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六妹羊肚菌PacBio基因组测序和DNA 6mA甲基化分析 被引量：6
1
作者 王昊明 范立刚 +2 位作者 董永镕 郑晓慧 刘慧泉 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第9期2299-2316,共18页
羊肚菌属于子囊门真菌,是世界范围内最受欢迎的食用菌之一。本研究通过PacBio单分子实时高质量核基因组组装,大小为53.57Mb,重复序列含量为17.03]%,e"包含42条重叠群(contigs),重叠群N50高达1.82Mb,其中13条重叠群两端均含有端粒... 羊肚菌属于子囊门真菌,是世界范围内最受欢迎的食用菌之一。本研究通过PacBio单分子实时高质量核基因组组装,大小为53.57Mb,重复序列含量为17.03]%,e"包含42条重叠群(contigs),重叠群N50高达1.82Mb,其中13条重叠群两端均含有端粒重复序列,为完整的染色体。通过链特异性RNA-seq测序和转录本拼接,并结合多种基因预测策略,预测到13182个蛋白编码基因,包括267个碳水化合物活性酶,11个次生代谢产物合成基因簇。通过与内蒙古地区栽培的六妹羊肚菌菌株NZTD180501373基因组比较发现,六妹羊肚菌进化过程中可能发生过染色体重组事件,二者具有33055个SNP和48726个InDel位点差异,并且各自拥有超过6Mb的特有序列。此外,相比于梯棱羊肚菌M.importuna,六妹羊肚菌SCLS菌株中与逆转录转座酶有关的orthogroup发生了扩张,并且拥有5个成员数超过100的特有逆转录转座酶基因家族。对SCLS菌株中的DNA N6腺嘌呤甲基化(6mA)修饰进行了鉴定,发现SCLS菌株基因组中0.42%的腺嘌呤被6mA甲基化,其含量显著高于已报道的6种双核亚界(Dikarya)真菌。6mA甲基化位点在逆转录转座子上显著富集,表明六妹羊肚菌中6mA甲基化可能调控逆转录转座子的活性,这也是首次在真菌中报道6mA甲基化与转座子相关。 展开更多
关键词 三代基因组测序 DNA 6mA甲基化 LTR逆转录转座子 真菌基因组
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真菌菌体直接PCR扩增的方法研究 被引量：2
2
作者 林艳云 陈忆婷 +1 位作者 黄晓明 林峻 《生物化工》 2018年第6期7-10,共4页
真菌属于真核微生物,它种类繁多,与人类的健康密切相关,同时某些真菌还能被安全地利用于食品生产和生物化工领域。真菌分子生物学研究是微生物研究的一个重要领域,但由于真菌的细胞壁结构特殊,抗逆性强,使得真菌的核酸提取尤其困难。为... 真菌属于真核微生物,它种类繁多,与人类的健康密切相关,同时某些真菌还能被安全地利用于食品生产和生物化工领域。真菌分子生物学研究是微生物研究的一个重要领域,但由于真菌的细胞壁结构特殊,抗逆性强,使得真菌的核酸提取尤其困难。为实现对真菌基因组的快速提取与扩增,本研究尝试利用市售常见的细胞裂解液对4种典型真菌的细胞进行破壁处理,然后直接使用PCR技术实现对真菌基因组的快速扩增。结果显示黑曲霉513.88(Aspergillus niger 513.88)和里氏木霉(Trichoderma reesei)这两种重要的真菌可以使用细胞裂解液处理后实现直接PCR扩增。 展开更多
关键词 真菌基因组 裂解 直接PCR扩增
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研磨-CTAB法与碱性异硫氰酸胍沸腾法提取真菌DNA的比较分析 被引量：18
3
作者 李晓红 陈世义 +2 位作者 钟淑霞 付爱华 赵翠杨 《中国实验诊断学》 2005年第3期364-365,共2页
目的对两种病原真菌基因组DNA提取方法[研磨-CTAB(十六烷基三甲基溴化胺)法及碱性异硫氰酸胍沸腾法]的提取效果进行比较,为临床真菌标本的前期处理提供有效参考。方法对来自于同一批培养基的4株申克孢子丝菌及6株普通真菌菌株分别采用研... 目的对两种病原真菌基因组DNA提取方法[研磨-CTAB(十六烷基三甲基溴化胺)法及碱性异硫氰酸胍沸腾法]的提取效果进行比较,为临床真菌标本的前期处理提供有效参考。方法对来自于同一批培养基的4株申克孢子丝菌及6株普通真菌菌株分别采用研磨-CTAB法及碱性异硫氰酸胍沸腾法抽提基因组DNA,并用紫外分光光度计测定基因组DNA样品OD260和OD280值,计算提取样品的浓度并估计核酸的纯度,然后采用配对资料t检验的统计学方法进行比较。结果碱性异硫氰酸胍沸腾法提取的DNA浓度及纯度均高于研磨-CTAB法,两者在统计学上存在显著差异(P<0·05)。结论碱性异硫氰酸胍沸腾法提取病原性真菌基因组DNA具有简便、快速、价廉等特点,适用于病原真菌分子生物学研究的标本前期处理。 展开更多
关键词 真菌基因组DNA 研磨-CTAB法 碱性异硫氰酸胍沸腾法
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构巢曲霉与30种丝状子囊菌的基因组比较 被引量：3
4
作者 曾昭清 赵福永 +1 位作者 Tom Hsiang 余知和 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期1195-1202,共8页
为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量... 为探讨丝状子囊菌的序列同源性,文章利用公开发表的真菌基因组序列构建本地基因组数据库,设置E值统计阈值为0.1,将构巢曲霉(Aspergillus nidulans)基因组的10560个注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较。结果表明,同源匹配基因数量的多少可反映子囊菌之间的进化关系。构巢曲霉基因组的924个基因与这30种子囊菌基因组同时存在匹配序列,其中E值在10-5～0.1、10-30～10-5、10-100～10-30、0～10-100范围内都存在匹配序列的基因分别为6个、3个、6个和6个。ClustalX多序列比对分析显示,E值10-5～0.1的6组序列和E值10-30～10-5的3组序列均显示变异性过大而E值0～10-100的6组序列过于保守,E值介于10-100～10-30之间的6组同源序列可用于本研究的31种子囊菌系统学分析。 展开更多
关键词 Standalone BLAST E值 真菌基因组:同源性
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用于PCR快速检测的真菌基因组DNA制备研究进展 被引量：1
5
作者 崔菲 王子岚 +2 位作者 高品红 王浩 杜克久 《河北林果研究》 2011年第3期286-288,共3页
自然界中真菌种类很多,一些对人类有益,然而有很多会对人及动植物致病。对真菌的检测鉴定在医学、植物检疫以及真菌分类学研究方面具有重要的意义。PCR检测是目前真菌鉴定的常规检测手段,用于PCR检测的真菌基因组DNA制备是相关领域研究... 自然界中真菌种类很多,一些对人类有益,然而有很多会对人及动植物致病。对真菌的检测鉴定在医学、植物检疫以及真菌分类学研究方面具有重要的意义。PCR检测是目前真菌鉴定的常规检测手段,用于PCR检测的真菌基因组DNA制备是相关领域研究热点,对用于PCR快速检测的真菌基因组DNA制备方法进行综述。 展开更多
关键词 真菌基因组DNA 快速制备 PCR检测
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