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题名一种基于同配性的重叠蛋白质复合体检测算法
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作者
王杰
梁吉业
赵兴旺
郑文萍
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机构
山西大学计算机与信息技术学院
山西大学计算智能与中文信息处理教育部重点实验室
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出处
《计算机科学》
CSCD
北大核心
2019年第2期294-300,共7页
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基金
国家自然科学基金项目(61876103
61603230)
山西省重点研发计划项目(201603D111014)资助
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文摘
蛋白质复合体在生物过程中具有重要的作用,从蛋白质互作用网络中进行蛋白质复合体检测是后基因时代的一项具有挑战性的任务。种子扩展方法是一种从蛋白质互作用网络中进行重叠蛋白质复合体检测的有效技术。然而,现有方法面临两方面的问题:1)在选择种子结点时通常仅仅考虑了网络中结点的直接邻居之间的连接紧密度,难以充分体现结点在局部邻域子图内的重要性;2)在簇的扩展过程中假设候选结点之间是相互独立的,忽略了候选结点的添加顺序可能对聚类结果带来的影响。为了解决以上问题,文中基于生物网络同配性提出了一种重叠蛋白质复合体检测算法。该算法利用结点的二阶邻域信息来度量结点的重要性,进而选择种子结点,在簇扩展过程中利用同配性实现多个候选结点的批量添加。为了对重叠聚类结果进行评价,提出了一种重叠复合体评价指标F-overlap。与其他复合体检测算法在蛋白质互作用数据集上的对比实验结果表明,所提算法能够有效地进行重叠蛋白质复合体检测。
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关键词
蛋白质互作用网络
复合体检测
同配性
种子扩展方法
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Keywords
Protein-protein interaction network
Complexes detection
Assortativity
Seed expansion method
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分类号
TP181
[自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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