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大肠杆菌基因中密码对使用的规律
被引量：
2
1
作者
王志坚
王芳平
+1 位作者
方玉田
李宏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期976-981,共6页
为了探讨基因组序列的非随机性对密码对使用的影响程度,揭示依赖上下文的密码对偏爱性(CDCB)可能存在的规律,本文主要对大肠杆菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码对)偏爱作了全面的统计分析。结果发现85%的密码子在其紧邻密码子位点...
为了探讨基因组序列的非随机性对密码对使用的影响程度,揭示依赖上下文的密码对偏爱性(CDCB)可能存在的规律,本文主要对大肠杆菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码对)偏爱作了全面的统计分析。结果发现85%的密码子在其紧邻密码子位点有显著依赖上下文的密码对偏爱性,通过密码对与全序列六联体(三联体对)的相对丰度比较发现,大约35%的密码对偏好性不能用基因组的序列组分来解释。当密码子第二和第三位点核苷酸相同,且紧邻密码子相同时,它们的相对丰度有显著相关性。结果表明我们的数据支持依赖上下文的密码子偏好的主要原因是蛋白质合成精确性选择的假设,即本文结果揭示了依赖上下文的密码对偏好性可能存在的规律,从而为今后进一步研究大肠杆菌基因组中密码对使用偏好性提供参考。
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关键词
基因组
密码
对偏爱
紧邻
密码子
同义
密码子
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职称材料
闪烁古生球菌基因中密码对的偏好性
2
作者
王芳平
王志坚
《中国医学物理学杂志》
CSCD
2011年第5期2934-2936,2944,共4页
目的:如同密码子的偏爱性使用一样,密码对的使用也有偏爱性,为了揭示基因组中密码对使用的规律,对闪烁古生球菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码子对)偏爱分布作较全面的统计分析。方法:生物统计学。结果:通过定义密码对的相对丰度,发...
目的:如同密码子的偏爱性使用一样,密码对的使用也有偏爱性,为了揭示基因组中密码对使用的规律,对闪烁古生球菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码子对)偏爱分布作较全面的统计分析。方法:生物统计学。结果:通过定义密码对的相对丰度,发现81%的密码子对其紧邻密码子有偏爱性,这种偏爱性与同义密码子的使用有关。此外,通过密码子及其紧邻密码子与全序列六联体的相对丰度比较发现,大约30%的紧邻密码对偏爱性不能用基因组的序列组分来解释。结论:密码对的偏爱性与它的核苷酸组分有显著相关性。
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关键词
基因组
密码
对
紧邻
密码子
同义
密码子
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职称材料
题名
大肠杆菌基因中密码对使用的规律
被引量：
2
1
作者
王志坚
王芳平
方玉田
李宏
机构
天水师范学院物理与信息科学学院物理系
内蒙古大学物理科学与技术学院
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第5期976-981,共6页
基金
国家自然科学基金项目(30660044)资助
文摘
为了探讨基因组序列的非随机性对密码对使用的影响程度,揭示依赖上下文的密码对偏爱性(CDCB)可能存在的规律,本文主要对大肠杆菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码对)偏爱作了全面的统计分析。结果发现85%的密码子在其紧邻密码子位点有显著依赖上下文的密码对偏爱性,通过密码对与全序列六联体(三联体对)的相对丰度比较发现,大约35%的密码对偏好性不能用基因组的序列组分来解释。当密码子第二和第三位点核苷酸相同,且紧邻密码子相同时,它们的相对丰度有显著相关性。结果表明我们的数据支持依赖上下文的密码子偏好的主要原因是蛋白质合成精确性选择的假设,即本文结果揭示了依赖上下文的密码对偏好性可能存在的规律,从而为今后进一步研究大肠杆菌基因组中密码对使用偏好性提供参考。
关键词
基因组
密码
对偏爱
紧邻
密码子
同义
密码子
Keywords
Genome
Codon-pair bias
Proximate codon
Synonymous codon
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
闪烁古生球菌基因中密码对的偏好性
2
作者
王芳平
王志坚
机构
天水师范学院物理与信息科学学院物理系
出处
《中国医学物理学杂志》
CSCD
2011年第5期2934-2936,2944,共4页
基金
水师范学院重点科研项目资助
文摘
目的:如同密码子的偏爱性使用一样,密码对的使用也有偏爱性,为了揭示基因组中密码对使用的规律,对闪烁古生球菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码子对)偏爱分布作较全面的统计分析。方法:生物统计学。结果:通过定义密码对的相对丰度,发现81%的密码子对其紧邻密码子有偏爱性,这种偏爱性与同义密码子的使用有关。此外,通过密码子及其紧邻密码子与全序列六联体的相对丰度比较发现,大约30%的紧邻密码对偏爱性不能用基因组的序列组分来解释。结论:密码对的偏爱性与它的核苷酸组分有显著相关性。
关键词
基因组
密码
对
紧邻
密码子
同义
密码子
Keywords
genome
codon-pair
proximate codon
synonymous codon
分类号
Q61 [生物学—生物物理学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大肠杆菌基因中密码对使用的规律
王志坚
王芳平
方玉田
李宏
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2010
2
下载PDF
职称材料
2
闪烁古生球菌基因中密码对的偏好性
王芳平
王志坚
《中国医学物理学杂志》
CSCD
2011
0
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职称材料
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