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基于生物信息学方法分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系
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作者 龙宪伟 刘洪 菅志远 《广西医学》 CAS 2023年第2期168-173,181,共7页
目的应用生物信息学方法分析程序性细胞死亡分子10(PDCD10)基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系。方法搜索GEPIA数据库中关于PDCD10基因的数据,分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的表达水平及其与患者生存情况的关系... 目的应用生物信息学方法分析程序性细胞死亡分子10(PDCD10)基因在胰腺导管腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系。方法搜索GEPIA数据库中关于PDCD10基因的数据,分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的表达水平及其与患者生存情况的关系。应用UALCAN数据库分析PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中的甲基化水平。应用LinkedOmics数据库分析胰腺导管腺癌组织中与PDCD10基因共表达的基因,并对共表达基因进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。应用STRING网站绘制PDCD10基因的蛋白-蛋白相互作用网络图。应用TIMER数据库分析PDCD10基因表达水平与胰腺导管腺癌细胞纯度、各类型免疫细胞浸润水平的相关性。结果胰腺导管腺癌组织中的PDCD10基因表达水平高于正常胰腺组织(P<0.05),病灶组织中PDCD10基因低表达水平的胰腺导管腺癌患者的总体生存率及无病生存率均高于组织中PDCD10基因高表达水平的患者(均P<0.05)。胰腺导管腺癌组织中PDCD10基因甲基化水平高于正常胰腺组织(P<0.05)。GO功能富集分析结果显示,与PDCD10基因共表达的基因主要参与染色体分离、染色体定位、皮肤发育、多细胞生物信号转导、突触传递、GABA能神经肌肉过程等生物学过程;KEGG通路富集分析结果显示,与PDCD10基因共表达的基因主要涉及免疫调节反应信号通路、ERBB信号通路、谷氨酸受体信号通路。与PDCD10基因编码蛋白相互作用密切的蛋白主要为STRN4、SLMAP、STRIP1等。PDCD10基因表达水平与胰腺导管癌细胞纯度无相关性(P>0.05),而与CD4^(+)T淋巴细胞浸润水平呈负相关,与CD8^(+)T淋巴细胞、B淋巴细胞、中性粒细胞、巨噬细胞、树突状细胞浸润水平均呈正相关(均P<0.05)。结论PDCD10基因在胰腺导管腺癌组织中呈高表达,其表达水平与胰腺导管腺癌患者的预后密切相关。� 展开更多
关键词 胰腺导管腺癌 程序性细胞死亡分子10基因 表达水平 预后 甲基化水平 免疫细胞浸润 生物信息学
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