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3种蚊虫线粒体COⅡ基因的分子进化 被引量:2
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作者 黄朝晖 王金福 《浙江大学学报(理学版)》 CAS CSCD 2003年第4期457-460,共4页
测定和比较了中华按蚊、白纹伊蚊和致倦库蚊的细胞色素C氧化酶亚基 基因全序列,并与其他几种蚊虫的CO 基因序列进行了比较,根据CO 基因序列构建了分子系统树,对这些蚊虫的进化年代及亲缘关系进行了讨论。结果显示,这3种蚊虫以中华按蚊... 测定和比较了中华按蚊、白纹伊蚊和致倦库蚊的细胞色素C氧化酶亚基 基因全序列,并与其他几种蚊虫的CO 基因序列进行了比较,根据CO 基因序列构建了分子系统树,对这些蚊虫的进化年代及亲缘关系进行了讨论。结果显示,这3种蚊虫以中华按蚊比较原始,在CO 分子结构上,白纹伊蚊与致倦库蚊具有更近的亲缘关系。CO 基因是蚊类分子系统学研究的有效分子标记. 展开更多
关键词 中华按蚊 白纹伊蚊 致倦库蚊 线粒体 cO基因 分子进化 细胞色素c氧化酶亚基基因 分子标记
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DNA条形码技术在河北省鼠疫疫源地常见蚤种鉴定中的应用 被引量:1
2
作者 兰晓宇 鲁亮 +9 位作者 候芝林 杜国义 史献明 崔耀仁 刘冠纯 陈永明 康东梅 郑楠 任兴宇 闫东 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2020年第6期662-666,共5页
目的以河北省常见鼠疫媒介蚤为研究对象,使用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因和细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)基因对其进行分子生物学鉴定,建立河北省常见蚤种的DNA条形码数据库。方法 2018年6-8月在张家口市康保牧场采集鼠体寄... 目的以河北省常见鼠疫媒介蚤为研究对象,使用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因和细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)基因对其进行分子生物学鉴定,建立河北省常见蚤种的DNA条形码数据库。方法 2018年6-8月在张家口市康保牧场采集鼠体寄生蚤及洞干蚤,2018年9-10月在张家口崇礼区采集鼠体寄生蚤,经形态学鉴定后,选取标本形态完整的不同蚤种提取总DNA,扩增线粒体COⅠ和COⅡ基因片段,并进行测序,将测序结果与GenBank中蚤类序列进行BLAST同源性比对,利用邻接法构建COⅠ和COⅡ基因序列的系统进化树。结果选取的16份蚤类样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ和COⅡ基因条带,其中13份样本COⅠ测序成功,12份样本COⅡ测序成功。COⅠ基因的分子进化树结果中,12份样本与形态学鉴定结果一致,1份样本与形态学有差异。COⅡ基因的分子进化树结果与形态学鉴定全部一致。结论 COⅠ和COⅡ基因均可作为DNA条形编码基因对河北省鼠疫疫源地的常见蚤类进行物种鉴定,利用2个基因同时进行蚤种鉴定提高了鉴定的成功率,所积累数据为以后的蚤类分子鉴定技术提供了可利用的数据库。 展开更多
关键词 蚤类 DNA条形码技术 细胞色素c氧化酶亚基基因 细胞色素c氧化酶亚基基因 种类鉴定
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阿尔茨海默病患者血液细胞线粒体内细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ基因存在缺失 被引量:1
3
作者 邱小忠 欧阳钧 +4 位作者 余磊 张黎声 陆云涛 原林 钟世镇 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期57-61,共5页
目的 调查 2 5例老年痴呆患者血细胞线粒体中细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ基因的突变情况 ,探讨线粒体DNA突变与阿尔茨海默病 (AD)性老年痴呆发生发展的关系。 方法 采用微量法提取血细胞总DNA直接作为PCR模板 ,进行巢式PCR扩增 ,最后采用... 目的 调查 2 5例老年痴呆患者血细胞线粒体中细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ基因的突变情况 ,探讨线粒体DNA突变与阿尔茨海默病 (AD)性老年痴呆发生发展的关系。 方法 采用微量法提取血细胞总DNA直接作为PCR模板 ,进行巢式PCR扩增 ,最后采用DNA序列分析鉴定突变。 结果 在正常老人组 ,只扩增了 2 80bp的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ基因 (COX2 )扩增片段 ,而在老年痴呆患者中出现了 4 6 4bp和 2 80bp的多态性扩增片段 ,并且发现了 1个 32 0bp的新的线粒体DNA缺失片段 ,1位AD患者的COX2基因存在一种新的缺失后重组现象 ,COX2基因的 1条单链在np75 0 3处断裂 ,另 1条单链在np7785处断裂 ,这两个断裂的游离片段通过插入 1个额外的胞嘧啶核苷酸重新连接起来。 结论 老年痴呆患者中的COX2基因存在片段扩增多态性。 展开更多
关键词 细胞色素c氧化酶亚基基因 阿尔茨海默病性老年痴呆 缺失
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桔小实蝇幼体及成虫残体DNA条形码识别技术的建立与应用 被引量:23
4
作者 刘慎思 张桂芬 +3 位作者 武强 张爱兵 王进军 万方浩 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期336-343,共8页
实蝇类害虫多为国内外检疫对象,其鉴定识别方法主要依据成虫的外部形态特征,而传统的形态学识别法对口岸经常截获的幼体及残缺的虫体,则无能为力。本研究以桔小实蝇Bactrocera dorsalis的幼体(卵、幼虫、蛹)以及成虫残体(足、翅、头部... 实蝇类害虫多为国内外检疫对象,其鉴定识别方法主要依据成虫的外部形态特征,而传统的形态学识别法对口岸经常截获的幼体及残缺的虫体,则无能为力。本研究以桔小实蝇Bactrocera dorsalis的幼体(卵、幼虫、蛹)以及成虫残体(足、翅、头部、胸部、腹部)为对象,利用DNA条形码技术,构建实蝇类害虫快速鉴定技术体系,并以其他4种常见实蝇(包括番石榴实蝇B.correcta、瓜实蝇B.cucurbitae、南亚果实蝇B.tau、柑桔大实蝇B.minax)为对象对该技术体系进行应用验证。结果显示,桔小实蝇幼体以及成虫残体的碱基序列与数据库中靶标种COⅠ基因碱基序列的一致性为99.51%~99.84%,其他4种实蝇相应序列与数据库中靶标种COⅠ基因序列的一致性分别为100%,100%,99.81%~99.83%和100%;以邻接法(NJ法)构建系统发育树,靶标种实蝇均与数据库中对应种实蝇聚为一支,且置信度均为100%。以K2-P模型计算种内及种间遗传距离得出,5种实蝇的种间遗传距离为0.0597~0.2363,平均为0.1693;种内遗传距离为0.0000~0.0041,平均为0.0019。这些结果表明,基于DNA条形码的物种识别技术完全可用于口岸截获的实蝇类害虫幼体及残体的准确鉴定。 展开更多
关键词 桔小实蝇 DNA条形码 实蝇类 幼体 成虫残体 线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基基因 种类识别
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动物性中药材地龙DNA条形码初步研究 被引量:19
5
作者 吕国庆 牛宪立 姬可平 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第17期114-116,共3页
利用通用引物对中药材地龙的COⅠ、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙COⅠ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析。结果显示:(1)中药材地龙COⅠ片断的长度为682 bp,... 利用通用引物对中药材地龙的COⅠ、16S rDNA片断进行PCR扩增、测序、分析,并构建系统进化树,将获得的中药材地龙COⅠ、16S rDNA片断序列提交到GenBank中的DNA Barcoding数据库进行分析。结果显示:(1)中药材地龙COⅠ片断的长度为682 bp,其中变异位点(SNP多态位点)有179个,多态位点约占片断总长的26%,碱基A+T的含量为58.8%、G+C的含量为41.2%。16S rDNA片断的长度为503 bp,其中变异位点有70个,多态位点约占片断总长的14%,碱基A+T的含量为62.4%、G+C的含量为37.6%;(2)获得COⅠ序列的登录号为HQ405769-HQ405776,16S rDNA序列的登录号为HQ405777-HQ405783;(3)中药材地龙DNA中COⅠ序列的基因多态性比16S rDNA序列更显著,适合做为中药材地龙的DNA条形码。 展开更多
关键词 中药材 地龙 DNA条形码 线粒体细胞色素c氧化酶亚基基因(cOⅠ) 16SrRNA基因(16SrDNA)
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洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)Cytb和COⅠ基因序列多态性分析 被引量:19
6
作者 李大命 李康 +6 位作者 张彤晴 唐晟凯 刘燕山 刘小维 穆欢 黄越峰 潘建林 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2017年第6期25-31,共7页
为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列... 为揭示我国洪泽湖大银鱼(Protosalanx hyalocranius)遗传多样性现状,科学保护和合理利用大银鱼种质资源,采用线粒体细胞色素b基因(Cytb)和细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基基因(COⅠ)序列,分析了洪泽湖40尾大银鱼的遗传多样性。通过PCR扩增与序列测定分别获得了长度为1141 bp和630 bp的Cytb和COⅠ基因序列。40条Cytb基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.7%、29.3%、16.7%和32.3%,检出6个变异位点,定义7个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.775和0.00129,碱基平均差异数为1.469。40条COⅠ基因序列碱基A、T、G和C的平均含量分别为21.6%、26.0%、19.2%和33.2%,检出5个变异位点,定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.700和0.00207,平均碱基差异数是1.303。Cytb及COⅠ基因单倍型之间的遗传距离较小,且NJ系统进化树聚为一支,说明大银鱼单倍型没有出现遗传分化。Fu’s F_s中性检验结果和碱基歧点分布图均表明,洪泽湖大银鱼近期经历了种群扩张事件。 展开更多
关键词 遗传多样性 细胞色素B基因 细胞色素c氧化酶亚基基因 大银鱼 洪泽湖
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光肩星天牛mtDNACOⅠ基因遗传差异的研究 被引量:9
7
作者 安榆林 杨晓军 +3 位作者 林晓佳 师丽敏 黄晓明 陈建东 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第5期77-83,共7页
应用PCR直接测序法对不同地理来源的24个光肩星天牛、4个不同地理来源的黄斑星天牛及8个近缘种样品和花柳曲窄吉丁共37个样品的线粒体mtDNACOⅠ基因中一段504bp的序列进行测序。序列分析结果表明:光肩星天牛与其近缘种、外缘种间存在明... 应用PCR直接测序法对不同地理来源的24个光肩星天牛、4个不同地理来源的黄斑星天牛及8个近缘种样品和花柳曲窄吉丁共37个样品的线粒体mtDNACOⅠ基因中一段504bp的序列进行测序。序列分析结果表明:光肩星天牛与其近缘种、外缘种间存在明显规律性差异;中国、美国、韩国等不同地理来源的光肩星天牛样品间存在一定的基因差异,并呈现出中国北方、中国南方、美国和韩国4个种群的特征,此研究结果不支持“美国的光肩星天牛是从中国传入的”的观点;光肩星天牛和黄斑星天牛样品间的差异较小,并未达到种级分类水平,应归为同1个种。 展开更多
关键词 光肩星天牛 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基基因 遗传差异
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DNA条形码技术在福建省蝇类鉴定中的应用 被引量:12
8
作者 吴荣泉 张建庆 +3 位作者 方义亮 肖武 房长天 刘宝英 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2014年第6期514-517,共4页
目的探讨DNA条形码技术应用于福建省蝇类鉴定的可行性,并初步建立福建省蝇类的基因数据库。方法采集自福建省部分地区的4科13属19种64个蝇类新鲜标本,提取基因组DNA进行PCR扩增,序列测序,并进行同源性对比、进化距离分析,构建系统进化... 目的探讨DNA条形码技术应用于福建省蝇类鉴定的可行性,并初步建立福建省蝇类的基因数据库。方法采集自福建省部分地区的4科13属19种64个蝇类新鲜标本,提取基因组DNA进行PCR扩增,序列测序,并进行同源性对比、进化距离分析,构建系统进化树。结果基因序列分析结果显示,上述蝇类mt DNA上细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列的种内进化分歧均数在0~3.32%之间;除铜绿蝇与丝光绿蝇进化分歧均数为0.69%外,其余种间进化分歧均数在5.26%~18.30%之间;系统进化树分析显示,相同种能够很好聚集在一起,Bootstrap检验可信度均达96%以上。结论DNA条形码技术可用于福建省一些常见蝇类的鉴定,作为形态学鉴定的补充手段。 展开更多
关键词 细胞色素c氧化酶亚基I基因 系统发育树 DNA条形码 线粒体DNA
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基于COⅠ基因的厦门海域鱼类DNA条形码鉴定 被引量:12
9
作者 邢炳鹏 林汝榕 +1 位作者 王彦国 张稚兰 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2016年第1期144-150,共7页
为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种... 为研究DNA条形码技术在厦门海域鱼类分类鉴定中的可行性,随机选取了厦门海域23种鱼类样品进行COⅠ基因扩增,结果共获取23条序列,平均长度为656 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:29.40%、28.10%、18.40%、24.10%.样品种内、种间、科内和目内的遗传距离(K2P)分别为:0.21%,20.50%、24.47%和25.62%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离明显大于种内遗传距离.所选厦门海域鱼类样品仅蓝圆鯵鉴定到圆鯵属,未能鉴定到种,其余22种全部鉴定到种,表明COⅠ基因序列可以作为鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 展开更多
关键词 海洋生物学 鱼类 细胞色素c氧化酶亚基基因 DNA条形码 物种鉴定 厦门海域
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高邮湖大银鱼、太湖新银鱼Cytb和COⅠ基因序列多态性分析 被引量:11
10
作者 李大命 孙文祥 +5 位作者 许飞 唐晟凯 刘燕山 谷先坤 刘小维 张彤晴 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期258-264,共7页
为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型... 为探明高邮湖大银鱼、太湖新银鱼野生资源状况,利用线粒体DNA Cytb和COⅠ基因序列,对高邮湖大银鱼、太湖新银鱼的遗传多样性水平及遗传结构进行分析。试验结果显示,大银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点14个,共定义12个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.871±0.031和0.00172±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点5个,共定义6个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.747±0.041和0.00202±0.00019,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征;太湖新银鱼Cytb基因序列全长1141 bp,其中多态性位点13个,共定义9个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.609±0.078和0.00094±0.00027,具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性特征。COⅠ基因片段长度为630 bp,其中多态位点2个,共定义3个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.232±0.085和0.00038±0.00014,呈现低单倍型多样性和低核苷酸多样性。大银鱼和太湖新银鱼Tajima′s D和Fu′Fs中性检验值为负值,且歧点分布曲线呈单峰型,表明历史上经历过种群扩张。研究结果表明,应通过多种措施加强高邮湖银鱼种质资源保护。 展开更多
关键词 大银鱼 太湖新银鱼 细胞色素B基因 细胞色素c氧化酶亚基基因 遗传多样性 高邮湖
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基于cox2基因的细粒棘球绦虫环介导等温扩增检测方法的初步建立 被引量:11
11
作者 张艳艳 叶倩 +1 位作者 王正荣 薄新文 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期169-172,共4页
目的建立一种安全、快速、高效的细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus)的诊断方法——环介导等温扩增方法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)。方法根据细粒棘球绦虫线粒体细胞色素c氧化酶亚基2(cytochrome c oxidase sub... 目的建立一种安全、快速、高效的细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus)的诊断方法——环介导等温扩增方法(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)。方法根据细粒棘球绦虫线粒体细胞色素c氧化酶亚基2(cytochrome c oxidase subunit 2,cox2)基因序列,设计4条LAMP引物,建立LAMP检测方法,采用LAMP法和常规PCR法检测细粒棘球绦虫、泡状带绦虫(Cysticercus tenuicollis)、扩展莫尼茨绦虫(Moniezia expansa)、羊曲子宫绦虫(Thysaniezia ovilla)、中点无卵黄腺绦虫(Avitellina centripunctata)、鞭毛线虫(flagella nematodes)、肝片吸虫(Fasciola hepatica)、多房棘球绦虫(E.multilocularis)和捻转血矛线虫(Haemonchus contortus)等9种寄生虫的DNA以验证LAMP法的特异性;分别用LAMP法和常规PCR法检测梯度稀释的含cox2基因片段的细粒棘球绦虫标准质粒后,比较两者的敏感性。采用LAMP、PCR和夹心ELISA法检测50份犬粪样,计算细粒棘球绦虫cox2基因的阳性率,评价所建立的LAMP法检测效果。结果LAMP法的特异性验证结果表明,仅在以细粒棘球绦虫DNA为模板的反应体系中出现特异性产物。LAMP法在细粒棘球绦虫标准质粒浓度为16.09 ag/μl时仍可见梯状条带,而常规PCR法仅可检测到浓度为16.9 fg/μl以上的质粒,LAMP法灵敏性是常规PCR法的1 000倍。对50份犬粪中细粒棘球绦虫DNA的检测结果显示,PCR、LAMP和夹心ELISA法检测结果相同,阳性率为8.0%(4/50)。结论基于细粒棘球绦虫线粒体cox2基因的LAMP检测方法操作方便、特异性较强、敏感性较高,适于细粒棘球绦虫感染犬的快速检测。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 细胞色素c氧化酶亚基2基因 环介导等温扩增
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DNA条形码技术在河北省坝上地区夜行鼠鉴定中的应用 被引量:11
12
作者 金圣浩 鲁亮 +5 位作者 闫东 史献明 崔耀仁 李玉伟 刘起勇 孔令艳 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2015年第1期55-57,共3页
目的以河北省坝上地区捕获的夜行鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠类鉴定。方法在河北省坝上地区采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作标本,提取DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,并测序。将测序结果与Gen Bank... 目的以河北省坝上地区捕获的夜行鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠类鉴定。方法在河北省坝上地区采集鼠肝脏标本,并保存整只鼠,制作标本,提取DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因,并测序。将测序结果与Gen Bank中其他鼠类的DNA条码进行Blast比对,并构建分子进化树。结果 36份样本均能通过PCR扩增出特异性COⅠ基因条带,所构建的分子进化树结果与形态学鉴定结果有所不同,经头骨鉴定,进化树结果正确无误,更正形态学鉴定结果。其中2只夜行鼠未能在Gen Bank中找到同源性较高的鼠类基因,且头骨受到严重损坏,暂无法确定鼠种。结论 DNA条形码技术能够对鼠类进行有效的物种鉴定。 展开更多
关键词 河北省坝上地区 夜行鼠 DNA条形码 细胞色素c氧化酶亚基基因
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中国不同地理株白纹伊蚊细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列比较 被引量:7
13
作者 陈虹 陈汉彬 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期491-493,共3页
目的 比较中国不同地理株白纹伊蚊细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ )基因序列 ,从分子水平探讨不同地理株对登革病毒 (DV)易感性的差异。方法 用聚合酶链反应从蚊虫基因组DNA扩增出COⅠ基因片段并进行克隆测序 ;用邻接法进行分子系统发... 目的 比较中国不同地理株白纹伊蚊细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ (COⅠ )基因序列 ,从分子水平探讨不同地理株对登革病毒 (DV)易感性的差异。方法 用聚合酶链反应从蚊虫基因组DNA扩增出COⅠ基因片段并进行克隆测序 ;用邻接法进行分子系统发育分析。结果 各地理株白纹伊蚊COⅠ基因片段序列长度均为 415bp ,所测各株序列均无缺失。云南思茅株的碱基转换率为 1.93 %,颠换率为 0 .2 4%。贵州麻尾株和广西南宁株的转换率为 0 .48%。各地理株中思茅株与麻尾株关系较近 ,麻尾株与南宁株关系较近 ,其余 11个地理株均为同型株。结论 蚊虫对DV的易感性与多种因素有关 ,包括遗传及生态学方面 (如季节气候、地理环境、人类活动等 )的因素。在中国大多数白纹伊蚊为同型基因 ,其对DV的易感性尚无直接对应关系。 展开更多
关键词 中国 地理株 白纹伊蚊 细胞色素c氧化酶亚基基因 序列比较
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用DNA条形码技术鉴定阿拉善黄鼠和达乌尔黄鼠 被引量:9
14
作者 陈宝宝 孙养信 +2 位作者 安翠红 霍丽霞 范锁平 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2014年第5期432-434,共3页
目的 探索阿拉善黄鼠和达乌尔黄鼠的分类鉴定方法。方法 运用DNA条形码技术测定两地黄鼠的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,分析遗传距离,构建系统发育NJ树。结果 11份阿拉善黄鼠的种内遗传距离〈2%,4份达乌尔黄鼠的种内... 目的 探索阿拉善黄鼠和达乌尔黄鼠的分类鉴定方法。方法 运用DNA条形码技术测定两地黄鼠的线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,分析遗传距离,构建系统发育NJ树。结果 11份阿拉善黄鼠的种内遗传距离〈2%,4份达乌尔黄鼠的种内遗传距离〈1%,两地黄鼠的遗传距离介于8%~9%之间,同时,NJ树将两地黄鼠分成2个独立分支。结论 阿拉善黄鼠为独立物种。DNA条形码技术可用于黄鼠种类鉴定。 展开更多
关键词 DNA条形码 细胞色素c氧化酶亚基基因 鼠种鉴定 阿拉善黄鼠 达乌尔黄鼠
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基于COⅠ基因的媒介蝇类快速分子鉴定研究 被引量:6
15
作者 王颖 鲁闽 +2 位作者 李金庆 刘明杰 岳巧云 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2014年第5期427-431,共5页
目的为解决蝇类形态学鉴定的不足,建立基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的DNA条形码技术对蝇类进行分子鉴定。方法选取烟台口岸常见的16只蝇类作为研究对象,形态学鉴定后,取蝇的单后足代表微量组织,提取总DNA。依据资料,选取COⅠ国... 目的为解决蝇类形态学鉴定的不足,建立基于细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的DNA条形码技术对蝇类进行分子鉴定。方法选取烟台口岸常见的16只蝇类作为研究对象,形态学鉴定后,取蝇的单后足代表微量组织,提取总DNA。依据资料,选取COⅠ国际通用引物LCO1490:5′-GGT CAA CAA ATC ATA AAG ATA TTG G-3′,HCO2198:5′-TAA ACT TCA GGG TGA CCA AAA AAT CA-3′,建立PCR体系,完善PCR程序,有效扩增蝇类的COⅠ基因。纯化PCR产物后进行序列测定和比对。此外,应用Mega5.05软件分别用最大似然法、邻接法、最大简约法分析系统发育,构建系统发育树比较进化关系。结果 16只蝇类COⅠ基因扩增片段长度为690 bp,其中A+T平均含量高达68.53%。序列比对结果及系统进化关系显示,16只蝇类COⅠ基因的分子鉴定与形态学鉴定结果一致。结论应用DNA条形码技术可成功扩增蝇类的COⅠ基因,其分子鉴定与形态学鉴定结果完全一致,尤其适用于微量组织样本的鉴定。 展开更多
关键词 DNA条形码 细胞色素c氧化酶亚基基因 蝇类 分类鉴定
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甘肃省鼠疫疫源地啮齿动物DNA条形码分析 被引量:6
16
作者 郭丽民 席进孝 +5 位作者 盖永志 吴斌 王世明 苗克军 穆洮霞 徐大琴 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2019年第2期176-179,共4页
目的探讨DNA条形码技术在甘肃省鼠疫疫源地啮齿动物分类和鉴定中的可行性。方法 2017年在甘肃省鼠疫疫源地及非疫源地采集啮齿动物肝脏标本,并保存整只,制作标本,提取基因组DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因... 目的探讨DNA条形码技术在甘肃省鼠疫疫源地啮齿动物分类和鉴定中的可行性。方法 2017年在甘肃省鼠疫疫源地及非疫源地采集啮齿动物肝脏标本,并保存整只,制作标本,提取基因组DNA,采用通用引物PCR法扩增细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因并测序。将测序结果与GenBank中物种的DNA条形码进行BLAST比对,并构建分子进化树。结果在甘肃省9个市(区、县)的4类不同生境中共采集啮齿动物164只,其中鼠科3种,跳鼠科2种,仓鼠科4种,松鼠科3种,沙鼠科、鼢鼠科和兔形目的鼠兔科各1种。通过164个样本所构建的分子进化树形成15个高度支持的分支,与形态鉴定结果一致。结论 DNA条形码可用于啮齿动物标本的准确鉴定,能更好地研究啮齿类的分类及进化关系。 展开更多
关键词 DNA条形码 鼠疫疫源地 啮齿动物 细胞色素c氧化酶亚基基因
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松花江下游鱼类早期分子鉴定 被引量:6
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作者 鲁翠云 霍堂斌 +3 位作者 王继隆 那荣滨 刘伟 唐富江 《湿地科学》 CSCD 北大核心 2020年第5期516-524,共9页
2016~2019年,采用COI(Cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因序列,对松花江下游水域卵和仔鱼进行了物种发育早期的分子鉴定,旨在了解松花江下游鱼类物种组成现状,为松花江下游主要经济鱼类产卵场调查和鱼类多样性保护与可持续利用提... 2016~2019年,采用COI(Cytochrome C oxidase subunit I,COI)基因序列,对松花江下游水域卵和仔鱼进行了物种发育早期的分子鉴定,旨在了解松花江下游鱼类物种组成现状,为松花江下游主要经济鱼类产卵场调查和鱼类多样性保护与可持续利用提供基础资料。在对2 486个样本的分析中,共获得有效序列2 304条,其中,2 227条序列与已知种的相似度≥98.4%,鉴定到种,占96.66%;61条序列的相似度≥95%而<98.4%,鉴定到属,占2.65%;16条序列的相似度<95%,为未知种,占0.69%。根据鉴定到种的2 227条序列,最终确定的鱼类物种为36种,隶属于3目6科29属,其中,有鲤科20属24种,共1 981个样本,占88.96%;有鳅科4属5种,共223个样本,占10.01%;检测到的贝氏?(Hemiculter bleekeri)的序列数量最多,潘氏鳅鮀(Gobiobotia pappenheimi)、花斑副沙鳅(Parabotia fasciatus)、蛇鮈(Saurogobio dabryi)和突吻鮈(Rostrogobio amurensis)的序列数量也较多。 展开更多
关键词 鱼卵 细胞色素c氧化酶亚基基因 分子鉴定 松花江下游
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COⅠ基因序列在蛇鳗科鱼类种类鉴定中的适用性研究 被引量:6
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作者 张稚兰 林汝榕 邢炳鹏 《应用海洋学学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期411-416,共6页
为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行COⅠ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:27.50%、28.10%、26.00%、18.40%,A+T含量均高于5... 为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行COⅠ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:27.50%、28.10%、26.00%、18.40%,A+T含量均高于50%.样品种内、种间和属间的遗传距离(K2P)分别为:0.52%、20.07%、23.96%,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的38.59倍,符合Hebert提出的相差10倍的物种鉴定标准,表明COⅠ基因序列可以作为蛇鳗科鱼类分类鉴定的有效DNA条形码. 展开更多
关键词 海洋生物学 蛇鳗科 细胞色素c氧化酶亚基基因 DNA条形码 物种鉴定
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辽宁地区柞园新记录害虫多斑柞跳象的初步鉴定 被引量:6
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作者 杨瑞生 刘严 +5 位作者 徐家生 姜义仁 王勇 石生林 戴小华 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期799-804,共6页
近期在辽宁柞蚕区发现了一种新的柞树潜叶性害虫。将昆虫线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mtD NA COⅠ)序列作为DNA条形码,结合形态特征对害虫进行分类鉴定。以单头试虫的基因组DNA为模板,用mtD NA COⅠ通用引物PCR扩增得到了试虫的m... 近期在辽宁柞蚕区发现了一种新的柞树潜叶性害虫。将昆虫线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(mtD NA COⅠ)序列作为DNA条形码,结合形态特征对害虫进行分类鉴定。以单头试虫的基因组DNA为模板,用mtD NA COⅠ通用引物PCR扩增得到了试虫的mtD NA COⅠ基因片段(GenB ank登录号:KX657707~KX657709)。将获得的基因片段序列在NCBI数据库进行BLAST同源性搜索,在GenB ank中未搜索到该试虫的相关序列信息,但与鞘翅目Coleoptera象甲科Curculionidae象甲亚科Curculioninae的Orchestes jota mtD NA COⅠ同源片段序列(GenB ank登录号:KJ963227.1)的相似度最高,为86%。室内观察其成虫、幼虫和蛹的形态特征:成虫体长3.7~4.0 mm,喙长0.8~1.0 mm,鞘翅,后足发达,腿节粗壮;老熟幼虫5~7 mm,体节12节,无足,具步泡突;蛹为裸蛹。基于试虫的mtD NA COⅠ分子鉴定标记,结合试虫与原有记录形态特征的比较结果,初步鉴定新发现的柞树潜叶性害虫为跳象亚科Rhynchaeninae跳象属Rhynchaenus的多斑柞跳象Rhynchaenus(Orchestes)maculosus。 展开更多
关键词 柞树 新记录害虫 跳象属 多斑柞跳象 形态特征 线粒体细胞色素c氧化酶亚基基因
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山羊脑多头蚴形态学与cox1基因鉴定 被引量:6
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作者 段博芳 程文杰 +6 位作者 杨勇 赵珍 吕艳 姜关树 吕艳彩 杨建发 张文东 《动物医学进展》 北大核心 2021年第9期42-46,共5页
为鉴定山羊脑多头蚴,通过对虫体进行形态学观察并采用PCR扩增虫体线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(cox1)基因,将有效序列进行NCBI-Blast在线比对,利用MEGA6.0构建遗传系统进化树。结果显示,山羊脑多头蚴cox1序列长度为446 bp,与多头带绦虫... 为鉴定山羊脑多头蚴,通过对虫体进行形态学观察并采用PCR扩增虫体线粒体细胞色素C氧化酶亚基1(cox1)基因,将有效序列进行NCBI-Blast在线比对,利用MEGA6.0构建遗传系统进化树。结果显示,山羊脑多头蚴cox1序列长度为446 bp,与多头带绦虫同源性达100%,系统进化分析显示分离株与多头带绦虫位于同一分支。结合形态学观察结果表明,山羊所感染的多头蚴属于多头带绦虫幼虫——脑多头蚴,cox1基因可作为鉴定多头带绦虫的有效分子标记,研究结果为山羊脑多头蚴的分子诊断提供参考依据。 展开更多
关键词 山羊 脑多头蚴 形态学 线粒体细胞色素c氧化酶亚基1基因 鉴定
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