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题名15种熊蜂全基因组SSR分布规律研究
被引量：1
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作者
孙国
梁程博
赵芳
张富东
闫京艳
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机构
青海大学农牧学院
井冈山大学生命科学学院
西宁汇丰农业投资建设开发有限公司
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出处
《南方农业学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期3378-3387,共10页
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基金
中国科学院“西部之光”人才培养计划项目(人字[2022]4号)。
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文摘
【目的】阐明熊蜂全基因组SSR分布规律,为熊蜂SSR分子标记筛选及遗传进化分析提供参考依据。【方法】利用MSDB v2.4.3和Krait搜索15种已完成测序组装熊蜂(每个种代表1个亚属)基因组中的SSR序列,采用Excel 2019统计全基因组大小、GC含量、SSR类型、序列总数、相对丰度、相对密度、碱基重复类型及各重复类型相对丰度等相关信息,以Origin 2021进行绘图。【结果】基因组最大(262.4 Mb)的是西伯熊蜂;GC含量最高(39.40%)的是稳纹熊蜂,且其SSR序列总数最多(74676条)、相对丰度最高(323.53 loci/Mb)、相对密度最大(7094.37 bp/Mb)、及SSR占比最高(0.71%)。SSR类型中以纯合微卫星(P-SSR)最丰富,均占总SSR的92.00%以上,以卡氏熊蜂的占比最高(95.45%)、稳纹熊蜂的占比最低(92.07%)。除猛熊蜂和亲熊蜂外,其余13种熊蜂全基因组SSR的二碱基重复类型相对密度均最高(1362.789~2986.958 bp/Mb);除猛熊蜂、亲熊蜂和图氏熊蜂外,其余12种熊蜂全基因组SSR的二碱基重复类型总数和相对丰度均最高。15种熊蜂全基因组SSR出现频率较高的优势碱基序列有A、AG、AT、AAT、AAAT、AAAG、AATAT及AAAAG等,单碱基至五碱基重复类型的优势碱基序列相对丰度随着碱基数的增多而逐渐减小,而六碱基重复类型的优势碱基序列存在明显差异。【结论】15种熊蜂全基因组SSR总数与基因组大小不成正比,单碱基和二碱基重复类型在全基因组SSR中的占比均较高,三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复类型的占比则随着碱基数的增多而依次降低,即碱基重复次数越高其稳定性及多态性越低。每种熊蜂全基因组SSR都显示出特有的碱基重复类型相对丰度及优势碱基序列,今后可考虑以SSR分子标记为桥梁开展熊蜂遗传发育模式及其调控机制等相关研究。
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关键词
熊蜂
基因组
SSR
分布规律
碱基重复类型
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Keywords
bumblebee
genome
SSR
distribution regularities
base repeat type
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分类号
S893.9
[农业科学—特种经济动物饲养]
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题名利用高通量测序技术分析核桃基因组微卫星特征
被引量：4
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作者
廖卓毅
马秋月
戴晓港
张得芳
李淑娴
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机构
林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室(南京林业大学)
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出处
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第2期65-68,82,共5页
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基金
林业公益性行业重大项目(201304102)
国家自然科学基金项目(31270711)
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文摘
利用454高通量测序技术对核桃(Juglans regia)基因组进行了部分测序,并利用测得的序列进行核桃基因组微卫星特征分析。结果表明:研究共测得了104.5 Mb的核桃基因组序列,经序列组装得到了9 787个微卫星重复序列。其中六碱基重复类型的重复数目最多,共5 883个,占重复序列总数的60.11%;其次是单碱基重复类型(1 289个)和四碱基重复类型(889个),分别占重复序列总数的13.17%和9.07%;另外二碱基重复768个,三碱基重复549个,五碱基409个,分别占重复序列总数的7.85%、5.61%和4.18%。在单碱基重复类型中,重复单元最多的为A/T;二碱基重复中,AT/TA和AG/CT为主要优势重复类型;三碱基、四碱基和六碱基重复类型中,AAN、AAAN和AAAAAN是主要的优势重复类型;五碱基重复类型中,AGATG和AAAAT是主要的优势重复类型。在核桃微卫星序列中,A/T碱基含量丰富,而C/G碱基含量相对较少。试验还对核桃基因组微卫星的长度及各碱基重复类型的长度分化进行了研究,结果发现核桃基因组微卫星以第二类(长度<20 bp)为主,且长碱基重复类型较短碱基重复类型长度分化程度低,稳定性高。
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关键词
核桃
微卫星
碱基重复类型
长度分化
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Keywords
Juglans regia
Microsatellites
Repeat type
Length differentiation
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分类号
Q784
[生物学—分子生物学]
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