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新等位基因HLA-A~＊11：97与HLA-B~＊44：127的确认 被引量：7
1
作者 胡彬 迟晓云 冯智慧 《中国组织工程研究》 CAS CSCD 2012年第53期9999-10004,共6页
背景:近几年来,随着分子生物学的发展及人类白细胞抗原分型技术的提高,人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。目的:识别并确认两个新的人类白细胞抗原等位基因。方法:应用PCR-SBT、GSSP及单链测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本... 背景:近几年来,随着分子生物学的发展及人类白细胞抗原分型技术的提高,人类白细胞抗原新等位基因不断被发现。目的:识别并确认两个新的人类白细胞抗原等位基因。方法:应用PCR-SBT、GSSP及单链测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行人类白细胞抗原A,B,DRB1位点进行基因分型,对新等位基因进行DNA测序并与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对。结果与结论:两个样本各有一个位点与目前已知的相应人类白细胞抗原A、B等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*11:01:01的差异表现在第2外显子区域中的193G>T,194C>T,导致第41位密码子由丙氨酸变为亮氨酸,样本2与其同源性最高的B*44:02比较差异表现在第2外显子区域中第320位碱基由G>A,导致编码的第83位密码子由精氨酸变为组氨酸。说明两个样本分别为人类白细胞抗原A和B位点的新等位基因,并已被WHO人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为人类白细胞抗原A*11:97和B*44:127。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 新等位基因 HLA-A*11 HLA-B*44 组序列特异性引物 单链测序 外显子 分子生物学 中华骨髓库 同源性基因 DNA测序
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HLA新等位基因HLA-B_*67:07测序分析及确认 被引量：4
2
作者 王天菊 陈利萍 +2 位作者 王小芳 王满妮 齐珺 《临床输血与检验》 CAS 2017年第5期482-486,共5页
目的人类白细胞抗原B新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)人库数据进行HLA常规检测,结果显示有1个磁珠反应异常,进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)... 目的人类白细胞抗原B新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术(SSO)对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)人库数据进行HLA常规检测,结果显示有1个磁珠反应异常,进一步选择多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)分型发现1个与HLA-B*67相关的有1个碱基不匹配的等位基因,选择对应的组特异性引物对该等位基因进行2次分离式测序,确认突变的等位基因和突变位点。结果发现1个与HLA-B~*67:01:01序列相近的新等位基因,实验结果表明在HLA-B~*67:0:01第3外显子370位置G>A,其突变造成HLA-B~*67:01:01氨基酸序列中100位的氨基端由甘氨酸(Gly)变成丝氨酸(Ser)。结论本次实验确认了1个新的HLA等位基因,2016年3月30日被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B~*67:07。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序 组序列特异性引物 新等位基因
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HLA新等位基因HLA-A*11∶230序列分析及确认 被引量：3
3
作者 齐珺 王天菊 +2 位作者 王满妮 陈利萍 王小芳 《山西医科大学学报》 CAS 2016年第12期1080-1085,共6页
目的对人类白细胞抗原(HLA)-A*11新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)在对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)入库数据进行HLA常规分型中,应用组序列特异性引物(GSSP)单链测序方法针对常规SBT检测... 目的对人类白细胞抗原(HLA)-A*11新等位基因核苷酸序列分析及确认。方法采用多聚酶链反应-测序(PCR-SBT)在对2015年中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)入库数据进行HLA常规分型中,应用组序列特异性引物(GSSP)单链测序方法针对常规SBT检测中A位点无匹配结果的2例无亲缘关系陕西汉族供者样本进一步进行确证实验,并运用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)进行对照实验。结果经确证实验发现2例无亲缘关系供者携带同一HLA-A新等位基因序列,与同源基因HLA-A*11∶01序列相比,均在第2外显子98位置发生A>G突变,该突变造成氨基酸序列9位由酪氨酸(TAC)变成半胱氨酸(TGC);而2例样本的PCR-SSO结果均显示为HLA-A的常见等位基因组合,未见异常反应格局。结论经WHO HLA因子命名委员会正式命名的新等位基因HLA-A*11:230的发现和鉴定表明,对于常规测序无匹配结果的样本应进一步深入分析,即使以常见等位基因组合为分型结果的SSO方法仍存在HLA新等位基因漏检的可能,需引起注意。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序 组序列特异性引物 新等位基因
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新等位基因HLA-A*24:233与HLA*-A26:89的分析确认 被引量：2
4
作者 刘晓华 迟晓云 焦淑贤 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2015年第6期950-954,共5页
背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基... 背景:分子生物学新技术的发展和大量应用加快了中国发现HLA新等位基因的步伐。新等位基因的发现不仅给HLA家族增加了新成员,同时也为研究民族或地区的优势基因或消失基因(不适合客观环境的基因)找到了突破点。目的:确认2个新的HLA等位基因,并分析其核苷酸序列。方法:应用PCR-SBT、GSSP测序基因分型技术对两份中华骨髓库供者样本进行HLA高分辨分型,发现2个样本HLA-A位点均为异常基因,与已知同源性最高的等位基因型进行序列比对,分析核苷酸序列的差异。结果与结论:2个样本HLA-A位点与目前已知的相应HLA-A等位基因序列均不一致,样本1与其同源性最高的A*24:02:01的差异表现在第3外显子区域中的第360位碱基由G>C,导致第96位密码子由谷氨酰胺变为组氨酸,样本2与其同源性最高的A*26:01:01比较差异表现在第2外显子区域中第97位碱基由T>C,导致编码的第9位密码子由酪氨酸变为组氨酸。结果表明两个样本为HLA-A位点的新等位基因,已提交GenB ank进行注册,并已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*24:233与HLA-A*26:89。 展开更多
关键词 HLA抗原 等位基因 DNA引物 干细胞 移植 新等位基因 HLA HLA-A*24 HLA-A*26 组序列特异性引物
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HLA新等位基因HLA-B*13:68的序列分析 被引量：1
5
作者 韩斌 韩丽 +2 位作者 冯智慧 迟晓云 焦淑贤 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期1144-1146,共3页
目的:分析确认中国人群中HLA-B位点的1个新等位基因。方法:应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因采用组序列特异性引物(GSSP)进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者之间的差异。... 目的:分析确认中国人群中HLA-B位点的1个新等位基因。方法:应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因采用组序列特异性引物(GSSP)进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者之间的差异。结果:其中1例样本HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的HLA-B*13:01:01序列相比,第2外显子137位碱基T>C,导致第22位密码子由苯丙氨酸(TTT,Phe)变为丝氨酸(TCT,Ser)。结论:该基因为HLA-B位点的新等位基因,已被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*13:68。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 HLA-B*13 新等位基因 序列分析 组序列特异性引物
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应用完整外显子2/3序列解决HLA-DRB1座位基因分型的歧义结果 被引量：1
6
作者 李桢 杨鹃 +1 位作者 程良红 邹红岩 《中国组织工程研究与临床康复》 CAS CSCD 北大核心 2011年第44期8308-8312,共5页
背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采... 背景:人类白细胞抗原基因测序分型中,当等位基因的差异碱基位于测序范围之外或不同等位基因对的杂合序列相同时,无法得到清晰的结果。目的:通过完整外显子2/3序列的测定,解决常规HLA-DRB1基因分型中的高比例歧义结果。方法:初次分型采用常规的测序方法检测320份样本的HLA-DRB1外显子2第一高变区以外的序列,测序反应设置codon86。后期采用一次性扩增外显子2/3,测序反应针对外显子2设置组特异性引物:DRB1*04/07/09为一组,其它基因家族为一组,设置conden86,对初次分型后为歧义结果的样本重新分型。结果与结论:初次分型有180份样本为歧义结果,占总样本数的56.25%。其中A类为差异碱基位于测序范围之外,共114例;B类为等位基因对的杂合序列相同,共17例;C类为两种情况同时存在,有49例。3种类别的歧义等位基因数分别为119个、34个、98个,占等位基因总数的33.06%、9.44%、27.22%。完整外显子2/3序列的测定使歧义结果比例从56.25%下降到14.37%,其中A类103例、B类8例、C类23例样本的等位基因得到确认。此次研究中发现了一个新等位基因,与跟它最相近的等位基因DRB1*110101相比,其外显子3的第381位碱基G>T,导致第98位氨基酸AAG(赖氨酸Lys)>AAT(天冬酰氨Asn)。序列已提交Genbank,编号HM807583,2010-08被世界卫生组织HLA因子命名委员会命名为HLA-DRB1*1197(编号HWS10010999)。提示,完整外显子2/3序列的测定能大幅降低歧义分型结果的比例。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 聚合酶链式反应-基因测序分型 外显子 歧义等位基因 组序列特异性引物
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WHO HLA命名委员会命名的新等位基因HLA-A*24:327序列分析及确认 被引量：1
7
作者 王天菊 陈利萍 +2 位作者 王小芳 王满妮 齐珺 《现代检验医学杂志》 CAS 2016年第5期18-22,共5页
目的：发现一个人类白细胞抗原（HLA）-A新等位基因并对其核苷酸序列进行分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术（SSO）对2015年中国造血干细胞捐献者资料库（CMDP）陕西分库入库数据进行 HLA常规检测，针对罕见结果进一步选... 目的：发现一个人类白细胞抗原（HLA）-A新等位基因并对其核苷酸序列进行分析及确认。方法采用序列特异性寡核苷酸探针技术（SSO）对2015年中国造血干细胞捐献者资料库（CMDP）陕西分库入库数据进行 HLA常规检测，针对罕见结果进一步选择多聚酶链反应-测序（PCR-SBT）和组序列特异性引物（GSSP）进行确证试验，明确突变位点。结果 SSO分型结果显示为罕见等位基因，经PCR-SBT复核无完全匹配结果，提示疑似新等位基因，经 GSSP确证发现该基因与同源基因 HLA-B＊24∶02∶01∶01相比，在第3外显子544位置发生碱基变异由 G＞A，该突变造成氨基酸序列158位由丙氨酸（GCC）变成苏氨酸（ACC）。结论确认了一个新的 HLA-A等位基因，2015年12月31日被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为 HLA-A＊24∶327。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 测序 组序列特异性引物 新等位基因
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新等位基因HLA-B*40:162测序分析及确认
8
作者 杜占慧 胡彬 +2 位作者 冯智慧 焦淑贤 吴振军 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期192-194,共3页
本研究旨在识别并确认中国人群中HLA-B位点的一个新等位基因。应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因利用组序列特异性引物(GSSP)及单链测序基因分型技术进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列... 本研究旨在识别并确认中国人群中HLA-B位点的一个新等位基因。应用PCR-SBT对中华骨髓库供者样本进行HLA分型,对可能的HLA-B新等位基因利用组序列特异性引物(GSSP)及单链测序基因分型技术进行测序,并与已知同源性最高的等位基因进行序列比对,分析二者差异。结果发现,有1个样本的HLA-B位点与目前已知的HLA-B基因序列均不一致,与其同源性最高的B*40:06:01的差异表现在第2外显子272位碱基由C>T,导致第67位密码子由丝氨酸变为苯丙氨酸。结论:确认该基因为HLA-B位点的1个新等位基因,已经被WHO HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*40:162。 展开更多
关键词 HLA 新等位基因 HLA-B＊40 162 组序列特异性引物 单链测序
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