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圆斑星鲽MHC ⅡB基因结构、多态性及组织表达分析 被引量：4
1
作者 李宏俊 王娟 +4 位作者 高祥刚 苏浩 刑坤 傅立元 赫崇波 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期299-307,共9页
通过表达序列标签法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,分离和克隆了圆斑星鲽(Verasper variegatus)主要组织相容性复合体(MHC)IIB的全长cDNA序列,该cDNA全长为1144bp,5'UTR(untranslated region)为7bp,3'UTR为450bp,开放阅读框(ORF... 通过表达序列标签法和cDNA末端快速扩增(RACE)技术,分离和克隆了圆斑星鲽(Verasper variegatus)主要组织相容性复合体(MHC)IIB的全长cDNA序列,该cDNA全长为1144bp,5'UTR(untranslated region)为7bp,3'UTR为450bp,开放阅读框(ORF)长度为687bp,可编码228个氨基酸,包含信号肽、抗原结合域(β1)、IGC区(β2)、跨膜区和胞质区5个结构域。同源分析表明,圆斑星鲽MHCIIB氨基酸序列与其他硬骨鱼具有49%～79%的同源性,与鼠、人、红原鸡和护士鲨的相似性较低,分别为34%、33%、31%和30%。圆斑星鲽MHC ⅡB基因含有5个内含子,与其他硬骨鱼不同,其β2结构域编码区内存在1个109bp的内含子。根据获得的MHC ⅡB基因组序列设计特异性引物,在10尾野生圆斑星鲽中扩增了包括完整内含子1和外显子2的长度约388bp的DNA片段,PCR产物直接测序后发现在270bp的抗原结合域中共有23个位点发生变异,密码子第1位和第2位的变异明显高于第3位。利用荧光定量PCR分析组织表达发现,MHCIIB基因在健康圆斑星鲽9种组织中均有表达,但表达量存在差异,肾的表达量最高,肌肉的表达量最低,肾、心、脾脏和鳃的表达量显著高于肝、皮肤、脑、血和肌肉。本研究旨在为MHC基因家族的遗传进化分析、结构与功能的解析提供基础,同时为圆斑星鲽的分子免疫学和标记辅助育种研究提供参考依据。 展开更多
关键词 圆斑星鲽 MHC ⅡB cDNA 基因结构 多态性 组织特性表达
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猪DLK1基因序列特征、印记状况及组织表达分析 被引量：2
2
作者 杨宗林 蒋曹德 李跃民 《西南大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2009年第6期8-14,共7页
提取了2月龄大白猪、梅山猪及其正反交F1代个体的DNA或RNA样品,采用RT-PCR、SNP和相对定量分析的方法研究了猪DLK1基因的不同剪接体,印记状况和组织特异性表达谱.结果表明:猪DLK1氨基酸具有糖基化位点,表皮生长因子重复结构特征和delta/... 提取了2月龄大白猪、梅山猪及其正反交F1代个体的DNA或RNA样品,采用RT-PCR、SNP和相对定量分析的方法研究了猪DLK1基因的不同剪接体,印记状况和组织特异性表达谱.结果表明:猪DLK1氨基酸具有糖基化位点,表皮生长因子重复结构特征和delta/notch/serrate信号分子家族高度相关的二级结构,并且与其他哺乳动物的氨基酸序列具有高度同源性;在2月龄猪的心脏、肝脏、脾脏、肺、肾、胃、舌头、小肠、骨骼肌和脂肪组织中除了表达DLK1-B和DLK1-C2外,还发现了新的剪接体DLK1-A,并且3种剪接体在所检测的组织中均只表达父源的等位基因;DLK1基因总的表达量在各组织中存在显著性差异(p<0.01),其中骨骼肌和肺表达量最高,其次是舌、脾和脂肪,心脏和肝脏最低(p<0.05).因此,DLK1基因在哺乳动物间高度保守;猪在生长发育的各个阶段主要表达DLK1-C2剪接体,在某阶段也表达DLK1-A或DLK1-B;DLK1基因在猪生长发育的不同阶段和不同组织中只表达父源等位基因,并且对猪各个组织生长发育起着必要的作用,但总的表达量在不同生长发育时期组织中存在差异. 展开更多
关键词 印记基因 DLK1 选择性剪接 组织特性表达 猪
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水稻OsRSH基因家族的生物信息学分析
3
作者 杜丽峨 黄进 +3 位作者 王丽 梁欢 金小琬 陈稷 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第22期7277-7285,共9页
鸟苷(五)四磷酸,即(p)ppGpp(Guanosine tetraphosphate and pentaphosphate),是两类相关核苷酸ppGpp和pppGpp的总称,普遍存在于植物中。环境中光照、盐、PH、UV、植物激素等条件的变化会引起植物中(p)ppGpp水平的改变。植物中(p)ppGpp... 鸟苷(五)四磷酸,即(p)ppGpp(Guanosine tetraphosphate and pentaphosphate),是两类相关核苷酸ppGpp和pppGpp的总称,普遍存在于植物中。环境中光照、盐、PH、UV、植物激素等条件的变化会引起植物中(p)ppGpp水平的改变。植物中(p)ppGpp的合成和水解是由一类叫RSH(RelA/SpoT homolog)的蛋白来完成。有研究发现RSH与植物生长、基因表达及胁迫应答等密切相关,且不同植物中RSH蛋白的种类、结构和表达方式各有不同。本研究利用Interpro、Clustal Omega、splitstree、Plant CARE、Rice xpro等生物工具,分别对水稻RSH家族各成员的蛋白结构进行比较,对它们在光照应答、组织特性表达和激素应答过程中存在的特异性和差异性进行系统的分析,对它们在植物体内的生物功能进行了初步的解析和预测。我们发现水稻Os RSH和拟南芥AtRSH在结构、功能和表达上具有高度相似性,在组织呈现特异性表达,参与激素应答过程,为今后深入开展水稻RSH基因家族的功能研究提供了一定的依据。 展开更多
关键词 水稻(Oryza sativa) RSH 组织特性表达 激素应答 生物信息学分析
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