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系统基因组学在中药研究中的应用 被引量:7
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作者 刘义飞 胡志刚 +1 位作者 徐江 陈士林 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期891-898,共8页
我国是世界中药资源多样性最丰富的国家,也是中医药应用最为广泛和历史悠久的国家。长期以来,大量中药资源物种基因组遗传变异信息的缺乏导致了中药资源保护和开发利用的各种问题,制约了中药的现代化进程。分子系统学是理解地球生物多... 我国是世界中药资源多样性最丰富的国家,也是中医药应用最为广泛和历史悠久的国家。长期以来,大量中药资源物种基因组遗传变异信息的缺乏导致了中药资源保护和开发利用的各种问题,制约了中药的现代化进程。分子系统学是理解地球生物多样性形成与演化规律,促进资源多样性保护和利用的重要工具。随着测序技术的发展,基因组大数据的使用将传统的分子系统学拓展到系统基因组学研究的水平,使其更加广泛的应用到生物学研究的各个方面。对于中药资源物种开展系统基因组学研究,将会极大的促进中药资源的保护、分子鉴定评价和天然药效成分的挖掘利用,推动中药现代化进程。该文以此为出发点,首先简述系统基因组学的发展历程和基本研究方法,在此基础上综述目前相关于中药资源物种的系统基因组学研究进展,最后讨论目前研究和应用中存在的问题以及进一步的发展方向,以期为相关研究提供参考。 展开更多
关键词 本草基因组学 分子系统 系统基因组学 中草药 中药资源
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RNA-Seq在药用植物研究中的应用 被引量:8
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作者 刘厚伯 上官艳妮 +3 位作者 潘胤池 赵梓岐 李林 徐德林 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第21期5346-5354,共9页
转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技... 转录组测序技术(RNA-Seq)是近10年新崛起的一种在组学水平剖析基因功能和互作关系的研究方法,广泛应用于分子生物学等前沿领域。近年来,该技术在药用植物研究中得到广泛应用,相关报道也日渐增多。对相关文献进行系统整理,归纳RNA-Seq技术在药用植物功能基因发掘、基因网络分析、遗传机制揭示、分子标记开发等领域中的应用。同时,依据RNA-Seq的技术特点和药用植物研究的发展需求,对该技术在中药材中的进一步应用进行展望,以期为RNA-Seq技术应用于中药系统基因组学的研究提供参考。 展开更多
关键词 转录测序技术 药用植物 系统基因组学 功能基因挖掘 基因网络分析 分子标记开发
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云南大学放线菌资源研究历史回顾、发展现状及未来展望 被引量:5
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作者 李文均 徐丽华 姜成林 《云南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期428-440,共13页
放线菌是一类极其重要的微生物资源.自1980年云南大学省微生物研究所放线菌研究组成立以来,30余年不图急功近利,始终坚持放线菌资源与利用研究,经过几代人的艰苦奋斗,使我国"放线菌资源研究"跻身世界先进行列,形成目前有15名... 放线菌是一类极其重要的微生物资源.自1980年云南大学省微生物研究所放线菌研究组成立以来,30余年不图急功近利,始终坚持放线菌资源与利用研究,经过几代人的艰苦奋斗,使我国"放线菌资源研究"跻身世界先进行列,形成目前有15名博士参与的云南大学"放线菌资源与利用"省级创新团队.作者全面介绍了云南大学放线菌资源研究的发展历程,同时对其发展现状给予理性分析,并就其未来发展方向进行了展望,旨在为我国的放线菌资源进行深入的开发利用提供参考. 展开更多
关键词 放线菌 多样性 生态 分类 代谢产物化 系统基因组学
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分子系统学研究进展 被引量:3
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作者 陈军 李琪 孔令锋 《生命科学》 CSCD 2013年第5期518-523,共6页
传统意义上分子系统学主要分为种上水平的系统发生学和种下水平的种群遗传学研究。随着实验技术进步与计算机性能的提高,系统基因组学、系统地理学、DNA分类学、DNA条形码、MOTU分析、ESU分析等一批新的理论体系与分析手段不断涌现。同... 传统意义上分子系统学主要分为种上水平的系统发生学和种下水平的种群遗传学研究。随着实验技术进步与计算机性能的提高,系统基因组学、系统地理学、DNA分类学、DNA条形码、MOTU分析、ESU分析等一批新的理论体系与分析手段不断涌现。同时,系统发生学与种群遗传学研究领域也有了新的进展。对分子系统学各研究领域进行了简要介绍,对其新的研究进展进行了评述,并对分子系统学今后的研究动向进行了展望。 展开更多
关键词 分子系统 系统发生 种群遗传 系统基因组学 系统地理 DNA分类 DNA条形码
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中国昆虫基因组学的研究进展 被引量:9
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作者 侯丽 詹帅 +2 位作者 周欣 李飞 王宪辉 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第5期693-704,共12页
随着测序技术的革新和多种组学综合分析方法的应用,昆虫基因组学研究领域得到了迅速的发展。目前,我国昆虫学家已经发表了家蚕Bombyx mori、小菜蛾Plutella xylostella、飞蝗Locusta migratoria、榕小蜂Ceratosolen solmsi、褐飞虱Nilap... 随着测序技术的革新和多种组学综合分析方法的应用,昆虫基因组学研究领域得到了迅速的发展。目前,我国昆虫学家已经发表了家蚕Bombyx mori、小菜蛾Plutella xylostella、飞蝗Locusta migratoria、榕小蜂Ceratosolen solmsi、褐飞虱Nilaparvata lugens、柑橘凤蝶Papilio xuthus、烟粉虱Bemisia tabaci等多种昆虫基因组图谱,同时在比较基因组学、功能基因组学、生物信息学以及基因编辑等研究领域也取得了突出的成绩。本文主要综述了近五年我国昆虫基因组学的重要进展,并提出了未来在数据分析、团队合作和基因操作等领域面临的挑战。 展开更多
关键词 基因组测序 比较和系统基因组学 功能基因组学 生物信息 数据库
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叶绿体系统发育基因组学的研究进展 被引量:71
6
作者 张韵洁 李德铢 《植物分类与资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期365-375,共11页
系统发育基因组学是由系统发育研究和基因组学相结合产生的一门崭新的交叉学科。近年来,在植物系统发育研究中,基于叶绿体基因组的系统发育基因组学研究优势渐显端倪,为一些分类困难类群的系统学问题提出了解决方案,但同时也存在某些问... 系统发育基因组学是由系统发育研究和基因组学相结合产生的一门崭新的交叉学科。近年来,在植物系统发育研究中,基于叶绿体基因组的系统发育基因组学研究优势渐显端倪,为一些分类困难类群的系统学问题提出了解决方案,但同时也存在某些问题。本文结合近年来叶绿体系统发育基因组学研究中的一些典型实例,讨论了叶绿体系统发育基因组学在植物系统关系重建中的价值和应用前景,并针对其存在问题进行了探讨,其中也涉及了新一代测序技术对叶绿体系统发育基因组学的影响。 展开更多
关键词 系统发育基因组学 叶绿体基因组 新一代测序技术 长枝吸引
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基因树冲突与系统发育基因组学研究 被引量:29
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作者 邹新慧 葛颂 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2008年第6期795-807,共13页
随着越来越多的基因序列被运用于系统发育重建中,随之产生的基因树冲突已成为分子系统发育研究中日益突出的问题。因此,在分子系统发育研究中,应正确理解基因树和物种树之间的差异,充分注意和分析基因树冲突的原因,正确解释分子系统发... 随着越来越多的基因序列被运用于系统发育重建中,随之产生的基因树冲突已成为分子系统发育研究中日益突出的问题。因此,在分子系统发育研究中,应正确理解基因树和物种树之间的差异,充分注意和分析基因树冲突的原因,正确解释分子系统发育的结果。本文通过一些典型实例分析了在多基因系统发育研究中引发基因树冲突的三类主要原因:随机误差、系统误差和生物学因素。在此基础上,对近年来兴起的系统发育基因组学进行了介绍,并以稻属Oryza研究为例,阐述了系统发育基因组学方法在解决基因树冲突以及系统发育研究中的优势和应用价值,并进一步探讨了解决基因树冲突的策略和方法,以期为分子系统发育研究提供一些启示和帮助。 展开更多
关键词 基因树冲突 基因 分子系统发育 系统发育基因组学 物种树
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系统发育基因组学——重建生命之树的一条迷人途径 被引量:16
8
作者 于黎 张亚平 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第11期1445-1450,共6页
生物基因组计划的相继启动对系统发育学研究的发展产生了深远影响。将基因组学和系统发育学结合起来的“系统发育基因组学”在这一背景下应运而生,这门崭新交叉学科的出现成为重建“生命之树”的一条迷人途径。文章重点围绕系统发育基... 生物基因组计划的相继启动对系统发育学研究的发展产生了深远影响。将基因组学和系统发育学结合起来的“系统发育基因组学”在这一背景下应运而生,这门崭新交叉学科的出现成为重建“生命之树”的一条迷人途径。文章重点围绕系统发育基因组学的概念以及分析方法进行扼要介绍,并探讨了它目前潜在的问题以及将来有待发展和完善的地方。 展开更多
关键词 系统发育 基因组学 系统发育基因组学 罕有基因组改变 基因组改变
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中国苔藓植物多样性研究进展 被引量:20
9
作者 朱瑞良 马晓英 +1 位作者 曹畅 曹子寅 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期82-93,共12页
苔藓植物是生物多样性的重要组成部分,包括角苔植物、苔类植物和藓类植物三大类群,其物种数量仅次于被子植物,是高等植物的第二大类群。我国是世界苔藓植物多样性最丰富的国家。自2017年以来,我国苔藓学者在世界范围发现了10个新属, 40... 苔藓植物是生物多样性的重要组成部分,包括角苔植物、苔类植物和藓类植物三大类群,其物种数量仅次于被子植物,是高等植物的第二大类群。我国是世界苔藓植物多样性最丰富的国家。自2017年以来,我国苔藓学者在世界范围发现了10个新属, 40个新种,建立了新的地钱纲分类系统;更新了我国苔藓植物物种名录,完成了数本分类学专著,并在苔藓系统发育基因组、苔藓植物多样性与环境关系、苔藓植物多样性保护等领域取得了可喜的进展。对未来的研究,我们提出5点建议:(1)加强对重要生态系统、国家公园和关键类群的物种多样性调查;(2)加快基于基因组的苔藓植物多样性研究;(3)加强苔藓植物保护研究;(4)加强西北地区苔藓植物多样性研究人才的培养;(5)进一步加强国际合作,努力构建“一带一路”国家苔藓植物多样性平台。 展开更多
关键词 新分类群 多样性和分布 系统发育基因组学 环境适应 气候变化 保护
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系统发育基因组学研究进展 被引量:17
10
作者 王章群 解增言 +2 位作者 蔡应繁 舒坤贤 黄飞飞 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2014年第7期669-678,共10页
系统发育基因组学是利用全基因组数据构建系统发育树的新领域。全基因组数据能有效消除横向基因转移和类群间基因进化速率差异等因素对系统发育树的影响。根据所使用的全基因组数据的类型,可以将系统发育基因组学方法分为以下5类:多基... 系统发育基因组学是利用全基因组数据构建系统发育树的新领域。全基因组数据能有效消除横向基因转移和类群间基因进化速率差异等因素对系统发育树的影响。根据所使用的全基因组数据的类型,可以将系统发育基因组学方法分为以下5类:多基因联合建树方法,基于基因含量的方法,基于基因排列信息的方法,基于序列短串含量特征信息的方法及基于代谢途径的方法。文章系统地总结了每一类方法的原理、速度、准确性、适用范围及在各个生物类群中的应用,并对系统发育基因组学的前景及面临的挑战进行了概述。 展开更多
关键词 系统发育 系统发育树 系统发育基因组学 基因含量 序列短串
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虾虎鱼类线粒体全基因组序列结构特征分析及系统发育关系探讨 被引量:17
11
作者 金逍逍 孙悦娜 +3 位作者 王日昕 汤达 赵盛龙 徐田军 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1391-1402,共12页
虾虎鱼类体态变异大、体型小、种类多,形态鉴定及谱系分类较为困难。为深入开展虾虎鱼类的鉴定、分类及遗传进化等研究,文章对已获得的26种虾虎鱼线粒体全基因组进行分析。结果发现,虾虎鱼类线粒体基因组的基因组成及排列模式与大多数... 虾虎鱼类体态变异大、体型小、种类多,形态鉴定及谱系分类较为困难。为深入开展虾虎鱼类的鉴定、分类及遗传进化等研究,文章对已获得的26种虾虎鱼线粒体全基因组进行分析。结果发现,虾虎鱼类线粒体基因组的基因组成及排列模式与大多数脊椎动物线粒体基因组特征基本一致;由于不同物种的控制区存在不同数量的重复序列而导致基因组序列长度存在明显的差异;26种虾虎鱼线粒体全基因组序列及不同基因中A+T的含量均超过50%,并存在碱基G偏倚现象。基于37个编码基因序列,利用Kimura双参数法计算遗传距离,发现矛尾刺虾虎鱼与斑尾刺虾虎鱼、斑纹舌虾虎鱼与钝吻舌虾虎鱼分别为同种异名。通过对26种虾虎鱼线粒体基因组控制区序列的比较,识别了终止结合序列区、中央保守区及保守序列区。利用26种虾虎鱼线粒体基因组的36个编码基因序列构建系统发育树,发现部分聚类结果不同于传统的形态学分类方式,虾虎鱼科中的5个亚科出现了明显的分化,近盲虾虎鱼亚科、背眼虾虎鱼亚科、瓢虾虎鱼亚科亲缘关系较近而聚成一大支,然后与拟虾虎鱼亚科种类形成姐妹类群,虾虎鱼亚科与其它的4个亚科亲缘关系较远,单独成为一个类群。根据分子钟估算结果推测虾虎鱼科物种可能起源于始新世晚期至渐新世时段,在中新世进一步分化为具有现代表征的虾虎鱼种类。 展开更多
关键词 虾虎鱼类 线粒体基因组 结构特征 系统发育基因组学
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被子植物系统发育深层关系研究:进展与挑战 被引量:8
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作者 曾丽萍 张宁 马红 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期21-39,共19页
被子植物系统发育学是研究被子植物及其各类群间亲缘关系与进化历史的学科。从20世纪90年代起,核苷酸和氨基酸序列等分子数据开始被广泛运用于被子植物系统发育研究,经过20多年的发展,从使用单个或联合少数几个细胞器基因,到近期应用整... 被子植物系统发育学是研究被子植物及其各类群间亲缘关系与进化历史的学科。从20世纪90年代起,核苷酸和氨基酸序列等分子数据开始被广泛运用于被子植物系统发育研究,经过20多年的发展,从使用单个或联合少数几个细胞器基因,到近期应用整个叶绿体基因组来重建被子植物的系统发育关系,目、科水平上的被子植物系统发育框架已被广泛接受。在这个框架中,基部类群、主要的5个分支(即真双子叶植物、单子叶植物、木兰类、金粟兰目和金鱼藻目)、每个分支所包含的目以及几个大分支包括的核心类群等都具有高度支持。与此同时,细胞器基因还存在一些固有的问题,例如单亲遗传、系统发育信息量有限等,因此近年来双亲遗传的核基因在被子植物系统发育研究中的重要性逐渐得到关注,并在不同分类阶元的研究中都取得了一定进展。但是,被子植物系统发育中仍然存在一些难以确定的关系,例如被子植物5个分支之间的关系、真双子叶植物内部某些类群的位置等。本文简述了20多年来被子植物系统发育深层关系的主要研究进展,讨论了被子植物系统发育学常用的细胞器基因和核基因的选用,已经确定和尚未确定系统发育位置的主要类群,以及研究中尚存在的问题和可能的解决方法。 展开更多
关键词 亲缘与进化关系 分子系统发育 细胞器基因 基因 系统发育基因组学
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系统发育基因组学方法研究进展 被引量:7
13
作者 李佳璇 梁丹 张鹏 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第4期456-471,共16页
系统发育基因组学是系统发育学与基因组学融合产生的一个交叉学科,主要通过分析基因组水平的大规模分子数据来解析生物之间的系统进化关系.本文简述了5种常用的基于高通量测序技术的系统发育基因组学数据获取方法:扩增子测序(targeted a... 系统发育基因组学是系统发育学与基因组学融合产生的一个交叉学科,主要通过分析基因组水平的大规模分子数据来解析生物之间的系统进化关系.本文简述了5种常用的基于高通量测序技术的系统发育基因组学数据获取方法:扩增子测序(targeted amplicon sequencing)、转录组测序(transcriptome sequencing)、简化基因组测序(reduced-representation sequencing)、目标序列捕获(target sequence capture)和低覆盖度的全基因组测序(low coverage whole-genome shotgun sequencing),归纳比较了每种方法的特点、适用范围、成本花费等.此外,本文还简述了系统发育基因组学数据分析中的5个基本步骤:数据预处理与组装、直系同源基因的鉴定、序列比对、数据质量控制和系统发育树的构建,并对这5个步骤的分析要点与常用软件的特点做了归纳.虽然系统发育基因组学分析是重建生命之树的一条必由之路,当前它也面临着一系列的问题:如大量数据的分析导致计算量与时间花费大幅增加、系统误差的影响会随着数据量增大而变得更为明显、不同数据集可能会给出高支持率但不一致的结果.最后,本文综合国内外学者的最新研究成果,对这些问题进行了讨论并给出了相应的建议. 展开更多
关键词 高通量测序 系统发育基因组学 系统发育分析 系统误差 系统发育信号
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裸子植物的系统分类:历史、现状和展望
14
作者 杨永 《南京林业大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期14-26,共13页
系统梳理裸子植物系统分类历史,按标志性研究进展,将1753年以来裸子植物分类研究历史划分为6个发展阶段:第1阶段为混沌时期(1753—1827年),从Linnaeus至Brown提出裸子植物概念之前,裸子植物未被作为一个类群处理,以Linnaeus的性系统为代... 系统梳理裸子植物系统分类历史,按标志性研究进展,将1753年以来裸子植物分类研究历史划分为6个发展阶段:第1阶段为混沌时期(1753—1827年),从Linnaeus至Brown提出裸子植物概念之前,裸子植物未被作为一个类群处理,以Linnaeus的性系统为代表;第2阶段为概念形成时期(1827—1843年),从Brown发现裸子植物至Brongniart正式将裸子植物处理为一个类群之前,是裸子植物发现和概念的确立时期;第3阶段为萌芽时期(1843—1864年),从Brongniart至Braun之前,这一时期人们虽然将裸子植物作为一个类群处理,但还是将它作为被子植物双子叶植物的一个部分,代表系统如Bentham&Hooker的分类系统;第4阶段为裸子植物系统分类的奠基时期(1864—1926年),从Braun至Pilger,这个阶段人们将裸子植物从被子植物中独立出来,发现了银杏精子具鞭毛这样的原始性状,将银杏从红豆杉类植物中分出,厘清了裸子植物的主要传代线,奠定了裸子植物系统分类的基础,但是该时期人们对裸子植物科的概念还比较模糊,以Eichler和Engler的系统为代表,为后续分类系统奠定基础;第5阶段为“百家争鸣”时期(1926—2011年),从Pilger至Christenhusz等之前,该时期提出的分类系统很多,分类阶元的应用从目至门都有不同的观点,且从形态学、解剖学、胚胎学、植物化学、古植物学、分支分类学等方面,证据类型和方法十分多样。争论主要集中在银杏、红豆杉类和买麻藤类等类群的亲缘关系和系统归属,以及对罗汉松科、杉科和柏科的界定方面,以Pilger系统和郑万钧为代表;第6阶段是分子系统学和整合分类学时期(2007—),从Anderson等至今,该时期以分支分类学原理为准则,以系统发生树为骨架,综合分子系统学、解剖学、形态学、植物化学以及分子系统学等证据,建立和完善裸子植物分类系统,以Yang等提出的裸子植物分类系统为本阶段的代表� 展开更多
关键词 裸子植物 系统 分类系统 系统发生基因组学 整合分类
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植物生命之树重建的现状、问题和对策建议 被引量:6
15
作者 王伟 刘阳 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期176-188,共13页
生命之树的概念源自1859年达尔文的《物种起源》,但利用分子数据重建植物生命之树的研究则在20世纪90年代才开始兴起。近年来,随着测序技术、分析方法和计算能力的快速发展,植物生命之树重建研究取得了显著成果。本文首先概述了当前以... 生命之树的概念源自1859年达尔文的《物种起源》,但利用分子数据重建植物生命之树的研究则在20世纪90年代才开始兴起。近年来,随着测序技术、分析方法和计算能力的快速发展,植物生命之树重建研究取得了显著成果。本文首先概述了当前以及未来很长一段时间内植物生命之树重建工作的重点,包括植物属级和种级水平的系统发育研究、植物系统发育基因组学研究、分子和形态数据联合分析、包括灭绝与现存植物类群的生命之树重建,以及超大植物生命之树重建等5个方面;然后简要概括国内植物生命之树重建研究的现状,指出了我国在植物生命之树重建领域发展中所存在的问题,并从"类群研究体系、学科评价体系、国家顶层设计,以及拓展国际合作"等方面对学科未来的发展提出了一些对策建议。 展开更多
关键词 分子系统 系统发育基因组学 形态 超大树 生命之树
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菌物学研究的几点思考 被引量:2
16
作者 刘杏忠 戴玉成 《菌物研究》 CAS CSCD 2023年第1期10-13,共4页
随着测序技术的进步和组学发展,给传统菌物学研究带来了挑战,也为现代菌物学发展提供了机遇。分子系统学及环境DNA序列对菌物学经典分类造成了极大的冲击,基因组时代的物种概念还没有很好地建立,极早期分化真菌成为了新的研究热点,基因... 随着测序技术的进步和组学发展,给传统菌物学研究带来了挑战,也为现代菌物学发展提供了机遇。分子系统学及环境DNA序列对菌物学经典分类造成了极大的冲击,基因组时代的物种概念还没有很好地建立,极早期分化真菌成为了新的研究热点,基因树与物种树的不一致为真菌进化提供了新的思路,文中针对菌物学研究中的一些热点问题进行了初步论述,供菌物学研究者关注、参考和讨论。 展开更多
关键词 分类 物种形成 物种概念 系统发育基因组学
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有瓣蝇类分类、系统发育及演化 被引量:5
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作者 闫利平 裴文娅 张东 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期757-768,共12页
有瓣蝇类(Calyptratae)隶属于昆虫纲(Insecta)四大超适应辐射类群之一的双翅目(Diptera),占双翅目已知物种多样性的近20%。有瓣蝇类分布广泛,生物学习性极为多样,在维系生态系统稳定中发挥着重要作用,是媒介、法医、传粉和天敌昆虫学研... 有瓣蝇类(Calyptratae)隶属于昆虫纲(Insecta)四大超适应辐射类群之一的双翅目(Diptera),占双翅目已知物种多样性的近20%。有瓣蝇类分布广泛,生物学习性极为多样,在维系生态系统稳定中发挥着重要作用,是媒介、法医、传粉和天敌昆虫学研究领域的热点类群,也是探究双翅目系统演化及其成功适应辐射的关键类群。为了还原有瓣蝇类的演化历史,许多著名昆虫学者先后对该类昆虫开展过不同层面的研究。有瓣蝇类的单系性得到了普遍支持,并被分为3个总科——虱蝇总科(Hippoboscoidea)、蝇总科(Muscoidea)和狂蝇总科(Oestroidea),其中单系的狂蝇总科与多系的蝇总科聚为一支,再与虱蝇总科成为姐妹群。在科级阶元水平,蝠蝇科(Streblidae)(虱蝇总科)、花蝇科(Anthomyiidae)(蝇总科)、丽蝇科(Calliphoridae)(狂蝇总科)、邻寄蝇科(Rhinophoridae)(狂蝇总科)等类群的单系性仍有待验证,且新的科仍在不断被建立[如粉蝇科(Polleniidae)、乌鲁鲁蝇科(Ulurumyiidae)],因此,有瓣蝇类科级系统发育关系仍不十分明晰。已有研究对虱蝇总科虱蝇科(Hippoboscidae)、蝠蝇科、蛛蝇科(Nycteribiidae),蝇总科蝇科(Muscidae)、粪蝇科(Scathophagidae),狂蝇总科麻蝇科(Sarcophagidae)、狂蝇科(Oestridae)胃蝇亚科(Gasterophilinae)的演化历史进行研究,明确了起源与扩散、寄主转移、取食策略等关键生物学习性的演化历史。但由于部分关键类群生活史信息的缺失,以及尚未有效解决的系统发育关系,有瓣蝇类演化历史仍有许多待解之谜。本文综述了有瓣蝇类分类、系统发育及演化研究进展,是在系统学研究进入系统发育基因组学时代后对该类群相关研究进展的首次全面总结。 展开更多
关键词 双翅目 有瓣蝇类 分类 系统发育 支序系统 系统发育基因组学 演化历史 适应辐射
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哺乳动物系统发育基因组学研究进展 被引量:4
18
作者 周旭明 杨光 《兽类学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期339-345,共7页
哺乳动物是一类最进化并在地球上占主导地位的动物类群,重建其系统发育关系一直是分子系统学的研究热点。随着越来越多物种全基因组测序的完成,在基因组水平上探讨该类动物的系统发育关系与进化成为研究的热点。本文从全基因组序列,稀... 哺乳动物是一类最进化并在地球上占主导地位的动物类群,重建其系统发育关系一直是分子系统学的研究热点。随着越来越多物种全基因组测序的完成,在基因组水平上探讨该类动物的系统发育关系与进化成为研究的热点。本文从全基因组序列,稀有基因组变异及染色体涂染等几个方面简要介绍了当前系统发育基因组学在现生哺乳动物分子系统学中的应用,综合已有的研究归纳整理了胎盘亚纲的总目及目间的系统发育关系,给出了胎盘动物19个目的系统发育树。本文还分析了哺乳动物系统发育基因组学目前所面临的主要问题及未来的发展前景。 展开更多
关键词 系统发育基因组学 哺乳动物 系统发育树 染色体涂染
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进化系统生物学与反刍动物的进化研究 被引量:3
19
作者 陈垒 邱强 +1 位作者 潘香羽 王文 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第4期509-518,共10页
自达尔文以来,宏观进化和微观进化研究之间一直存在着鸿沟(gap). 20世纪初现代遗传学兴起后,进化研究更多是微观领域的研究,但往往难以解析多姿多彩生物性状进化的遗传基础.比如,反刍动物不仅在科学上有着极为重要的特征性状(如多室胃和... 自达尔文以来,宏观进化和微观进化研究之间一直存在着鸿沟(gap). 20世纪初现代遗传学兴起后,进化研究更多是微观领域的研究,但往往难以解析多姿多彩生物性状进化的遗传基础.比如,反刍动物不仅在科学上有着极为重要的特征性状(如多室胃和角),而且是人类农业文明家畜物种的最重要来源类群,但其进化的遗传基础一直是个谜团.为解决这类问题,我们提出了进化系统生物学(evolutionary genotype-phenotype systems biology,eGPS),旨在利用多层次组学数据,大尺度跨物种阐释动物复杂性状的遗传基础和成因.本文简要介绍了进化生物学的最新进展,并系统综述了有待阐明其遗传进化基础的反刍动物的性状特征,指出eGPS研究有望系统解决这些重要性状特征的进化遗传基础. 展开更多
关键词 系统发育基因组学 生物多样性基因组学 进化系统生物 反刍动物
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不同组装软件在系统发育基因组学中的应用比较
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作者 王耀卓 张文强 张俊霞 《河北大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2023年第2期171-178,共8页
为了筛选出最适合于超级保守元件(ultra-conserved elements,UCE)序列组装的软件,分别使用5款组装软件SPAdes、ABySS、Velvet、Trinity和Minia对17个UCE捕获测序文库进行组装.结果发现:5款组装软件对UCE数据的组装结果不同,Trinity组装... 为了筛选出最适合于超级保守元件(ultra-conserved elements,UCE)序列组装的软件,分别使用5款组装软件SPAdes、ABySS、Velvet、Trinity和Minia对17个UCE捕获测序文库进行组装.结果发现:5款组装软件对UCE数据的组装结果不同,Trinity组装所耗时间明显比其他软件长;SPAdes和Trinity的组装结果较好,得到的可观长度的重叠群(contigs)总数较多,产生的长片段(>250 bp)contigs较其他3款软件更多,但是SPAdes捕获到的UCE数量最多,因此,相比于其他4款组装软件,SPAdes更适合UCE数据的组装.本研究为基于UCE的系统发育基因组学分析提供了参考. 展开更多
关键词 数据分析 超级保守元件 系统发育基因组学
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