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基于加权基因表达网络和LASSO回归筛选骨肉瘤预后和转移相关基因
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作者 张毅 姚士军 刘朝旭 《生物医学工程与临床》 CAS 2022年第3期351-358,共8页
目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)方法筛选出与骨肉瘤转移和预后相关的基因,为骨肉瘤患者是否发生转移及其预后提供参考依据。方法利用UCSC Xena网站下载癌症基因组图谱-产生有效治疗方法研究项目... 目的运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)方法筛选出与骨肉瘤转移和预后相关的基因,为骨肉瘤患者是否发生转移及其预后提供参考依据。方法利用UCSC Xena网站下载癌症基因组图谱-产生有效治疗方法研究项目(TCGA-TARGET)骨肉瘤患者基因表达谱和临床相关资料(检索时间:建库至2021年5月31日),数据库内含有84例骨肉瘤患者,其中男性37例,女性47例;平均年龄14.99岁(标准差7.80岁)。采用WGCNA和LASSO对84例骨肉瘤患者基因表达谱进行分析并筛选与预后和骨肉瘤转移相关基因;利用ONCOMINE数据库(检索时间:建库至2021年5月31日)进行外部验证。采用基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析筛选模块涉及功能和通路,基因组富集分析(GSEA)分析核心基因所涉及通路。结果通过WGCNA筛选一共获得67个模块,其中深蓝模块为核心模块,对深蓝模块中所包含的214基因进行LASSO分析,结合蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析和复杂分子关联分析(MOCDE)得分,筛选出线粒体核糖体蛋白48基因(MRPL48)、核糖体RNA加工8基因(RRP8)、核糖体RNA加工9基因(RRP9)作为核心靶基因。利用受试者工作特性(ROC)曲线分析核心基因预测骨肉瘤转移概率,结果提示RRP8,曲线下面积(AUC)=0.504,P=0.955;RRP9,AUC=0.509,P=0.913;MRPL48,AUC=0.663,P=0.025。可以明确MRPL48在骨肉瘤患者中的表达高低与其发生、预后明确相关。结论基于WGCNA并结合LASSO、PPI、MOCDE方法共同筛选获得的MRPL48与骨肉瘤发生和患者生存相关,可为骨肉瘤发生、转移和治疗的研究提供参考依据。 展开更多
关键词 骨肉瘤 癌症基因组图谱数据库 线粒体核糖体蛋白48基因(mrpl48) 加权基因共表达网络分析
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