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16S rDNA序列分析法快速鉴定西藏地区传统乳制品中的乳酸菌 被引量:20
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作者 夏雪娟 陈芝兰 +2 位作者 陈宗道 阚建全 杨吉霞 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第14期245-249,共5页
对14株乳酸菌进行菌种鉴定。提取基因组DNA,采用属特异性聚合酶链式反应(PCR)、16S rDNA序列同源性分析、种特异性PCR与NEBcutter分析相结合的方法对乳酸菌进行鉴定。结果表明,14株菌中,除123-2和23-3外,其余12株菌均属于乳杆菌属;11-2... 对14株乳酸菌进行菌种鉴定。提取基因组DNA,采用属特异性聚合酶链式反应(PCR)、16S rDNA序列同源性分析、种特异性PCR与NEBcutter分析相结合的方法对乳酸菌进行鉴定。结果表明,14株菌中,除123-2和23-3外,其余12株菌均属于乳杆菌属;11-2、13-3、14-3、16-4、23-3、24-3、26-1、122-1、123-4为干酪乳杆菌或副干酪乳杆菌,17-5、20-2、28-1属于植物乳杆菌,123-2为肠膜状明串株菌,125-2为类布氏乳杆菌,除23-3外均与属特异性PCR结果相匹配;11-2、13-3、14-3、16-4、23-3、24-3、26-1、122-1、123-4均为副干酪乳杆菌。NEBcutter分析结果进一步验证了菌株划分的准确性。该方法快速可靠,且误差较小。 展开更多
关键词 乳酸菌 鉴定 特异性聚合酶链式反应 16SrDNA 特异性聚合酶链式反应 NEBcutter
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猪胆粉及其中成药的特异性PCR鉴别方法 被引量:11
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作者 王丽 金艳 +1 位作者 蒋超 袁媛 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第17期136-141,共6页
目的:建立一种适用于猪胆粉及其中成药的特异性聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法,为复杂组分中动物源性成分的鉴定提供示范。方法:根据猪源性鉴别引物,建立PCR鉴别方法,优化反应体系,并对此方法进行考察和验证。利用建立的PCR鉴别方法,对20... 目的:建立一种适用于猪胆粉及其中成药的特异性聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法,为复杂组分中动物源性成分的鉴定提供示范。方法:根据猪源性鉴别引物,建立PCR鉴别方法,优化反应体系,并对此方法进行考察和验证。利用建立的PCR鉴别方法,对20批自制猪胆粉药材,19批市售猪胆粉药材和22批含猪胆粉中成药的猪源性成分进行鉴别,将市售的猪胆粉药材和含猪胆粉中成药PCR扩增的阳性产物进行酶切验证和序列测定验证。结果:20批自制猪胆粉药材、猪胆粉对照药材均能扩出约212 bp的特异性鉴别条带,牛和羊参考品均无条带;19批市售猪胆粉药材中仅5批扩出特异性鉴别条带;22批含猪胆粉中成药中有10批检出猪源性成分;猪胆粉对照药材及市售猪胆粉药材PCR扩增的阳性产物经Mnl I酶切后均能产生约200 bp的条带;猪胆粉及其中成药中扩增产物序列与Gen Bank数据库中相似性最高的物种为Sus scrofa,一致性为99%,与猪的序列高度一致。结论:该文建立的特异性PCR鉴别方法可准确鉴别猪胆粉及其中成药中的猪源性成分。 展开更多
关键词 猪胆粉 中成药 特异性聚合酶链式反应 分子鉴别
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龟甲的特异性PCR及高分辨率熔解曲线技术鉴别方法研究 被引量:8
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作者 张雪艳 袁媛 +2 位作者 胡启跳 蒋超 方成武 《中国现代中药》 CAS 2019年第9期1215-1220,共6页
目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性... 目的:建立高效、稳定的龟甲Testudinis Carapax et Plastrum DNA鉴别方法。方法:利用龟甲的特异性聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)鉴别方法和高分辨率熔解曲线(HRM)鉴别方法,根据龟甲及其混伪品COI序列差异,寻找特异性单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点设计鉴别引物,并对PCR反应条件进行优化;并使用通用引物扩增COI区域,产物直接进行HRM分析。结果:当退火温度为60 ℃,循环次数为35,使用设计的龟甲特异性鉴别引物GJ-360.F/R进行PCR扩增,经扩增均获得约360 bp特异性鉴别条带,混伪品皆无条带;使用通用引物RonM-tl和Vl-tl进行PCR扩增,产物使用HRM分析,龟甲药材在模板DNA质量浓度为3.5~87.9 ng ·μL^-1 、引物浓度为0.2 μmol · L ^-1 、镁离子浓度为2.0 mmol · L ^-1 的条件下,龟甲药材标准熔解曲线为双峰,其 T m均值分别为(83.15±0.76)、(87.53±0.69 )℃。结论:特异性PCR和HRM均可作为一种快速准确鉴别龟甲正伪品的鉴定方法。 展开更多
关键词 龟甲 特异性聚合酶链式反应 分子鉴定 高分辨率熔解曲线
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广西道地药材肉桂及阴香的DNA分子鉴定研究 被引量:1
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作者 李立 吴桂凡 +3 位作者 罗轶 李丽莉 凌婕 马双成 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期191-196,203,共7页
建立一种能够准确鉴别肉桂及阴香的特异性聚合酶链式反应方法,以保障肉桂用药的安全性和有效性。通过对比分析肉桂及阴香的psbA-trnH序列差异找到特异性单核苷酸多态性位点,设计特异性引物,通过优化退火温度、循环次数,评估不同聚合酶... 建立一种能够准确鉴别肉桂及阴香的特异性聚合酶链式反应方法,以保障肉桂用药的安全性和有效性。通过对比分析肉桂及阴香的psbA-trnH序列差异找到特异性单核苷酸多态性位点,设计特异性引物,通过优化退火温度、循环次数,评估不同聚合酶种类和不同基因扩增仪等扩增条件对不同来源的肉桂及阴香进行特异性扩增,根据特异性扩增条带进行鉴别。结果表明退火温度为54℃,循环次数为35次时,肉桂经肉桂特异性引物扩增后在100~200 bp处出现特异性条带,阴香无条带;退火温度为56℃,循环次数为40次时,阴香经阴香引物扩增后在200~300 bp处出现特异性条带,肉桂无条带。该研究所建立的特异性PCR方法可以快速准确鉴别出肉桂及阴香,为控制肉桂的质量安全提供参考。 展开更多
关键词 肉桂 阴香 特异性聚合酶链式反应 特异性引物 质量安全
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基于性状鉴别和特异性PCR技术对膨腹海马的鉴别研究
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作者 王琳 魏霞 +9 位作者 焦阳 汪冰 解盈盈 尹雪 石丽 陈娟 孙仟 刘丽 张加余 林永强 《中国现代中药》 CAS 2024年第9期1470-1477,共8页
目的:采用性状鉴别和聚合酶链式反应(PCR)技术对我国主要的海马养殖品膨腹海马Hippocampus abdominalis Leeson进行研究,为该品种鉴别技术开发提供数据支持。方法:通过查阅文献资料并结合样品统计观察,总结膨腹海马的性状鉴别特征;根据... 目的:采用性状鉴别和聚合酶链式反应(PCR)技术对我国主要的海马养殖品膨腹海马Hippocampus abdominalis Leeson进行研究,为该品种鉴别技术开发提供数据支持。方法:通过查阅文献资料并结合样品统计观察,总结膨腹海马的性状鉴别特征;根据膨腹海马及其他海马的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因序列,筛选出膨腹海马的特异性单核苷酸多态性(SNP)位点,设计专属膨腹海马的引物PFHM-Primer-F和PFHM-Primer-R。通过优化PCR体系反应条件,考察最佳的PCR反应体系。结果:膨腹海马的核心性状特征主要包括有较多的体环、尾环和背鳍条数,背鳍覆盖4个体环+1个尾环;眼周和鳃盖部具有明显的大而黑的斑点等。基于COⅠ序列展开的PCR鉴别方法研究表明,当退火温度为65℃,循环30次时,膨腹海马样品在100~250 bp呈现单一明亮条带,而其他品种均无此条带。结论:建立的性状鉴别和特异性PCR鉴别方法可快速鉴别膨腹海马,为我国海马新资源的鉴别和后续开发提供参考。 展开更多
关键词 膨腹海马 细胞色素C氧化亚基Ⅰ 特异性聚合酶链式反应 性状鉴别
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基于特异性PCR的梅花鹿茸和马鹿茸区分 被引量:2
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作者 黄家乐 莫惠凤 +1 位作者 罗沛豪 马惠仪 《中国现代中药》 CAS 2022年第1期44-52,共9页
目的:开发及验证梅花鹿和马鹿茸的特异性聚合酶链式反应(PCR)筛选方法。方法:采集梅花鹿茸、马鹿茸、鹿茸混淆品、香港市场流通的鹿类产品、非鹿科动物、植物和真菌类样品。对鹿类线粒体基因组进行排序,设计及筛选特异性引物,采用特异性... 目的:开发及验证梅花鹿和马鹿茸的特异性聚合酶链式反应(PCR)筛选方法。方法:采集梅花鹿茸、马鹿茸、鹿茸混淆品、香港市场流通的鹿类产品、非鹿科动物、植物和真菌类样品。对鹿类线粒体基因组进行排序,设计及筛选特异性引物,采用特异性PCR对样品进行区分,并进行条件优化和方法学验证。结果:共收集77份样品,对87份线粒体基因组DNA排序并设计9个特异性引物组合。经验证后,CNIP-f/CNIP-r和CELA-f/CELA-r分别选作梅花鹿和马鹿的特异性引物组合,通过PCR可获得223 bp的梅花鹿和248 bp的马鹿特异性条带,作为区分梅花鹿茸和马鹿茸的依据。结论:该方法能作为中药鉴别的补充方案,用于质量控制中涉及动物制品的种属,进一步完善鹿茸饮片鉴别体系。 展开更多
关键词 鹿茸 药用动物 特异性聚合酶链式反应
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宽体金线蛭的特异性PCR分子鉴定 被引量:3
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作者 王文秀 高晗 +3 位作者 张环宇 谭伟 李振国 田晓轩 《天津中医药》 CAS 2020年第11期1299-1303,共5页
[目的]实验旨在通过寻找宽体金线蛭单核苷酸多态性(SNP)位点,设计宽体金线蛭的特异性鉴别引物,建立宽体金线蛭特异性聚合酶链式反应(PCR)检测方法,实现对宽体金线蛭及其常见混伪品的快速鉴别。[方法]通过比对宽体金线蛭与其常见混伪品... [目的]实验旨在通过寻找宽体金线蛭单核苷酸多态性(SNP)位点,设计宽体金线蛭的特异性鉴别引物,建立宽体金线蛭特异性聚合酶链式反应(PCR)检测方法,实现对宽体金线蛭及其常见混伪品的快速鉴别。[方法]通过比对宽体金线蛭与其常见混伪品的细胞色素C氧化酶亚基I(COI)序列,寻找宽体金线蛭COI基因序列内SNP位点,设计特异性鉴别引物。[结果]进行PCR后仅宽体金线蛭能够扩增得到149 bp的条带,混伪品不能扩增出明显目的条带。向扩增产物中加入SYBR Green I核酸染料染色,宽体金线蛭样品在紫外灯下显黄绿色荧光,混伪品不显荧光。[结论]该方法能够准确快速鉴别宽体金线蛭与其常见混伪品,为中药材市场上宽体金线蛭的快速鉴别提供技术支持。 展开更多
关键词 宽体金线蛭 特异性聚合酶链式反应 分子鉴定 荧光检测
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地龙的多重位点特异性PCR鉴别 被引量:14
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作者 田娜 魏艺聪 +4 位作者 袁媛 金艳 杨全 赵玉洋 蒋超 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第17期124-129,共6页
目的:近年来,中药材地龙的商品价格不断上涨,市场的混伪品随之增加。其主要鉴别特征在药材中大部分丢失,难以区分。因此,急需建立一种准确、稳定的中药材地龙基原鉴别方法。方法:根据地龙及其混伪品的COI基因序列差异找到变异位点,从而... 目的:近年来,中药材地龙的商品价格不断上涨,市场的混伪品随之增加。其主要鉴别特征在药材中大部分丢失,难以区分。因此,急需建立一种准确、稳定的中药材地龙基原鉴别方法。方法:根据地龙及其混伪品的COI基因序列差异找到变异位点,从而设计参环毛蚓、通俗环毛蚓、威廉环毛蚓及栉盲环毛蚓的特异性鉴别引物,优化反应体系并进行耐受性和适用性的考察和验证。在此基础上将特异性引物组合,构建多重聚合酶链式反应(PCR)体系,从而建立了一种高效准确、操作简便、专属性强、重复性好的中药材地龙及其常见混伪品的多重位点PCR鉴别方法。结果:在该方法下广地龙基原参环毛蚓可得到366 bp片段,沪地龙基原通俗环毛蚓和威廉环毛蚓可得到487 bp片段,栉盲环毛蚓可得到475 bp片段,其他混伪品均无条带。将之组合形成的多重PCR可在一次鉴定操作中根据条带位置同时鉴别沪地龙和广地龙。结论:该文所建立的多重位点特异性PCR鉴别方法可准确鉴别中药材地龙真伪。 展开更多
关键词 地龙 多重位点特异性聚合酶链式反应 分子鉴别 混伪品 参环毛蚓 通俗环毛蚓 威廉环毛蚓 栉盲环毛蚓
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多基原九里香药材的多重位点特异性PCR鉴别 被引量:13
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作者 陈梓媛 赵玉洋 +4 位作者 谢旭桃 谢文波 金艳 蒋超 袁媛 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第17期106-112,共7页
目的:建立一种同时鉴别九里香药材两基原九里香Murraya exotica和千里香M.paniculata的DNA分子鉴别方法。方法:通过比较九里香、千里香的叶绿体基因组序列差异,根据叶绿体基因组上的单核苷酸多态性(SNP)变异位点分别设计九里香和千里香... 目的:建立一种同时鉴别九里香药材两基原九里香Murraya exotica和千里香M.paniculata的DNA分子鉴别方法。方法:通过比较九里香、千里香的叶绿体基因组序列差异,根据叶绿体基因组上的单核苷酸多态性(SNP)变异位点分别设计九里香和千里香的特异性鉴别引物P03和P04,对影响聚合酶链式反应(PCR)结果的退火温度、循环次数、引物浓度比进行优化,建立了九里香和千里香的多重位点特异性PCR鉴别方法,并对影响该方法重复性的Taq酶种类、PCR仪型号进行耐受性考察和适用性考察。结果:在该多重位点特异性PCR鉴别方法中,当PCR反应循环数为31次,退火温度为60℃,九里香P03和千里香P04引物比为1∶2时,九里香可获得约330 bp的特异性条带,千里香可得到约230 bp的特异性条带,不同来源的九里香和千里香样品使用建立的多重位点特异性PCR鉴别方法均可获得一致结果。结论:该文建立一种快速、准确鉴别九里香药材基原的多重位点特异性PCR鉴别方法,可在单次鉴定操作中根据条带位置同时鉴别九里香和千里香。 展开更多
关键词 九里香 千里香 多重位点特异性聚合酶链式反应(PCR) 分子鉴别
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快速PCR方法在山药真伪鉴别中的应用 被引量:10
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作者 杨晶凡 蒋超 +2 位作者 袁媛 乔璐 陈随清 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第22期45-49,共5页
目的:采用快速聚合酶链式反应(PCR)方法建立快速、准确、有效的山药药材真伪分子鉴定方法。方法:收集不同地区山药正品及其混伪品材料,对所有样品进行总DNA的提取,通过对山药及其混淆品DNA条形码rbc L片段进行同源对比分析,根据鉴... 目的:采用快速聚合酶链式反应(PCR)方法建立快速、准确、有效的山药药材真伪分子鉴定方法。方法:收集不同地区山药正品及其混伪品材料,对所有样品进行总DNA的提取,通过对山药及其混淆品DNA条形码rbc L片段进行同源对比分析,根据鉴别位点,设计中药山药的鉴别引物,引物序列为Sy89:5'-AAGGACGATGCTACCACATCGACAC-3',Sy90:5'-ATCCCAATAGGGGACGGCCA-3'。采用2步法进行PCR扩增,并对PCR反应体系和反应程序影响因素进行考察,从而对山药进行真伪鉴别。结果:通过对影响PCR退火温度、退火时间、变性时间、循环次数等因素进行反应程序的优化,并对不同Mix进行考查,获得了山药快速特异性PCR反应程序。PCR扩增反应液为50μL,包括Premix TaqTM25μL,上、下游引物各1.5μL,DNA模板1.5μL,加无菌双蒸水至50μL。PCR扩增程序为98℃预变性1 min,98℃变性10 s,68℃复性15 s,30个循环,72℃后延伸30 s。以1%琼脂糖凝胶电泳检测PCR产物在250 bp附近处有一清晰条带,而混淆品无条带。结论:快速特异性PCR方法可以简单快速鉴别山药的真伪,为实现中药材分子鉴别的现场运用提供技术支撑。 展开更多
关键词 快速特异性聚合酶链式反应 山药 分子鉴定
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白族成年人肠道菌群多样性研究 被引量:7
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作者 黄卫强 张家超 +2 位作者 郑艺 乔健敏 张和平 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期504-515,共12页
【目的】通过研究云南白族成年人肠道菌群群落结构,探索肠道菌群结构与云南白族人健康长寿的相互关系。【方法】以43份采自云南省昆明市(Urban)和大理白族自治州洱源县农村(Rural)成年白族志愿者的粪便样品为研究对象,通过种属特异性聚... 【目的】通过研究云南白族成年人肠道菌群群落结构,探索肠道菌群结构与云南白族人健康长寿的相互关系。【方法】以43份采自云南省昆明市(Urban)和大理白族自治州洱源县农村(Rural)成年白族志愿者的粪便样品为研究对象,通过种属特异性聚合酶链式反应(定性PCR)和基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)对其中的优势菌群进行了分析,并测定样品中短链脂肪酸(SCFAs)含量。【结果】短链脂肪酸(SCFAs)含量测定结果显示,Rural和Urban志愿者的短链脂肪酸含量差异不显著;定性PCR结果显示Rural志愿者肠道内的乳杆菌属和双歧杆菌属的多样性明显区别于Urban志愿者;依据泳道轨迹光密度的不同对16S r RNA基因V3区PCR-DGGE图谱进行基于非加权平均距离聚类分析(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA),显示两组样品按照组别明显地聚为两簇,多样性指数分析也呈现Rural志愿者肠道菌群多样性大于Urban的趋势;进一步对Rural谱带回收克隆测序,并构建系统发育树图,结果显示样品中双歧杆菌属、肠杆菌属和肠球菌属具有较高的多样性,是Rural健康成年志愿者肠道中的优势菌群。【结论】综合上述分析,昆明城市志愿者和大理白族自治州洱源县农村志愿者肠道菌群群落结构呈现区分趋势,多样性差异不显著。该研究为后续探索宿主肠道菌群与健康长寿的相互关系提供了数据基础。 展开更多
关键词 白族 肠道菌群 短链脂肪酸 特异性聚合酶链式反应 基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳
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多重位点特异性PCR同时鉴别酸枣仁及其掺伪品 被引量:4
12
作者 李柯帆 索晓雄 +3 位作者 李晓兰 杜晨晖 闫艳 裴香萍 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期141-148,共8页
目的:优化并建立多重位点聚合酶链式反应(PCR)体系同时鉴别酸枣仁、枳椇子和理枣仁及不同掺伪量,解决酸枣仁药材商品及其制剂的掺伪难题。方法:通过分析比对酸枣仁及其伪品的内部转录间隔区(ITS)序列差异找到特异性单核苷酸多态性(SNP)... 目的:优化并建立多重位点聚合酶链式反应(PCR)体系同时鉴别酸枣仁、枳椇子和理枣仁及不同掺伪量,解决酸枣仁药材商品及其制剂的掺伪难题。方法:通过分析比对酸枣仁及其伪品的内部转录间隔区(ITS)序列差异找到特异性单核苷酸多态性(SNP)位点,设计特异性鉴别引物,通过优化退火温度、循环次数及引物浓度,评估不同聚合酶种类和不同PCR仪等扩增条件对不同来源的酸枣仁、枳椇子及理枣仁样品进行特异性扩增,根据特异性扩增条带大小进行鉴别,并对最低检测限和掺伪检出限进行研究。结果:在退火温度为63℃,循环次数为23次时,酸枣仁、枳椇子和理枣仁分别扩增出549、169、389 bp的特异性条带。该方法对酸枣仁和理枣仁的最低检测限为0.24 ng,枳椇子为1.2 ng,对酸枣仁、枳椇子和理枣仁的掺伪检出限分别为0.5%、2%和2%。结论:该文建立的多重位点特异性PCR鉴别方法能同时准确鉴别酸枣仁、枳椇子和理枣仁,对解决酸枣仁药材掺伪问题提供基础研究,为控制酸枣仁药材质量安全及临床应用提供参考。 展开更多
关键词 酸枣仁 枳椇子 理枣仁 多重位点特异性聚合酶链式反应(PCR) 鉴别 掺伪
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保健食品铁皮石斛及其混淆品的分子鉴别及亲缘关系分析 被引量:7
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作者 丁鸽 张代臻 +1 位作者 张伟超 丁小余 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第2期141-145,共5页
目的:寻找简易且重复性高的分子标记方法对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行分子鉴别并对其亲缘关系进行分析。方法:对铁皮石斛及其混淆品的matK基因进行扩增、测序并进行序列分析,寻找其中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点并根据SNP位点... 目的:寻找简易且重复性高的分子标记方法对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行分子鉴别并对其亲缘关系进行分析。方法:对铁皮石斛及其混淆品的matK基因进行扩增、测序并进行序列分析,寻找其中存在的单核苷酸多态性(SNP)位点并根据SNP位点设计特异性鉴别引物;运用Mega3.0等软件进行遗传关系分析。结果:根据matK基因序列中存在的SNP位点及特异性鉴别引物,可将铁皮石斛与其混淆品成功分开;各样品之间存在较大的遗传差异。结论:SNP位点及特异性鉴别引物可对保健食品铁皮石斛及其混淆品进行快速、简便的鉴别,通过matK基因可以分析正品与混淆品之间的亲缘关系。 展开更多
关键词 铁皮石斛 MATK基因 单核苷酸多态性 位点特异性聚合酶链式反应(PCR) 分子鉴别
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Igr5启动子甲基化在上皮性卵巢癌中的表达及临床意义 被引量:7
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作者 费梦 张传宏 《长江大学学报(自科版)(下旬)》 CAS 2012年第10期6-8,4-5,共3页
目的:探讨lgr5甲基化与人类卵巢癌临床病理之间的联系,以及其作为判定总的生存率的价值。方法:采用甲基化特异性聚合酶链式反应(methylation specific polymerase chain reaction,MSP)方法分析卵巢癌患者石蜡组织中lgr5启动子DNA甲基化... 目的:探讨lgr5甲基化与人类卵巢癌临床病理之间的联系,以及其作为判定总的生存率的价值。方法:采用甲基化特异性聚合酶链式反应(methylation specific polymerase chain reaction,MSP)方法分析卵巢癌患者石蜡组织中lgr5启动子DNA甲基化情况。结果:lgr5在正常卵巢组织中几乎无甲基化改变,而在良性卵巢肿瘤中频率升高,上皮性卵巢癌组织中甲基化频率明显升高(P<0.01);lgr5甲基化与低分化上皮性卵巢癌(P<0.01)、肿瘤分期Ⅲ~Ⅳ(P<0.05)以及淋巴结转移(P<0.01)相关,但与组织类型关系不明显(P>0.05)。在70例上皮性卵巢癌患者组织中,lgr5甲基化频率为62.9%(44/70),并且5年总的生存率明显低于未甲基化的患者(P<0.05)。结论:lgr5甲基化与上皮性卵巢癌分化程度、肿瘤分期Ⅲ~Ⅳ以及淋巴结转移密切相关,同时也可以作为上皮性卵巢癌患者总的生存率的判定指标之一。 展开更多
关键词 lgr5甲基化 上皮性卵巢癌 总的生存率 甲基化特异性聚合酶链式反应(MSP)
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醋龟甲配方颗粒的位点特异性PCR鉴别
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作者 谭斯尹 潘礼业 +4 位作者 宋叶 刘闪闪 范耀耀 罗宇琴 李国卫 《中国现代中药》 CAS 2024年第8期1392-1398,共7页
目的:建立一种醋龟甲配方颗粒特异性位点聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法。方法:根据乌龟Chinemys reevesii(Gray)及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列上的单核苷酸多态性位点设计醋龟甲的特异性鉴别引物,经过优化反应体系,确定最佳... 目的:建立一种醋龟甲配方颗粒特异性位点聚合酶链式反应(PCR)鉴别方法。方法:根据乌龟Chinemys reevesii(Gray)及其混伪品的细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因序列上的单核苷酸多态性位点设计醋龟甲的特异性鉴别引物,经过优化反应体系,确定最佳的PCR反应条件,并对该方法进行耐受性和适用性考察。结果:当退火温度为62℃、循环数为34时,醋龟甲饮片、标准汤剂冻干粉和配方颗粒均可在约92 bp处得到清晰单一的特异性条带,其混伪品及阴性对照均无条带。结论:建立的位点特异性PCR鉴别方法可快速、准确地鉴别醋龟甲饮片、标准汤剂冻干粉和配方颗粒的真伪,为醋龟甲配方颗粒质量标准研究提供了参考。 展开更多
关键词 醋龟甲 配方颗粒 位点特异性聚合酶链式反应 分子鉴定
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沪地龙3个基原的多重位点特异性PCR鉴别
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作者 李雷 李奇璋 +1 位作者 张汉明 张磊 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第16期5619-5626,共8页
目的沪地龙3个基原药材(通俗环毛蚓Pheretima vulgaris、威廉环毛蚓P.guillelmi、栉盲环毛蚓P.pectinifera)在外观性状方面相似度高,传统鉴定方法难以有效区分,通过建立多重位点特异性PCR方法同时鉴别沪地龙3个基原。方法通过比对沪地... 目的沪地龙3个基原药材(通俗环毛蚓Pheretima vulgaris、威廉环毛蚓P.guillelmi、栉盲环毛蚓P.pectinifera)在外观性状方面相似度高,传统鉴定方法难以有效区分,通过建立多重位点特异性PCR方法同时鉴别沪地龙3个基原。方法通过比对沪地龙和其他7个蚯蚓品种线粒体全基因序列的多态性位点差异,分别设计通俗环毛蚓、威廉环毛蚓及栉盲环毛蚓的特异性鉴别引物,建立单基原反应体系,并对耐受性和适用性进行考察和验证;而后优化特异性引物组合,构建多重位点特异性PCR鉴别体系;反应体系为25μL:2×Rapid Taq Master Mix 12.5μL,引物1.5μL(通俗环毛蚓∶威廉环毛蚓∶栉盲环毛蚓=1∶1.2∶0.8),DNA模板0.5μL(50 ng/μL),灭菌水补足至25μL。PCR扩增条件:95℃预变性4min;95℃变性15 s,60℃退火15 s,72℃延伸20 s,循环33次;产物末端72℃延伸7 min。结果通俗环毛蚓可得到535 bp条带,威廉环毛蚓可得到219 bp条带,栉盲环毛蚓可得到435 bp条带,其他品种蚯蚓样品均无条带。结论多重位点特异性PCR鉴别体系可根据条带位置同时鉴别沪地龙3个基原。该方法可用于沪地龙基原和真伪鉴别,并为地龙的质量控制和研究提供参考。 展开更多
关键词 沪地龙 通俗环毛蚓 威廉环毛蚓 栉盲环毛蚓 多重位点特异性聚合酶链式反应 分子鉴定
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KASP标记技术在作物基因定位中的应用进展 被引量:2
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作者 赵越 孙宇峰 +3 位作者 徐磊 王盼 边境 王晓楠 《北方园艺》 CAS 北大核心 2023年第19期122-127,共6页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是基于下一代测序(next generation sequencing,NGS)发展起来的第三代分子标记,单个核苷酸的变异导致核酸序列出现多态性,具有遗传稳定性好、密度高和二等位基因型等特点,容易实现... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是基于下一代测序(next generation sequencing,NGS)发展起来的第三代分子标记,单个核苷酸的变异导致核酸序列出现多态性,具有遗传稳定性好、密度高和二等位基因型等特点,容易实现高通量和自动化检测。竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应(kompetitive allele specific PCR,KASP)是一种基于SNP的无凝胶荧光聚合酶链式反应基因分型技术,已广泛应用于动植物遗传育种研究中。该研究从KASP技术在作物基因定位研究中的试验群体选择及具体应用策略2个方面,阐述了该技术在作物产量、品质和抗性等重要性状相关基因精细定位中的研究进展,并总结了其优缺点,提出了优化作物KASP分型技术体系和建立功能基因多态性位点KASP数据库等建议,进一步推广其应用,旨在为作物性状遗传调控研究提供参考依据,加快作物从传统的经验育种到精准育种转化。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 竞争性等位基因特异性聚合酶链式反应 作物性状 遗传图谱 基因定位
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5-氮杂脱氧胞苷对肝癌细胞HepG2中抑癌基因FHIT表达的影响 被引量:5
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作者 李洪利 张伟栋 +1 位作者 李文通 尹崇高 《癌症》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第9期967-971,共5页
背景与目的:肝癌细胞中由于FHIT基因过度甲基化而导致其表达降低。本实验应用甲基化酶抑制剂5-氮杂脱氧胞苷(5-Aza-2'-deoxycytidine,5-Aza-dC)作用肝癌细胞株HepG2,观察用药后肝癌细胞中FHIT mRNA和蛋白表达的变化,并观察5-Aza-dC... 背景与目的:肝癌细胞中由于FHIT基因过度甲基化而导致其表达降低。本实验应用甲基化酶抑制剂5-氮杂脱氧胞苷(5-Aza-2'-deoxycytidine,5-Aza-dC)作用肝癌细胞株HepG2,观察用药后肝癌细胞中FHIT mRNA和蛋白表达的变化,并观察5-Aza-dC对细胞增殖的影响。方法:以5-Aza-dC作用HepG2细胞,采用甲基化特异性聚合酶链反应(methylation-specific polymerase chain reaction,MSP)检测HepG2细胞中FHIT甲基化变化;采用RT-PCR检测FHIT mRNA的表达;采用细胞免疫组织化学染色和Western blot方法检测FHIT蛋白表达,MTT法检测HepG2细胞增殖情况。结果:5-Aza-dC处理前,HepG2细胞FHIT基因呈甲基化状态,mRNA及蛋白表达缺失;经5-Aza-dC作用后,MSP显示HepG2细胞FHIT基因甲基化逆转;经1.0μmol/L、2.0μmol/L及4.0μmol/L的5-Aza-dC作用48h后,FHIT基因mRNA扩增出产物的吸光度值分别为0.80±0.32、1.41±0.54和1.51±0.61,Western blot检测产物积分灰度值分别为0.33±0.20、1.00±0.26和1.12±0.38;当药物浓度达到1.0μmol/L时出现了对HepG2细胞增殖的抑制作用。结论:5-Aza-dC能明显逆转HepG2细胞的FHIT基因异常甲基化,激活因高甲基化所致基因沉默的再转录,诱导该基因的表达;同时抑制细胞增殖。 展开更多
关键词 5-氮杂脱氧胞苷 肝肿瘤 FHIT基因 甲基化 甲基化特异性聚合酶链式反应
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硒蛋白P基因多态性与乳头状甲状腺癌发病风险的关联性分析 被引量:5
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作者 张利芳 蔡琳 +2 位作者 王云华 张克实 乌日娜 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期383-388,共6页
目的:探讨内蒙古地区乳头状甲状腺癌(PTC)患者与健康对照者硒蛋白P(Sepp1)基因rs7579位点单核苷酸多态性(SNPs)的分布情况及与环境非遗传因素的相互作用,阐明其与PTC发病风险的关联性。方法:选择内蒙古地区汉族PTC患者138例和健康对照者... 目的:探讨内蒙古地区乳头状甲状腺癌(PTC)患者与健康对照者硒蛋白P(Sepp1)基因rs7579位点单核苷酸多态性(SNPs)的分布情况及与环境非遗传因素的相互作用,阐明其与PTC发病风险的关联性。方法:选择内蒙古地区汉族PTC患者138例和健康对照者140人,采用等位基因特异性聚合酶链式反应(AS-PCR)技术检测Sepp1基因rs7579位点基因型和等位基因频数,并根据不同临床特征(年龄、性别、肿瘤大小和有无淋巴转移)进行分层分析,同时结合非遗传相关因素,如吸烟、饮酒、体质量指数(BMI)、碘盐摄入和精神状态等进行多因素Logistic回归分析,综合探讨Sepp1基因rs7579位点SNPs与PTC发病风险的关系。结果:高BMI、碘盐摄入、精神状态差和工作压力大增加PTC发病风险(均P<0.1);Sepp1基因rs7579位点GG、GA、AA基因型和G、A等位基因频数分布2组比较差异无统计学意义(χ^2=0.622,P>0.05;χ^2=0.673,P>0.05)。分层分析,年龄≥50岁组中PTC患者GG、GA和AA基因型频数分布与健康对照者比较差异有统计学意义(χ^2=7.717,P=0.028),PTC患者AA基因型频数分布明显低于对照者(P<0.05),携带A等位基因的AA/GA型个体患PTC的风险低于GG型个体(OR=0.481,95%CI:0.267~0.866)。结论:BMI、碘盐摄入、精神状态和工作压力是PTC发病主要影响因素,A等位基因可能是PTC保护性因素之一。 展开更多
关键词 硒蛋白P 单核苷酸多态性 乳头状甲状腺癌 等位基因特异性聚合酶链式反应
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胃癌中钙黏附分子启动子甲基化与幽门螺杆菌感染及肿瘤生物学特性的关系 被引量:4
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作者 冯宁 高海德 +2 位作者 刘文志 陈希 伍晓汀 《华西医学》 CAS 2014年第1期43-46,共4页
目的建立甲基化特异性聚合酶链式反应方法检测组织中钙黏附分子(CDH1)的甲基化程度;探索CDH1启动子的甲基化与幽门螺杆菌(HP)感染及与肿瘤分化、浸润、淋巴及远处转移之间的关系。方法采用热转化甲基化特异性聚合酶链式反应法检测2008年... 目的建立甲基化特异性聚合酶链式反应方法检测组织中钙黏附分子(CDH1)的甲基化程度;探索CDH1启动子的甲基化与幽门螺杆菌(HP)感染及与肿瘤分化、浸润、淋巴及远处转移之间的关系。方法采用热转化甲基化特异性聚合酶链式反应法检测2008年1月-2009年12月共40例胃癌手术标本中CDH1的启动子甲基化情况,并回顾性地分析CDH1的启动子甲基化与HP感染、肿瘤分化、浸润、淋巴及远处转移等肿瘤生物学特性的统计学关联。结果胃癌组CDH1基因甲基化阳性率高于对照组(67.5%、12.5%,P<0.05)。胃癌组中低-未分化肿瘤组CDH1基因甲基化阳性率高于高-中分化肿瘤组(80.6%、22.2%,P<0.05);胃癌组中HP阳性患者的CDH1基因甲基化率高于HP阴性患者(78.1%、25.0%,P<0.05);而胃癌组中CDH1基因甲基化阳性率与患者性别、肿瘤浸润程度、淋巴转移及远处转移无明显关系(P>0.05)。结论 CDH1基因甲基化可能参与了胃癌的发展过程,并且CDH1基因甲基化可能导致了肿瘤分化程度的降低。CDH1基因甲基化与胃癌患者的HP感染之间可能存在密切关系,提示HP感染可能参与了抑癌基因甲基化失活及肿瘤演变的发展过程。 展开更多
关键词 DNA甲基化 钙黏附分子启动子 E-钙黏蛋白 甲基化特异性聚合酶链式反应 幽门螺杆菌 胃癌
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