基于癌症基因组图谱数据库的结直肠癌竞争性内源RNA网络的构建与分析 被引量：7

1

作者 卞承玲 戴剑 +4 位作者 陆亚云 李子文 常乐 孙妹 任丽 《海军医学杂志》 2018年第4期330-335,共6页

目的探究基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库的结直肠癌竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络的构建,并分析其与结直肠癌预后相关性。方法从TCGA数据库中下载结直肠腺癌组织样本基因表达谱数据,根... 目的探究基于癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库的结直肠癌竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)网络的构建,并分析其与结直肠癌预后相关性。方法从TCGA数据库中下载结直肠腺癌组织样本基因表达谱数据,根据生物信息学方法处理原始数据,利用TCGA数据库筛选发现差异表达的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)、微小RNA(microRNA,miRNA)、信使RNA(messenger RNA,mRNA),通过对差异表达的lncRNA和差异表达的miRNA的比对以及对差异miRNA靶基因的预测,建立三者联系,构建ceRNA网络。结果共鉴定出1 041个差异表达的lncRNA、278个差异表达的miRNA、4 258个差异表达的mRNA;构建了由123个lncRNA、46个miRNA和73个mRNA组成的ceRNA网络;发现有6个lncRNA、7个miRNA、9个mRNA与结直肠癌的预后相关。功能富集结果显示,mRNA主要参与调节蛋白酶活性、蛋白裂解、化学物质传递、细胞周期等功能。结论构建ceRNA网络为研究结直肠癌的发生、发展的调控机制提供了借鉴,与预后相关的lncRNA、miRNA、mRNA可能未来为结直肠癌提供分子诊断。 展开更多

关键词 结直肠癌 竞争性內源rna网络 预后

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环状RNA在非瓣膜性心房颤动患者发病中的作用及机制 被引量：1

2

作者 王君 王英 +5 位作者 张琪 董海翠 杨吉猛 方旭 史培青 张郁青 《中国心脏起搏与心电生理杂志》 2021年第2期124-129,共6页

目的探讨环状RNA(circRNAs)以及相关内源性竞争RNA(ceRNA)在非瓣膜性心房颤动(简称房颤)患者中的作用及机制。方法入选了22例房颤患者(房颤组),包括14例阵发性房颤和8例持续性房颤,年龄(65±8)岁;24例健康人群作为对照组,年龄(63
... 目的探讨环状RNA(circRNAs)以及相关内源性竞争RNA(ceRNA)在非瓣膜性心房颤动(简称房颤)患者中的作用及机制。方法入选了22例房颤患者(房颤组),包括14例阵发性房颤和8例持续性房颤,年龄(65±8)岁;24例健康人群作为对照组,年龄(63±7)岁。每组3例患者的血液样本通过circRNAs芯片进行筛选,有6165个上调和6744个下调的circRNAs差异表达,随后用逆转录-定量聚合酶链式反应分析进一步证实了两种circRNAs的差异表达。对circRNAs进行GO和KEGG注释分析,以确定相关基因的一些功能及参与通路,分析circRNAs相关的ceRNA。采用ELISA检测与心肌纤维化相关的血液中的生物标志物水平。结果房颤组与对照组N端前脑利钠肽(NT-proBNP)和左房直径分别为(334.7±245.1)ng/L vs(90.9±12.32)ng/L(P<0.05)和(39.18±5.86)mm vs(33.08±2.84)mm(P<0.05)。房颤组与对照组比较共有6165个circRNAs上调,6744个circRNAs下调。对circRNAs的GO和KEGG注释分析表明,RNA相关的ceRNA网络可能通过心肌分子形成和心肌代谢途径影响房颤。非瓣膜性房颤中的circRNAs可能参与调节hsa-miRNA-671-5p、hsa-miRNA-596、hsa-miR-326、hsa-miR-330-5p,引起心肌坏死和心肌纤维化。同时,hsacirc0006903水平分别与组织生长因子β呈正相关关系(r=0.746,P=0.000),与Ⅰ型前胶原氨基端前肽(r=0.420,P=0.026)及Ⅲ型前胶原氨基端前肽(r=0.440,P=0.019)呈正相关关系。结论由circRNAs相关的ceRNA网络通过加重心肌纤维化参与非瓣膜性房颤的病理过程,hsacirc0006903可能是房颤的潜在生物标志物。 展开更多

关键词 心血管病学 心房颤动 环状rna 竞争性内源性rna网络 心肌纤维化

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基于TCGA和GEO数据库的胃癌lncRNA筛选与ceRNA网络构建 被引量：7

3

作者 雍嘉欣 韦权峰 刘尚辉 《生物技术进展》 2022年第1期149-157,共9页

胃癌(gastric cancer,GC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,严重危害人类健康。胃癌发病机制复杂,缺乏特异性预后生物标志物。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),影响microRNA(... 胃癌(gastric cancer,GC)是我国最常见的恶性肿瘤之一,严重危害人类健康。胃癌发病机制复杂,缺乏特异性预后生物标志物。长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)可作为竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA),影响microRNA(miRNA)与mRNA的结合,从而影响胃癌的发生、发展。基于TCGA和GEO数据库的转录组数据,筛选GC中差异表达的lncRNAs,并构建基于6条lncRNAs(HAGLROS、TMEM92-AS1、LINC01745、HOXC-AS3、SEMA3B-AS1、FEZF1-AS1)的lncRNA-miRNA-mRNA网络。网络核心基因的KEGG/GO富集和蛋白质互作分析结果显示,lncRNA可能通过miRNA海绵吸附作用,调控胃癌的发生、发展与转移。AC011352.1、AC087636.1、AC093627.1、GAS1RR与胃癌患者的预后相关性具有统计学意义(P<0.05),并可能成为胃癌患者潜在的预后生物标志物。 展开更多

关键词 胃癌 长链非编码rna 竞争性内源rna网络 预后生物标志物

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糖尿病肾脏病竞争性内源RNA网络构建及潜在中药预测研究 被引量：5

4

作者 安琪 杨宇峰 石岩 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期620-630,共11页

目的 基于生物信息学构建糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)网络,预测治疗DN潜在有效中药。方法 利用GEO数据库与R语言获取DN差异表达长链非编码RNA(differentially expressed lncRNA... 目的 基于生物信息学构建糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ce RNA)网络,预测治疗DN潜在有效中药。方法 利用GEO数据库与R语言获取DN差异表达长链非编码RNA(differentially expressed lncRNA,DElncRNA)及差异表达信使RNA(differentially expressed mRNA,DEmRNA),借助miRcode、Target Scan、miRTarBase、mi RDB数据库整合“DElncRNA-微小RNA(microRNA,miRNA)”与“miRNA-DEmRNA”调控关系,通过Cytoscape 3.7.2软件构建ce RNA调控网络,采用Metascape平台分析ce RNA调控网络主要涉及生物过程及信号通路,借助String数据库与Cytoscape 3.7.2软件获取关键基因,并将其映射到Coremine Medical数据库中,预测治疗DN潜在中药,通过TCMSP、PubChem、UniProt、SwissTargetPrediction数据库结合文献收集整理预测中药的核心成分与对应靶点,构建“中药-活性成分-靶基因”网络,采用AutoDockTools、PyMOL对主要活性成分与关键基因进行分子对接。结果 最终获得由9个lncRNA、33个miRNA、106个m RNA所构成的ce RNA网络,主要涉及血小板衍生生长因子受体信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogenactivatedproteinkinases,MAPK)级联、对雌二醇的反应等生物过程以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶(phosphatidylinositol-3-hydroxykinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)、p53、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)等信号通路。中药预测结果显示,雷公藤、藤黄、黄芪、三七等多味中药与DN密切相关,槲皮素、藤黄酸、异藤黄酸、山柰酚、gambogellic acid与关键基因具有良好的亲和力。结论 ce RNA调控网络的构建有助于对DN发病机制的进一步理解,预测中药可能成为治疗DN潜在药物来源。 展开更多

关键词 糖尿病肾脏病 竞争性内源rna网络 中药预测 长链非编码rna 雷公藤 藤黄 黄芪 三七 槲皮素 藤黄酸 异藤黄酸 山柰酚 gambogellic acid

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精神分裂症患者外周血中差异表达circRNA、miRNA、mRNA筛选及核心竞争性内源RNA网络构建

5

作者 王艺梦 邰旭光 +3 位作者 李小龙 刘鹏 王越 祁冬冬 《山东医药》 CAS 2024年第33期30-34,共5页

目的筛选精神分裂症患者外周血中差异表达的circRNA、miRNA、mRNA,并构建核心竞争性内源RNA(ceRNA)网络,解析精神分裂症发生发展的分子机制。方法精神分裂症患者6例记为精神分裂症组,同期体检健康的人群4例记为健康对照组。采集两组研... 目的筛选精神分裂症患者外周血中差异表达的circRNA、miRNA、mRNA,并构建核心竞争性内源RNA(ceRNA)网络,解析精神分裂症发生发展的分子机制。方法精神分裂症患者6例记为精神分裂症组,同期体检健康的人群4例记为健康对照组。采集两组研究对象的外周血,提取总RNA后构建cDNA文库并进行高通量测序,采用R软件筛选精神分裂症患者外周血中差异表达circRNA、miRNA、mRNA。采用miRanda和qTar数据库共同预测与差异表达miRNA相互作用的circRNA和mRNA,与差异表达的circRNA、mRNA取交集后,采用R软件构建差异表达的ceRNA网络。基于DAVID数据库对精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中差异mRNA进行GO和KEGG富集分析。采用string数据库构建精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中差异mRNA之间的PPI网络,选用cytoscape软件中cytoHubba插件筛选影响精神分裂症发生发展的核心mRNA,选择与核心mRNA存在相互作用关系的miRNA和circRNA构建精神分裂症患者外周血中差异表达的核心ceRNA网络。结果相比健康对照组,精神分裂症组患者外周血中差异表达circRNA、miRNA、mRNA分别为31、213、2624个。构建了由差异表达的5个circRNA、4个miRNA和57个mRNA组成的ceRNA网络。精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中mRNA主要参与化学刺激的感官知觉、多细胞生物生长的负调控等生物过程,涉及泛素-泛素连接酶活性、鸟苷酸结合、酶结合等分子功能,以及细胞质、肌动蛋白细胞骨架、轴突末端等细胞成分,ceRNA网络中mRNA显著富集于NF-κB信号通路、PI3K-Akt信号通路、Ras信号通路、泛素介导的蛋白水解等代谢通路。构建的精神分裂症患者差异表达ceRNA网络中mRNA PPI网络共包含23个节点和22条边,筛选获得影响精神分裂症发生发展的2个核心mRNA为BRCA1、GNAS。构建的精神分裂症患者外周血中差异表达的核心ceRNA网络包含5个节点和4条边。5个节点中包� 展开更多

关键词 精神分裂症 circrna-mirna-mrna网络 竞争性内源rna网络 环状rna 微小rna 信使rna

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基于GEO芯片和生物信息学分析构建脓毒症相关ceRNA网络 被引量：5

6

作者 莫均荣 张振辉 +6 位作者 陈美婷 茅海峰 朱永城 李艳玲 江慧琳 林珮仪 陈晓辉 《中华危重病急救医学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期427-432,共6页

目的基于生物信息学方法,利用基因表达数据库(GEO)分析脓毒症相关长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱,结合微小RNA(miRNA)数据库进行竞争性内源RNA(ceRNA)网络分析。方法从GEO数据库下载脓毒症相关lncRNA数据集,使用生物信息分析工具对... 目的基于生物信息学方法,利用基因表达数据库(GEO)分析脓毒症相关长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA表达谱,结合微小RNA(miRNA)数据库进行竞争性内源RNA(ceRNA)网络分析。方法从GEO数据库下载脓毒症相关lncRNA数据集,使用生物信息分析工具对数据集进行基因表达差异分析,得到差异表达lncRNA(DElncRNA)和差异表达mRNA(DEmRNA),并绘制聚类热图。通过miRNA结合图谱数据库(miRcode)预测与DElncRNA结合的miRNA,并检索miRNA靶基因数据库TargetScan、miRDB和mirTarBase筛选出同时满足3个数据库的靶mRNA,比对后得到lncRNA-miRNA-mRNA相互作用关系,导入调控网络可视化软件CytoScape中得到ceRNA网络。将ceRNA网络中的DEmRNA导入基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING),绘制基因编码蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。对DEmRNA进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果在GEO数据库中通过检索、筛选获得两个脓毒症相关lncRNA芯片数据集,分别为GSE89376和GSE145227。差异分析显示,GSE89376数据集中老年脓毒症组有14个DElncRNA、359个DEmRNA,成人脓毒症组有8个DElncRNA、153个DEmRNA;GSE145227数据集中儿童脓毒症组有1232个DElncRNA、1224个DEmRNA。聚类热图显示,脓毒症组与对照组lncRNA和mRNA的表达存在明显差异;通过筛选的miRNA构建ceRNA网络,发现多个DElncRNA和DEmRNA参与了脓毒症的ceRNA网络。PPI网络图显示有多个基因编码蛋白相互作用,且分别与多个基因编码蛋白形成多节点的相互作用网络。在对相关基因进行功能注释及富集分析后发现,在核受体活性、配体激活的转录因子活性、类固醇激素受体活性等功能相关基因上可能存在串扰机制,并通过叉头框转录因子(FoxO)、Janus激酶/信号转导与转录激活因子(JAK/STAT)、p53、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)等信号通路发挥作用。结论通过构建脓毒症相关 展开更多

关键词 脓毒症 GEO数据库 非编码rna 竞争性内源rna网络 基因本体功能注释 京都基因与基因组百科全书

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食管鳞状细胞癌放化疗敏感性关键基因的鉴定

7

作者 张耀文 刘昀松 +5 位作者 惠周光 曹莎莎 汪晨宇 程欣宇 金琳芝 任润川 《中华放射肿瘤学杂志》 CSCD 北大核心 2024年第10期950-957,共8页

目的:探究食管鳞状细胞癌(ESCC)放化疗敏感性相关生物标志物及其潜在机制,并在人体组织、动物和细胞水平验证。方法:基于生物信息学系统,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库、GEO数据库获取ESCC的临床和转录组数据。通过加权基因共表达网络分... 目的:探究食管鳞状细胞癌(ESCC)放化疗敏感性相关生物标志物及其潜在机制,并在人体组织、动物和细胞水平验证。方法:基于生物信息学系统,从癌症基因组图谱(TCGA)数据库、GEO数据库获取ESCC的临床和转录组数据。通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)与cytoscape软件鉴定放化疗敏感性相关HUB基因并进行生存差异分析。通过CellMiner数据库预测筛选与HUB基因具有较强相关性的药物。利用实时反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测ESCC患者组织中HUB基因的表达水平。构建醛酮还原酶家族1成员C1(AKR1C1)高表达的oe-AKR1C1小鼠模型,以及顺铂耐药细胞和放射抵抗细胞,分析HUB基因对肿瘤体积和质量、细胞增殖能力的影响。结果:共筛选到5个HUB基因,其中醌脱氢酶(NQO1)、AKR1C1和NADH:泛醌氧化还原酶核心亚基S2(NDUFS2)与ESCC的生存显著相关(P<0.05)。达卡巴嗪、alectinib和obatoclax等是本研究预测的与HUB基因具有较强相关性的抗肿瘤药物。人体组织检测结果显示,NQO1、AKR1 C1和NDUFS2的表达水平在放化疗耐药患者中显示为上调,其中AKR1C1和NDUFS2具有统计学意义(P<0.05)。小鼠荷瘤实验结果显示,oe-AKR1C1小鼠在放疗和化疗后的肿瘤体积和质量均显著高于对照组(P<0.05)。细胞实验结果发现,放射抵抗细胞和顺铂耐药细胞的AKR1C1和NDUFS2的表达水平均显著高于对照细胞(P<0.05),而NQO1相对表达量的差异无统计学意义。结论:NQO1、AKR1C1和NDUFS2是与ESCC生存显著相关的HUB基因,可作为ESCC治疗的重要肿瘤靶点。 展开更多

关键词 食管鳞状细胞癌 放化疗法 加权基因共表达网络分析 HUB基因 竞争性内源rna网络

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急性髓系白血病mRNA与非编码RNA差异表达谱及CeRNA调控网络分析 被引量：2

8

作者 张月明 罗雅琴 +4 位作者 郑伟 徐杰 董雪燕 李善琛 王敬毅 《生物技术进展》 2023年第1期146-153,共8页

利用GEO数据库(gene expression omnibus database)通过生物信息学分析方法探讨急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的发病机制。检索GEO数据库中AML相关芯片数据集GSE142698、GSE142699和GSE96535。利用GEO2R分析得到差异m... 利用GEO数据库(gene expression omnibus database)通过生物信息学分析方法探讨急性髓系白血病(acute myelogenous leukemia,AML)的发病机制。检索GEO数据库中AML相关芯片数据集GSE142698、GSE142699和GSE96535。利用GEO2R分析得到差异mRNAs、miRNAs以及差异lncRNAs。利用在线生物信息学分析工具DAVID对差异mRNAs进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用miRWalk数据库预测AML相关miRNAs的靶向mRNAs,利用Spongescan数据库预测AML相关miRNAs的靶向lncRNAs,构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络。共筛选出29个显著差异mRNAs、70个显著差异miRNAs和20005个显著差异lncRNAs。GO富集分析和KEGG通路分析显示,差异表达基因主要涉及蛋白磷酸化、细胞分裂、细胞增殖的负调控、基因表达的正向调节、周期蛋白依赖的丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节等生物过程以及细胞周期、细胞衰老、癌症通路、PI3KAkt通路等信号通路。将miRWalk数据库预测的靶向mRNAs与差异mRNAs取交集,Spongescan数据库预测的靶向lncRNAs与差异lncRNAs取交集,分别确定了25个mRNAs、6个lncRNAs参与AML相关ceRNA调控网络的构建。结果表明,lncRNAs可能作为关键的ceRNA,通过调控miRNA和相关靶基因参与AML的发生与发展,研究结果为AML诊断和治疗的分子生物学研究提供了新的依据。 展开更多

关键词 急性髓系白血病 非编码rna 竞争性内源rna网络

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CeRNA网络在类风湿关节炎的炎症细胞中的作用

9

作者 何晓宇 何豪华 +6 位作者 张妍 吴天宇 陈永杰 唐承志 夏天 张小楠 谢长好 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期750-759,共10页

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免... 类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种由炎症细胞导致的慢性炎症性自身免疫病,参与RA的炎症细胞包括成纤维样滑膜细胞、巨噬细胞、CD4^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、破骨细胞和软骨细胞等。各种炎症细胞之间密切的相互作用导致免疫反应失调,使炎症细胞的mRNA表达紊乱,产生促炎细胞因子,激活抗原特异性T/B淋巴细胞应答,促进自身抗体的产生,是RA的重要致病因素。竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)能够通过竞争性地结合miRNA来调节mRNA的表达,与之相关的ceRNA网络被发现参与调控RA炎症细胞的增殖、凋亡、侵袭以及炎症因子释放等异常生物学过程。了解ceRNA网络在6种RA常见炎症细胞中的作用有助于为进一步研究RA的发病机制提供新思路,也可为发现新的生物标志物和有效治疗靶点提供理论基础。 展开更多

关键词 竞争性内源rna网络 长链非编码rna 环状rna 微rna 类风湿关节炎 炎症细胞

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基于GEO数据库的银屑病lncRNA筛选与ceRNA网络构建 被引量：1

10

作者 范晓美 栗铭钊 +1 位作者 牛牧田 高进涛 《华夏医学》 CAS 2023年第2期85-92,共8页

目的:构建银屑病竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络,为银屑病发病机制提供生物信息学参考。方法:基于基因表达综合数据库(GEO)筛选差异表达的lncRNA并通过相关性分析找到与其相关的编码基因,进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集... 目的:构建银屑病竞争性内源性RNA(ceRNA)调控网络,为银屑病发病机制提供生物信息学参考。方法:基于基因表达综合数据库(GEO)筛选差异表达的lncRNA并通过相关性分析找到与其相关的编码基因,进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用lncBase数据库预测lncRNA的靶向微小RNA(microRNA,miRNA);使用TargetScan数据库预测编码基因靶向miRNA;利用Cytoscape构建ceRNA网络。结果:本研究基于差异表达的lncRNA构建出6个lncRNA(LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)介导的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,显示这些lncRNA可能通过影响细胞周期、蛋白酶体、DNA复制、细胞因子-细胞因子受体的相互作用、FoxO信号通路等发挥作用。结论:差异表达的(lncRNA LIN01094、LINC01215、KLF-AS1、TINCR、EMX2OS、C14orf132)可能作为ceRNA发挥调控功能,参与银屑病发病。 展开更多

关键词 银屑病 长链非编码rna 竞争性内源rna网络

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胃腺癌中ceRNA网络的构建和miR-204-5p、HOXC8基因的表达及其相关性检测 被引量：3

11

作者 王蕾 任凯凯 +5 位作者 马佳康 陈小华 张萌迪 李丹丹 李晓娜 马军 《郑州大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2019年第5期737-740,共4页

目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表... 目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表达,并分析了两基因间的相互关系。结果:成功构建胃腺癌ceRNA网络,miR-204-5p是重要节点基因,并预测到其靶基因HOXC8;在32例胃腺癌中检测到miR-204-5p低表达,HOXC8高表达,两者呈负相关关系;上调胃腺癌SGC7901细胞中miR-204-5p的表达可以抑制HOXC8 mRNA的表达。结论:miR-204-5p和HOXC8可能是潜在的胃腺癌诊断指标,两者可能存在ceRNA调控关系。 展开更多

关键词 胃腺癌 竞争性内源rna网络 miR-204-5p HOXC8

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非小细胞肺癌中PTCH1-3’-UTR调控的lncRNAs的ceRNA网络（英文） 被引量：1

12

作者 赵琛 万学超 +3 位作者 伊传友 秦睿 孔哲 黄燕 《复旦学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期305-315,共11页

目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通... 目的研究PTCH1-3’-UTR对lnc RNAs表达水平的影响,通过调控网络的分析,提示PTCH1-3’-UTR的功能。方法通过芯片筛选非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)中调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs,并对部分结果进行荧光定量PCR验证。通过GO和KEGG通路分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs可能的生物学功能。通过TCGA数据分析调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与NSCLC患者生存率的直接关系。结果荧光定量PCR验证了PTCH1-3’-UTR上调表达的lnc RNAs(LOC100507547,FAM41C,DOCK4-AS1,AC009305.1,KLF7-IT1,RP11-749H20.1,LINC01511)。GO和KEGG通路分析结果显示,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs与一系列的生物过程,包括基因转录、信号转导、蛋白质转运、翻译延伸以及钙信号通路、Jak-STAT信号通路、p53信号通路、胰岛素信号通路有关。TCGA数据分析的结果表明,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNAs中,NSCLC患者中高表达lnc RNA-CDKN2BAS或FAM66D者预后较差,而高表达lnc RNA-LINC00240、LOC400027、ABCC6P2或FLJ10038者可能预示高存活率。结论本研究结果提示了PTCH1-3’-UTR的功能,调控PTCH1-3’-UTR的lnc RNA可作为NSCLC预后标志物。 展开更多

关键词 长链非编码rna PTCH1-3’-UTR 内源竞争性rna网络 表达谱 非小细胞肺癌

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大鼠肝再生中环状RNA的表达变化及其对细胞增殖的调节作用

13

作者 郭学强 郭建林 +3 位作者 靳伟 常翠芳 徐存拴 陈广文 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期216-224,共9页

目的探讨环状RNA(circRNA)在大鼠肝再生中的表达变化及其对细胞增殖的调节作用。方法用生物高通量检测方法分析114只2/3肝切除大鼠诱导的大鼠肝再生中circRNA的表达变化,用miRanda和Target Scan网站分析大鼠肝再生的靶微小RNA(miRNA)及... 目的探讨环状RNA(circRNA)在大鼠肝再生中的表达变化及其对细胞增殖的调节作用。方法用生物高通量检测方法分析114只2/3肝切除大鼠诱导的大鼠肝再生中circRNA的表达变化,用miRanda和Target Scan网站分析大鼠肝再生的靶微小RNA(miRNA)及其mRNA,用基因本体论(GO)和IPA软件分析大鼠肝再生涉及的生理活动和信号通路,用Cytoscape v3.0.2软件构建大鼠肝再生的相互作用网络,用表达模式结合靶miRNA数量和功能挑选候选关键circRNA。结果在大鼠再生肝材料中检测到20878个circRNA,其中,560个发生差异表达,它们中的126个能与117个靶miRNA结合,后者调节6510个下游靶mRNA。这些靶mRNA涉及细胞增殖、应激反应、物质代谢等生理活动和转化生长因子β(TGF-β)、蛋白激酶A(PKA)、Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)等信号通路。其中,circRNA03651、circRNA03653、circRNA04500、circRNA05865、circRNA11274、circRNA13559等6种circRNA可能通过12种miRNA调节15种mRNA进而在大鼠肝再生涉及的细胞增殖中发挥作用,视为大鼠肝再生的候选关键circRNA。结论大鼠肝再生中560个circRNA发生差异表达,其中circRNA03651、circRNA03653、circRNA04500、circRNA05865、circRNA11274、circRNA13559等6种circRNA通过12种miRNA和15种mRNA的相互作用网络支配大鼠肝再生涉及的细胞增殖。 展开更多

关键词 肝再生 细胞增殖 竞争性内源rna网络 环状rna 生物高通量检测 大鼠

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宫颈癌RNA分子的研究进展 被引量：8

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作者 陈昌贤 谢雨萱 +2 位作者 莫凌昭 宋红林 李力 《国际妇产科学杂志》 CAS 2018年第6期634-637,共4页

信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)等在内的RNA分子之间彼此联系、互相协调,共同构成动态的分子网络,即竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。近年来研究揭示,ceRNA调控网络在促进宫颈癌的发生、发展... 信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)等在内的RNA分子之间彼此联系、互相协调,共同构成动态的分子网络,即竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。近年来研究揭示,ceRNA调控网络在促进宫颈癌的发生、发展和转归等过程中发挥着重要的调控作用。ceRNA调控网络中的任何一种RNA分子出现异常,均有可能通过多条信号通路导致宫颈癌细胞增殖、浸润、迁移或凋亡。现就近年来取得的研究进展,重点对mRNA、miRNA、lncRNA和circRNA等RNA分子与宫颈癌的关系进行综述,旨在深入阐明宫颈癌发病相关RNA分子机制,从而为宫颈癌的诊断和治疗提供新思路。 展开更多

关键词 宫颈肿瘤 rna 信使 微rnaS 长链非编码rna 环状rna 竞争性内源rna调控网络

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竞争性内源RNA网络与肾癌 被引量：1

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作者 于永春 张诚 +1 位作者 张大明 王刚 《现代泌尿外科杂志》 CAS 2017年第10期795-798,共4页

最近的研究表明,RNAs是与microRNA(miRNA)反应元件(MREs)相互作用起到调节作用的,这种机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)假说。长链非编码RNAs(lncRNAs)被认为在癌症的发生发展中起到重要作用,有证据表明lncRNAs可以与miRNAs相互作用,并... 最近的研究表明,RNAs是与microRNA(miRNA)反应元件(MREs)相互作用起到调节作用的,这种机制被称为竞争性内源RNA(ceRNA)假说。长链非编码RNAs(lncRNAs)被认为在癌症的发生发展中起到重要作用,有证据表明lncRNAs可以与miRNAs相互作用,并且是作为ceRNAs来调节miRNAs的表达的。肾癌中已经发现的几种lncRNAs,例如MALAT1、lncARSR、PTENP1,已被证明是与miRNAs相互作用的,这些MRE共享元件是在ceRNA网络(ceRNETs)中起到调节mRNA表达的。在肿瘤的发生发展过程中,起到重要作用的ceRNA调节网络包括mRNAs、miRNAs、lncRNAs和circular RNAs,并且ceRNETs的不断变化可能在肾癌的发病机理中起到一定的作用。 展开更多

关键词 竞争性内源rna(cerna) 竞争性内源rna网络(ceRNETs)肾癌 长链非编码rna MICROrna CIRCULAR rnaS

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寄生虫来源非编码RNAs及其跨物种调控作用和机制研究进展

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作者 戴悦 杨庆利 《中国血吸虫病防治杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期529-533,共5页

寄生虫来源非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)不仅在寄生虫自身生命活动中发挥作用,其中微小RNA(microRNA,miRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和环状RNA(circular RNA,circRNA)还可通过细胞外囊泡介导并与宿主相应miRNAs... 寄生虫来源非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)不仅在寄生虫自身生命活动中发挥作用,其中微小RNA(microRNA,miRNA)、长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)和环状RNA(circular RNA,circRNA)还可通过细胞外囊泡介导并与宿主相应miRNAs/mRNAs构成竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)调控网络,参与感染和致病过程。本文就目前寄生虫来源ncRNAs鉴别情况,及其通过ceRNA调控网络跨物种影响宿主基因表达作用和机制研究进展作一综述。 展开更多

关键词 寄生虫 非编码rnaS 竞争性内源rna调控网络 细胞外囊泡 跨物种调控

原文传递

肾嫌色细胞癌ceRNA调控网络的构建与分析

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作者 李冰滢 刘畅 +7 位作者 李枫 张庆梅 罗彬 葛盈盈 农蔚霞 陈芳 肖绍文 谢小薰 《中国临床新医学》 2021年第6期600-605,共6页

目的构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的... 目的构建肾嫌色细胞癌(CRCC)的内源竞争性RNA(ceRNA)调控网络,筛选出与CRCC预后相关的信使RNA(mRNA)、长非编码RNA(lncRNA)和微小RNA(miRNA),为CRCC的诊断和预后提供理论依据。方法提取TCGA数据库中CRCC样本(65例)和正常肾样本(24例)的转录组数据,以错误发现率(FDR)<0.05,差异倍数的对数绝对值(log2|FC|)>2为条件筛选差异表达(DE)的lncRNA、miRNA和mRNA,据此构建ceRNA调控网络。应用Kaplan-Meier法探讨与CRCC患者预后相关的因子,据此进一步构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行GO与KEGG富集分析。结果共筛选出3679个DElncRNA,297个DEmiRNA和5914个DEmRNA。mRNA下调的ceRNA网络包含DEmiRNA 95个、DEmRNA 268个、DElncRNA 737个;mRNA上调的ceRNA网络包含DEmiRNA 85个、DEmRNA 234个、DElncRNA 924个。Kaplan-Meier分析筛选出3个DEmRNA(DEPDC1、SLC7A11和E2F7)和1个DEmiRNA(miR-26b-5p)与CRCC预后存在关联(P<0.05)。以DEPDC1、SLC7A11和E2F7构建的PPI网络中共含有8个mRNA(TOP2A、DEPDC1、SLC3A2、E2F8、SLC7A11、E2F1、TP53和E2F7)参与蛋白互作,GO和KEGG富集分析显示,这些互作蛋白功能主要富集于DNA损伤反应、p53介导的细胞组织与启动子特异结合、铁死亡,以及肿癌疾病相关信号通路。结论该研究通过构建CRCC的ceRNA调控网络筛选出与其预后相关的关键RNAs,为CRCC的诊断和治疗提供了理论依据。 展开更多

关键词 肾嫌色细胞癌 内源竞争性rna调控网络 信使rna 长非编码rna 微小rna

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大麦种子萌发lncRNA-miRNA-mRNA差异表达分析及ceRNA调控网络构建 被引量：1

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作者 张文英 高浩然 +2 位作者 潘锐 常浩雯 徐乐 《长江大学学报（自然科学版）》 2022年第6期94-102,共9页

为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发,揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制,基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据,共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差... 为解析长链非编码RNA(lncRNA)、microRNA(miRNA)和mRNA如何在ceRNA互作模式下调控大麦种子萌发,揭示大麦(Hordeum vulgare L.)种子萌发转录水平分子调控机制,基于大麦种子萌发相关的RNA-Seq数据,共鉴定出6447个差异表达的mRNA,661个差异表达的lncRNA,310个差异表达的miRNA;对差异表达的mRNA和lncRNA进行加权基因共表达网络(WGCNA)分析,各鉴定到1个与大麦种子萌发高度相关的共表达模块。模块内相关基因涉及水分响应、胚发育等生物学过程,以及MAPK信号转导、植物激素信号转导等信号通路。通过对lncRNA/mRNA和miRNA进行靶基因预测,得到168个miRNA-mRNA靶基因对以及310个miRNA-lncRNA靶基因对,进而构建了包含2个子网络的ceRNA调控网络,发现有16个miRNA、38个lncRNA以及18个mRNA可能具有ceRNA功能。最后,利用qRT-PCR验证了2个关系对:HORVU0Hr1G039470-miR2611-MSTRG.21252以及HORVU6Hr1G031480-miR1858-MSTRG.23227。 展开更多

关键词 大麦(Hordeum vulgare L.) 种子萌发 内源竞争性rna调控网络 lncrna Mrna MIrna

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