开正 +2 位作者 邓剑 向成玉 林燕英 《医学理论与实践》 2004年第6期628-630,共3页

目的 :建立用细菌 16SrDNA高度保守区引物聚合酶链反应 (PCR)扩增检测败血症病原菌的方法 ,并与血培养比较在败血症诊断中的价值。方法 :选用病原菌所共有的 16SrDNA基因保守区的一对寡核苷酸序列 91E和 13B为引物 ,对 10 1例疑为败血... 目的 :建立用细菌 16SrDNA高度保守区引物聚合酶链反应 (PCR)扩增检测败血症病原菌的方法 ,并与血培养比较在败血症诊断中的价值。方法 :选用病原菌所共有的 16SrDNA基因保守区的一对寡核苷酸序列 91E和 13B为引物 ,对 10 1例疑为败血症的患者和 2 5例同期我院门诊健康查体者的血标本进行PCR检测分析。结果 :10 1例疑败血症的血标本中 ,PCR阳性结果 5 0例 ,阳性率为 4 9 5 % ,血培养阳性结果 2 2例 ,阳性率为 2 1 8% ,经 χ2 检验 ,PCR阳性率显著高于后者 (P <0 0 5 )。 2 5例阴性对照组DNA的PCR分析均为阴性 ,特异性为 10 0 % ;对血培养阳性的 2 2例进行PCR分析 ,结果阳性 2 1例 ,以血培养作为确诊标准 ,PCR的敏感性为 95 5 % ,且检测不受抗生素治疗的影响。结论 :在严格控制污染的条件下 ,细菌 16SrDNA高度保守区PCR具有高度的敏感性和特异性 。 展开更多

关键词 细菌16SrDNA 聚合酶链反应 败血症 血培养 抗生素

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LAMP法用于检测饮用水中细菌污染的研究 被引量：1

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作者 李兰芳 潘翊 凌东辉 《中国卫生检验杂志》 北大核心 2013年第3期644-646,共3页

目的:建立一种快速明确饮用水中是否存在细菌污染的核酸检测方法。方法:根据细菌16SrRNA中高度保守的序列设计4条LAMP引物,交由商业公司合成;利用合成好的引物和标准菌株,通过LAMP方法验证引物扩增的效率和特异性,电泳观察扩增结果,并... 目的:建立一种快速明确饮用水中是否存在细菌污染的核酸检测方法。方法:根据细菌16SrRNA中高度保守的序列设计4条LAMP引物,交由商业公司合成;利用合成好的引物和标准菌株,通过LAMP方法验证引物扩增的效率和特异性,电泳观察扩增结果,并比较两种不同细菌基因组DNA提取方法及优化LAMP反应条件。结果:使用设计的引物可以很好的检测出各种标准菌株,而且检测灵敏度达到要求。使用碱裂解的方法可以非常方便的提取出细菌基因组DNA。结论:成功建立了LAMP法检测饮用水中细菌的方法,为饮用水是否存在细菌污染快速检测提供了一种可用的方法。 展开更多

关键词 细菌16SrRNA 环介导等温扩增 饮用水

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