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题名基于碱基三周期性研究P53家族基因的特征
被引量：2
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作者
王其强
谈承杰
晏寒冰
朱平
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机构
江南大学理学院
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出处
《生物物理学报》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第4期296-309,共14页
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基金
国家自然科学基金项目(11271163)
中央高校基本科研业务费专项资金项目(JUSRP51317B)~~
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文摘
为了进一步研究P53抑癌基因的性质,采用信号处理和分析的方法,在Voss数值映射下,利用离散傅里叶变换,结合出现最大功率谱位置的频率与1/3的差值(d)及信噪比(R)两个指标,来讨论P53家族基因的碱基三周期性。选取人类P53家族(P53、P63和P73)DNA序列及家鼠P53家族DNA序列的外显子,讨论了其三周期性与外显子长度、碱基成分及碱基分布的关系,在三周期性的前提下分析了P53基因密码子的偏好性。结果表明:P53家族基因的短外显子(N<100)碱基三周期性不显著,P53家族基因的较长外显子(100≤N<1000)碱基三周期性较显著;具有三周期性的外显子GC、GC3含量较高,且GC含量和功率谱峰值显著相关,说明三周期性与碱基成分及分布相关;具有三周期性的外显子频谱最大值处为G或C的可能性高,且GC3含量高,R值与最优密码子使用频率正相关,说明功率谱峰值与P53家族基因密码子偏好性具有相关性。该研究结果对P53家族基因的进一步研究具有重要的理论和现实意义。
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关键词
碱基三周期性
功率谱
信噪比
P53家族基因
偏好性
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Keywords
3-base periodicity
Power spectrum
Signal-to-noise ratio
P53 family
Preference
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分类号
Q617
[生物学—生物物理学]
O29
[理学—应用数学]
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