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分子动力学模拟Cu2+对α-突触核蛋白(1-17)肽段构象变化的影响
被引量:
5
1
作者
曹剑
曹赞霞
+1 位作者
赵立岭
王吉华
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期479-488,共10页
利用分子动力学模拟研究铜离子(Cu2+)对α-突触核蛋白1-17号氨基酸肽段(α-synuclein(1-17))构象变化的影响,采用GROMOS 43A1力场对Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体和α-synuclein(1-17)肽段单体分别进行了6组独立的分子动力学模拟,每组...
利用分子动力学模拟研究铜离子(Cu2+)对α-突触核蛋白1-17号氨基酸肽段(α-synuclein(1-17))构象变化的影响,采用GROMOS 43A1力场对Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体和α-synuclein(1-17)肽段单体分别进行了6组独立的分子动力学模拟,每组模拟时间为500ns,总模拟时间为3μs.研究结果表明:Cu2+与α-synuclein(1-17)肽段结合使其更易向β折叠片结构折叠,促进了其二级结构的形成,增强了构象的稳定性;Cu2+增大了α-synuclein肽段疏水残基的溶剂可及表面积,增强了其疏水残基的暴露程度.自由能分析指出,Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体的自由能比α-synuclein(1-17)肽段低,构象稳定,采样空间紧密,其自由能极小构象为β折叠片结构.构象聚类分析进一步表明,Cu2+使得α-synuclein(1-17)肽段构象趋于稳定.总之,Cu2+诱导固有无序蛋白α-synuclein(1-17)肽段由无序向有序转变,降低了构象的自由能,同时Cu2+增强了α-synuclein(1-17)肽段的疏水性,使得α-synuclein肽段因疏水作用更倾向于形成β折叠片结构,加速其疏水性聚集.
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关键词
动力学模拟
Cu2+-α-突触核蛋白
二级结构
自由能
纤维化
聚集
下载PDF
职称材料
乙酰化修饰抑制α-synuclein的纤维化聚集(英文)
被引量:
2
2
作者
翟紫凝
吴琼
李从刚
《波谱学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第2期179-187,共9页
天然无结构蛋白α-synuclein(α-syn)的纤维化聚集是帕金森病的特征表现.静电相互作用已被证明会显著影响α-syn的聚集.该文通过简单的赖氨酸乙酰化修饰改变蛋白的净电荷,研究静电效应对于α-syn的构象和纤维化聚集的影响.核磁共振(NMR...
天然无结构蛋白α-synuclein(α-syn)的纤维化聚集是帕金森病的特征表现.静电相互作用已被证明会显著影响α-syn的聚集.该文通过简单的赖氨酸乙酰化修饰改变蛋白的净电荷,研究静电效应对于α-syn的构象和纤维化聚集的影响.核磁共振(NMR)实验结果表明乙酰化后的α-syn仍然是无序结构,而且展现出比野生型更加伸展的构象.由于N端和C端都高度带负电荷,结构打开会更加暴露NAC区域,静电排斥和疏水作用共同存在,但Th T荧光实验发现乙酰化修饰抑制了它的纤维化聚集,因此我们认为这里静电排斥占据主导作用.这种依赖电荷的作用机理会帮助我们更好地理解α-syn的纤维化聚集,而乙酰化修饰也提供了一种抑制聚集的新方法.
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关键词
液体核磁共振(liquid-state
NMR)
乙酰
化
修饰
纤维化
聚集
Α-SYNUCLEIN
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职称材料
题名
分子动力学模拟Cu2+对α-突触核蛋白(1-17)肽段构象变化的影响
被引量:
5
1
作者
曹剑
曹赞霞
赵立岭
王吉华
机构
德州学院
山东师范大学物理与电子科学学院
出处
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012年第2期479-488,共10页
基金
国家自然科学基金(30970561,31000324)资助项目~~
文摘
利用分子动力学模拟研究铜离子(Cu2+)对α-突触核蛋白1-17号氨基酸肽段(α-synuclein(1-17))构象变化的影响,采用GROMOS 43A1力场对Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体和α-synuclein(1-17)肽段单体分别进行了6组独立的分子动力学模拟,每组模拟时间为500ns,总模拟时间为3μs.研究结果表明:Cu2+与α-synuclein(1-17)肽段结合使其更易向β折叠片结构折叠,促进了其二级结构的形成,增强了构象的稳定性;Cu2+增大了α-synuclein肽段疏水残基的溶剂可及表面积,增强了其疏水残基的暴露程度.自由能分析指出,Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体的自由能比α-synuclein(1-17)肽段低,构象稳定,采样空间紧密,其自由能极小构象为β折叠片结构.构象聚类分析进一步表明,Cu2+使得α-synuclein(1-17)肽段构象趋于稳定.总之,Cu2+诱导固有无序蛋白α-synuclein(1-17)肽段由无序向有序转变,降低了构象的自由能,同时Cu2+增强了α-synuclein(1-17)肽段的疏水性,使得α-synuclein肽段因疏水作用更倾向于形成β折叠片结构,加速其疏水性聚集.
关键词
动力学模拟
Cu2+-α-突触核蛋白
二级结构
自由能
纤维化
聚集
Keywords
Molecular dynamics simulations
Cu2+-α-synuclein
Secondary structure
Free energy
Fibrotic aggregation
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
下载PDF
职称材料
题名
乙酰化修饰抑制α-synuclein的纤维化聚集(英文)
被引量:
2
2
作者
翟紫凝
吴琼
李从刚
机构
中国科学院生物磁共振分析重点实验室、波谱与原子分子物理国家重点实验室、武汉磁共振中心(中国科学院武汉物理与数学研究所)
中国科学院大学
出处
《波谱学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第2期179-187,共9页
基金
Ministry of Science and Technology of China(2013CB910200)
National Natural Science Foundation of China(21173258,21120102038 and 21221064)
文摘
天然无结构蛋白α-synuclein(α-syn)的纤维化聚集是帕金森病的特征表现.静电相互作用已被证明会显著影响α-syn的聚集.该文通过简单的赖氨酸乙酰化修饰改变蛋白的净电荷,研究静电效应对于α-syn的构象和纤维化聚集的影响.核磁共振(NMR)实验结果表明乙酰化后的α-syn仍然是无序结构,而且展现出比野生型更加伸展的构象.由于N端和C端都高度带负电荷,结构打开会更加暴露NAC区域,静电排斥和疏水作用共同存在,但Th T荧光实验发现乙酰化修饰抑制了它的纤维化聚集,因此我们认为这里静电排斥占据主导作用.这种依赖电荷的作用机理会帮助我们更好地理解α-syn的纤维化聚集,而乙酰化修饰也提供了一种抑制聚集的新方法.
关键词
液体核磁共振(liquid-state
NMR)
乙酰
化
修饰
纤维化
聚集
Α-SYNUCLEIN
Keywords
liquid-state NMR
acetylation
fibrillation
α-synuclein
分类号
O482.53 [理学—固体物理]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分子动力学模拟Cu2+对α-突触核蛋白(1-17)肽段构象变化的影响
曹剑
曹赞霞
赵立岭
王吉华
《物理化学学报》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2012
5
下载PDF
职称材料
2
乙酰化修饰抑制α-synuclein的纤维化聚集(英文)
翟紫凝
吴琼
李从刚
《波谱学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016
2
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职称材料
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