基于研究兴趣相似性网络的我国图书馆学研究社群分析 被引量：7

1

作者 江文华 徐健 +1 位作者 李纲 李阳 《现代情报》 CSSCI 2019年第9期21-27,共7页

[目的/意义]从学者研究兴趣视角出发,探究图书馆领域研究现状,分析该领域社群结构。[方法/过程]从CSSCI数据库中下载“中图分类号=G250”的所有论文,通过Java程序处理数据,利用“机器+人工”进行作者消歧。使用普莱斯定理识别图书馆领... [目的/意义]从学者研究兴趣视角出发,探究图书馆领域研究现状,分析该领域社群结构。[方法/过程]从CSSCI数据库中下载“中图分类号=G250”的所有论文,通过Java程序处理数据,利用“机器+人工”进行作者消歧。使用普莱斯定理识别图书馆领域核心作者,利用学者科研成果提取作者的研究兴趣,构建该领域核心作者研究兴趣相似性网络,使用Louvain方法对该领域研究者进行社群划分。计算各社群研究兴趣模型,并计算各个社群间的研究兴趣相似性。[结果/结论]研究发现:1)图书馆学作者发文频次与核心作者研究兴趣相似性服从幂律分布;2)图书馆学领域核心作者按研究兴趣可分为6个社群;3)C1-C2、C2-C3、C3-C4社群间存在强相似性,C6社群与其他社群相似性较低。 展开更多

关键词 研究兴趣 相似性网络 图书馆学 研究社群

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基于图卷积神经网络的个人信用风险预测 被引量：3

2

作者 梁龙跃 王浩竹 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2023年第17期275-285,共11页

信用风险的评估与管理是金融机构的重要任务之一。为探究个人征信样本与违约样本间存在相似性时,能否体现个人征信的信用风险,并对预测其违约做出贡献。基于LendingClub 2020年第1~3季度贷款数据,利用GAMI-net从高维征信数据中筛选样本... 信用风险的评估与管理是金融机构的重要任务之一。为探究个人征信样本与违约样本间存在相似性时,能否体现个人征信的信用风险,并对预测其违约做出贡献。基于LendingClub 2020年第1~3季度贷款数据,利用GAMI-net从高维征信数据中筛选样本违约特征,并通过曼哈顿距离构建样本相似性网络,以反映样本整体间的征信相似性,并建立基于图卷积神经网络的信用风险预测模型。研究发现,个人征信相似性能体现信用风险,并对预测产生显著正面贡献。基于图卷积神经网络的风险预测模型在实验中的AUC值为81.60%,准确率为73.71%,相较于所有基准对比模型均大幅提升,表明考虑了样本相似性网络的图神经网络模型在信用风险预测精度上远优于未考虑样本相似性的机器学习模型。此外,所提供的特征筛选及样本间网络构建方法也为大数据智能风控提供了一定的借鉴意义。 展开更多

关键词 个人信用风险 图卷积神经网络 相似性网络

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基于相似性网络技术挖掘丁书文教授治疗冠心病的处方用药规律 被引量：3

3

作者 王怡斐 郇家铭 +2 位作者 焦华琛 周雪忠 李运伦 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2021年第11期3918-3925,共8页

目的相似性网络能够有效的发现处方群中的高度相似处方模块,可用于名中医的处方用药数据挖掘研究。本研究将丁教授多年的处方数据,利用处方相似性网络技术进行分析,探讨丁教授治疗冠心病的处方用药规律。方法收集来自山东中医药大学附... 目的相似性网络能够有效的发现处方群中的高度相似处方模块,可用于名中医的处方用药数据挖掘研究。本研究将丁教授多年的处方数据,利用处方相似性网络技术进行分析,探讨丁教授治疗冠心病的处方用药规律。方法收集来自山东中医药大学附属医院门诊系统的丁书文教授治疗冠心病的8689个处方,采用处方相似性网络等数据挖掘方法对丁教授的处方进行分析。结果本研究利用复杂网络分析方法获得了丁教授治疗冠心病的主要处方,提示益气养阴、活血通络是其治疗冠心病的主要治法;利用处方相似性和社团分析方法,发现了丁教授治疗难治性心绞痛、冠状动脉痉挛等兼症以及合并快速性心律失常、高血压病的用药规律,反映了丁教授治疗冠心病的“常法”与“变法”的诊疗思路。结论处方相似性网络技术能够从大量医案中挖掘名中医诊疗的处方规律,为名中医传承研究提供服务。 展开更多

关键词 丁书文 冠心病 数据挖掘 相似性网络 复杂网络

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Meta-Mesh——元基因组数据分析系统 被引量：2

4

作者 苏晓泉 宋宝兴 +3 位作者 王雪涛 马新乐 徐健 宁康 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期6-17,共12页

随着元基因组数据的不断增多,建立一个包含高品质的元基因组样本(也称为"微生物群落")数据的集成化的分析平台成为可能,使得微生物群落样本能够被有效分析、比较与搜索,从中发现更加深入的生物学意义。然而,一方面目前大部分... 随着元基因组数据的不断增多,建立一个包含高品质的元基因组样本(也称为"微生物群落")数据的集成化的分析平台成为可能,使得微生物群落样本能够被有效分析、比较与搜索,从中发现更加深入的生物学意义。然而,一方面目前大部分元基因组数据库仅仅提供了简单的数据存储,缺乏良好的样本注释或者仅仅提供了很少的分析功能。另一方面,用于计算微生物群落数据相似性的方法所能够接受的样本数据量非常有限。长期以来,科学家们一直在寻找有效的方法计算海量微生物群落之间的相似性,从而研究样本之间的相似度并发现元基因组数据信息的相关性。Meta-Mesh是一个全新的在线元基因组分析系统,它包括元基因组数据库和分析平台,可以对元基因组样本进行系统、有效地分析,并实现样本的群落结构比较和精确搜索。其中,元基因组数据库已经从公共领域和内部实验室收集了超过7 000个高品质、带有有效注释的样本。同时,Meta-Mesh的分析平台提供了多种在线分析工具,可以对元基因组样本进行群落的结构分析与注释,多角度比较,并能通过快速索引策略和群落结构相似性算法在数据库中高效搜索近似的样本。Meta-Mesh通过"人体微生物群落样本的数据库搜索识别"以及"基于相似度矩阵的样本的聚类"等一系列的元基因组研究案例证明了其分析方面的性能。作为一个在线的元基因组数据库和分析系统,Meta-Mesh将服务于元基因组样本的快速分析、识别、比对、搜索等相关领域。 展开更多

关键词 微生物群落 元基因组 数据库 数据挖掘 在线服务 相似性网络

原文传递

基于堆叠自动编码器的miRNA-疾病关联预测方法 被引量：2

5

作者 刘丹 赵森 +2 位作者 颜志良 赵静 王会青 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2021年第10期114-120,共7页

作为一类小的非编码RNA,miRNA的异常调控与人类疾病的发生和发展密切相关,研究miRNA与疾病的关联对于了解人类疾病致病机制具有重要意义。机器学习方法被广泛应用于miRNA-疾病关联预测,然而现有方法仅仅考虑了miRNA与疾病相似性网络信息... 作为一类小的非编码RNA,miRNA的异常调控与人类疾病的发生和发展密切相关,研究miRNA与疾病的关联对于了解人类疾病致病机制具有重要意义。机器学习方法被广泛应用于miRNA-疾病关联预测,然而现有方法仅仅考虑了miRNA与疾病相似性网络信息,忽略了相似性网络的拓扑结构。因此,文中提出基于堆叠自动编码器的miRNA-疾病关联预测模型SAEMDA,该模型采用重启随机游走获取miRNA与疾病相似性网络的拓扑结构特征,用堆叠自动编码器提取miRNA与疾病的抽象低维特征,将得到的低维特征输入深度神经网络进行miRNA-疾病关联预测。SAEMDA模型在5折交叉验证中取得了较好的结果,并在结肠癌和肺癌两个案例中进行了验证。在结肠癌的案例中,此模型预测的前50个miRNA-疾病关联中的45个miRNA在数据库中得到了验证;在肺癌的案例中,排名前50的miRNA均在数据库中得到了验证。 展开更多

关键词 miRNA-疾病关联 相似性网络 拓扑结构 重启随机游走 堆叠自动编码器

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网络构建技术在药物重定位研究中的应用 被引量：1

6

作者 杨光 海渤煜 《沈阳师范大学学报（自然科学版）》 CAS 2019年第3期244-249,共6页

药物重定位就是老药新用,是指对已知的药物发掘其新的药效。对已知的药物重定位是研发药物策略中风险最低、效益最好的策略之一,也是解决新药开发中存在的投入高、成功率低问题的有效方法之一。老药新用的研究方法不断完善、不断推陈出... 药物重定位就是老药新用,是指对已知的药物发掘其新的药效。对已知的药物重定位是研发药物策略中风险最低、效益最好的策略之一,也是解决新药开发中存在的投入高、成功率低问题的有效方法之一。老药新用的研究方法不断完善、不断推陈出新,并且计算机技术的飞速发展,推动了药物重定位的研究进入一个新的发展阶段。到目前为止,计算预测分析和实验筛选过程是老药新用研究的主要的2大方面,其中计算预测分析方法又分为3种主要的重定位方法:网络模型、小分子和药物靶标。在老药新用研究中越来越受关注的是网络模型。疾病关联网络、药物关联网络和蛋白质互作网络是网络模型中主要应用的3大网络,针对网络模型中3大网络的构建进行综述。 展开更多

关键词 药物重定位 药物 疾病 靶标 相似性网络

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基于自述研究兴趣相似性网络的机构潜在合作关系挖掘——以国内图书情报与档案管理教育机构为例

7

作者 胡志伟 裴雷 《知识管理论坛》 2022年第2期143-152,共10页

[目的/意义]定量描述图书情报与档案管理学科的研究图景,为各机构之间合作关系的建立提供决策支持,从而推动跨机构合作的发展。[方法/过程]采用LDA主题模型和网络分析方法,以国内67所图书情报与档案管理教育机构为例,通过对教师自述研... [目的/意义]定量描述图书情报与档案管理学科的研究图景,为各机构之间合作关系的建立提供决策支持,从而推动跨机构合作的发展。[方法/过程]采用LDA主题模型和网络分析方法,以国内67所图书情报与档案管理教育机构为例,通过对教师自述研究兴趣文本进行主题聚类构建机构相似性网络,并进行社群划分与潜在合作关系挖掘。[结果/结论]当前国内图书情报与档案管理教师的研究兴趣主要涉及信息资源管理、信息计量与竞争情报、信息服务与用户等11个主题,样本机构可划分为7个社群,包含457对潜在合作关系。未来,图书情报与档案管理学科除了向5种路径进行学科融合之外,还可在不同领域充分展开科研与教育实践的跨机构合作。 展开更多

关键词 相似性网络 自述研究兴趣 科研合作 教育机构 LDA模型

原文传递

构建适用于蛋白质家族分类的相似性网络

8

作者 时逢宽 李炜疆 《工业微生物》 CAS CSCD 2015年第3期53-57,共5页

图聚类用于蛋白质分类问题可以获得较好结果,其前提是将蛋白质之间复杂的相互关系转化为适当的相似性网络作为图聚类分类的输入数据。本文提出一种基于BLAST检索的相似性网络构建方法,从目标蛋白质序列出发,通过若干轮次的BLAST检索逐... 图聚类用于蛋白质分类问题可以获得较好结果,其前提是将蛋白质之间复杂的相互关系转化为适当的相似性网络作为图聚类分类的输入数据。本文提出一种基于BLAST检索的相似性网络构建方法,从目标蛋白质序列出发,通过若干轮次的BLAST检索逐步从数据库中提取与目标蛋白质直接或间接相关的序列,构成关联集。关联集中序列之间的相似性关系即相似性网络,可作为图聚类算法的分类依据。对Pfam数据库中依直接相似关系难以正确分类的蛋白质的计算表明,按本文方法构建的相似性网络取得了比较满意的结果。 展开更多

关键词 相似性网络 图聚类 蛋白质家族分类

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基于多重网络算法的肺癌基因-药物模块鉴别

9

作者 周刚 高洁 《生物医学工程学杂志》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1111-1117,1125,共8页

在基因—药物多重网络中利用模块鉴别方法推断出新的基因—药物关联,可以为已知的药物确定新的治疗靶向基因。本文基于肿瘤药物敏感性基因组学(GDSC)数据库中肺癌的基因表达数据和药物响应数据,提出一种多重网络算法,首先构造出不同细... 在基因—药物多重网络中利用模块鉴别方法推断出新的基因—药物关联,可以为已知的药物确定新的治疗靶向基因。本文基于肿瘤药物敏感性基因组学(GDSC)数据库中肺癌的基因表达数据和药物响应数据,提出一种多重网络算法,首先构造出不同细胞系下肺癌基因与药物的异构网络,然后利用基于图熵的网络模块鉴别方法,在该异构网络中进行模块的鉴别,通过迭代收敛共鉴别出5个肺癌基因—药物关联模块。与其它方法对比,该算法在运行时间、准确性和鲁棒性方面均有更好的效果,且鉴别出的模块具有明显的生物学意义。本文的研究结果对于肺癌的用药治疗具有指导意义,并且可以为其它具有相同靶向基因的疾病治疗提供参考。 展开更多

关键词 基因表达 药物响应 相似性网络 模块鉴别

原文传递

复杂生物网络分析的图聚类方法研究进展 被引量：6

10

作者 梅娟 王正祥 +1 位作者 石贵阳 李炜疆 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期15-20,共6页

基因组学和高通量技术提供了大量生命系统组成元件(如蛋白质)之间相互关系的数据,由这些关系数据构成的复杂生物网络蕴含着丰富的生命系统运行机制的知识,挖掘这些隐蔽的知识成为当前系统生物学的主要任务之一。作为知识发现重要手段的... 基因组学和高通量技术提供了大量生命系统组成元件(如蛋白质)之间相互关系的数据,由这些关系数据构成的复杂生物网络蕴含着丰富的生命系统运行机制的知识,挖掘这些隐蔽的知识成为当前系统生物学的主要任务之一。作为知识发现重要手段的图聚类方法,在复杂生物网络分析上受到了普遍关注,在远同源性探测、蛋白质功能预测、代谢途径发现等方面取得了令人瞩目的结果。同时也注意到,由于生命系统的高度复杂性,其他领域中卓有成效的方法往往在复杂生物网络分析中遇到困难。评述了近年来图聚类算法在复杂生物网络分析中的进展,简要分析了复杂生物网络研究的图聚类途径所面临的主要问题。 展开更多

关键词 复杂生物网络 图聚类 蛋白质相互作用网络 代谢网络 蛋白质相似性网络

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基于文献网络节点属性的论文重要性评价模型的构建及评估 被引量：3

11

作者 潘现伟 崔雷 《情报理论与实践》 CSSCI 北大核心 2023年第9期130-141,共12页

[目的/意义]学术论文评价是科研评价的基础,是科研管理和评价的刚需。目前基于引文和论文内容视角构建的论文评价模型效果仍有提升的空间。[方法/过程]首先,利用复杂网络分析法,从文献相似性网络的节点属性构建论文重要性评价模型,探讨... [目的/意义]学术论文评价是科研评价的基础,是科研管理和评价的刚需。目前基于引文和论文内容视角构建的论文评价模型效果仍有提升的空间。[方法/过程]首先,利用复杂网络分析法,从文献相似性网络的节点属性构建论文重要性评价模型,探讨从文献网络的角度评价论文质量的可行性。其次,选择8个医学相关学科,下载数据形成8个文献数据集,根据论文被Faculty Opinions数据库收录的情况,事先标记为重要论文和普通论文。再次,从论文的主题词、题目摘要和参考文献3种信息源分别构建基于医学主题词表树状结构、Doc2Vec算法和文献耦合的3种文献相似性网络,并对每一种文献相似性网络,利用复杂网络分析方法对网络中的节点进行特征计算,选择具有统计学差异的节点属性指标作为区别两类论文的评价指标。最后,采用4种机器学习算法对数据集中的论文进行二分类学习,构建并评估论文重要性评价模型。[结果/结论]基于文献网络进行论文评价的方法是可行的,3种文献网络构建算法效果差异较小,语义相似性文献网络和文献耦合两种算法略优于基于Doc2Vec的算法。BP神经网络算法在基于文献网络构建的论文重要性评价模型中性能最好。 展开更多

关键词 论文评价 文献相似性网络 复杂网络分析 Doc2Vec算法 机器学习

原文传递

个体形态相似性网络构建及应用

12

作者 赵纯风 刘衡 《中华放射学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第12期1463-1466,共4页

个体形态相似性网络(IMSN)通过表征不同脑区之间的皮层形态相似性,从个体水平揭示了大脑结构的独特拓扑连接模式。与传统基于群体的结构网络相比,IMSN能够更好地捕捉个体间的细微差异,并且在表征皮层形态拓扑连接模式方面具有较高的稳... 个体形态相似性网络(IMSN)通过表征不同脑区之间的皮层形态相似性,从个体水平揭示了大脑结构的独特拓扑连接模式。与传统基于群体的结构网络相比,IMSN能够更好地捕捉个体间的细微差异,并且在表征皮层形态拓扑连接模式方面具有较高的稳定性和可重复性。这一特点使得IMSN在脑发育、衰老及神经疾病的病理机制研究中展现出独特优势。该文详细介绍了IMSN构建方法及其在神经影像学中的应用,并总结了该方法在未来研究中的挑战与发展方向。 展开更多

关键词 磁共振成像 个体形态相似性网络 皮层形态 脑网络

原文传递

基于图聚类和序列信息的蛋白质远同源性探测 被引量：1

13

作者 梅娟 赵吉 傅毅 《计算机与应用化学》 CAS 2015年第8期945-950,共6页

远同源蛋白间的序列相似性很低,处于随机涨落区域边缘,很难区分通过比对获得的序列特征是进化过程中功能约束还是随机突变导致的结果。为了从具有高度噪音的比对分数中提取关于同源性的微弱信号,本文将基于模块度优化的图聚类算法应用... 远同源蛋白间的序列相似性很低,处于随机涨落区域边缘,很难区分通过比对获得的序列特征是进化过程中功能约束还是随机突变导致的结果。为了从具有高度噪音的比对分数中提取关于同源性的微弱信号,本文将基于模块度优化的图聚类算法应用于蛋白质相似性网络来探测远同源性,并与已有的性能表现较好的方法进行比较,实验结果表明,该方法能较好地探测到蛋白质远同源性,输出的集团在很大程度上对应着蛋白质超家族,输出的集团数目接近数据集中超家族的个数,得到的结果明显优于其他方法。 展开更多

关键词 远同源性 蛋白质相似性网络 模块度 图聚类 序列相似性

原文传递

一种流形正则化非负矩阵分解的lncRNA-疾病关系预测方法 被引量：1

14

作者 董文文 林志毅 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2022年第8期1589-1595,共7页

长链非编码RNA(lncRNA)在疾病的发生中起着重要作用,然而通过生物学实验探索lncRNA与疾病的关系昂贵且费时,必须开发出更准确和有效的计算方法来预测lncRNA与疾病的关系.本文提出了一种新的基于流形正则化非负矩阵分解的计算方法(MRNMFL... 长链非编码RNA(lncRNA)在疾病的发生中起着重要作用,然而通过生物学实验探索lncRNA与疾病的关系昂贵且费时,必须开发出更准确和有效的计算方法来预测lncRNA与疾病的关系.本文提出了一种新的基于流形正则化非负矩阵分解的计算方法(MRNMFLDA)来预测lncRNA与疾病的关系.该方法首先采用相似性网络融合方法分别整合lncRNA与疾病的相似性,然后通过构建标签加权矩阵、引入流形正则化约束的非负矩阵分解算法来预测lncRNA与疾病潜在的关系.实验结果表明,本方法在留一交叉验证和5折交叉验证中AUC值分别达到0.8927和0.8635±0.0054,优于其他4种方法.案例研究表明,本方法能够有效地预测与3种疾病(肺癌,宫颈癌,和骨肉瘤)有关系的lncRNA. 展开更多

关键词 lncRNA-疾病关系预测 非负矩阵分解 相似性网络融合 标签加权矩阵 流形正则化

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虫生真菌非核糖体多肽活性产物生物合成潜力预测

15

作者 张礼文 István MOLNÁR 徐玉泉 《合成生物学》 CSCD 2021年第5期815-825,共11页

肉座菌目虫生真菌合成的非核糖体多肽类天然产物具有抗菌、杀虫、抗癌、调节免疫等生物活性,在临床和农业等领域有重要应用价值。近年来,随着真菌基因组测序数量的迅速增加、注释和分析工具的不断进步,人们发现真菌基因组中存在大量产... 肉座菌目虫生真菌合成的非核糖体多肽类天然产物具有抗菌、杀虫、抗癌、调节免疫等生物活性,在临床和农业等领域有重要应用价值。近年来,随着真菌基因组测序数量的迅速增加、注释和分析工具的不断进步,人们发现真菌基因组中存在大量产物未知的天然产物合成基因。准确有效地预测这些基因的功能,筛选最有潜力合成新颖天然产物的基因簇,可以提高天然产物挖掘的效率。本研究选取40株肉座菌目虫生真菌基因组,系统分析了编码非核糖体多肽合成酶的基因及基因簇。基于隐马尔可夫模型,预测了445个模块型非核糖体多肽合成酶和1243个类非核糖体多肽合成酶;通过提取腺苷酰化结构域,构建序列相似性网络,以已知功能的非核糖体多肽合成酶作为标签,利用马尔可夫聚类算法,分析了非核糖体多肽产物的主要类别,发现了可能合成线性多肽、环缩肽、脂多肽、生物碱等新型结构化合物的基因簇。研究结果不仅揭示了肉座菌目虫生真菌合成非核糖体多肽活性产物的巨大潜力,而且为通过激活沉默基因簇挖掘新产物、利用合成生物学手段改造合成途径提供参考。 展开更多

关键词 肉座菌目虫生真菌 非核糖体多肽合成酶 非核糖体多肽 生物合成基因簇 序列相似性网络分析

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柳红芳教授治疗甲状腺良性结节的处方配伍规律研究 被引量：1

16

作者 周盈 柳红芳 +4 位作者 史扬 蒋威 高飞 陈海敏 张先慧 《新疆医科大学学报》 CAS 2023年第3期398-403,共6页

目的 总结柳红芳教授治疗甲状腺良性结节处方配伍规律。方法 回顾性分析柳红芳教授治疗甲状腺良性结节的3 302首处方,统计中药使用频次、类别、性味归经及关联规则,运用相似性网络技术分析处方配伍规律。结果 使用频次前5味中药为柴胡... 目的 总结柳红芳教授治疗甲状腺良性结节处方配伍规律。方法 回顾性分析柳红芳教授治疗甲状腺良性结节的3 302首处方,统计中药使用频次、类别、性味归经及关联规则,运用相似性网络技术分析处方配伍规律。结果 使用频次前5味中药为柴胡、茯苓、白芍、白术、熟地黄。药性以寒、温、平为主,药味以苦、甘、辛为主,归经以脾、肝、肺、肾为主。得到中药关联规则15条。获得14个复杂网络社团类方,提取占比高的前7个社团的特征中药并绘制venn图,得到基本处方为柴胡、茯苓、白术、白芍、甘草。结论 柳红芳教授以疏肝、健脾、养血为出发点,早期肝郁气滞,以理气为要,调畅少阳,且肝体用相依,故气血同调;后期痰瘀互阻,瘿积渐成,故软坚散结,通散郁痰瘀结;病久因实致虚,脾肾易损,故祛邪不忘扶正,肝脾肾三脏同补。 展开更多

关键词 甲状腺良性结节 相似性处方网络 配伍规律

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基于多组学的T-ALL差异基因筛选及分析

17

作者 李建伟 岳欣蕾 胡和智 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期46-52,共7页

采用生物信息学方法分析急性T淋巴细胞白血病(t-cell acute lymphoblastic leukemia,T-ALL)患者转录组和表观遗传组的差异基因,以期筛选出该病的关键基因并探索其发病机制。从GEO与SRA数据库中下载T-ALL的RNA-seq、CTCF ChIP-seq、DNA... 采用生物信息学方法分析急性T淋巴细胞白血病(t-cell acute lymphoblastic leukemia,T-ALL)患者转录组和表观遗传组的差异基因,以期筛选出该病的关键基因并探索其发病机制。从GEO与SRA数据库中下载T-ALL的RNA-seq、CTCF ChIP-seq、DNA甲基化数据,分别运用DESeq2、edgeR生物信息学分析软件筛选RNA-seq和ChIPseq数据的差异基因,运用CHAMP软件筛选DNA甲基化数据的差异基因。从RNA-seq数据、ChIP-seq数据和DNA甲基化数据中分别筛选出5887个、5315个和2196个差异基因,3组数据取交集后得到119个差异基因。构建基因相似性融合网络,筛选出基因间相互作用强且多的48个关键基因。对关键基因进行GO和KEGG通路的功能富集分析,并使用STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape软件筛选出8个核心基因(CTLA4、CD7、GPR29、CD5、CD247、IL2RB、FASLG和CD274)。经检索CGC与CTD数据库,均表明这8个核心基因有成为T-ALL生物标志物的潜力,为深入探索T-ALL的发病机制及研发相关靶向药物提供帮助。 展开更多

关键词 T-ALL 相似性融合网络 差异基因 关键基因 生物信息学

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