鲢微卫星标记研制及其在鲢和鳙遗传多样性研究中的应用(英文) 被引量：12

1

作者 廖梅杰 杨官品 +2 位作者 邹桂伟 危起伟 汪登强 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期756-761,共6页

鲢（Hypophthalmichthys molitrix）和鳙（Aristichys nobilis）是中国特有的四大家鱼中2个重要成员，主要分布于黑龙江、长江和珠江水系。传统人工养殖依靠天然鱼苗。但是，人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到... 鲢（Hypophthalmichthys molitrix）和鳙（Aristichys nobilis）是中国特有的四大家鱼中2个重要成员，主要分布于黑龙江、长江和珠江水系。传统人工养殖依靠天然鱼苗。但是，人口增长和人类经济活动加剧使其天然产卵和孵化场消失或遭到破坏。人工育苗技术虽然解决了鱼苗供应问题，但由于遗传资源管理和使用方法的不完善，使两种鱼的生长表现、抗病抗逆性和遗传多样性等都有明显的降低。另外，因洪水导致的养殖个体逃逸也使天然群体的遗传多样性受到干扰。近年来，比较大规模的人工鱼苗放流实践也加剧了对天然群体遗传多样性的扰动。对这些问题的深入研究迫切需要一套适用的分子标记。为评价鲢和鳙的遗传多样性、确定它们的遗传分化和地理分化、科学合理地管理和开发利用遗传资源，本研究构建了富集GT微卫星序列的基因组短片段文库。随机选择并测序的97个克隆中有87个含有微卫星序列。根据其中的21条序列，设计了22对微卫星标记引物并用来分析了在长江荆州段捕获的32尾野生鲢和7尾野生鳙的遗传多样性。所有标记引物在两种鱼中通用。在全部样品中共发现129个等位基因。每位点等位基因数在3～10个，平均5．9个。不同标记揭示的遗传多样性指数在0.33～2.00，平均1.22。由于使用的鱼个体数少，如鳙，只有7个个体，样品也只来源于长江荆州江段。本研究无法基于两种鱼的天然分布，对两种鱼的遗传分化、地理种群多样性比较、养殖群体和天然群体差异等问题进行深入分析。但是，这组标记的研制将有助于这2个中国特有经济鱼种的遗传多样性分析、遗传资源的管理及开发利用等相关研究。本研究中，微卫星DNA标记的研制使用了固定有微卫星核心序列的磁珠。这样的磁珠与两端接有已知序列的DNA片段杂交能富集出含有微卫� 展开更多

关键词 微卫星DNA标记 简单重复序列标记 鲢 鳙 遗传多样性 种间通用性

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日本落叶松种子园群体遗传多样性评价 被引量：9

2

作者 杜超群 许业洲 孙晓梅 《森林与环境学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期406-411,共6页

利用16个表达序列标签简单重复序列(EST-SSR)标记对日本落叶松种子园遗传多样性进行分析评价,旨在明确该种子园的遗传基础,为后期育种策略的制定和遗传改良的可持续发展提供参考依据。结果表明:群体平均有效等位基因数(Ne)为2.542,平均... 利用16个表达序列标签简单重复序列(EST-SSR)标记对日本落叶松种子园遗传多样性进行分析评价,旨在明确该种子园的遗传基础,为后期育种策略的制定和遗传改良的可持续发展提供参考依据。结果表明:群体平均有效等位基因数(Ne)为2.542,平均观测杂合度(Ho)为0.578,平均期望杂合度(He)为0.528,平均Shannon多样性指数为0.972,平均多态信息含量指数(PIC)为0.485,日本落叶松种子园遗传多样性较高;群体中大部分位点均符合哈迪-温伯格平衡(HWE),群体内近交系数(Fis)、群体总近交系数(Fit)均为负值,群体表现为轻微杂合子过量,不存在近交衰退;不同来源的5个群体遗传多样性各参数值差异不大,群体间遗传距离计算、分子方差分析和主坐标分析结果均表明群体间遗传分化非常小,主要原因在于国内各栽培区引种交流频繁。 展开更多

关键词 日本落叶松 种子园 表达序列标签 简单重复序列标记 遗传多样性

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基于表型性状和SSR标记的9份万寿菊种质遗传多样性分析 被引量：7

3

作者 宋江琴 唐楠 +2 位作者 唐道城 丁圆圆 马洪强 《种子》 北大核心 2021年第10期6-11,19,共7页

基于9个形态学标记和11个SSR分子标记对9个万寿菊雄性不育两用系进行性状间主成分分析,材料间聚类分析,构建指纹图谱,并计算材料性状之间的变异系数和多样性指数。结果表明,9个万寿菊雄性不育两用系各表型性状具有明显差异,株高、冠幅... 基于9个形态学标记和11个SSR分子标记对9个万寿菊雄性不育两用系进行性状间主成分分析,材料间聚类分析,构建指纹图谱,并计算材料性状之间的变异系数和多样性指数。结果表明,9个万寿菊雄性不育两用系各表型性状具有明显差异,株高、冠幅、花朵数、一级分枝数、花径、千粒重和开花前期在品系间差异均达到极显著水平(p<0.01)。9个两用系的Shannon-Wiener信息指数为1.49。主成分分析结果显示,前3个主成分因子主要包括株高、冠幅、一级分枝数、花朵数等性状,累计贡献率达到了83.348%。11对SSR引物共检测到29个条带,其中27个具有多态性,多态性比率为93.1%,每对SSR引物可扩增条带数2~4条,平均每个位点等位基因数为2.45个。Shannon信息指数和PIC值分别为0.6613和0.353,表型及SSR标记显示9个材料具有较高的遗传多样性,且两种聚类结果总体上具有一致性。3个SSR引物将9个两用系完全区分开来,并构建了供试材料的数字指纹图谱。 展开更多

关键词 万寿菊 简单重复序列标记 表型性状 多样性

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浙江4个主要茶树群体种资源表型性状及遗传多样性分析 被引量：5

4

作者 丁一 郑旭霞 +2 位作者 黄海涛 毛宇骁 赵芸 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第2期364-372,共9页

以分别取自当地茶园的天台、龙山、木禾及鸠坑群体材料为研究对象,通过统计及相关性分析对共330份材料的16项表型性状进行对比及遗传多样性研究,结果表明:除雌雄蕊相对高度在4个群体中均无显著性差异(雌高雄低)外,其余性状在品种间的差... 以分别取自当地茶园的天台、龙山、木禾及鸠坑群体材料为研究对象,通过统计及相关性分析对共330份材料的16项表型性状进行对比及遗传多样性研究,结果表明:除雌雄蕊相对高度在4个群体中均无显著性差异(雌高雄低)外,其余性状在品种间的差异较大,性状参数变异系数在4.46%~44.90%,平均为25.28%,其中叶片着生状态平均变异系数最大,达41.43%;以茶花为研究对象,遗传多样性较为丰富的群体为天台群体,且其在简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记下展现出较高的分子多态性;以叶为研究对象,鸠坑群体是更为理想的材料;花叶兼用则木禾群体是较优的材料,其拥有遗传多样性高的表型性状最多。此外,不同地理条件对龙山群体影响较大。总的来说,4个茶树群体表型多样性丰富且各具特异性,均具有较高的定向育种潜力。 展开更多

关键词 茶树群体 表型性状多样性 简单重复序列标记

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桑树杂交组合亲本的SSR标记多态性及遗传背景分析 被引量：5

5

作者 罗义维 亓希武 +5 位作者 帅琴 王裕鹏 卢承琼 向仲怀 唐翠明 何宁佳 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期576-581,共6页

在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号&#... 在对PCR反应体系进行正交试验优化的基础上,采用2 878对SSR分子标记分析以桑树品种伦教109作为父本,珍珠白和粤武2号分别作为母本的2对杂交组合亲本间的多态性。结果表明,桑树杂交组合珍珠白×伦教109亲本间的多态性为69%,粤武2号×伦教109亲本间的多态性为54%。选用珍珠白×伦教109的F1群体进行SSR分子标记遗传连锁分析,对亲本的遗传背景分析发现:在母本珍珠白中,相引相分子标记数目为58对,相斥相分子标记数目为70对,符合1∶1分离比;而在父本伦教109中则没有检测到相斥相分子标记对。据此推测桑树品种珍珠白可能为异源四倍体,而伦教109可能为同源四倍体。 展开更多

关键词 桑树 简单重复序列标记 多态性 染色体组来源

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稻属AA染色体组8个种间SSR多样性与亲缘关系 被引量：3

6

作者 杨致荣 李润植 魏兴华 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期589-595,共7页

选用平均分布于水稻基因组的30对SSR引物，对AA染色体组8个野生稻种共42份材料的遗传多样性及遗传关系进行了研究。结果显示，本试验选取的30个SSR标记均具有多态性，多态性位点百分率为100％。30个多态性位点共扩增出的等位基因数为22... 选用平均分布于水稻基因组的30对SSR引物，对AA染色体组8个野生稻种共42份材料的遗传多样性及遗传关系进行了研究。结果显示，本试验选取的30个SSR标记均具有多态性，多态性位点百分率为100％。30个多态性位点共扩增出的等位基因数为224，每个位点可扩增出3～10个等位基因，平均7．47个；等位基因有效数（Ae）变幅为1．25～8．91，平均5．45。多样性指数中，Shannon多样性指数（J）为0．454～2．386，平均1．826；而Nei基因多样性指数变幅为0．199～0．888，平均0．774。系统聚类和带型分析结果表明，亚洲栽培稻（Oryzasativa）与普通野生稻（O.rufipogon）的亲缘关系最近，非洲栽培稻（O．glaberrima）则与巴蒂野生稻（O．barthii）关系最为密切，杂草稻（ospontamea）与普通野生稻（Qrufipogon）、亚洲栽培稻（osativa）之间有较近的亲缘关系，而展颖野生稻（oglumaepatula）、长雄蕊野生稻（Qlongis—taminata）与AA组其他稻种之间的亲缘关系较远。 展开更多

关键词 稻属 AA染色体组 简单重复序列标记 多样性 亲缘关系

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款冬转录组SSR标记开发及其多态性研究 被引量：5

7

作者 贺润丽 韩毅丽 +2 位作者 段静静 刘计权 王莉花 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第20期5026-5032,共7页

目的分析款冬转录组数据的简单重复序列标记(SSR)位点信息并设计特异引物,以期为款冬分子标记辅助育种提供有力工具。方法对款冬转录组测序数据库中长度1 kb以上的18 938条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并... 目的分析款冬转录组数据的简单重复序列标记(SSR)位点信息并设计特异引物,以期为款冬分子标记辅助育种提供有力工具。方法对款冬转录组测序数据库中长度1 kb以上的18 938条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择55对SSR引物分析18份不同来源款冬材料的多态性。结果共搜索到4688个SSR位点,分布于3844条unigene中,SSR出现频率为24.75%,平均7979bp含1个SSR位点。SSR位点中三核苷酸重复类型出现频率最高(37.12%),其次是单核苷酸重复(32.36%)和二核苷酸重复(28.20%)。共有60种重复基元,其中A/T(31.42%)、AG/CT(12.80%)、ATC/ATG(9.62%)是优势重复基元。随机选择55对引物进行多态性验证分析,其中42对有扩增产物,14对具稳定可重复的多态性;利用UPGMA作图,将18份样品分为3类。结论款冬转录组中SSR位点出现频率高,类型丰富,多态性高,为其遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种等研究提供了候选分子标记。 展开更多

关键词 款冬 转录组 简单重复序列标记 多态性 PCR

原文传递

基于表型性状及SSR标记的天麻种质资源遗传多样性分析 被引量：1

8

作者 王彩云 张翔宇 +4 位作者 成忠均 武新玲 柳敏 周茂嫦 周雪 《中药材》 CAS 北大核心 2024年第2期281-289,共9页

目的:研究天麻的遗传多样性,分析杂交、自交天麻种质资源间的差异。方法:以26个天麻种质资源为材料,基于形态学标记对各种质的株高、蒴果数、花序长度、蒴果长度、蒴果宽度、块茎长度、块茎宽度、单重、有效成分含量等表型性状进行方差... 目的:研究天麻的遗传多样性,分析杂交、自交天麻种质资源间的差异。方法:以26个天麻种质资源为材料,基于形态学标记对各种质的株高、蒴果数、花序长度、蒴果长度、蒴果宽度、块茎长度、块茎宽度、单重、有效成分含量等表型性状进行方差分析、聚类分析及相关性分析;结合SSR分子标记进行遗传多样性研究,并构建SSR指纹图谱。结果:天麻表型性状中,各性状的变幅不同,变幅较大的为蒴果重、单重、块茎长、鲜品产量、干品产量、天麻素含量、对羟基苯甲醇含量;变幅较小的为蒴果宽、茎秆粗、肚脐眼直径、横纹环数、折干率。相关性分析结果显示,部分性状间相关性显著;表型性状聚类结果显示,在阈值为11.32时,将天麻资源分为2大类群。从合成的7对引物中筛选出3对SSR特异性引物,PCR扩增获得较清晰的SSR指纹图谱。UPGMA聚类可明显区分天麻自交系及杂交系,与表型聚类分析结果较为一致。结论:利用形态学标记及SSR分子标记相结合的方法可有效区分天麻杂交组合及自交组合。 展开更多

关键词 天麻 形态学 简单重复序列标记 种质资源 多样性

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水稻光氧化基因LPO1(t)的初步定位 被引量：5

9

作者 赖东 夏士健 +7 位作者 吕川根 魏晓东 刘少奎 张斌 廖慧敏 颜文飞 宗寿余 张启军 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第6期1212-1217,共6页

在选育的籼型两用不育系812S中分化出1个农艺性状基本一致的光氧化变异株系812HS,秧苗期叶色正常,但分蘖盛期～拔节期,在低温强光照射下,叶尖发生光氧化而变黄。生理分析结果表明,812HS叶片的PSⅡ反应中心活力和PSⅡ电子传递活力低于野... 在选育的籼型两用不育系812S中分化出1个农艺性状基本一致的光氧化变异株系812HS,秧苗期叶色正常,但分蘖盛期～拔节期,在低温强光照射下,叶尖发生光氧化而变黄。生理分析结果表明,812HS叶片的PSⅡ反应中心活力和PSⅡ电子传递活力低于野生型,而剩余光能高于野生型,光能利用效率低于野生型,说明812HS的性状是由已合成的叶绿素受光氧化伤害造成的。以812HS/090028 F1和F2群体为材料进行遗传分析,结果表明,该光氧化性状受1对新的显性主基因LPO1(t)控制。采用BSA法,用微卫星SSR标记将LPO1(t)基因初步定位于第4染色体上的分子标记RM307与RM401之间,LPO1(t)与2个标记间的遗传距离分别为4.3 cM和4.5 cM。LPO1(t)是水稻中一个与其他叶片光氧化相关基因不同的新基因。 展开更多

关键词 水稻 光氧化 简单重复序列标记 基因 定位

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大蒜转录组简单重复序列标记分析与分子标记开发 被引量：4

10

作者 刘新雨 田洁 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第9期1615-1625,共11页

为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出14... 为探明大蒜转录组简单重复序列标记(SSR)的特征,开发适合大蒜育种的SSR引物,利用MISA软件对大蒜转录组序列进行SSR位点检测与信息分析,并通过PCR扩增检测引物的有效性和多态性。结果表明:大蒜转录组测序获得444865条unigenes,共鉴定出141132个SSR位点,出现频率为31.72%,平均每3.45 kb出现1个SSR位点。单核苷酸和二核苷酸为SSR位点中优势类型,分别占总SSR的68.02%和24.12%;SSR位点共有82种重复基序,以A/T和AT/AT数量较多,占总SSR位点的65.02%和12.37%。利用Primer 3.0共设计出125616对SSR引物,在随机选取的14对引物中有12对引物能够有效扩增,其中6对引物在35份大蒜资源中表现出多态性,扩增共得到26条多态性条带,每对引物平均产生4.33条条带。UPGMA分析显示,在遗传相似系数0.7569处,35份大蒜资源可被分成5大类群。综上所述,利用大蒜转录组数据进行SSR分子标记开发能够获得较高频率的SSR位点,且开发的SSR标记可用性强。 展开更多

关键词 大蒜 转录组 简单重复序列标记 多态性

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川芎SSR标记开发及遗传多样性分析

11

作者 毛常清 沙秀芬 +5 位作者 陶珊 吴宇 彭芳 廖海浪 袁灿 张超 《中国现代中药》 CAS 2024年第11期1854-1866,共13页

目的:基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列(SSR)标记,对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析,为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法:基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物,筛选多态... 目的:基于川芎基因组调研结果开发简单重复序列(SSR)标记,对109份川芎种质资源进行遗传多样性分析,为川芎种质资源评价、保存和新品种选育等提供理论依据。方法:基于Survey测序已组装序列挖掘川芎基因组中的SSR位点并设计引物,筛选多态性高的引物,对109份川芎种质资源进行遗传多样性和遗传分化分析,并在川芎及其近缘物种中进行通用性验证。结果:36对引物在109份川芎种质资源中共检测到102个等位基因位点,观测等位基因数为2.8333,期望杂合度为0.4885,Shannon's指数为0.8071,Nei基因多样性为0.4860,多态信息含量为0.4194,采集的109份川芎种质资源具有丰富的遗传多样性。基于遗传距离的聚类分析显示,在遗传相似系数为0.76处,109份川芎聚为两大类,但其与地理分布关系不大。通用性验证显示,36对SSR引物在川芎及其近缘物种中通用性较好。结论:开发的36对SSR标记能很好地揭示川芎的遗传多样性,供试109份川芎种质遗传分化小、基因流较大。 展开更多

关键词 川芎 简单重复序列标记 遗传多样性 遗传分化

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大顶苦瓜种质资源的遗传多样性分析与指纹图谱构建

12

作者 杨天文 王静 +5 位作者 李炯 徐彬其 程蛟文 洪宇 曹毅 崔竣杰 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2024年第1期103-114,共12页

为实现对大顶苦瓜种质的快速精准鉴定,以包含主栽品种在内的26份大顶苦瓜种质为材料,通过筛选高多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心标记,对其进行聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:在苦瓜基因组6种SSR基序单元类型中... 为实现对大顶苦瓜种质的快速精准鉴定,以包含主栽品种在内的26份大顶苦瓜种质为材料,通过筛选高多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)核心标记,对其进行聚类分析和指纹图谱构建。结果表明:在苦瓜基因组6种SSR基序单元类型中,二核苷酸SSR标记的多态性最好,适用于进一步从中筛选苦瓜SSR核心标记。在遗传相似系数0.80处,40个SSR标记将26份大顶苦瓜种质分为3个类群,第一类群包含18份种质,果形以短圆锥形为主;第二类群包含5份种质,果形以长圆锥形为主;第三类群包含3份种质,其果形与大顶苦瓜相似,但含有非大顶苦瓜种质背景。利用MC05_69594、MC04_50530、MC06_87314和MC10_146038这4个SSR核心标记可对26份大顶苦瓜种质进行有效鉴定,并为每份大顶苦瓜种质建立独特的QR编码指纹图谱,其中,1号大顶和3号大顶疑为相似材料。构建的大顶苦瓜指纹图谱可以为大顶苦瓜种质鉴定与育种利用提供科学依据。 展开更多

关键词 大顶苦瓜 简单重复序列标记 遗传多样性 种质鉴定 指纹图谱

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四十八份青花菜品种SSR指纹图谱构建 被引量：3

13

作者 林朦婕 温慧萍 +1 位作者 肖建中 郑强 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第12期2304-2312,共9页

为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳... 为筛选一套适用于青花菜品种DNA指纹鉴定的核心简单重复序列标记(simple sequence repeat,SSR)引物,给青花菜品种的特异性、真实性、准确性鉴定提供依据,以12份性状差异较大的青花菜品种为材料,结合聚丙烯酰胺凝胶电泳与荧光毛细管电泳检测技术,从945对芸薹属SSR引物中筛选出20对引物作为青花菜品种的核心SSR引物。利用该套核心SSR引物在48份青花菜主要栽培品种中共扩增出等位基因位点79个,平均每对引物扩增得到等位基因与基因型数量为3.95、5.55个;引物多态性信息含量(PIC)介于0.302~0.750,平均为0.547;20对核心SSR引物的杂合度介于0.3500~0.7849,均值为0.6082。用该套核心SSR引物构建的48份青花菜品种的指纹图谱,每一条指纹都具有唯一性,可表征一个品种,该指纹图谱为青花菜品种鉴定与资源保护提供了科学依据。 展开更多

关键词 青花菜 简单重复序列标记 指纹图谱 等位基因 多态性信息含量

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不同产地野生金荞麦SSR标记鉴定 被引量：3

14

作者 赵莎 郑司浩 +5 位作者 李进瞳 刘美娟 林晖才 熊啟相 曾燕 王继永 《中国现代中药》 CAS 2021年第12期2067-2071,共5页

目的:开发简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记用于鉴定不同产地野生金荞麦种质资源。方法:基于金荞麦全基因组数据设计SSR标记引物,对来自云南、贵州、四川的野生金荞麦样本进行遗传多样性分析及聚类分析。结果:引物组合JQ... 目的:开发简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)标记用于鉴定不同产地野生金荞麦种质资源。方法:基于金荞麦全基因组数据设计SSR标记引物,对来自云南、贵州、四川的野生金荞麦样本进行遗传多样性分析及聚类分析。结果:引物组合JQM03、JQM04、JQM07、JQM19、JQM21可以对产地为四川的野生金荞麦进行鉴定;引物组合JQM04、JQM07、JQM19、JQM21可以对产地为贵州的野生金荞麦进行鉴定区分。结论:开发的金荞麦SSR分子标记可成功鉴定四川、贵州产地的野生金荞麦种质资源。 展开更多

关键词 金荞麦 简单重复序列标记 遗传多样性 鉴定

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基于SSR标记构建叶子花品种的分子身份证 被引量：1

15

作者 郭云 郑勇奇 +3 位作者 宗亦臣 楚爱香 林富荣 黄平 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第5期640-648,共9页

以219个叶子花栽培品种为研究对象,在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增,共扩增出414条带型,平均每对引物扩增出20.7条;20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189~0.823,平均值为0.696,当P... 以219个叶子花栽培品种为研究对象,在140对引物中筛选出20对多态性高的简单重复序列(SSR)荧光标记引物对219个品种进行扩增,共扩增出414条带型,平均每对引物扩增出20.7条;20对引物的多态性信息含量(PIC)为0.189~0.823,平均值为0.696,当PIC>0.50时可以认为该引物为高度多态性信息引物;20对引物在219个品种中共检测出219个等位基因,平均每对引物检测出10.95个;20对引物在219个品种组成的群体中,其平均有效等位基因数为4.212个,平均Shannon多样性指数为1.633,平均观测杂合度为0.430。在构建叶子花品种分子身份证方面,通过SSR标记技术,根据PIC的高低选择引物组合,采用数字与英文大小写字母相结合的方法,对不同长度的扩增片段进行赋值,最终用20对引物构建了219个叶子花品种的分子身份证,并通过在线软件进一步转换成唯一可识别的品种信息二维码。叶子花品种分子身份证和信息二维码的构建,可避免出现由于品种繁多及命名混乱而导致的同名异物和同物异名的现象,促进品种知识产权保护,做到种质可追溯。 展开更多

关键词 叶子花 简单重复序列标记 分子身份证

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基于高通量测序的日本医蛭转录组及SSR序列分析 被引量：1

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作者 余米 封孝兰 +2 位作者 周梦 张承露 曹敏 《云南农业大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期250-259,共10页

【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共... 【目的】分析日本医蛭在不同温度处理下,其转录组和简单重复序列标记(simple seauence repeats,SSR)信息。【方法】应用高通量测序技术,对不同温度下日本医蛭不同组织分别进行转录组测序,采用MISA软件对unigene进行SSR分析。【结果】共获得125.08 G有效数据,平均错误率为0.03%。经Trinity软件混合拼接后共得到202 570条transcripts和52 206条unigene,平均长度分别为1 826 bp和1 390 bp,最大长度均为30 853 bp。将unigene与公共数据库进行比对,得到注释的unigene为29 352条,占总数的56.22%。对unigene进行SSR检测,共检测到29 926个SSR位点,发生频率是57.32%。SSR的核苷酸基元重复数都在5次以上,主要集中在5~10次(86.27%)之间,以三核苷酸和单核苷酸重复SSR为主,所占比例分别为74.07%和15.10%,核苷酸重复基元中,以A/T (4 255,14.22%)为主,在三核苷酸重复基元中,ATC/ATG (9 496,31.73%)所占比例最高。不同温度下日本医蛭转录组基因表达量差异比较数据显示,样本间表达差异基因共1 603个。【结论】不同温度处理后日本医蛭的SSR发生频率较高,可为日本医蛭筛选分子遗传标记提供大量基础数据。 展开更多

关键词 日本医蛭 转录组 简单重复序列标记

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一个水稻长护颖基因的遗传分析 被引量：1

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作者 秦海龙 张启军 +3 位作者 廖慧敏 宗寿余 夏士健 吕川根 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2014年第2期231-236,共6页

为进一步弄清水稻花器官发育的分子机理,本试验对从美国引进的水稻资源中发现的1份长护颖材料(暂时命名为Y93)的表型、遗传和基因定位进行研究。表型鉴定结果显示,在正常生长条件下,Y93表现为护颖发育异常,护颖长度明显大于颖壳长度,而... 为进一步弄清水稻花器官发育的分子机理,本试验对从美国引进的水稻资源中发现的1份长护颖材料(暂时命名为Y93)的表型、遗传和基因定位进行研究。表型鉴定结果显示,在正常生长条件下,Y93表现为护颖发育异常,护颖长度明显大于颖壳长度,而千粒质量和糙米率极显著低于正常护颖品种9311。Y93与9311杂交,正反交F1均表现为正常护颖长度,F2出现护颖长度分离,长护颖植株与正常长度护颖植株比例为262∶803=1∶3.06(χ2=0.09<P0.05=3.84),符合1∶3的孟德尔分离比,表明Y93的长护颖性状呈隐性单基因遗传。以Y93×9311 F2的262株隐性单株为定位群体,采用BSA(Bulked segregation analysis,BSA)法,将Y93长护颖基因(暂时命名为lsl)初步定位于水稻第7染色体上分子标记RM5344与RM3325之间,该基因与2个标记间的遗传距离分别为0.38 cM和2.10 cM。基因组测序分析结果表明,lsl可能为已发现的长护颖G1基因的1个新等位基因。 展开更多

关键词 水稻 长护颖 简单重复序列标记 基因定位

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基于高密度遗传图谱定位栽培种花生主茎高、第一侧枝长和分枝数的QTL研究（英文）

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作者 张胜忠 邱俊兰 +7 位作者 苗华荣 杨伟强 赵立波 宋欣 潘丽娟 张智猛 胡晓辉 陈静 《花生学报》 北大核心 2019年第2期1-9,共9页

目前关于花生株型的遗传机制了解不深。本研究利用来源于花育28和P76杂交构建的重组自交系群体(RIL),构建高密度遗传连锁图谱,对控制花生主茎高(MSH)、第一侧枝长(FBL)和分枝数(BN)的数量性状位点(QTL)进行定位分析。该图谱包含2266个SN... 目前关于花生株型的遗传机制了解不深。本研究利用来源于花育28和P76杂交构建的重组自交系群体(RIL),构建高密度遗传连锁图谱,对控制花生主茎高(MSH)、第一侧枝长(FBL)和分枝数(BN)的数量性状位点(QTL)进行定位分析。该图谱包含2266个SNP和68个SSR,总遗传距离为2586.37cM。相邻标记间平均间距为2.25cM。研究发现MSH分别与BN(r=0.354)、FBL(r=0.854)高度相关。QTL分析检测到18个加性QTL位点(4个与MSH相关,5个与FBL相关,9个与BN相关),分布于10个染色体。大多数QTL位点只在一个环境下检测到,其中主茎高相关位点qMSHA01.1,第一侧枝长相关位点qFBLA01.2,分枝数相关位点qBNB07.1和qBNB07.2在两个环境下均能检测到。另外,针对MSH、FBL、BN,共有24对上位性QTL被检测到,表型变异解释率均低于10%。以上结果将为花生株型相关基因的图位克隆和分子标记设计育种提供重要的基础。 展开更多

关键词 侧枝数 上位性效应 第一侧枝长 主茎高 花生 数量性状位点 单核苷酸多态标记 简单重复序列标记

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基于高通量测序的黄姑鱼转录组从头组装和基因注释分析

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作者 王余菊 娄方瑞 水柏年 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2019年第6期475-480,494,共7页

为了进一步挖掘黄姑鱼的基因数据库资源,本研究采用高通量测序技术对采自舟山的黄姑鱼进行了全转录组测序,获取了42 809 266条Clean Reads。Clean Reads通过从头组装并进一步聚类为32 623条Unigenes,平均长度和N50分别为1 646 bp和2 777... 为了进一步挖掘黄姑鱼的基因数据库资源,本研究采用高通量测序技术对采自舟山的黄姑鱼进行了全转录组测序,获取了42 809 266条Clean Reads。Clean Reads通过从头组装并进一步聚类为32 623条Unigenes,平均长度和N50分别为1 646 bp和2 777 bp。利用国际上7个主要的基因注释数据库(Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-prot、KEGG和GO)对所有的Unigenes进行基因功能分析,共有28 645条Unigenes在至少以上一个数据库中成功获得注释信息。而后将所有的Unigenes进行蛋白库比对和estscan软件预测,共获得30 382个CDS;分子标记筛查后共得到了29 022个潜在的SSRs。作为一项重要的研究基础,本研究提供的转录组信息有助于为黄姑鱼的分子水平研究提供新的认识。 展开更多

关键词 黄姑鱼 转录组 从头组装 基因注释 编码序列 简单重复序列标记

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棉花植株形态学性状遗传网络的关联分析（英文）

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作者 梅拥军 余霁雯 +6 位作者 薛昂立 范术丽 宋美珍 庞朝友 裴文锋 喻树迅 朱军 《浙江大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期127-136,共10页

棉花形态性状对于棉株营养生长至关重要,同时,对其生殖生长也有着关键影响。该研究对来源于3个不同种植环境下的39个陆地棉品种材料及其178个F1组合的株高、茎秆粗、第一果节数和果枝数的遗传结构进行了剖析。关联分析采用基于混合线性... 棉花形态性状对于棉株营养生长至关重要,同时,对其生殖生长也有着关键影响。该研究对来源于3个不同种植环境下的39个陆地棉品种材料及其178个F1组合的株高、茎秆粗、第一果节数和果枝数的遗传结构进行了剖析。关联分析采用基于混合线性模型的统计方法,剖析的遗传效应包括加性效应、显性效应、上位性效应及其与环境的互作效应。结果共检测到25个数量性状SSR（simple sequence repeat,简单重复序列）位点与这4个形态学性状显著相关,总遗传率达到63.08%～78.28%;加性、显性及其与环境的互作效应是棉花形态性状遗传的重要遗传资源,直接选择显著的SSR位点可优化棉株的形态性状。 展开更多

关键词 棉花 关联分析 形态性状 上位性 简单重复序列标记

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