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细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s-转移酶结构与功能的生物信息学分析 被引量：1
1
作者 棘怀庆 孙俊锋 +3 位作者 雄英 李宗吉 王娅娜 赵巍 《宁夏医科大学学报》 2009年第2期150-153,157,共5页
目的应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s-转移酶(EgGST)氨基酸序列的结构与功能。方法应用DNAStar、NCBI/BLAST、Biosun、SWISS-MODEL等生物信息学软件分析EgGST的基因序列,推算出其编码的氨基酸序列与其他物种... 目的应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s-转移酶(EgGST)氨基酸序列的结构与功能。方法应用DNAStar、NCBI/BLAST、Biosun、SWISS-MODEL等生物信息学软件分析EgGST的基因序列,推算出其编码的氨基酸序列与其他物种的同源序列,进行多序列同源比对,构建分子进化树;预测二级结构、拓扑结构;同源模建预测三级结构;预测主要抗原表位等。结果经RT-PCR扩增得到的660bpEgGSTDNA片段,经DNAman分析软件同源性比较发现,与GenBank中检索的EgGST基因序列同源性为99%;EgGST与不同生物间的同源性平均达45%;该基因编码的蛋白分子量为25492.53Da,有219个氨基酸,等电点为7.532,有31个酸性氨基酸,32个碱性氨基酸,52个极性氨基酸和7个非极性氨基酸;有8个抗原表位肽段15G-29R,30E-39C,40S-68R,69G-82Q,83I-90M,91D-120A,121P-133Q,134L-144N。结论EgGST可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴中国大陆株 谷胱甘肽S-转移酶 生物信息学
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细粒棘球绦虫(中国大陆株)特异性抗原P-29重组蛋白的生物信息学分析 被引量：1
2
作者 王元 王娅娜 +2 位作者 师志云 刘丽华 赵巍 《宁夏医科大学学报》 2012年第7期673-675,691,F0003,共5页
目的应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29氨基酸序列,了解该蛋白的特性,预测其抗原表位,为P-29进一步应用研究提供理论依据。方法应用DNAStar、BIOSUN、EXPASY/SignalP、protparam、psite/softberry生物分析软... 目的应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株诊断抗原P-29氨基酸序列,了解该蛋白的特性,预测其抗原表位,为P-29进一步应用研究提供理论依据。方法应用DNAStar、BIOSUN、EXPASY/SignalP、protparam、psite/softberry生物分析软件对P-29的二级结构、抗原表位、信号肽、极性进行预测分析,用EXPASY/SWISSMODEL对蛋白的三维结构进行模拟。结果 P-29基因开放阅读框编码一个由238个氨基酸残基组成的多肽,分子式为C1180H1906N324O386S9,其蛋白分子量为27095.58 Da,等电点为5.649,有37个碱性氨基酸,41个酸性氨基酸,68个极性氨基酸和76个疏水性氨基酸,半衰期是30 h,结构稳定,呈亲水性且为带负电荷的酸性蛋白,α-螺旋水平较高,有15个抗原决定簇,无信号肽,有2个N-糖基化位点,6个蛋白激酶C磷酸化位点,11个酪蛋白激酶II磷酸化位点及7个微体羧基端目标信号位点。结论根据生物信息学预测的结果表明,P-29可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴中国大陆株 P-29 生物信息学
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细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白生物信息学的初步分析及其结构和功能预测 被引量：1
3
作者 雄英 王娅娜 +3 位作者 李宗吉 孙俊峰 棘怀庆 赵巍 《宁夏医科大学学报》 2010年第3期327-329,333,F0002,共5页
目的应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白(Eg.ferritin)氨基酸序列的结构与功能。方法利用DNAman、NCBI/BLAST公共数据库对目的基因的同源性进行比较分析。应用DNAstar、Bi-osun等生物分析软件对铁蛋白的二级结构、... 目的应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白(Eg.ferritin)氨基酸序列的结构与功能。方法利用DNAman、NCBI/BLAST公共数据库对目的基因的同源性进行比较分析。应用DNAstar、Bi-osun等生物分析软件对铁蛋白的二级结构、抗原表位进行预测分析,应用SWISSMODEL对蛋白的三维结构进行模拟。结果检索Eg.ferritin氨基酸序列在其功能区的130AA内同源性为97.7%。不同生物间的同源性平均达40.79%。生物软件预测:Eg.ferritin的分子量约16.7 kD,含非极性氨基酸68个,预测其抗原表位肽段为7N-12E,36H-43V,55S-62H,69Q-76R,82A-89E,102I-107E,117A-124S,129L-136T。结论 Eg.ferritin的结构和功能及其抗原表位的预测对选取有价值的抗原肽段提供了依据。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴中国大陆株 铁蛋白 生物信息学 预测分析
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重组细粒棘球蚴(中国大陆株)线粒体苹果酸脱氢酶的表达、复性及鉴定
4
作者 王玉姣 王浩 +4 位作者 赵嘉庆 何鑫 王程铖 王强 赵巍 《宁夏医科大学学报》 2014年第4期409-413,F0004,共6页
目的通过原核表达细粒棘球蚴(中国大陆株)线粒体苹果酸脱氢酶(EgmMDH),获取高纯度的可溶性的重组细粒棘球蚴线粒体苹果酸脱氢酶(rEgmMDH)。方法从细粒棘球蚴(中国大陆株)中获得基因mdh并克隆到原核表达载体pET28a;通过IPTG诱导表达线粒... 目的通过原核表达细粒棘球蚴(中国大陆株)线粒体苹果酸脱氢酶(EgmMDH),获取高纯度的可溶性的重组细粒棘球蚴线粒体苹果酸脱氢酶(rEgmMDH)。方法从细粒棘球蚴(中国大陆株)中获得基因mdh并克隆到原核表达载体pET28a;通过IPTG诱导表达线粒体苹果酸脱氢酶(mMDH),进而采用亲和层析的方法纯化该包涵体目的蛋白并复性,获得可溶性目的蛋白rEgmMDH;利用细粒棘球蚴(中国大陆株)攻击感染家兔后获得血清;分别采用抗原头蚴兔血清和抗His-Tag鼠单克隆抗体对可溶性rEgmMDH进行Western blot鉴定。结果①成功构建原核表达载体pET28a-mMDH/BL21;②通过亲和层析及复性,获得高纯度可溶性目的蛋白rEgmMDH;③Western blot结果表明,抗原头蚴兔血清和抗His-Tag鼠单克隆抗体可分别特异性鉴定该复性可溶性rEgmMDH。结论通过本研究获得高纯度可溶性rEgmMDH,为进一步研究其在细粒棘球蚴感染宿主过程中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴 重组细粒棘球蚴(中国大陆株)线粒体苹果酸脱氢酶 蛋白纯化 WESTERN blot鉴定
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