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为害小麦新害虫——显脉污灯蛾Spilarctia bisecta Leech (Lepidoptera: Arctiidae)
1
作者 秦杨 余金珂 +1 位作者 刘怀 王梓英 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期347-355,共9页
小麦是我国三大粮食作物之一,其在生产过程中受到多种害虫为害;在调查重庆市潼南区小麦病虫害过程中新发现一种鳞翅目害虫为害小麦,对其进行形态学及细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因序列鉴定,确定其为显脉污灯蛾Sp... 小麦是我国三大粮食作物之一,其在生产过程中受到多种害虫为害;在调查重庆市潼南区小麦病虫害过程中新发现一种鳞翅目害虫为害小麦,对其进行形态学及细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ)基因序列鉴定,确定其为显脉污灯蛾Spilarctia bisecta Leech。污灯蛾属中有多种为害农作物的害虫,但显脉污灯蛾在中国还未有为害小麦的确切报道,这一发现提醒我们应当注意小麦和其他禾本科作物上的潜在害虫。 展开更多
关键词 小麦 显脉污灯蛾 形态学鉴定 外生殖器 细胞色素氧化酶i亚基
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广东省南澳岛广州管圆线虫遗传多样性调查 被引量：2
2
作者 胡求安 吕山 +2 位作者 郭云海 刘和香 张仪 《中国寄生虫学与寄生虫病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期130-135,共6页
目的研究广东省南澳岛广州管圆线虫(Angiostronglus cantonensis)遗传多样性,分析其与中国不同地区分离株间的系统发生关系。方法 2015-2016年采用分层随机抽样法在南澳岛抽取3个行政村(宫前村、金山村和六都村),选取55个采样点。用鼠... 目的研究广东省南澳岛广州管圆线虫(Angiostronglus cantonensis)遗传多样性,分析其与中国不同地区分离株间的系统发生关系。方法 2015-2016年采用分层随机抽样法在南澳岛抽取3个行政村(宫前村、金山村和六都村),选取55个采样点。用鼠笼捕鼠,解剖鼠类收集广州管圆线虫成虫。现场采集福寿螺(Pomacea canaliculata)和玛瑙螺(Achatina fulica),从螺类收集Ⅲ期幼虫,实验室感染SD大鼠后收集成虫。提取成虫基因组DNA,PCR扩增核糖体DNA内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)和线粒体DNA细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(cytochrome c oxidase subunitⅠ,COⅠ)并测序,运用Clustal X1.83比对序列,Dna SP5.10分析其序列组成及遗传多样性。从Gen Bank上获取浙江温州(登录号HQ540551.1)、广东深圳(登录号HQ540546.1)、台湾花莲(登录号KF591125.1)等中国不同地区分离株的ITS2序列,运用Mega6.06基于Kumara双参数模型计算遗传距离,用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建系统进化树,分析各地区分离株的亲缘关系。结果从南澳岛共捕获鼠类110只,广州管圆线虫感染阳性率为29.1%(32/110);分别检测福寿螺和玛瑙螺1 190只和24只,广州管圆线虫感染阳性率分别为6.1%(72/1 190)和83.3%(20/24)。PCR结果显示,广州管圆线虫ITS2和COⅠ片段长度分别为693和1 174 bp,位点变异率分别为4.7%和1.0%。南澳岛广州管圆线虫ITS2基因单倍型多样性指数为0.927,核苷酸多样性指数为0.007,平均核苷酸差异指数为4.549。COⅠ基因单倍型多样性指数为0.440,核苷酸多样性指数为0.004,平均核苷酸差异指数为3.743。基于ITS2的分析结果显示,南澳岛与国内其他地区分离株遗传距离为0.181~0.775,NJ法MP法构建的系统进化树基本一致,南澳岛大部分虫体序列与广东深圳、福建福清、云南普洱、广西南宁的分离株同属一大分支,小部分则单独聚成一支。结论南澳岛广州管圆线虫种群内存在一� 展开更多
关键词 广州管圆线虫 内转录间隔区2 细胞色素氧化酶i亚基 遗传多样性 亲缘关系
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河北省曹妃甸地区蚊类形态学及分子鉴定 被引量：1
3
作者 马孟哲 魏泽乾 +3 位作者 王旭惠 高麦琪 沈海娥 王洋 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2019年第6期403-406,共4页
目的 通过形态学特征与COI基因分析对曹妃甸地区蚊种进行鉴定,了解曹妃甸地区蚊类的种群构成与分布情况。方法 2018年7-9月在曹妃甸地区华北理工大学校园、曹妃甸森林公园、曹妃甸湿地景区周边以及南堡开发区南盐公园4个监测点,采用诱... 目的 通过形态学特征与COI基因分析对曹妃甸地区蚊种进行鉴定,了解曹妃甸地区蚊类的种群构成与分布情况。方法 2018年7-9月在曹妃甸地区华北理工大学校园、曹妃甸森林公园、曹妃甸湿地景区周边以及南堡开发区南盐公园4个监测点,采用诱蚊灯法与挥网法采集成蚊。首先进行形态学鉴定,再进行COI基因片段的扩增、测序;使用Mega 6.06进行序列比对分析。结果 在4个监测点共捕获成蚊5 500只,形态学鉴定出3属5种,分子鉴定出3属7种。稻富库蚊与里海伊蚊未能经形态学确认。通过序列分析,种内遗传距离在0%~2%之间,种间遗传距离在2.1%~16.2%之间。结论 运用形态学和分子鉴定方法 ,明确了曹妃甸地区的蚊种构成,填补了本地区蚊类分子鉴定的空白,为今后蚊类监测以及蚊媒传染病防控提供了数据支持。 展开更多
关键词 蚊 形态学鉴定 细胞色素氧化酶i亚基 分子鉴定
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暗纹东方鲀线粒体COⅡ及两侧tRNA基因的克隆和序列分析 被引量：19
4
作者 邵爱华 朱江 +3 位作者 陈葵 史全良 李新平 沈颂东 《动物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期1-8,共8页
用细胞色素氧化酶第二亚基基因(COⅡ)特异性引物对暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)的线粒体DNA(mtDNA)进行PCR扩增,克隆并测定了COⅡ及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,COⅡ基因691 bp和5'端上游的tRNAAsn基因及3'端下游的tRNA... 用细胞色素氧化酶第二亚基基因(COⅡ)特异性引物对暗纹东方鲀(Takifugu fasciatus)的线粒体DNA(mtDNA)进行PCR扩增,克隆并测定了COⅡ及其侧翼tRNA基因的全序列,结果显示,COⅡ基因691 bp和5'端上游的tRNAAsn基因及3'端下游的tRNALys基因序列共890 bp.用DNA分析软件比较暗纹东方鲀与GenBank中9个目11种鱼类的COⅡ序列,显示暗纹东方鲀与这些鱼类的COⅡ基因具有较高的同源性;其中与同属红鳍东方鲀(T.rubripes)的同源性最高为99.0%.暗纹东方鲀COⅡ基因的核苷酸组成中,A+T含量为56%,与其他11种鱼类的A+T含量(55%～62%)相近.鱼类COⅡ序列组成对A+T核苷酸的偏倚程度比较低.根据暗纹东方鲀与其他11种鱼的COⅡ基因序列同源性所建立的分子进化树,与传统的分类地位基本吻合.推定的tRNA二级结构为典型的三叶草型结构. 展开更多
关键词 暗纹东方鲀 线粒体DNA 细胞色素氧化酶第二亚基 系统学
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线粒体DNA标记在头足纲动物分子系统学中的应用 被引量：10
5
作者 郑小东 马媛媛 程汝滨 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期294-303,共10页
动物线粒体DNA(mt DNA)具有在细胞中大量存在、缺少重组、多为母系遗传、缺少内含子以及进化速率高等特点,广泛应用于比较和进化基因组、种群遗传、物种鉴定和不同分类水平上的系统发生学研究。头足类作为软体动物门中的重要经济种类,... 动物线粒体DNA(mt DNA)具有在细胞中大量存在、缺少重组、多为母系遗传、缺少内含子以及进化速率高等特点,广泛应用于比较和进化基因组、种群遗传、物种鉴定和不同分类水平上的系统发生学研究。头足类作为软体动物门中的重要经济种类,其分类和系统进化研究历来是热点领域。本研究主要对头足类动物mt DNA组成与特点(包括基因组成、重排等)、常用mt DNA标记对其不同分类阶元的适用性以及线粒体基因片段和全基因组在头足类系统演化中的作用进行了阐述,并对其未来发展进行展望。 展开更多
关键词 头足类 线粒体DNA 分子系统学 细胞色素氧化酶i亚基基因 细胞色素C氧化酶iii亚基基因 核糖体12S RRNA基因 核糖体16S
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基于COI序列的翡翠股贻贝Perna viridis线粒体遗传特性分析及其近缘种间的系统关系探讨 被引量：7
6
作者 位正鹏 孔晓瑜 +1 位作者 吴相云 喻子牛 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期72-78,共7页
应用通用引物COIL 1490和COIH 2198对翡翠股贻贝Perna viridis的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增,获得661bp长度的COI基因片段,经过比对性腺与体细胞的COI片段,发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型,即体内只有一种线粒体DNA类... 应用通用引物COIL 1490和COIH 2198对翡翠股贻贝Perna viridis的性腺和体细胞线粒体DNA进行PCR扩增,获得661bp长度的COI基因片段,经过比对性腺与体细胞的COI片段,发现雄性性腺与体细胞COI基因均为一个单倍型,即体内只有一种线粒体DNA类型,没有发现双单性遗传现象,雌、雄性腺的COI基因片段变异率很低(0.31%)。应用PAUP构建NJ树、MP树以及贝叶斯法构建了贝叶斯树,对股贻贝属3种间的系统关系进行了分析,结果表明,翡翠股贻贝P.viridis、P.canaliculus和P.perna之间的分化与分歧年代的估算是相吻合的。 展开更多
关键词 线粒体DNA(mt DNA) 细胞色素氧化酶Ⅰ亚基基因(COi) 翡翠股贻贝Perna ViRiDiS 双单性遗传(DUi)
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黄鲷线粒体COⅠ基因部分序列遗传变异研究 被引量：4
7
作者 张凤英 夏连军 +2 位作者 马凌波 施兆鸿 马春艳 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期83-89,共7页
对采自中国东海外海和日本海的黄鲷Taius tumifrons线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因进行了研究。利用通用引物对该序列进行了PCR扩增,去掉两端引物及部分序列共得到590bp的碱基片断,其中A、T、G、C平均含量分别为30.4%、24.3%、25... 对采自中国东海外海和日本海的黄鲷Taius tumifrons线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因进行了研究。利用通用引物对该序列进行了PCR扩增,去掉两端引物及部分序列共得到590bp的碱基片断,其中A、T、G、C平均含量分别为30.4%、24.3%、25.0%和20.3%,A+T(54.7%)高于G+C(45.3%)含量。在获得的9个序列中共发现有156个碱基存在变异,其中包括42处简约信息位点,没有发现碱基的插入和缺失,序列中的转换大于颠换。实验结果显示,个体间的遗传距离在0—0.223 6之间,c3和j3与其它个体相比遗传差异明显。2群体间平均遗传距离为0.089 7,而东海和日本海群体内的平均遗传距离分别为0.086 9和0.113 3,说明黄鲷个体间遗传差异较大,但群体间的遗传差异不明显。 展开更多
关键词 黄鲷Taius tumifrons 线粒体DNA 细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因 序列分析
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DNA条形码技术研究进展及其在植物检疫中的应用展望 被引量：5
8
作者 张裕君 刘跃庭 +1 位作者 廖芳 郭京泽 《中国植保导刊》 北大核心 2010年第4期15-17,共3页
DNA条形码是一种新的生物分类学方法,它通过特有的一段DNA序列来识别每种生物。与传统鉴定技术相比,利用该技术进行生物物种鉴定具有快速、准确、简便、易行等优点。该技术在出入境植物检疫中将得到广泛应用。
关键词 DNA条形码 线粒体细胞色素氧化酶i亚基 内转录间隔区 植物检疫
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广西钦州湾牡蛎线粒体COI基因片段变异分析 被引量：4
9
作者 李咏梅 陈秀荔 +6 位作者 彭敏 蒋伟明 杨春玲 马宁 黎铭 曾地刚 陈晓汉 《西南农业学报》 CSCD 2008年第6期1737-1740,共4页
采用PCR方法扩增66个广西钦州湾牡蛎个体的线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(COI)片段,纯化后经测序分析,得到535 bp的碱基序列,其中A、T、G、C、A+T和C+G含量分别为23.8%、37.5%、20.5%、18.2%、60.5%和39.5%。比较它们与香港牡蛎和有明... 采用PCR方法扩增66个广西钦州湾牡蛎个体的线粒体细胞色素氧化酶I亚基基因(COI)片段,纯化后经测序分析,得到535 bp的碱基序列,其中A、T、G、C、A+T和C+G含量分别为23.8%、37.5%、20.5%、18.2%、60.5%和39.5%。比较它们与香港牡蛎和有明巨牡蛎COI序列的差异,钦州湾白肉牡蛎与香港牡蛎COI序列完全相同,而红肉牡蛎与有明巨牡蛎序列相同。DNAStar软件对比分析发现30个突变位点,其中16个位点为转换,14个位点为颠换。MEGA4软件构建NJ系统进化树显示白肉牡蛎和红肉牡蛎分为不同的2支。据此初步认为广西钦州湾牡蛎可能为2个不同的种群,COI基因片段可作为分析牡蛎种群遗传和系统发育的分子标记。 展开更多
关键词 牡蛎 细胞色素氧化酶i亚基基因 序列分析
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基于COI基因序列的日本医蛭疑似种鉴定
10
作者 余米 苏胜齐 +2 位作者 周梦 曹敏 封孝兰 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期74-80,共7页
采用线粒体COI(细胞色素氧化酶Ⅰ亚基,tochrome oxidasesubunit Ⅰ)基因序列鉴别日本医蛭及其常见疑似种,并分析其遗传多样性和亲缘关系.以日本医蛭及其疑似种为材料,提取线粒体DNA,扩增其COI基因后进行测序,并计算遗传距离和聚类分析.... 采用线粒体COI(细胞色素氧化酶Ⅰ亚基,tochrome oxidasesubunit Ⅰ)基因序列鉴别日本医蛭及其常见疑似种,并分析其遗传多样性和亲缘关系.以日本医蛭及其疑似种为材料,提取线粒体DNA,扩增其COI基因后进行测序,并计算遗传距离和聚类分析.结果显示,日本医蛭COI序列长度为680 bp,碱基A,T,C,G质量分数分别为35.1%,28.7%,16.2%和20.0%,碱基AT质量分数为63.8%;疑似种YS1~YS10的碱基A,T,C,G平均质量分数分别为39.8%,29.4%,15.2%和14.9%,碱基AT质量分数为69.2%. 11种蛭类COI序列中有569个一致位点,84个变异位点,其中,40个位点发生了碱基转换,44个位点发生了碱基颠换,转换与颠换的比值为0.90.日本医蛭与疑似种的遗传距离在0.159~0.166之间.基于COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定正品日本医蛭与其疑似种,本试验鉴定的疑似种均不是日本医蛭. 展开更多
关键词 日本医蛭 细胞色素氧化酶Ⅰ亚基 物种鉴定
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直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因的克隆及序列分析
11
作者 陈慧榕 彭国干 +3 位作者 赵文 魏杰 高峰英 郑凯静 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期616-619,共4页
为研究直额裸腹溞Moina rectirostris线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因的特点,使用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒提取直额裸腹溞DNA,以其DNA为模板,用线粒体COⅠ基因通用引物进行PCR扩增、测序。结果表明:直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ... 为研究直额裸腹溞Moina rectirostris线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因的特点,使用WizardTM基因组DNA纯化试剂盒提取直额裸腹溞DNA,以其DNA为模板,用线粒体COⅠ基因通用引物进行PCR扩增、测序。结果表明:直额裸腹溞线粒体DNA COⅠ基因部分cDNA序列长度为709 bp,其中碱基A、G、T、C含量分别为26.23%、19.89%、38.50%、15.37%,A+T含量(64.74%)明显高于G+C含量(35.26%);将该基因的cDNA序列与裸腹溞科5个种的同源序列进行比对,并用邻接法(NJ)构建系统进化树,结果显示,直额裸腹溞与短型裸腹溞的遗传距离最小,同属于一个分支,亲缘关系最近。研究表明,应用COⅠ基因序列可以有效地区别裸腹溞科各个种类,与传统形态学分类学的结果基本一致。 展开更多
关键词 直额裸腹溞 细胞色素氧化酶Ⅰ亚基 克隆 序列分析
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6种帘蛤科贝类及4个地理种群文蛤线粒体COI基因片段序列分析 被引量：34
12
作者 程汉良 夏德全 +4 位作者 吴婷婷 孟学平 吉红九 董志国 陈淑吟 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第5期109-116,共8页
对文蛤（Meretrix meretrix L.,1758）、青蛤（Cyclina sinensis G.,1791）、硬壳蛤（Mercenaria mercenaria L.,1758）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis L.,1874）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata R.,1850）和菲律宾蛤仔（Ruditapes ... 对文蛤（Meretrix meretrix L.,1758）、青蛤（Cyclina sinensis G.,1791）、硬壳蛤（Mercenaria mercenaria L.,1758）、江户布目蛤（Protothaca jedoensis L.,1874）、薄片镜蛤（Dosinia corrugata R.,1850）和菲律宾蛤仔（Ruditapes philippinarum A.,1850）6种帘蛤科贝类和4个地理种群文蛤（大连、连云港、湛江、防城港）的细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因片段的核苷酸序列进行了分析,以探讨这一序列在种质鉴定、种群遗传结构和分子系统发生研究中的应用价值.测序结果表明,所有物种扩增片段长度均为709 bp,序列A＋T含量（62.2%-67.6%）明显高于GC含量.物种间共有变异位点311个,其中简约信息位点202个;文蛤4个地理种群间共有变异位点46个,其中简约信息位点2个.此区段共编码235个氨基酸,种间共有氨基酸变异位点85个;文蛤种群间只有1个氨基酸变异位点.以COⅠ基因片段序列为标记,用大竹蛏（Solen grandis）作外群,构建了帘蛤科贝类的系统发生树,其拓扑结构显示4个地理种群文蛤首先聚为1个单元,然后与青蛤聚在一起,最后所有帘蛤科物种聚为一枝,与外群相区别,其结果与传统形态分类基本一致,说明COⅠ基因适合作为该科贝类种群遗传结构和系统发生研究的分子标记. 展开更多
关键词 帘蛤科 线粒体DNA 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 系统发生学 系统发生生物地理学
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蓖麻蚕线粒体基因组细胞色素氧化酶亚基Ⅲ的序列及其分子进化分析 被引量：29
13
作者 魏兆军 赵巧玲 +3 位作者 张志芳 肖庆利 王章娥 何家禄 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期193-197,共5页
测定了蓖麻蚕Samiacynthiaricini线粒体基因组 (mtDNA)含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ (COX3)、tRNA Gly和部分的NADH亚基Ⅲ (ND3)基因的DNA片段序列。COX3基因编码框包含 789个核苷酸 ,编码 2 6 2个氨基酸的蛋白质。通过同源性比较 ,发... 测定了蓖麻蚕Samiacynthiaricini线粒体基因组 (mtDNA)含完整的细胞色素氧化酶亚基Ⅲ (COX3)、tRNA Gly和部分的NADH亚基Ⅲ (ND3)基因的DNA片段序列。COX3基因编码框包含 789个核苷酸 ,编码 2 6 2个氨基酸的蛋白质。通过同源性比较 ,发现COX3基因的 3′端比 5′端要保守 ,其编码的蛋白在C端有两个保守序列存在。COX3的下游为 6 6bp的tRNA Gly基因。蓖麻蚕的COX3与家蚕COX3同源性最高 ,核苷酸和氨基酸序列同源性分别是 80 2 %和 85 6 %。根据COX3氨基酸序列进行了 12种无脊椎动物的分子进化树分析 ,认为在采用线粒体基因序列进行分子进化分析时 ,应该综合考虑物种的繁殖模式及生态特点。 展开更多
关键词 蓖麻蚕 线粒体基因组 细胞色素氧化酶亚基Ⅲ 序列 COX3基因 分子进化
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条石鲷线粒体COⅠ和Cytb序列的遗传变异分析 被引量：21
14
作者 孙鹏 尹飞 +1 位作者 彭士明 施兆鸿 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期327-333,共7页
通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。... 通过PCR扩增与测序分别获得了长度为642 bp和1 138 bp的条石鲷线粒体COⅠ和Cytb基因片段。分析表明,COⅠ序列共定义了11个单倍型,存在21个多态性位点,发生转换4次,颠换5次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.5%、30.6%、18.8%和26.1%。Cytb序列共定义了11个单倍型,存在26个多态性位点,发生转换4次,颠换3次。A、T、G、C碱基的平均含量分别为24.9%、28.3%、14.8%和32.0%。基于COⅠ和Cytb两基因序列的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均碱基差异(K)分别为0.795、0.008 83、5.667和0.770、0.003 54、4.025。结果表明,条石鲷群体的COⅠ和Cytb基因片段显示出较高的遗传多样性水平。本研究结果可为条石鲷资源保护及系统进化研究提供基础资料。 展开更多
关键词 条石鲷 细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ 细胞色素B 遗传多样性
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青蟹线粒体COI假基因的分离和特征分析 被引量：14
15
作者 张凤英 马凌波 +1 位作者 乔振国 马春艳 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期43-49,共7页
线粒体DNA标记在遗传结构和系统进化研究中得到广泛应用,然而核假基因的存在对此有很大威胁。本文以中国东南沿海的青蟹(Scylla paramam osain)为研究对象,利用线粒体COI基因的通用引物和特异性引物进行扩增,分别得到34个假基因(nuc lea... 线粒体DNA标记在遗传结构和系统进化研究中得到广泛应用,然而核假基因的存在对此有很大威胁。本文以中国东南沿海的青蟹(Scylla paramam osain)为研究对象,利用线粒体COI基因的通用引物和特异性引物进行扩增,分别得到34个假基因(nuc learm itochondrial pseudogenes,Num ts)和5个线粒体COI基因序列。在所获得的34个假基因中共定义了29种单倍型,根据序列的相似度,这些假基因可以分为2类,每类假基因都有各自保守的核苷酸序列。第Ⅰ类假基因存在2处插入序列和1处8 bp的缺失序列,这些位点导致了整个阅读框的移位;在第Ⅱ类假基因和5个线粒体COI序列中只有碱基替换,未发现插入和缺失序列。实验结果分析表明,这两类假基因分别代表了2次核整合事件,即核转移事件的最低值。研究结果提示了利用线粒体DNA进行青蟹遗传结构和系统进化研究时应警惕假基因的干扰。 展开更多
关键词 青蟹 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 线粒体假基因
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云南省华宁县荒川库蠓形态和遗传多态性研究 被引量：11
16
作者 王静林 李顺祥 +3 位作者 叶绍飞 李楠 何于雯 李华春 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2018年第1期16-20,共5页
目的了解云南省荒川库蠓形态多样性及遗传多态性。方法 2015年7月在云南省华宁县采集库蠓样本,制备压片进行形态学鉴定,同时提取基因组DNA,用细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因和间隔区-1(ITS-1)基因特异引物进行PCR扩增和序列测定,采用Cl... 目的了解云南省荒川库蠓形态多样性及遗传多态性。方法 2015年7月在云南省华宁县采集库蠓样本,制备压片进行形态学鉴定,同时提取基因组DNA,用细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因和间隔区-1(ITS-1)基因特异引物进行PCR扩增和序列测定,采用Clustal X、DNAStar和Mega 6.1等软件进行核苷酸同源性和遗传进化分析。结果共采集到库蠓955只,其中12只库蠓在R1和R2室下端多出1个淡斑,翅面共有15个淡斑;另外943只库蠓翅面有14个淡斑。对12只翅面有15个淡斑的库蠓(A组)和14只翅面有14个淡斑的库蠓(B组)进行形态学和分子生物学鉴定,26只库蠓均具有两复眼分离、小眼面间无柔毛、触角第15节无嗅觉器、1个大梨形受精囊、翅面有小圆形淡斑的形态学特征。两组库蠓的HR和TR2值差异有统计学意义(P<0.05),而AR、PR、CR和TR1、TR3值的差异均无统计学意义(P>0.05)。COⅠ基因和ITS-1基因遗传进化分析显示26只库蠓与荒川库蠓亲缘关系最近;但是在COⅠ基因进化树上26只库蠓分为明显的两个进化簇,其中14只库蠓(B组)形成1个单独的进化簇,与另一进化簇核苷酸同源性在94%以下。结论云南省华宁县除了荒川库蠓外,还存在1种翅面有形态差异的变种库蠓以及COⅠ基因序列差异较大的荒川库蠓,提示该地区荒川库蠓的形态学和遗传学具有多态性。 展开更多
关键词 荒川库蠓 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 间隔区-1基因 分子鉴定 多态性
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基于COⅠ序列的DNA条形码在中国南海裸胸鳝属鱼类中的应用 被引量：11
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作者 齐兴柱 骆剑 +4 位作者 刘志亮 胡静 朱晓平 彭艳辉 尹绍武 《热带生物学报》 2010年第4期321-326,共6页
为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的... 为探讨中国南海裸胸鳝属(Gymnothorax)鱼类系统发育关系,采用DNA条形码技术测定了6种中国南海裸胸鳝的线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列(504bp)。结合来自GenBank中的分布于日本和3种同样分布于中国南海的裸胸鳝属鱼类的相应同源序列进行比较分析,用邻接法和最大简约法构建分子系统树。结果表明:(1)504个位点中共有187个核苷酸位点存在变异(37.1%);(2)序列变异的转换/颠换比值平均为1.5;(3)细斑裸胸鳝(Gymnothorax fimbriatus)与黑斑裸胸鳝(G.favagineus)之间的同源序列碱基差异只有0.20%,支持二者是同种异名的观点;(4)在NJ树和MP树中,蠕纹裸胸鳝和网纹裸胸鳝聚为一支,位于系统树的基部位置。其余8种聚为另外一支,然后又细分为2个较小的分支。 展开更多
关键词 裸胸鳝属 细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因 DNA条形码 系统树
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桂林蛇源裂头蚴分离株的分子鉴定及种系发育关系分析 被引量：10
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作者 李雯雯 李健 +2 位作者 李树清 张鸿满 黄维义 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2011年第10期28-32,共5页
为研究从桂林草花蛇中分离到的裂头蚴的分子分类地位,对其核糖体18SrDNA、28SrDNA、ITS全基因及线粒体cox1部分基因进行了克隆和序列分析。从GenBank获取相应基因序列,应用CLUSTAL W2软件进行多重比对分析序列差异,应用MEGA 4.0软件构... 为研究从桂林草花蛇中分离到的裂头蚴的分子分类地位,对其核糖体18SrDNA、28SrDNA、ITS全基因及线粒体cox1部分基因进行了克隆和序列分析。从GenBank获取相应基因序列,应用CLUSTAL W2软件进行多重比对分析序列差异,应用MEGA 4.0软件构建种系发育树。结果表明,在基于18S、28S基因序列构建的种系发育树中,本株裂头蚴分别与欧猥迭宫绦虫(D64072)18S构成一个单独分支,自展值为100%;与拟曼迭宫绦虫(AF004718)、欧猥迭宫绦虫(AF004717)、无头蚴绦虫(AF096223)28S同属一个分支,自展值61%。基于ITS1、ITS2和cox1部分基因序列构建的种系发育树与所有欧猥迭宫绦虫均构成同一亚群,总分支自展值分别为100%、99%、64%,三者在不同的分离株之间呈现基因多态性,从总分支自展值来看cox1比ITS更适合用于种内遗传多态性研究,ITS适合做定种的分子标记。 展开更多
关键词 裂头蚴 小亚基 大亚基 内转录间隔区 细胞色素c氧化酶第i亚基
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橡实象虫等25种昆虫线粒体COⅠ基因的遗传多样性及系统进化分析 被引量：10
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作者 杨瑞生 钟亮 +4 位作者 姜义仁 石生林 刘彦群 夏润玺 秦利 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期985-992,共8页
橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 b... 橡实象虫(Curculio arakawai)是象甲科中危害柞树种子和嫩芽的重要害虫。为探讨利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因的特定区段作为DNA条形码快速准确识别橡实象虫的可行性,克隆了3个橡实象虫线粒体COⅠ基因5'端长度约556 bp的片段(GenBank登录号:JN258957,JN258958,JN258959),并与鞘翅目、鳞翅目、双翅目共24种昆虫的同源片段进行碱基组成多样性和系统进化分析。序列分析结果显示:橡实象虫与其它24种昆虫的COⅠ基因序列呈现丰富的遗传多样性,碱基位点的变异率为48.2%,序列平均差异为19.7%;COⅠ基因序列的AT含量(69.9%)明显高于GC含量(30.1%),存在显著的AT使用倾向性;碱基替换模式颠换大于转换,碱基替换数与物种两两遗传距离呈明显的线性关系;COⅠ基因序列的碱基变异速率较快的位点主要集中在序列中间区域的210～390 bp。基于COⅠ基因序列构建的NJ、ME和MP系统进化树均显示橡实象虫与鞘翅目象甲科(Curculionidae)昆虫的进化关系最近,聚在一起形成一个分支,鳞翅目等其它昆虫聚在一起形成另外一个分支;橡实象虫与鞘翅目象甲科Kyklioacalles属昆虫间遗传距离最小,与鳞翅目丝角蝶科Macrosoma sp.属昆虫间的遗传距离最大。根据COⅠ基因序列的多样性,能将橡实象虫明显地与其它昆虫区分开。 展开更多
关键词 柞树害虫 橡实象虫 细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ 遗传多样性 系统进化
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COXⅠ基因DNA条形码技术在蜱类鉴别中的应用 被引量：8
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作者 侯海燕 《国际检验医学杂志》 CAS 2015年第24期3570-3571,共2页
目的探讨细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(COXⅠ)条形码在野外捕获种类鉴定中的应用。方法对捕获的9个蜱类个体中COXⅠ基因进行测序,利用DNAstar软件进行序列比对及同源性分析,利用phlip3.6软件选择最大似然法(ML)构建进化树。结果在系统进化树中... 目的探讨细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基(COXⅠ)条形码在野外捕获种类鉴定中的应用。方法对捕获的9个蜱类个体中COXⅠ基因进行测序,利用DNAstar软件进行序列比对及同源性分析,利用phlip3.6软件选择最大似然法(ML)构建进化树。结果在系统进化树中,标本sh2011040702、ra2011042193及ra2011051168与血蜱属分在一支,sh2011051404、sh2011051408及ra2011041177与革蜱属聚集在一起,sh2011051837、sh2011041917及ra2011041175与璃眼蜱属分在一支,均与形态学鉴定结果一致。结论以COXⅠ基因序列作为蜱DNA条形码对蜱种鉴别具有一定的可行性。 展开更多
关键词 细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基 DNA条形码 蜱类 鉴定
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