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CD630_27900基因缺失显著降低艰难拟梭菌自溶速率、毒力及对酸和抗生素的耐受性
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作者 杨君仪 鲍江舰 +8 位作者 邵瑞瑞 张婷 廖健 程玉梅 官志忠 齐晓岚 陈峥宏 崔古贞 洪伟 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期2440-2455,共16页
艰难拟梭菌(Clostridioidesdifficile)CD630_27900基因位于slpA-cwp66基因座上,CD630_27900基因属于假定的Lmbe家族的酶,但基因功能尚未明确。【目的】本研究通过构建艰难拟梭菌CD630_27900基因敲除菌株,比较野生型菌株(CD630)与突变株... 艰难拟梭菌(Clostridioidesdifficile)CD630_27900基因位于slpA-cwp66基因座上,CD630_27900基因属于假定的Lmbe家族的酶,但基因功能尚未明确。【目的】本研究通过构建艰难拟梭菌CD630_27900基因敲除菌株,比较野生型菌株(CD630)与突变株表型差异,探讨CD630_27900基因对艰难拟梭菌感染的影响。【方法】用非等长同源臂偶联等位交换(allele-coupled exchange, ACE)构建CD630_27900基因缺失菌株与回补菌株。比较它们在生长曲线、自溶素(cwp19,Acd)基因表达、细胞毒力、主要毒素基因表达、抗生素及pH敏感性差异,以研究CD630_27900基因的功能。【结果】成功构建△CD630_27900突变菌株和::CD630_27900回补菌株。菌株△CD630_27900在衰亡期自溶速率显著低于菌株CD630,::CD630_27900自溶速率恢复。实时荧光定量聚合酶链反应(real-timefluorescencequantitative polymerasechainreaction,RT-qPCR)结果显示,缺失CD630_27900基因,自溶素cwp19、Acd基因表达量降低,::CD630_27900自溶素基因表达增强。相较于CD630,△CD630_27900菌株细胞毒力、毒素基因tcdA、tcdB表达量降低。相较于CD630,△CD630_27900对氨苄青霉素、甲硝唑、阿莫西林、万古霉素、诺氟沙星、头孢西丁、卡那霉素更加敏感,::CD630_27900对以上抗生素敏感性恢复。此外,△CD630_27900对酸比CD630敏感,对碱敏感性未发生变化。::CD630_27900对酸敏感性恢复至野生型水平。【结论】敲除CD630_27900基因,艰难拟梭菌自溶速率变慢、自溶素cwp19、Acd基因表达量降低、细胞毒力、毒素基因tcd A和tcd B降低,说明CD630_27900基因影响菌株自溶以及毒力释放。菌株△CD630_27900对临床上常见的抗生素及酸性环境更加敏感,且这些变化均可通过基因回补恢复。提示该基因可作为联合抗生素治疗艰难梭菌感染(Clostridioides difficile infection, CDI)的潜在靶点。 展开更多
关键词 艰难拟梭菌 CD630_27900基因 肽聚糖脱乙酰化 非等长同源臂偶联等位交换 突变表型
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高频度微卫星不稳定性大肠癌“修饰型”微卫星变化与MLH1及KRAS基因突变密切相关(英文) 被引量:2
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作者 赵岩 张涛 +4 位作者 张剑军 郑志超 赵宜良 前原喜彦 徐惠棉 《现代生物医学进展》 CAS 2008年第5期875-880,共6页
本研究通过方法学的改良和观察方式的创新试图阐明这种现象的原因。微卫星非传统的检测方法仅能实现微卫星定性检测,我所在的研究组开发了自动片段分析双荧光标识技术,提高了微卫星检测的感度和重复性,并实现了微卫星片段变化长度的定... 本研究通过方法学的改良和观察方式的创新试图阐明这种现象的原因。微卫星非传统的检测方法仅能实现微卫星定性检测,我所在的研究组开发了自动片段分析双荧光标识技术,提高了微卫星检测的感度和重复性,并实现了微卫星片段变化长度的定量。小于6碱基的微卫星变化被定义为修饰型微卫星不稳定,大于8碱基的变化被定义为跳跃型微卫星不稳定,它们的电泳谱截然不同。前者表现为在非肿瘤来源微卫星位点基础上的增加或减少,后者表现为距离非肿瘤微卫星片段远隔部位的新波形的出现。通过研究我们发现,在DNA错配修复缺陷细胞系及基因敲除大鼠自发肿瘤样本,仅有修饰型微卫星不稳定性检出;在人类DNA错配修复缺陷细胞系连续80次传代也没有检出跳跃型变化。跳跃型变化不能通过简单重复序列不稳定基础上的增加或减少的累加而获得。在76例散发大肠癌,我们检测了微卫星不稳定性,KRAS基因突变,并对高频度微卫星不稳定性病例的两个主要DNA错配修复基因MSH2和MLH1进行了全长测序。我们发现,在大肠癌,按频度的传统分类与按波形变化的分类有高度的一致性,高频度微卫星不稳定性病例均检测到跳跃型表现,低频度微卫星不稳定性都表现为修饰型变化。在12例高频度微卫星不稳定病例,有三例检出了跳跃型和修饰型同时存在微卫星不稳定的特殊表型,这3例均检出KRAS的突变,更有趣的是该3例病例也同时检出了DNA错配修复基因MLH1的变异。而在其他9例高频度微卫星不稳定病例,KRAS突变及MLH1、MSH2突变未检出。通过对突变谱的分析我们还发现,修饰型微卫星不稳定与KRAS基因12号密码子的转换型突变高度相关,而微卫星稳定的病例检出的KRAS基因12号密码子突变多为颠换型突变。修饰型微卫星不稳定表型检出的高频度转换突变可由DNA错配修复缺陷的分子背 展开更多
关键词 微卫星不稳定性 DNA错配修复 突变表型 碱基置换
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批量筛选水稻T-DNA插入突变体库获得生殖发育相关突变体 被引量:2
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作者 裴荣 陆展华 姚家玲 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期133-138,共6页
针对花器官形态和种子发育突变表型对大型水稻T-DNA插入突变体库进行筛选,获得了大量突变体信息及材料,在9 760个突变体家系中筛选得到177个花器官形态和数量异常的突变家系,突变频率为1.81%;对9 760个家系中的3 432个家系筛选得到179... 针对花器官形态和种子发育突变表型对大型水稻T-DNA插入突变体库进行筛选,获得了大量突变体信息及材料,在9 760个突变体家系中筛选得到177个花器官形态和数量异常的突变家系,突变频率为1.81%;对9 760个家系中的3 432个家系筛选得到179个种子发育缺陷的突变家系,突变频率为5.22%。对所获得的270个突变家系进行了T-DNA插入的阳性检测,阳性率为64.8%。利用公共数据库RMD(Rice MutantDatabase,RMD)给定的侧翼序列,鉴定了其中1个结实率较低的突变体家系,表明其突变表型和T-DNA插入共分离,为深入研究该基因的功能提供了重要的遗传材料。 展开更多
关键词 水稻 T-DNA插入突变 突变表型 生殖发育 共分离
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基于基因组不稳定性相关lncRNA的宫颈癌患者预后模型 被引量:1
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作者 康敏 余敏敏 《生物信息学》 2022年第4期264-273,共10页
结合TCGA数据库中宫颈癌的lncRNA表达谱和体细胞突变谱,构建基于突变假设的计算框架,鉴定出36个与宫颈癌基因组不稳定性相关的lncRNA;对其共表达的基因功能进行分析,发现与36个lncRNA共表达的基因在2-氧代戊二酸代谢过程和2-氧羧酸代谢... 结合TCGA数据库中宫颈癌的lncRNA表达谱和体细胞突变谱,构建基于突变假设的计算框架,鉴定出36个与宫颈癌基因组不稳定性相关的lncRNA;对其共表达的基因功能进行分析,发现与36个lncRNA共表达的基因在2-氧代戊二酸代谢过程和2-氧羧酸代谢通路中富集。构建了基于基因组不稳定性衍生的两个lncRNA的基因特征(GILncSig),将Train组患者分为高风险组和低风险组,两组患者生存率显著不同,这一结果在Test组患者中得到进一步验证。通过独立预后分析,结果显示GILncSig可独立于其他临床性状,作为宫颈癌患者的整体生存相关独立预后因子。总之,本研究为进一步探讨lncRNA在基因组不稳定性中的作用提供了关键的方法和资源,为识别基因组不稳定性相关的肿瘤标志物提供了新的预测方法。 展开更多
关键词 宫颈癌 基因组不稳定性 长非编码RNA 突变表型
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莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)nfr基因的显隐性突变性质及其与叶绿体psbA基因之间的相互作用分析 被引量:1
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作者 吾甫尔.米吉提 Zayadan B K +1 位作者 艾尔肯.热合曼 Chunaev A S 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第7期646-652,共7页
通过对莱茵衣藻 (Chlamydomonasreinhardtii)nfr/Nfr杂合二倍体的表型分析证明 ,nfr基因是隐性突变基因 ,Nfr 4和Nfr 5突变株对达草灭的抗性是由nfr 1和nfr 2两个不同核基因的隐性突变所导致。psbA基因突变株品系与野生型品系CC 12 4和... 通过对莱茵衣藻 (Chlamydomonasreinhardtii)nfr/Nfr杂合二倍体的表型分析证明 ,nfr基因是隐性突变基因 ,Nfr 4和Nfr 5突变株对达草灭的抗性是由nfr 1和nfr 2两个不同核基因的隐性突变所导致。psbA基因突变株品系与野生型品系CC 12 4和nfr基因突变株进行杂交并对其后代进行的四分子分析结果表明 :在光养条件下 ,叶绿体psbA基因突变株品系对达草灭的敏感性是psbA突变等位基因的多效效应 ;而在混合营养条件下 ,叶绿体基因组对达草灭抗性性状也产生一定影响。达草灭抗性突变株品系对抗菌素类的交叉抗性性质进行的检测实验结果中发现 ,Nfr 3对红霉素和链霉素具有一定的交叉抗性 ,预测 。 展开更多
关键词 莱茵衣藻 达草灭抗性基因 突变表型 PSBA基因 交叉抗性
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希腊牛至辐射诱变突变群体的构建和筛选
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作者 郭贺峰 何悦 +4 位作者 殷庭超 蔡冬 刘信宝 张敬 徐彬 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期495-502,共8页
本研究利用^(60)Co-γ射线辐射诱变希腊牛至(Origanum vulgare ssp. hirtum)种子,构建突变体群体,并筛选具有优异性状的牛至突变体。结果表明,随着辐射剂量的增加,牛至种子的发芽率和发芽势显著下降(P <0.05),400 Gy及以上的辐射剂... 本研究利用^(60)Co-γ射线辐射诱变希腊牛至(Origanum vulgare ssp. hirtum)种子,构建突变体群体,并筛选具有优异性状的牛至突变体。结果表明,随着辐射剂量的增加,牛至种子的发芽率和发芽势显著下降(P <0.05),400 Gy及以上的辐射剂量导致牛至种子萌发后胚根停止生长,无法成苗。在100~200 Gy辐射剂量下,获得8 170株M;代突变体群体。参考未处理对照株系的田间表型,筛选获得了一批植株高大、茎节短、分枝多、大叶、叶色及花色变异等诸多类型的突变体,为高产优质牛至新品种培育奠定了基础。 展开更多
关键词 诱变育种 突变体库 辐射诱变 突变表型 辐射剂量 发芽指数
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肌萎缩侧索硬化症患者SQSTM1突变分析
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作者 林明星 林婉挥 +4 位作者 刘昌云 冯淑艳 黄华品 车春晖 邹漳钰 《福建医科大学学报》 2021年第3期201-209,共9页
目的探索肌萎缩侧索硬化症(ALS)中编码结合泛素并调节核因子激活信号通路多功能蛋白(SQSTM1)基因突变患者的表型特征。方法对15例家族性ALS(FALS)先证者和275例散发性ALS(SALS)患者SQSTM1全部外显子进行二代测序,所得变异根据美国ACMG... 目的探索肌萎缩侧索硬化症(ALS)中编码结合泛素并调节核因子激活信号通路多功能蛋白(SQSTM1)基因突变患者的表型特征。方法对15例家族性ALS(FALS)先证者和275例散发性ALS(SALS)患者SQSTM1全部外显子进行二代测序,所得变异根据美国ACMG指南进行致病性分析,检索Pubmed、Medline及Web of Science文献数据库中已报道的SQSTM1突变的ALS患者,对SQSTM1突变的ALS患者的表型进行综述。结果(1)290例中,3例SALS患者分别携带1个SQSTM1杂合错义突变,即c.653G>A,p.G218D、c.655G>A,p.A219T和c.923C>T,p.P308L。其中c.923C>T,p.P308L为已报道的致病突变,患者临床表现为单纯ALS不伴认知功能障碍,其他2个位点为非致病性。(2)检索数据库并进行文献综述,共发现71例SQSTM1突变的ALS患者。SQSTM1基因在FALS的突变率约2.70%,其中高加索人群2.89%,亚洲人群尚未见报道;SQATM1基因在SALS的突变率约1.3%,其中高加索人群1.5%,亚洲人群1.09%。SQSTM1突变主要有错义突变(66/71)、剪切突变(2/71)、内含子缺失(1/71)和缺失突变(2/71)。71例中有56例具有详细临床表型,其中经典ALS 22例、进行性延髓麻痹(PBP)11例、连枷臂综合征(FAS)2例、连枷腿综合征(FLS)7例、进行性脊肌萎缩症(PMA)2例,共患额颞叶痴呆(FTD)/帕金森病(PD)、佩吉特氏骨病(PDB)7例。从突变方式看,剪切突变的临床表型相对较轻、生存期较长,经典ALS的临床表型异质性大。SQSTM1高频突变位点是p.A33V(7/71)、p.K238E(6/71)、p.L238G(7/71)和p.P392L(7/71),同一位点的临床表型差异也很大。结论SQSTM1在家族性、散发性ALS中以及不同种族中的突变率存在差异,其临床表型异质性较大;SQSTM1突变可导致多系统蛋白病(MSP)。本研究发现1例ALS携带SQSTM1基因突变,该位点(p.P308L)在ALS中为首次报道。 展开更多
关键词 肌萎缩侧索硬化症 SQSTM1 P308L 突变表型 亚洲 高加索
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fliL基因显著影响艰难拟梭菌运动功能及产孢能力 被引量:2
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作者 鲍江舰 杨君仪 +8 位作者 邵瑞瑞 张婷 廖健 程玉梅 官志忠 齐晓岚 陈峥宏 洪伟 崔古贞 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期1578-1595,共18页
鞭毛基底体相关FliL家族蛋白(flagellar basal body-associated FliL family protein,fliL)基因编码FliL蛋白,FliL是一种与鞭毛基体相结合的单跨膜蛋白。为研究艰难拟梭菌fliL基因功能,使用非等长同源臂偶联等位交换(allele-coupled exc... 鞭毛基底体相关FliL家族蛋白(flagellar basal body-associated FliL family protein,fliL)基因编码FliL蛋白,FliL是一种与鞭毛基体相结合的单跨膜蛋白。为研究艰难拟梭菌fliL基因功能,使用非等长同源臂偶联等位交换(allele-coupled exchange,ACE)方法成功构建了fliL基因缺失(ΔfliL)和回补(::fliL)突变株,研究突变菌株与野生型菌株(CD630)生长曲线、抗生素敏感性、pH耐受性、运动能力及产孢能力等表型的差异。结果显示,菌株ΔfliL生长速率及最大生物量均小于菌株CD630,::fliL回补菌株生长情况回复至野生型。与CD630菌株相比,ΔfliL对阿莫西林、氨苄青霉素、诺氟沙星的敏感性提高,对卡那霉素、四环素敏感性降低,::fliL抗生素敏感性部分回复至野生型水平。与CD630菌株相比,ΔfliL游泳运动能力显著降低,::fliL运动能力超越野生型菌株CD630。相比菌株CD630,菌株ΔfliL在pH值为5时耐受能力显著提高,在pH值为9时,耐受能力显著降低。除此之外,ΔfliL产孢能力较CD630显著降低,::fliL产孢能力部分恢复。以上结果表明,艰难拟梭菌fliL基因与其运动能力、抗生素敏感性、环境耐受能力和产孢能力密切相关,可能进一步影响艰难拟梭菌菌株的致病力。 展开更多
关键词 艰难拟梭菌 非等长同源臂偶联等位交换 鞭毛 fliL 突变表型
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生长素调控水稻生长发育的研究进展
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作者 喻梓轩 刘新勇 +1 位作者 张健 梁大成 《中国稻米》 北大核心 2024年第1期1-9,25,共10页
生长素(auxin,IAA)是一种重要的植物生长激素,普遍存在于各种植物和藻类中,其参与组织分化、器官发生、形态建成、向性反应和顶端优势等生理过程以及对复杂环境适应过程。目前双子叶植物拟南芥中生长素调控生长发育的机制已经基本清楚,... 生长素(auxin,IAA)是一种重要的植物生长激素,普遍存在于各种植物和藻类中,其参与组织分化、器官发生、形态建成、向性反应和顶端优势等生理过程以及对复杂环境适应过程。目前双子叶植物拟南芥中生长素调控生长发育的机制已经基本清楚,但是生长素怎样在单子叶植物水稻中行使功能,仍有很多未解之谜。本文综述了近20年国内外关于生长素调控单子叶植物水稻根、茎、叶、花和籽粒生长发育的细胞学和生理机制,重点归纳整理了生长素相关基因对水稻生长发育的分子调控机制,展望了未来水稻中依靠生长素途径精准合成运输生长素的调控,以及利用生长素突变体表型变异的开发前景。 展开更多
关键词 生长素 水稻 器官 突变表型 精准调控
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猪髓核基质成分诱导骨髓间充质干细胞分化为脊索样细胞 被引量:3
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作者 李德芳 江增鑫 +2 位作者 曾庆敏 吴靖平 谢晓诚 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2019年第33期5366-5371,共6页
背景:脊索细胞对椎间盘内严酷的内环境有良好的抵抗性,或许是治疗椎间盘退变性疾病合适的种子细胞来源。猪髓核终生含有大量脊索细胞,其基质内含有多种细胞因子可以促进骨髓间充质干细胞向脊索样细胞分化。目的:观察猪髓核基质对骨髓间... 背景:脊索细胞对椎间盘内严酷的内环境有良好的抵抗性,或许是治疗椎间盘退变性疾病合适的种子细胞来源。猪髓核终生含有大量脊索细胞,其基质内含有多种细胞因子可以促进骨髓间充质干细胞向脊索样细胞分化。目的:观察猪髓核基质对骨髓间充质干细胞分化的影响。方法:体外分离、培养、鉴定猪骨髓间充质干细胞;制备猪髓核粉末,并用配置好的DMEM完全培养基重悬粉末制备成含猪髓核组织的DMEM培养基,对骨髓间充质干细胞进行诱导3周,RT-PCR检测脊索细胞标记性基因鼠短尾突变体表型(T)、细胞角蛋白8及细胞角蛋白18的表达。该实验经复旦大学附属金山医院动物实验伦理委员会批准。结果与结论:(1)原代培养的骨髓间充质干细胞具有贴壁生长能力,在特定诱导条件下具有成骨、成脂分化能力,且能表达间充质干细胞表面标记物CD90、CD105;(2)在猪髓核基质成分诱导下骨髓间充质干细胞形态发生变化,表达鼠短尾突变体表型、细胞角蛋白8、细胞角蛋白18;(3)结果显示,猪髓核基质成分能诱导骨髓间充质干细胞分化为具有脊索细胞表型的脊索样细胞,为椎间盘退行性疾病治疗提供可靠的种子细胞。 展开更多
关键词 椎间盘退变 骨髓间充质干细胞 髓核 脊索细胞 全骨髓培养法 鼠短尾突变表型基因
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大肠埃希菌密度感应调节子qseC基因失活突变株构建及其生物学特性
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作者 周青帅 赵行行 +5 位作者 李冬梅 崔古贞 陈峥宏 任玮 齐晓岚 洪伟 《实用医学杂志》 CAS 北大核心 2022年第3期288-294,共7页
目的密度感应系统与细菌生长状态、毒力改变、生物膜形成、运动能力改变以及参与细菌和宿主的免疫反应和对药物的抗性等相关。大肠埃希菌密度调节子C(Escherichia coli quorum sensing regulator C,qseC)是其密度感应系统的受体,探究其... 目的密度感应系统与细菌生长状态、毒力改变、生物膜形成、运动能力改变以及参与细菌和宿主的免疫反应和对药物的抗性等相关。大肠埃希菌密度调节子C(Escherichia coli quorum sensing regulator C,qseC)是其密度感应系统的受体,探究其对大肠埃希菌生理、生化特征的影响。方法使用嗜热二型内含子基因打靶系统(Thermotargetron)构建大肠埃希菌HMS174菌株qseC基因失活突变株,测定其生长速率、溶血能力、生物膜形成和运动能力等表型的变化,以及对酸碱和6种抗生素的敏感性。结果成功构建了大肠埃希菌HMS174 qseC627s位点的打靶载体,该载体基因失活效率为100%。对比大肠埃希菌HMS174与ΔqseC627s突变株的表型发现,突变株生长速率和最大生物量降低、溶血能力丧失、生物膜形成能力降低、运动能力减弱、对酸、碱的耐受能力降低。抗生素敏感性测定结果表明,ΔqseC627s对氯霉素、氨苄青霉素、四环素、阿莫西林、甲硝唑耐受性降低。结论大肠埃希菌HMS174中qseC基因缺失后,突变株表型和对抗外界压力因素发生了显著改变。 展开更多
关键词 大肠埃希菌 密度感应系统 Thermotargetron 突变表型
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影响端粒结构和动力学的微演化过程:端粒在癌症中的作用
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作者 J.Arturo Londoo-Vallejo 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2008年第7期775-783,共9页
端粒在基因组稳定、细胞核结构以及减数分裂中染色体配对中发挥关键作用。细胞每分裂一次,端粒会缩短,缩短的端粒可能再延长或不延长,这取决于细胞内是否存在一种专用酶-端粒酶。由于人体的多数体细胞并不表达端粒酶,因此发育和衰老过... 端粒在基因组稳定、细胞核结构以及减数分裂中染色体配对中发挥关键作用。细胞每分裂一次,端粒会缩短,缩短的端粒可能再延长或不延长,这取决于细胞内是否存在一种专用酶-端粒酶。由于人体的多数体细胞并不表达端粒酶,因此发育和衰老过程中端粒必然缩短。在生理条件下,端粒缩短与延长的细胞增殖相矛盾,因此端粒长度决定了细胞的增殖潜能,并作为细胞无限生长的预防机制。相反,在细胞增殖检查点受破坏的细胞中,缩短的端粒可导致染色体融合并启动断裂-融合-桥周期,这极大地促发了基因组不稳定。在体外研究中,转化细胞中由于端粒严重缩短造成的基因组高度不稳定,在这种细胞种蓄积了有害的遗传改变,从而导致细胞最终死亡(危象)。同时,随机的遗传或拟遗传学改变可使细胞获得端粒维持机制(以及其它肿瘤表型),从而成为永生细胞。在体内研究中,尽管在早期肿瘤细胞中发现端粒缩短和其它形式的端粒功能障碍可能使基因组不稳定,但端粒功能障碍对于人类肿瘤表型的直接作用有待进一步研究。 展开更多
关键词 端粒缩短 端粒酶 危象 基因组不稳定 永生化 肿瘤发生 核型演化 断裂-融合-桥 突变基因表型 染色体不稳定表型 微卫星不稳定
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