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人线粒体转录终止因子1(hMTERF1)蛋白的生物信息学分析 被引量：13
1
作者 熊伟 杨勇琴 +3 位作者 张海洋 徐彤 左绍远 余敏 《生物信息学》 2015年第1期23-30,共8页
为了预测和分析人线粒体转录终止因子1（human mitochondrial transcription termination factor 1,hMTERF1）蛋白的结构与功能。采用生物信息学的方法对hMTERF1进行系统的分析与研究,包括hMTERF1的理化性质、跨膜区和信号肽、亚细胞定... 为了预测和分析人线粒体转录终止因子1（human mitochondrial transcription termination factor 1,hMTERF1）蛋白的结构与功能。采用生物信息学的方法对hMTERF1进行系统的分析与研究,包括hMTERF1的理化性质、跨膜区和信号肽、亚细胞定位、二级结构功能域、蛋白质的功能分类预测、多重序列比对与系统发育树构建、三级结构建模。结果表明：hMTERF1蛋白分子量为45.78 kD,等电点为9.49,不具有信号肽和跨膜区。该蛋白定位于细胞线粒体,N端1-57个氨基酸为前导肽序列。其二级结构主要为α螺旋和无规则卷曲,包含6个MTERF基序,三级结构显示结果与二级结构预测结果相符。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,hMTERF1蛋白与黑猩猩、大鼠、小鼠等哺乳动物的MTERF1蛋白具有高度同源性,在系统发育树上聚为一簇。hMTERF1的生物信息学分析为进一步探索hMTERF1蛋白的功能提供参考资料和理论依据。 展开更多
关键词 人类 线粒体转录终止因子1 蛋白质 结构 生物信息学
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基于生物信息学分析人类线粒体转录终止因子1基因启动子 被引量：4
2
作者 杨勇琴 孙美涛 +3 位作者 李月 王昀 张晓娟 熊伟 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2016年第4期348-353,共6页
目的线粒体转录终止因子1(mitchondrial transcription termination factor 1,MTERF1)编码蛋白质是调控线粒体基因表达和氧化磷酸化的重要因子。文中旨在分析人类MTERF1基因的转录调控序列、转录因子及其结合位点。方法采用进化足迹法,... 目的线粒体转录终止因子1(mitchondrial transcription termination factor 1,MTERF1)编码蛋白质是调控线粒体基因表达和氧化磷酸化的重要因子。文中旨在分析人类MTERF1基因的转录调控序列、转录因子及其结合位点。方法采用进化足迹法,利用生物信息学在线软件对人类MTERF1基因5'端上游的启动子分布、Cp G岛、转录因子及其结合位点进行分析。结果人类MTERF1基因定位于7q21.2,基因全长7845 bp,含有4个外显子和3个内含子。基因上游5'端2500bp的核苷酸序列至少存在2个启动子,其中1878-2447 bp之间可能包含核心启动子。启动子区序列中存在1个长为812 bp的Cp G岛。人类和小鼠MTERF1同源基因存在26个共同的转录因子结合位点。结论生物信息学在线软件能预测人类MTERF1基因启动子和转录因子结合位点,提高了针对该基因启动子的研究效率。 展开更多
关键词 生物信息学 线粒体转录终止因子1 启动子 CP G岛 转录因子
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MTERF1基因真核表达载体的构建及其在C-33A细胞中的表达研究 被引量：1
3
作者 梅雯 张成桂 +4 位作者 自加吉 孙美涛 杨泽芳 张晓娟 熊伟 《井冈山大学学报（自然科学版）》 2017年第5期29-34,共6页
采用PCR技术从pGEM-MTERF1重组克隆载体中扩增出人MTERF1基因cDNA的开放阅读框序列,经KpnⅠ和XhoⅠ双酶切后,以pcDNA3.1(+)为真核表达载体,构建重组质粒pcDNA3.1(+)-MTERF1;通过PCR、双酶切和DNA测序方法对重组子进行鉴定;将重组真核表... 采用PCR技术从pGEM-MTERF1重组克隆载体中扩增出人MTERF1基因cDNA的开放阅读框序列,经KpnⅠ和XhoⅠ双酶切后,以pcDNA3.1(+)为真核表达载体,构建重组质粒pcDNA3.1(+)-MTERF1;通过PCR、双酶切和DNA测序方法对重组子进行鉴定;将重组真核表达质粒pcDNA3.1(+)-MTERF1转染C-33A细胞,利用免疫印迹法检测MTERF1蛋白的表达。结果显示,重组质粒pcDNA3.1(+)-MTERF1经双酶切鉴定和菌落PCR鉴定均获得大小为1 200 bp的目的条带,DNA测序结果表明该序列与GenBank中人MTERF1基因序列完全相同,插入基因的大小和方向正确;免疫印迹结果表明,MTERF1蛋白的表达水平在转染pcDNA3.1(+)-MTERF1的C-33A细胞中表达高于转染pcDNA3.1(+)的C-33A细胞。通过对人MTERF1基因的真核表达载体的构建,为进一步研究人MTERF1基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 线粒体转录终止因子1 克隆 真核表达载体 人子宫颈癌C-33A细胞株
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卵巢癌中线粒体转录终止因子1的表达及其意义
4
作者 自加吉 孙美涛 +4 位作者 王唯斯 陈莹 戴莉萍 余敏 熊伟 《生物技术通讯》 CAS 2018年第2期168-173,共6页
目的:探讨人线粒体转录终止因子1(MTERF1)在卵巢癌中的表达及其在预后判断中的作用。方法:利用Oncomine数据库对比分析卵巢癌和正常卵巢组织中MTERF1基因表达水平;提取10例配对卵巢癌组织和正常卵巢上皮组织总RNA和蛋白质,real time RT-... 目的:探讨人线粒体转录终止因子1(MTERF1)在卵巢癌中的表达及其在预后判断中的作用。方法:利用Oncomine数据库对比分析卵巢癌和正常卵巢组织中MTERF1基因表达水平;提取10例配对卵巢癌组织和正常卵巢上皮组织总RNA和蛋白质,real time RT-PCR检测MTERF1 mRNA在各组织中的表达,Western印迹检测MTERF1蛋白在各组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析MTERF1表达对卵巢癌患者的预后价值。结果:Oncomine数据库中共收集了8个不同类型的研究结果,荟萃分析显示MTERF1在卵巢癌中表达增高,且差异具有统计学意义(P<0.05)。本研究10例卵巢癌及其配对的正常卵巢上皮组织中,有6例卵巢癌中MTERF1 mRNA和蛋白质表达水平增高。Kaplan-Meier plotter数据库分析显示,MTERF1 mRNA表达水平越高,早于2期的卵巢癌患者无进展生存期越短,预后越差(P<0.05);但卵巢癌患者的总生存期与MTERF1 mRNA表达水平无相关性(P>0.05)。结论:卵巢癌组织中MTERF1 mRNA和蛋白质表达升高;在早期卵巢癌患者中,MTERF1表达水平越高,预后越差,可作为预测卵巢癌患者预后的潜在分子标记物。 展开更多
关键词 卵巢癌 预后 线粒体转录终止因子1 Oncomine数据库 Kaplan-Meier plotter
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昆明种小鼠线粒体转录终止因子1基因的组织表达谱分析
5
作者 王唯斯 自加吉 +4 位作者 杨勇琴 严长宝 戴莉萍 余敏 熊伟 《大理大学学报》 CAS 2019年第4期36-40,共5页
目的:探索Mterf1基因mRNA和蛋白质在昆明种小鼠大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、骨骼肌、膀胱和卵巢共10种组织的表达情况。方法:采用Real-time RT-PCR检测Mterf1 mRNA在小鼠多个组织中的表达情况;采用Western Blot法检测Mte... 目的:探索Mterf1基因mRNA和蛋白质在昆明种小鼠大脑、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胰腺、骨骼肌、膀胱和卵巢共10种组织的表达情况。方法:采用Real-time RT-PCR检测Mterf1 mRNA在小鼠多个组织中的表达情况;采用Western Blot法检测Mterf1蛋白在小鼠多种组织中的表达情况。结果:Mterf1基因在昆明种小鼠大脑、心脏、骨骼肌和膀胱组织中表达量较高,其次是在肝脏、肾脏和脾脏组织,而在肺脏、胰腺和卵巢组织中表达量相对较低。结论:Mterf1基因在昆明种小鼠中的表达具有组织特异性,为后续研究Mterf1基因在小鼠体内的功能奠定基础。 展开更多
关键词 小鼠 线粒体转录终止因子1(Mterf1) 组织表达谱
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