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应用16S rRNA基因文库技术分析土壤细菌群落的多样性 被引量:73
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作者 刘玮琦 茆振川 +1 位作者 杨宇红 谢丙炎 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第10期1344-1350,共7页
【目的】土壤微生物在菜田生态系统中具有重要的生态功能,通过16S rRNA基因克隆文库技术分析典型菜田土壤细菌群落结构的组成情况,为揭示典型的菜田土壤微生物的多样性以及土地利用变化与生态环境效应之间的关系奠定基础。【方法】采用... 【目的】土壤微生物在菜田生态系统中具有重要的生态功能,通过16S rRNA基因克隆文库技术分析典型菜田土壤细菌群落结构的组成情况,为揭示典型的菜田土壤微生物的多样性以及土地利用变化与生态环境效应之间的关系奠定基础。【方法】采用未培养技术直接从北京和山东两地典型菜田土壤样品中提取微生物总的DNA,分别构建基于通用引物PCR扩增的土壤细菌16S rRNA基因克隆文库,通过HinfⅠ和HaeⅢ限制性内切酶对两地土壤细菌16S rRNA基因文库中的克隆进行ARDRA(Amplified Ribosomal DNA Rstriction Analysis)分析,将所有阳性克隆分为若干个可操作分类单元(OTU)。【目的】通过构建两地细菌克隆文库的系统发育树,并分析主要种群的组成表明:北京和山东菜田土壤细菌克隆文库的优势种群均为γ、β、α变形细菌亚群。两地的细菌种类组成分别包括124个OTUs和92个OTUs。【结论】北京地区和山东地区典型蔬菜地土壤细菌种群中优势种群均为变形细菌,但是土壤细菌多样性降低,这可能与典型菜田的多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关。同时,也可能是造成菜田土壤病害普遍发生,土壤退化的一个重要原因。 展开更多
关键词 土壤细菌群落 16SRRNA基因 ARDRA 系统发育分析
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真菌rDNA的特点及在外生菌根菌鉴定中的应用 被引量:58
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作者 林晓民 李振岐 王少先 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期120-125,共6页
核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区... 核糖体DNA(rDNA)是真菌基因组中的一类中度或高度重复序列,每一重复单位包括高度保守、中度保守和不保守三类区段,在真菌的系统发育分析和分类鉴定中,rDNA是很重要的靶序列。本文主要评述了真菌rDNA的结构特点及应用,特别是内转录间隔区(ITS)在外生菌根菌鉴定上的应用,并对一些名词概念进行了讨论。 展开更多
关键词 外生菌根菌 RDNA 真菌 应用 定中 高度重复序列 系统发育分析 内转录间隔区 结构特点 基因组 核糖体 靶序列
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Hand Foot and Mouth Disease Due to Enterovirus 71 in Malaysia 被引量:71
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作者 Kaw Bing Chua Abdul Rasid Kasri 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2011年第4期221-228,共8页
Hand foot and mouth disease is a febrile sickness complex characterized by cutaneous eruption (exanthem) on the palms and soles with simultaneous occurrence of muco-cutanous vesiculo-ulcerative lesions (enanthem) affe... Hand foot and mouth disease is a febrile sickness complex characterized by cutaneous eruption (exanthem) on the palms and soles with simultaneous occurrence of muco-cutanous vesiculo-ulcerative lesions (enanthem) affecting the mouth. The illness is caused by a number of enteroviruses with coxsackievirus A16 and enterovirus 71 as the main causative agents. Human enterovirus 71 (EV71) belongs to the species Human enterovirus A under the genus Enterovirus within the family Picornaviridae. EV71 has been associated with an array of clinical diseases including hand foot and mouth disease (HFMD), aseptic meningitis, encephalitis and poliomyelitis-like acute flaccid paralysis. A large outbreak of HFMD due to highly neurovirulent EV71 emerged in Malaysia in 1997, and caused 41 deaths amongst young children. In late 2000, a recurrence of an outbreak of HFMD occurred in Malaysia with 8 fatalities in peninsular Malaysia. Outbreak of HFMD due to EV71 recurred in 2003 with an unknown number of cases and mortalities. A similar outbreak of HFMD with 2 recorded deaths in young children occurred in peninsular Malaysia in late 2005 and this was followed by a larger outbreak in Sarawak (Malaysian Borneo) with 6 reported fatalities in the early part of 2006. The current on-going outbreak of HFMD started in peninsular Malaysia in epidemiological week 12 of 2010. As with other HFMD outbreaks in Malaysia, both EV71 and CA16 were the main aetiological viruses isolated. In similarity with the HFMD outbreak in 2005, the isolation of CA16 preceded the appearance of EV71. Based on the VP1 gene nucleotide sequences, 4 sub-genogroups of EV71 (C1, C2, B3 and B4) co-circulated and caused the outbreak of hand, foot and mouth disease in peninsular Malaysia in 1997. Two sub-genogroups (C1 and B4) were noted to cause the outbreak in 2000 in both peninsular Malaysia and Sarawak. EV71 of sub-genogroup B5 with smaller contribution from sub-genogroup C1 caused the outbreak in 2003. In the 2005 outbreak, besides the EV71 strains of sub-genogroup C1, EV71 展开更多
关键词 Hand foot and mouth disease Enterovirus 71 MALAYSIA
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基于内含子和外显子的系统发育分析的比较 被引量:42
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作者 王宁 陈润生 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 1999年第19期2095-2102,共8页
在灵长目动物中分离出 7个断裂基因的内含子和外显子序列 ,分别进行系统发育分析 .比较结果显示 :( 1)基于内含子与基于外显子所得到的进化树的拓扑结构基本一致 ,但由于内含子和外显子序列的突变速率不同 ,导致进化树的分枝长度不同 ;(... 在灵长目动物中分离出 7个断裂基因的内含子和外显子序列 ,分别进行系统发育分析 .比较结果显示 :( 1)基于内含子与基于外显子所得到的进化树的拓扑结构基本一致 ,但由于内含子和外显子序列的突变速率不同 ,导致进化树的分枝长度不同 ;( 2 )在hominoids中 ,外显子的替代速率下降 ,而内含子的替代速率相对稳定 ;( 3)当选用cebus作为参考物种时 ,基于不同外显子推测出的orangutan的分歧时间相差较大 ,而基于不同内含子序列所得的分歧时间比较接近 ,且与化石记录相吻合 ,这说明内含子序列可作为一个更好的“分子钟” ;( 4)对于不同基因 ,序列的G +C含量与它的替代速率有一定关系 ,当内含子的替代速率大于相应的外显子时 ,内含子的G +C含量较低 .所有这些结果显示 。 展开更多
关键词 系统发育分析 内含子 分子进化 外显子 灵长目
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gyrB基因在细菌系统发育分析中的应用 被引量:52
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作者 郝云婕 韩素贞 《生物技术通报》 CAS CSCD 2008年第2期39-41,共3页
细菌gyrB编码DNA促旋酶的B亚单位蛋白,对细菌DNA的转录和复制很重要。因不显现频繁的基因横向转移并且基于该序列的分析与DNA杂交同源性分析有较好的一致性,近年来常被选用于细菌系统发育分析及细菌鉴定,一般采用对该基因测序或对其PCR... 细菌gyrB编码DNA促旋酶的B亚单位蛋白,对细菌DNA的转录和复制很重要。因不显现频繁的基因横向转移并且基于该序列的分析与DNA杂交同源性分析有较好的一致性,近年来常被选用于细菌系统发育分析及细菌鉴定,一般采用对该基因测序或对其PCR产物RFLP等方法进行研究。 展开更多
关键词 系统发育分析 GYRB 细菌鉴定 促旋酶 B亚单位蛋白
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溶磷性大豆根瘤内生菌的筛选、抗性及系统发育和促生 被引量:51
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作者 赵龙飞 徐亚军 +6 位作者 曹冬建 李源 厉静杰 吕佳萌 朱自亿 秦珊珊 贺学礼 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第13期4425-4435,共11页
对采自河南省不同地区的大豆根瘤进行内生菌分离纯化、溶磷性筛选试验。根据能否产生溶磷圈及溶磷圈直径(D)、菌落直径(d)和D/d值大小确定菌株溶磷能力,采用钼锑抗比色法测定培养液中有效磷含量;平板筛选法对筛选菌株进行耐盐性、耐酸... 对采自河南省不同地区的大豆根瘤进行内生菌分离纯化、溶磷性筛选试验。根据能否产生溶磷圈及溶磷圈直径(D)、菌落直径(d)和D/d值大小确定菌株溶磷能力,采用钼锑抗比色法测定培养液中有效磷含量;平板筛选法对筛选菌株进行耐盐性、耐酸碱、重金属等抗性测定,并对筛选菌株进行理化特性、16S r DNA、rec A序列和系统发育分析。结果表明,从分离纯化的324株内生菌中筛选出36株具有溶磷特性,其中20株有较强溶磷性。菌株DD291发酵液中可溶性磷含量最高(452 mg/L),发酵液p H与对照相比均有不同程度下降,最大降幅达2.92。大部分溶磷性内生菌具有较强耐盐碱性,对Pb2+、Cr6+和Cu2+有较高耐受性,对Ni2+和Hg2+抗性较弱。结合细胞形态、生理生化、16S r DNA、rec A序列和系统发育分析结果,菌株确定为Bacillus cereus,Enterobacter cancerogenus,E.cloacae和Pseudomonas putida。部分溶磷菌株对大豆的生长有促进作用,显示出潜在的应用前景。 展开更多
关键词 大豆 根瘤内生菌 溶磷性 筛选 抗性 系统发育分析
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PCR-DGGE研究处理垃圾渗滤液序批式生物膜反应器(SBBR)中的细菌多样性 被引量:41
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作者 肖勇 杨朝晖 +4 位作者 曾光明 马延和 刘有胜 王荣娟 徐峥勇 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2007年第5期1095-1101,共7页
为了研究序批式生物膜反应器中的细菌多样性及其脱氮的微生物学机理,为工艺改进提供依据,从同步高效去除垃圾渗滤液中高氨氮和高COD的SBBR生物膜和渗滤液原水中采集微生物样品并提取微生物总DNA,使用细菌通用引物对(GC341F/907R)从总DN... 为了研究序批式生物膜反应器中的细菌多样性及其脱氮的微生物学机理,为工艺改进提供依据,从同步高效去除垃圾渗滤液中高氨氮和高COD的SBBR生物膜和渗滤液原水中采集微生物样品并提取微生物总DNA,使用细菌通用引物对(GC341F/907R)从总DNA中成功扩增出目标16S rDNA片段,然后对扩增的16S rDNA进行DGGE,对凝胶染色并进行条带统计分析和切胶测序,使用序列数据进行同源性分析并建立了系统发育树.结果表明,该驯化后的SBBR生物膜和渗滤液原水中都有比较丰富的细菌多样性,驯化的生物膜细菌主要来自渗滤液原水,而且生物膜细菌在反应器正常运行时不会出现明显的群落结构变化;在该SBBR中有多种硝化细菌与反硝化细菌、好氧反硝化细菌和厌氧氨氧化细菌共存,说明该反应器中可能同时存在全程硝化反硝化、同步硝化反硝化和厌氧氨氧化3种脱氮方式.研究结果为SBBR脱氮微生物机理研究提供了一些有价值的参考依据. 展开更多
关键词 16s rDNA SBBR PCR DGGE 垃圾渗滤液 系统发育分析
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用matK序列分析探讨木兰属植物的系统发育关系 被引量:38
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作者 王亚玲 李勇 +1 位作者 张寿洲 余兴生 《植物分类学报》 CSCD 北大核心 2006年第2期135-147,共13页
用木兰科Magnoliaceae57种植物的matK基因序列构建了该科的系统发育分支图。结果表明:(1)木兰属MagnoliaL.是一个因为性状的趋同演化而建立的多系类群;(2)木兰亚属subgen.Magnolia和玉兰亚属subgen.Yulania(Spach)Reichenb.亲缘关系较远... 用木兰科Magnoliaceae57种植物的matK基因序列构建了该科的系统发育分支图。结果表明:(1)木兰属MagnoliaL.是一个因为性状的趋同演化而建立的多系类群;(2)木兰亚属subgen.Magnolia和玉兰亚属subgen.Yulania(Spach)Reichenb.亲缘关系较远,支持将后者从该属中分出建立玉兰属YulaniaSpach,木兰亚属作为木兰属保留;(3)木兰亚属的sect.SplendentesDandyexVazquez组与皱种组sect.RytidospermumSpach的两个美洲种M.macrophyllaMichaux和M.dealbataZucc.亲缘关系较近,荷花玉兰组sect.TheorhodonSpach与常绿组sect.GwillimiaDC.的亲缘关系较近;(4)盖裂木属TalaumaJuss.可以成立,而其分布于亚洲的BlumianaBlume组可归入木兰属;(5)拟单性木兰属ParakmeriaHu&Cheng、华盖木属ManglietiastrumLaw以及单性木兰属Kmeria(Pierre)Dandy形成一个单系群,与玉兰亚属和含笑属MicheliaL.的亲缘关系较近。花的着生位置不足以作为木兰科的分族依据,含笑族Michelieae和木兰族Magnolieae的特征及其界定应做修改。将玉兰亚属从木兰属分出后,木兰属与含笑属无性状交叉,成为两个区别明显的属。 展开更多
关键词 木兰科 木兰属 mark基因 系统发育分析
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一株碱性果胶酶高产细菌的分离、系统发育分析和产酶条件的初步优化 被引量:39
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作者 张健红 李寅 +2 位作者 刘和 刘登如 陈坚 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期354-358,共5页
从腐烂的苹果表皮筛选到一株碱性果胶酶的高产菌株,命名为WSHB04-02.分离菌株为革兰氏阳性细菌,有芽孢,菌落颜色为乳白色.分离菌株WSHB04-02的16SrDNA全序列分析表明,该菌株与Bacillussubtilus具有99%的相似性,并与其他13株产碱性果胶... 从腐烂的苹果表皮筛选到一株碱性果胶酶的高产菌株,命名为WSHB04-02.分离菌株为革兰氏阳性细菌,有芽孢,菌落颜色为乳白色.分离菌株WSHB04-02的16SrDNA全序列分析表明,该菌株与Bacillussubtilus具有99%的相似性,并与其他13株产碱性果胶酶菌株的16SrDNA结果进行同源性分析,并构建系统发育树.发现菌株WSHB04-02在不含果胶类物质与Mg2+的培养基上能高产碱性果胶酶,在优化的培养条件下,碱性果胶酶的酶活达到34U/mL,在国内还未见报道. 展开更多
关键词 碱性果胶酶 16S RDNA 系统发育分析 发酵条件 优化
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利用16S rDNA序列分析鉴定一株产抗菌物质的微生物菌株 被引量:36
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作者 别小妹 陆兆新 +3 位作者 房耀维 曾泉 吕凤霞 袁勇军 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第11期466-470,共5页
从桃子上分离纯化得到1株产抗菌物质的菌株,命名为fmb3菌,通过抑菌实验发现该菌对革兰氏阳性菌蜡样芽孢杆菌、革兰氏阴性菌大肠埃希菌和真菌扩展青霉等3种常见食品病原菌具有显著的抑菌效果。利用16SrDNA分析对该菌作了系统进化鉴定,首... 从桃子上分离纯化得到1株产抗菌物质的菌株,命名为fmb3菌,通过抑菌实验发现该菌对革兰氏阳性菌蜡样芽孢杆菌、革兰氏阴性菌大肠埃希菌和真菌扩展青霉等3种常见食品病原菌具有显著的抑菌效果。利用16SrDNA分析对该菌作了系统进化鉴定,首先提取fmb3菌基因组DNA,根据不同种属的细菌的16SrDNA序列两端的保守性设计通用引物,对fmb3菌16SrDNA片断进行PCR扩增,对扩增得到的目标片段测序,并且利用NCBIBLAST对测序结果进行比对,构建系统进化树进行分析,初步确定该菌属于枯草芽孢杆菌。 展开更多
关键词 抗菌物质 16SrDNA 枯草芽孢杆菌 系统发育分析 鉴定
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嗜热厌氧纤维素降解细菌的分离、鉴定及其系统发育分析 被引量:24
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作者 韩如旸 闵航 +1 位作者 陈美慈 赵宇华 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第2期138-144,共7页
利用纤维素降解细菌和纤维素粘附的方法分别从新鲜牛粪、高温堆肥和本实验室保存的纤维素降解富集物中分离得到 4株嗜热厌氧纤维素降解细菌。分离菌株为革兰氏染色阴性 ,直的或稍弯曲杆菌 ,菌体大小为 0 4μm~ 0 6 μm× 3 μm~... 利用纤维素降解细菌和纤维素粘附的方法分别从新鲜牛粪、高温堆肥和本实验室保存的纤维素降解富集物中分离得到 4株嗜热厌氧纤维素降解细菌。分离菌株为革兰氏染色阴性 ,直的或稍弯曲杆菌 ,菌体大小为 0 4μm~ 0 6 μm× 3 μm~ 1 5 μm ,严格厌氧 ,不还原硫酸盐 ,形成芽孢。多数芽孢着生于菌体顶端。分离菌株能利用纤维素滤纸、纤维素粉WhatmanCFII、微晶纤维素、纤维素粉MN3 0 0和未经处理的玉米秆芯、甘蔗渣、水稻秸杆。分离菌株在pH6 2~ 8 9、温度 45℃~ 6 5℃范围内利用纤维素 ,最适pH为 7 0~ 7 5 ,最适温度为 5 5℃~6 0℃ ,发酵纤维素产生乙醇、乙酸、H2 和CO2 。分离菌株还可利用纤维二糖、葡萄糖、果糖、麦芽糖、山梨醇作为碳源。部分长度的 1 6SrDNA序列分析表明 ,分离菌株EVAI与Clostridiumthermocellum具有 99 展开更多
关键词 纤维素降解 嗜热厌氧细菌 16S RDNA 系统发育分析 分离 鉴定
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云南和西藏四处热泉中的厚壁菌门多样性 被引量:39
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作者 宋兆齐 王莉 +1 位作者 刘秀花 梁峰 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期481-486,436,共7页
[目的]厚壁菌门(Firmicutes)在热泉这一极端环境中的多样性目前还缺乏深入细致的研究,故选择国内最具代表性的云南和西藏地区的4处热泉,详细研究其中厚壁菌门的物种和遗传多样性。[方法]采用高通量测序技术、生物统计学和系统发育... [目的]厚壁菌门(Firmicutes)在热泉这一极端环境中的多样性目前还缺乏深入细致的研究,故选择国内最具代表性的云南和西藏地区的4处热泉,详细研究其中厚壁菌门的物种和遗传多样性。[方法]采用高通量测序技术、生物统计学和系统发育分析的手段。[结果]获得的728条厚壁菌门16SrRNA基因序列,可划分为184个可操作分类单元(OTUs)。梭菌纲(Clostridia)在各热泉中都为最优势类群,占到了群落结构的51%~93%;其次是芽孢杆菌纲(Bacilli),它在除洱源2号泉外的其它样点中均存在,群落比例为4%~21%。57%的OTUs与已知序列的最大相似性小于97%,其可能代表了潜在的新物种,而系统发育分析的结果发现了若干全新的高级分类单元。[结论]热泉中蕴含丰富而新颖的厚壁菌门资源。温度是影响研究样点厚壁菌门群落结构的重要因素,温度越低多样性越丰富。 展开更多
关键词 厚壁菌门 多样性 系统发育分析 热泉 云南 西藏
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一株好氧反硝化细菌的分离鉴定及反硝化能力 被引量:35
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作者 杨基先 高珊珊 +2 位作者 马放 苏俊峰 王强 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第7期1302-1307,共6页
利用驯化活性污泥的方法筛选出一株好氧反硝化细菌G3,该菌在碳源充足且溶解氧为(4.0±1.0)mg·L^-1条件下,24h内对NO2^- -N积累量为12.03mg·L^-1,对N03^- -N的去除率为91.09%.扫描电镜观察其形态特征为(0.4-0... 利用驯化活性污泥的方法筛选出一株好氧反硝化细菌G3,该菌在碳源充足且溶解氧为(4.0±1.0)mg·L^-1条件下,24h内对NO2^- -N积累量为12.03mg·L^-1,对N03^- -N的去除率为91.09%.扫描电镜观察其形态特征为(0.4-0.6)μm×(1.2-2.0)μm的短杆菌.16SrDNA序列分析表明.该菌与Pseudomonas stutzeri的相似性为100%.利用MEGA软件对该菌株与已报道的相关微生物进行系统发育分析,并克隆出与好氧反硝化相关的周质硝酸盐还原酶的亚基napA基因,初步判定筛选菌株具有周质硝酸盐还原酶. 展开更多
关键词 好氧反硝化细菌 系统发育分析 周质硝酸盐还原酶
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利用线粒体COII基因序列对中国尾蛱蝶属系统分化的研究(鳞翅目:蛱蝶科) 被引量:29
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作者 王戎疆 万宏 +2 位作者 龙玉 雷光春 李绍文 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期243-247,共5页
利用线粒体COII基因序列分析法 ,研究了我国尾蛱蝶属 5种蝴蝶的系统分化。结果表明 ,在尾蛱蝶属 5个种的 12个样品中 ,4 0 5bp长的COII片段有 11 4 %的位点为多态性位点 ,大部分的碱基改变是转换。各物种内不同个体间的差异明显小于不... 利用线粒体COII基因序列分析法 ,研究了我国尾蛱蝶属 5种蝴蝶的系统分化。结果表明 ,在尾蛱蝶属 5个种的 12个样品中 ,4 0 5bp长的COII片段有 11 4 %的位点为多态性位点 ,大部分的碱基改变是转换。各物种内不同个体间的差异明显小于不同物种间的差异 ,种内个体间的差异一般为 0 5 %~ 1 5 % ,各物种间的差异绝大多数在 4 %以上。利用最大似然性法构建的尾蛱蝶属聚类关系图显示 ,尾蛱蝶属蝴蝶分为两大分支 ,一支包括大二尾蛱蝶、二尾蛱蝶和忘忧尾蛱蝶 ,另外一个分支包括窄斑凤尾蛱蝶和黑凤尾蛱蝶聚在一起。在大二尾蛱蝶、二尾蛱蝶和忘忧尾蛱蝶这一分支中 ,大二尾蛱蝶和忘忧尾蛱蝶的亲缘关系较近 ,而二尾蛱蝶较远。这些分子系统学的结果均与形态学的结果相一致 。 展开更多
关键词 鳞翅目 蛱蝶科 尾蛱蝶 线粒体CoⅡ 系统发育分析 中国
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一株新的胡萝卜软腐欧文氏菌的分离和鉴定 被引量:31
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作者 远方 屈淑平 +2 位作者 崔崇士 曹鸣庆 马荣才 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第2期136-140,共5页
从大白菜软腐组织中分离出一株软腐病细菌BC1,经过形态观察、生理生化特性分析、致病性检测和 16SrDNA序列分析 ,该分离物被鉴定为胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜亚种 (Erwiniacarotovorasubsp .carotovora ,Ecc)的一个新菌株 ,编号为BC1。... 从大白菜软腐组织中分离出一株软腐病细菌BC1,经过形态观察、生理生化特性分析、致病性检测和 16SrDNA序列分析 ,该分离物被鉴定为胡萝卜软腐欧文氏菌胡萝卜亚种 (Erwiniacarotovorasubsp .carotovora ,Ecc)的一个新菌株 ,编号为BC1。这是首次从 16SrDNA序列水平上对在我国分布的软腐欧文氏菌进行鉴定。EccBC1的 16SrDNA序列与其它软腐欧文氏菌株的 16SrDNA序列之间同源性达 98 7%~ 99 3% ,而且在系统发育树中独立于Ecc其它菌株。序列分析结果表明 ,EccBC1具有至少 2种不同的 16SrDNA序列 ,它们都在第 4 5 9位和 4 73位 (相对于大肠杆菌 16SrDNA序列 )发生碱基突变 ,同一基因中两个突变位点之间彼此互补 ,处于 16SrRNA螺旋H17颈部 ,而且这两处碱基变异只存在于BC1菌株中。通过与其它软腐欧文氏菌亚种和菌株 16SrDNA序列进行比对分析 ,还进一步鉴定出一些BC1菌株特异的 16SrDNA碱基突变位点。本文报道的EccBC1两个 16SrDNA序列在GenBank中的登录号分别为AY30 90 6 8和AY30 90 6 9。 展开更多
关键词 16S RDNA 突变 系统发育分析 胡萝卜软腐欧文氏菌 大白菜 软腐病 胡萝卜亚种 分离 鉴定
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城市污水厂活性污泥强化自养反硝化菌研究 被引量:36
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作者 常玉梅 杨琦 +2 位作者 郝春博 尚海涛 姜体胜 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第4期1210-1216,共7页
采集北京高碑店城市污水厂的反硝化污泥样品,以硫磺作为电子供体进行驯化培养.测定污泥的增长率来确定污泥活性,分别测定NO 3--N、SO42-浓度来确定硝酸盐的去除效率和硫酸盐生成速率.当硝酸盐去除率达到90%以上时,提取污泥中微生物总DNA... 采集北京高碑店城市污水厂的反硝化污泥样品,以硫磺作为电子供体进行驯化培养.测定污泥的增长率来确定污泥活性,分别测定NO 3--N、SO42-浓度来确定硝酸盐的去除效率和硫酸盐生成速率.当硝酸盐去除率达到90%以上时,提取污泥中微生物总DNA,构建16S rRNA基因片段克隆文库来分析细菌群落结构.结果表明,污泥的增长率为0.177 g/(L.d),污泥中硝酸盐浓度与时间的关系符合一级反应.污泥中细菌类群主要为Beta-Proteobacteria、Deta-Proteobacteria、Gamma-Proteobacteria和Unclassified bacteria,其中Beta-Proteobacteria类细菌占主导地位.在成熟的反硝化污泥中,自养反硝化菌Thiobacillusdenitrificans占所占比例高达48.65%.此外,反应器中还存在Denitratisoma sp.、Curvibacter sp.、Thermomonas sp.、Geobacter sp.等细菌.对自养反硝化污泥中细菌多样性的研究有利于优化反应条件,从而提高污泥的硝酸盐去除率. 展开更多
关键词 活性污泥 硝酸盐去除 自养反硝化细菌 克隆文库 系统发育分析
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好氧反硝化菌的分离鉴定及特性研究 被引量:29
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作者 张光亚 陈培钦 《微生物学杂志》 CAS CSCD 2005年第6期23-26,共4页
从土壤中分离到1株能以硝酸钠为氮源进行好氧反硝化作用的细菌,命名为Rhodococcussp.DN,分离菌株革兰氏染色为阳性,球状或杆状,菌落颜色为橙红色。该细菌能以乙酰胺为惟一碳源和氮源,能进行氨化和硝化作用并产生亚硝酸。部分长度的16S r... 从土壤中分离到1株能以硝酸钠为氮源进行好氧反硝化作用的细菌,命名为Rhodococcussp.DN,分离菌株革兰氏染色为阳性,球状或杆状,菌落颜色为橙红色。该细菌能以乙酰胺为惟一碳源和氮源,能进行氨化和硝化作用并产生亚硝酸。部分长度的16S rDNA序列分析表明,所分离的细菌与Rhodococcus ruber的16S rDNA序列具有99%相似性。 展开更多
关键词 好氧反硝化 RHODOCOCCUS sp.DN 16S RDNA序列 系统发育分析
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链格孢属及相关属分类研究新进展 被引量:35
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作者 冯中红 孙广宇 《菌物研究》 CAS 2020年第4期294-303,共10页
链格孢属Alternaria真菌广布世界各地,包含寄生、腐生和内生的类群,寄主范围和发生的基质极其广泛。链格孢为重要植物病原菌,可造成多种作物的严重病害,一些为人畜致病菌,引发人畜疾病。自建立至今200余年以来,链格孢属的分类标准及属... 链格孢属Alternaria真菌广布世界各地,包含寄生、腐生和内生的类群,寄主范围和发生的基质极其广泛。链格孢为重要植物病原菌,可造成多种作物的严重病害,一些为人畜致病菌,引发人畜疾病。自建立至今200余年以来,链格孢属的分类标准及属的界限发生了较大变化。传统上该属的分类基于形态学特征进行,包括分生孢子的形状、大小、分隔状况、成链特性、喙的特征、产孢表型等。然而形态特征在近缘种间变异较大,一些相似种无法有效区分,近年来分子系统发育分析在该类群中被广泛使用。目前,链格孢属真菌被划分为28个组群(section)。一些相似属,包括假格孢属Nimbya、细基格孢属Ulocladium、埃里格孢属Embellisia、Crivellia、Alternariaster、Chalastospora、Teretispora等均被归至链格孢属,作为属下不同的组群。另一些相似属,如匍柄霉属Stemphylium和顶茁格孢属Gibbago仍被作为独立属对待。该文综述了链格孢属及相关属的分类研究历史与研究新进展,讨论了链格孢属真菌分类现存问题,展望了今后研究的方向及需要重点解决的问题。 展开更多
关键词 链格孢 分类 形态特征 系统发育分析 匍柄霉属 细基格孢属
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蝙蝠蛾拟青霉与冬虫夏草关系的分子系统学研究 被引量:35
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作者 杨金玲 肖薇 +4 位作者 何惠霞 朱慧新 王淑芳 程克棣 朱平 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期421-426,共6页
以5月和6月两个不同时段采集的分别产于青海省化隆县和四川省康定县的冬虫夏草(Cordycepssinensis)新鲜子实体为材料,采用分子生物学方法,以rDNA-ITS序列为分子标记,对蝙蝠蛾拟青霉(Paecilomyceshepiali)与冬虫夏草之间的关系进行了探... 以5月和6月两个不同时段采集的分别产于青海省化隆县和四川省康定县的冬虫夏草(Cordycepssinensis)新鲜子实体为材料,采用分子生物学方法,以rDNA-ITS序列为分子标记,对蝙蝠蛾拟青霉(Paecilomyceshepiali)与冬虫夏草之间的关系进行了探讨。以真菌通用引物ITS1/ITS4分别对蝙蝠蛾拟青霉及冬虫夏草子座和僵虫基因组DNA进行PCR扩增,获得的片段克隆到pMD18-TVector上进行测序,结果表明,随机挑取的46个克隆与某些已在GenBank中注册的中国被毛孢(Hirsutella sinensis)或冬虫夏草的rDNA-ITS序列的一致性均在99%以上,但与蝙蝠蛾拟青霉的rDNA-ITS序列的一致性约为72%。根据蝙蝠蛾拟青霉的rDNA-ITS序列设计了两对特异引物,分别以不同产地及不同生长时期共4个批次的冬虫夏草子座和僵虫基因组DNA为模板,进行PCR及巢式PCR扩增,均得到了相应片段,该片段与蝙蝠蛾拟青霉的rDNA-ITS序列具有100%的一致性。在GenBank中注册号为AB067740的另一个标明为冬虫夏草的rDNA-ITS序列与注册号为AJ309353的中国被毛孢的rDNA-ITS序列一致性仅为87.3%,但根据AB067740序列设计特异引物,也从冬虫夏草基因组DNA中扩增到其相应序列。研究结果表明,在天然冬虫夏草中除了中国被毛孢之外,还普遍存在着蝙蝠蛾拟青霉等内寄生菌。 展开更多
关键词 蝙蝠蛾拟青霉 冬虫夏草 中国被毛孢 rDNA-ITS区 系统发育分析
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奥尼罗非鱼无乳链球菌的鉴定、致病性及药物敏感性研究 被引量:33
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作者 谭晶晶 陈昌福 +3 位作者 高宇 刘振兴 王美珍 李革雷 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期745-751,共7页
从海南省某水产养殖场患病奥尼罗非鱼(Oreochromis aureus×Oreochromis niloticus)中,分离到1个编号为LFY-08-23的菌株。经过对分离菌株进行生理生化特性鉴定、Biolog系统鉴定以及利用原核生物16S rRNA基因通用引物进行16S rRNA基... 从海南省某水产养殖场患病奥尼罗非鱼(Oreochromis aureus×Oreochromis niloticus)中,分离到1个编号为LFY-08-23的菌株。经过对分离菌株进行生理生化特性鉴定、Biolog系统鉴定以及利用原核生物16S rRNA基因通用引物进行16S rRNA基因的克隆及序列分析,结果发现LFY-08-23菌株与无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)的生理生化特性相似,16S rRNA基因克隆及序列分析结果与S.agalactiae(EF092913,DQ303183,AF459432)自然构成一个分支,相似性高达99.8%。用分离的S.agalactiaeLFY-08-23菌株对异育银鲫和斑点叉尾鮰进行人工感染试验,结果表明,当注射菌浓度达到1.0×109cfu/mL时,2种鱼全部死亡。S.agalactiaeLFY-08-23菌株对头孢氨噻肟、丙氟哌酸、利福平等13种药物高度敏感,对呋喃妥因、新生霉素、强力霉素等7种药物中度敏感,对卡那霉素、链霉素、磺胺异恶唑等5种药物不敏感。 展开更多
关键词 奥尼罗非鱼 无乳链球菌 鉴定 系统发育分析 人工感染 药物敏感
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