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分子动力学模拟Cu2+对α-突触核蛋白(1-17)肽段构象变化的影响 被引量:5
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作者 曹剑 曹赞霞 +1 位作者 赵立岭 王吉华 《物理化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2012年第2期479-488,共10页
利用分子动力学模拟研究铜离子(Cu2+)对α-突触核蛋白1-17号氨基酸肽段(α-synuclein(1-17))构象变化的影响,采用GROMOS 43A1力场对Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体和α-synuclein(1-17)肽段单体分别进行了6组独立的分子动力学模拟,每组... 利用分子动力学模拟研究铜离子(Cu2+)对α-突触核蛋白1-17号氨基酸肽段(α-synuclein(1-17))构象变化的影响,采用GROMOS 43A1力场对Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体和α-synuclein(1-17)肽段单体分别进行了6组独立的分子动力学模拟,每组模拟时间为500ns,总模拟时间为3μs.研究结果表明:Cu2+与α-synuclein(1-17)肽段结合使其更易向β折叠片结构折叠,促进了其二级结构的形成,增强了构象的稳定性;Cu2+增大了α-synuclein肽段疏水残基的溶剂可及表面积,增强了其疏水残基的暴露程度.自由能分析指出,Cu2+-α-synuclein(1-17)复合体的自由能比α-synuclein(1-17)肽段低,构象稳定,采样空间紧密,其自由能极小构象为β折叠片结构.构象聚类分析进一步表明,Cu2+使得α-synuclein(1-17)肽段构象趋于稳定.总之,Cu2+诱导固有无序蛋白α-synuclein(1-17)肽段由无序向有序转变,降低了构象的自由能,同时Cu2+增强了α-synuclein(1-17)肽段的疏水性,使得α-synuclein肽段因疏水作用更倾向于形成β折叠片结构,加速其疏水性聚集. 展开更多
关键词 动力学模拟 Cu2+-α-突触核蛋白 二级结构 自由能 纤维化聚集
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乙酰化修饰抑制α-synuclein的纤维化聚集(英文) 被引量:2
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作者 翟紫凝 吴琼 李从刚 《波谱学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期179-187,共9页
天然无结构蛋白α-synuclein(α-syn)的纤维化聚集是帕金森病的特征表现.静电相互作用已被证明会显著影响α-syn的聚集.该文通过简单的赖氨酸乙酰化修饰改变蛋白的净电荷,研究静电效应对于α-syn的构象和纤维化聚集的影响.核磁共振(NMR... 天然无结构蛋白α-synuclein(α-syn)的纤维化聚集是帕金森病的特征表现.静电相互作用已被证明会显著影响α-syn的聚集.该文通过简单的赖氨酸乙酰化修饰改变蛋白的净电荷,研究静电效应对于α-syn的构象和纤维化聚集的影响.核磁共振(NMR)实验结果表明乙酰化后的α-syn仍然是无序结构,而且展现出比野生型更加伸展的构象.由于N端和C端都高度带负电荷,结构打开会更加暴露NAC区域,静电排斥和疏水作用共同存在,但Th T荧光实验发现乙酰化修饰抑制了它的纤维化聚集,因此我们认为这里静电排斥占据主导作用.这种依赖电荷的作用机理会帮助我们更好地理解α-syn的纤维化聚集,而乙酰化修饰也提供了一种抑制聚集的新方法. 展开更多
关键词 液体核磁共振(liquid-state NMR) 乙酰修饰 纤维化聚集 Α-SYNUCLEIN
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