本研究对穿心莲叶绿体基因组密码子使用偏性进行了分析,并探究造成密码子偏好性的主要影响因素。利用软件R Studio、Excel 2019和在线软件CUSP、Codon W 1.4.2等对筛选出的53个蛋白编码区进行计算分析,得到了53个编码蛋白质的基因序列(c...本研究对穿心莲叶绿体基因组密码子使用偏性进行了分析,并探究造成密码子偏好性的主要影响因素。利用软件R Studio、Excel 2019和在线软件CUSP、Codon W 1.4.2等对筛选出的53个蛋白编码区进行计算分析,得到了53个编码蛋白质的基因序列(coding DNA sequence,CDS)的碱基组成和有效密码子数(effective number of codon,ENC),以及通过相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)分析确定了最优密码子。结果表明,穿心莲GC_(all)平均含量为38.52%,其中第1、2位碱基的GC含量均远高于第3位碱基;ENC值的平均值为48.024,且ENC值大于45的占75.47%,穿心莲偏性较弱;通过ENC-plot绘图分析、PR2-plot绘图分析以及中性绘图分析确定了密码子偏好性在主要受到选择的影响的同时还受到突变因素影响;共确定了UUU、UUA、CUU等18个最优密码子,均为A/U结尾。该研究为完善穿心莲叶绿体基因组学、植物鉴定等方面提供数据参考。展开更多
文摘本研究对穿心莲叶绿体基因组密码子使用偏性进行了分析,并探究造成密码子偏好性的主要影响因素。利用软件R Studio、Excel 2019和在线软件CUSP、Codon W 1.4.2等对筛选出的53个蛋白编码区进行计算分析,得到了53个编码蛋白质的基因序列(coding DNA sequence,CDS)的碱基组成和有效密码子数(effective number of codon,ENC),以及通过相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)分析确定了最优密码子。结果表明,穿心莲GC_(all)平均含量为38.52%,其中第1、2位碱基的GC含量均远高于第3位碱基;ENC值的平均值为48.024,且ENC值大于45的占75.47%,穿心莲偏性较弱;通过ENC-plot绘图分析、PR2-plot绘图分析以及中性绘图分析确定了密码子偏好性在主要受到选择的影响的同时还受到突变因素影响;共确定了UUU、UUA、CUU等18个最优密码子,均为A/U结尾。该研究为完善穿心莲叶绿体基因组学、植物鉴定等方面提供数据参考。
