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基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析
被引量：
8
1
作者
夏丽飞
孙云南
+4 位作者
宋维希
朱兴正
田易萍
蒋会兵
陈林波
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期2646-2658,共13页
紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分。为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio...
紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分。为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列205 911个。在NR数据库有163 519个同源序列比对到914个物种;有99 503个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有76 829个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的54个功能组;根据KEGG数据库,109 748个被注释到216个代谢途径分支,其中氨基酸代谢的7 731个、类黄酮生物合成的有644个、单萜的合成的有57个、萜类化合物骨架生物合成487个、黄酮和黄酮醇的生物合成的有88个、花青素合成1个;同时预测到CDS有199 245个、转录因子有6 838个;此外,还检测到了180 293个SSR位点,其中以单碱基重复最丰富有103 535个,其次是双碱基43 240和三碱基30 883。本研究结果为开展紫娟茶树叶片呈色机理以及花青素、黄酮类等物质合成途径与调控机制和特异性状基因的标记性引物开发提供重要的数据支持。
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关键词
紫
娟
茶树
全长转录组
测序分析
功能注释
原文传递
紫娟茶树bHLH转录因子MYC1基因克隆及表达分析
被引量：
3
2
作者
曲浩
刘悦
+3 位作者
孙云南
尚卫琼
田易萍
陈林波
《山西农业科学》
2020年第10期1547-1551,共5页
为探究MYC1基因在紫娟茶树中的生物学功能和表达特性,克隆了MYC1基因,并对该基因序列进行生物学分析,同时采用实时荧光定量PCR对不同光质照射下及不同空间生长的紫娟叶片中MYC1基因进行检测。结果表明,紫娟茶树MYC1基因全长2576 bp,与葡...
为探究MYC1基因在紫娟茶树中的生物学功能和表达特性,克隆了MYC1基因,并对该基因序列进行生物学分析,同时采用实时荧光定量PCR对不同光质照射下及不同空间生长的紫娟叶片中MYC1基因进行检测。结果表明,紫娟茶树MYC1基因全长2576 bp,与葡萄vvMYC1序列具有较高的相似性,都含有一段保守的MYB互作区域;在空间表达中,MYC1表达量大小顺序表现为第二叶>开面叶>芽>成熟叶;在不同光质中,MYC1表达量大小顺序表现为自然光>紫光>绿光>蓝光>黄光。MYC1可能参与了紫娟茶树花青素的生物合成,并且紫娟MYC1基因的表达与光质有关。研究结果可为进一步研究MYC1基因对花青素合成的调控机制提供参考。
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关键词
紫
娟
茶树
MYC1基因
基因克隆
表达分析
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职称材料
国家植物保护新品种“紫娟”茶树及其在园林中的应用
被引量：
10
3
作者
张艳梅
包云秀
+2 位作者
杨兴荣
黄玫
伍岗
《茶叶》
2010年第2期81-83,共3页
本文介绍了"紫娟"茶树的形态特征、地理分布、生态习性、繁殖方法以及保健功效,阐述了观赏特性以及在园林构景中的应用。
关键词
“
紫
娟
”
茶树
形态特征
生态习性
观赏特性
园林应用
下载PDF
职称材料
基于高通量测序的“紫娟”茶树叶片miRNA分析
4
作者
宋维希
夏丽飞
+3 位作者
田易萍
蒋会兵
刘德和
陈林波
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期2489-2497,共9页
＂紫娟＂是特异的茶树资源,含有丰富的次生代谢物儿茶素、花青素、黄酮等,其生物合成是由多条代谢途径通过相应的节点连在一起的网络途径,受到多种结构基因和调控基因的控制。Micro RNA又称miRNA,是一种非编码RNAs,能通过对基因表达的...
＂紫娟＂是特异的茶树资源,含有丰富的次生代谢物儿茶素、花青素、黄酮等,其生物合成是由多条代谢途径通过相应的节点连在一起的网络途径,受到多种结构基因和调控基因的控制。Micro RNA又称miRNA,是一种非编码RNAs,能通过对基因表达的调控来调节植物生长、发育以及次生代谢等许多方面。本研究利用高通量测序技术分别构建了＂紫娟＂茶树芽、第二叶、开面叶、成熟叶的miRNA文库并进行测序,鉴定出已知的miRNA 126个,分为26个家族,预测到的新miRNA 119个。基于＂紫娟＂茶树转录组数据分析已知miRNA和新miRNA分的靶基因,分别预测到靶基因724条和2 285条。预测的靶基因大多为转录因子,包括调控次生代谢物花青素、黄酮类生物合成的MYB、b HLH转录因子等。这些注释信息的完成为后期研究miRNA在调控茶树叶片发育和次生代谢物的生物合成提供理论依据。
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关键词
“
紫
娟
”
茶树
高通量测序
MIRNA
靶基因
原文传递
题名
基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析
被引量：
8
1
作者
夏丽飞
孙云南
宋维希
朱兴正
田易萍
蒋会兵
陈林波
机构
云南省农业科学院茶叶研究所
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期2646-2658,共13页
基金
国家自然科学基金项目(31560220)
茶树生物学与资源利用国家重点实验室开放基金(SKLTOF20150105)
云南省人才培养计划项目(2015HB105)共同资助。
文摘
紫娟(Camellia sinensis var. Asssamica (Masters) kitamura)是珍稀茶树种质的典型代表,其叶片色泽呈现紫色,富含花青素、儿茶素以及黄酮等活性成分。为探讨紫娟茶树叶片呈色以及次级代谢过程的遗传基础,以紫娟茶树为材料,采用Pac Bio平台进行全长转录组测序,最终获得Polished consensus序列205 911个。在NR数据库有163 519个同源序列比对到914个物种;有99 503个在KOG数据库得到注释,根据其功能分为26类;有76 829个得到GO注释,分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类的54个功能组;根据KEGG数据库,109 748个被注释到216个代谢途径分支,其中氨基酸代谢的7 731个、类黄酮生物合成的有644个、单萜的合成的有57个、萜类化合物骨架生物合成487个、黄酮和黄酮醇的生物合成的有88个、花青素合成1个;同时预测到CDS有199 245个、转录因子有6 838个;此外,还检测到了180 293个SSR位点,其中以单碱基重复最丰富有103 535个,其次是双碱基43 240和三碱基30 883。本研究结果为开展紫娟茶树叶片呈色机理以及花青素、黄酮类等物质合成途径与调控机制和特异性状基因的标记性引物开发提供重要的数据支持。
关键词
紫
娟
茶树
全长转录组
测序分析
功能注释
Keywords
Camellia assamica cv.Zijuan
Full-length transcriptome
Sequencing
Function annotation
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
原文传递
题名
紫娟茶树bHLH转录因子MYC1基因克隆及表达分析
被引量：
3
2
作者
曲浩
刘悦
孙云南
尚卫琼
田易萍
陈林波
机构
云南省农业科学院茶叶研究所
出处
《山西农业科学》
2020年第10期1547-1551,共5页
基金
云南省农业基础研究联合专项青年项目(2018FG001080)
国家茶叶产业技术体系(CARS-19)
国家自然科学基金项目(31560220)。
文摘
为探究MYC1基因在紫娟茶树中的生物学功能和表达特性,克隆了MYC1基因,并对该基因序列进行生物学分析,同时采用实时荧光定量PCR对不同光质照射下及不同空间生长的紫娟叶片中MYC1基因进行检测。结果表明,紫娟茶树MYC1基因全长2576 bp,与葡萄vvMYC1序列具有较高的相似性,都含有一段保守的MYB互作区域;在空间表达中,MYC1表达量大小顺序表现为第二叶>开面叶>芽>成熟叶;在不同光质中,MYC1表达量大小顺序表现为自然光>紫光>绿光>蓝光>黄光。MYC1可能参与了紫娟茶树花青素的生物合成,并且紫娟MYC1基因的表达与光质有关。研究结果可为进一步研究MYC1基因对花青素合成的调控机制提供参考。
关键词
紫
娟
茶树
MYC1基因
基因克隆
表达分析
Keywords
Zijuan tea plant
MYC1 gene
gene cloning
expression analysis
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
下载PDF
职称材料
题名
国家植物保护新品种“紫娟”茶树及其在园林中的应用
被引量：
10
3
作者
张艳梅
包云秀
杨兴荣
黄玫
伍岗
机构
云南省农科院茶叶研究所
出处
《茶叶》
2010年第2期81-83,共3页
基金
科技部农业科技成果转化资金项目(2006GD2F300274)
文摘
本文介绍了"紫娟"茶树的形态特征、地理分布、生态习性、繁殖方法以及保健功效,阐述了观赏特性以及在园林构景中的应用。
关键词
“
紫
娟
”
茶树
形态特征
生态习性
观赏特性
园林应用
Keywords
＂Zijuan tea＂
morphological characteristics
ecological behaviour
ornamental characteristic
landscape application
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
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职称材料
题名
基于高通量测序的“紫娟”茶树叶片miRNA分析
4
作者
宋维希
夏丽飞
田易萍
蒋会兵
刘德和
陈林波
机构
云南省农业科学院茶叶研究所、云南省茶树种质资源创新与配套栽培技术工程研究中心
云南省茶学重点实验室
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第6期2489-2497,共9页
基金
国家自然科学基金项目(31560220)
茶树生物学与资源利用国家重点实验室开放基金(SKLTOF20150105)
云南省人才培养计划项目(2015HB105)共同资助
文摘
＂紫娟＂是特异的茶树资源,含有丰富的次生代谢物儿茶素、花青素、黄酮等,其生物合成是由多条代谢途径通过相应的节点连在一起的网络途径,受到多种结构基因和调控基因的控制。Micro RNA又称miRNA,是一种非编码RNAs,能通过对基因表达的调控来调节植物生长、发育以及次生代谢等许多方面。本研究利用高通量测序技术分别构建了＂紫娟＂茶树芽、第二叶、开面叶、成熟叶的miRNA文库并进行测序,鉴定出已知的miRNA 126个,分为26个家族,预测到的新miRNA 119个。基于＂紫娟＂茶树转录组数据分析已知miRNA和新miRNA分的靶基因,分别预测到靶基因724条和2 285条。预测的靶基因大多为转录因子,包括调控次生代谢物花青素、黄酮类生物合成的MYB、b HLH转录因子等。这些注释信息的完成为后期研究miRNA在调控茶树叶片发育和次生代谢物的生物合成提供理论依据。
关键词
“
紫
娟
”
茶树
高通量测序
MIRNA
靶基因
Keywords
Camellia sinensis （L.） O. Kuntze
High-throughput sequencing
miRNA
Target genes
分类号
S571.1 [农业科学—茶叶生产加工]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于PacBio平台的紫娟茶树全长转录组分析
夏丽飞
孙云南
宋维希
朱兴正
田易萍
蒋会兵
陈林波
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2020
8
原文传递
2
紫娟茶树bHLH转录因子MYC1基因克隆及表达分析
曲浩
刘悦
孙云南
尚卫琼
田易萍
陈林波
《山西农业科学》
2020
3
下载PDF
职称材料
3
国家植物保护新品种“紫娟”茶树及其在园林中的应用
张艳梅
包云秀
杨兴荣
黄玫
伍岗
《茶叶》
2010
10
下载PDF
职称材料
4
基于高通量测序的“紫娟”茶树叶片miRNA分析
宋维希
夏丽飞
田易萍
蒋会兵
刘德和
陈林波
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
原文传递
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