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酵母双杂交系统 被引量:1
1
作者 吴志聪 王一飞 《生物技术》 CAS CSCD 2003年第5期43-44,共2页
就酵母双杂交系统的基本原理、主要进展和在蛋白质组研究中的应用作一综述。
关键词 酵母双杂交系统 蛋白质 原理 相互作用
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基因 经络与经络基因组学 被引量:2
2
作者 刘家强 王米渠 《中华中医药学刊》 CAS 2008年第2期359-360,共2页
基因组整体由脏腑基因组模块和经络基因组组成,基因组的非基因部分在基因组中起着非常重要的作用,腧穴与基因存在对应关系。
关键词 基因 经络 腧穴 脏腑 证候 相互作用
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蛋白质相互作用组学研究策略最新进展 被引量:3
3
作者 黄泽民 倪兵 《免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第7期632-635,共4页
随着人类基因组测序工作的完成,新的生物学后基因组时代已经来临。在蛋白质组和蛋白质组学相继提出的基础上,人类从蛋白质水平全面揭示生命本质的研究进入一个全新的领域—蛋白质相互作用组。在众多研究蛋白质相互作用组的技术中,串联... 随着人类基因组测序工作的完成,新的生物学后基因组时代已经来临。在蛋白质组和蛋白质组学相继提出的基础上,人类从蛋白质水平全面揭示生命本质的研究进入一个全新的领域—蛋白质相互作用组。在众多研究蛋白质相互作用组的技术中,串联亲和纯化(TAP)技术由于能够在不改变蛋白质生理条件下对其高通量进行研究,渐渐成为该领域的一个重要工具。本综述在介绍常用蛋白质相互作用研究方法的基础上,着重介绍TAP法的原理及其应用。 展开更多
关键词 相互作用 酵母双杂交 免疫共沉淀 蛋白质芯片 串联亲和纯化
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泛素特异性蛋白酶10的互作组分析及其与UPF1相互作用分析
4
作者 祁钰玲 冯振桓 +2 位作者 王旭 陈亚平 张小飞 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第12期1638-1647,共10页
细胞内泛素化调控是一个由泛素化和去泛素化协同调控的动态平衡可逆过程。去泛素酶(DUBs)是介导蛋白质去泛素化过程的蛋白质家族,它在许多复杂的细胞过程中发挥着关键作用,但其生物学特征尚未完全阐明。作为去泛素化酶的一种,USP10在许... 细胞内泛素化调控是一个由泛素化和去泛素化协同调控的动态平衡可逆过程。去泛素酶(DUBs)是介导蛋白质去泛素化过程的蛋白质家族,它在许多复杂的细胞过程中发挥着关键作用,但其生物学特征尚未完全阐明。作为去泛素化酶的一种,USP10在许多生物过程和癌症中都发挥重要的作用。为了进一步探索USP10在细胞中的功能,采用免疫沉淀与质谱联用(IP-MS)的方法鉴定USP10的相互作用蛋白质。通过Flag柱子的富集方式(Flag-USP10 IP-MS)共鉴定出165个与USP10相互作用蛋白质。通过USP10内源抗体的富集方式(USP10 antibody IP-MS)鉴定出192个USP10相互作用蛋白质。基因本体(GO)分析表明,USP10的互作蛋白质中存在一组与无义介导的mRNA降解(NMD)相关蛋白质,包括无NMD的核心因子UPF1(Up-frameshift 1)。进一步验证了USP10和UPF1在细胞质中共定位。此外,还确定了UPF1通过其HD结构域与全长的USP10相互作用。本研究提供了新的USP10相互作用蛋白质,为探索其在RNA调控和NMD通路中的重要性提供线索。 展开更多
关键词 质谱 相互作用 泛素特异性蛋白酶10 UPF1 相互作用
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单独作业组与相互作用组儿童空间表象掌握的对比研究
5
作者 徐敏 《心理科学通讯》 CSSCI CSCD 北大核心 1990年第4期53-55,共3页
研究目的近年来,皮亚杰的理论受到挑战,人们批评皮亚杰虽然强调社会因素对于认识发展的作用,但在实验中并未真正加以研究。具体到三山课题上,已有的研究多是在儿童单独作业条件下分析儿童关于三山课题认识发展的过程、自我中心现象的变... 研究目的近年来,皮亚杰的理论受到挑战,人们批评皮亚杰虽然强调社会因素对于认识发展的作用,但在实验中并未真正加以研究。具体到三山课题上,已有的研究多是在儿童单独作业条件下分析儿童关于三山课题认识发展的过程、自我中心现象的变化趋势以及知觉经验在儿童掌握空间表象中的作用。而儿童间的相互作用对儿童掌握空间表象是否存在影响,至今尚未见到过实验研究报告。本实验试图通过对儿童在单独作业和相互作用两种条件下进行训练,然后对比两组儿童对空间表象的掌握情况,分析两组间是否存在差异,为进一步完善皮亚杰的儿童空间认知发展理论提供实验上的依据。研究方法被试随机抽取一至四年级学生200名,其中一年级40名,二年级50名,三年级50名,四年级60名,按所在年级分成四个年级组。初试后,将各年级回答错误的儿童,按等组法的原则分成单独作业组与相互作用组两组。两组儿童的初试成绩不存在差异。 展开更多
关键词 皮亚杰 对比研究 二年级 实验 认知冲突 空间表象 儿童 课题 相互作用 作业条件
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21世纪的生物学——系统生物学 被引量:15
6
作者 杨胜利 《生命科学仪器》 2004年第2期5-6,共2页
●系统生物学将在基因组序列的基础上完成由生命密码到生命过程的研究,这是一个逐步整合的过程,可能需要一个世纪或更长时间,因此,常把系统生物学称为21世纪的生物学。 ●长期以来,生物学研究是在规模较小的实验室进行的,系统生物学将... ●系统生物学将在基因组序列的基础上完成由生命密码到生命过程的研究,这是一个逐步整合的过程,可能需要一个世纪或更长时间,因此,常把系统生物学称为21世纪的生物学。 ●长期以来,生物学研究是在规模较小的实验室进行的,系统生物学将在更大范围和更高层次进行学科交叉和国际合作,如人类基因组计划、人类单体型图谱计划、人类表观基因组学计划等。 ●系统生物学使生命科学由描述式的科学转变为定量描述和预测的科学,已在预测医学、预防医学和个性化医学中得到应用。 展开更多
关键词 系统生物学 基因 转录 蛋白质 代谢 相互作用 表型
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网络药理学研究中的网络构建技术 被引量:9
7
作者 周文霞 王同兴 +2 位作者 程肖蕊 韩露 张永祥 《国际药学研究杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期797-812,共16页
网络构建技术是网络药理学研究中的基础技术,也是核心技术。通过整合来源于实验、数据库和计算预测等的包含药物、疾病及生物分子等在内的用于网络构建的相关数据,采用复杂网络构建技术进行药物作用相关、疾病相关和生物分子相关的网络... 网络构建技术是网络药理学研究中的基础技术,也是核心技术。通过整合来源于实验、数据库和计算预测等的包含药物、疾病及生物分子等在内的用于网络构建的相关数据,采用复杂网络构建技术进行药物作用相关、疾病相关和生物分子相关的网络模型构建,尤其对于以阿尔茨海默病为代表的复杂疾病分子网络的构建,为进一步重要靶标的辨识、发病机制和药物作用机制的阐释、指导药物开发,以及药物重定位等打下基础。本文就网络药理学研究相关的药物组网络、疾病组网络和分子相互作用组网络等的构建及其可视化技术进行综述。 展开更多
关键词 网络药理学 阿尔茨海默病 网络构建 药物网络 疾病网络 分子相互作用网络 复杂网络可视化
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RNA结合蛋白与RNA相互作用鉴定技术 被引量:6
8
作者 陈伟 许馨 孙绍光 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期103-107,共5页
RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这... RNA结合蛋白(RNA binding proteins,RBPs)通过与RNA相互作用,广泛参与到RNA的剪切、转运、编辑、胞内定位及翻译调控等过程中。RNA领域尤其是非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)研究的快速发展,催生了多种RBPs-RNAs相互作用鉴定技术。这些技术反之又推动了RNA领域的研究进程。本文对紫外交联免疫沉淀(ultraviolet crosslinking and immunoprecipitation,CLIP),CLIP cDNA文库高通量测序(high-throughput sequencing of CLIP cDNA library,HITS-CLIP),光活化核苷增强的CLIP(photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation,PAR-CLIP),单核苷酸分离CLIP(individual nucleotide resolution CLIP,i CLIP),TRIBE(targets of RNA-binding protein identified by editing),RNA标记,相互作用组捕获(interactome capture,IC)和Ser IC(serial RNA interactome capture)等RBPs-RNAs相互作用鉴定技术的基本原理和优缺点以及应用进行综述。 展开更多
关键词 RNA结合蛋白 紫外交联免疫沉淀 CLIP cDNA文库高通量测序 光活化核苷增强的CLIP RNA结合蛋白免疫沉淀微阵列 TRIBE RNA标记 相互作用捕获
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大规模酵母双杂交技术的发展及其在蛋白质相互作用组学中的应用 被引量:4
9
作者 刘禹辰 贺福初 王建 《生命科学》 CSCD 2014年第4期423-429,共7页
酵母双杂交技术作为研究蛋白质相互作用的主要方法,在规模化蛋白质相互作用研究中占据举足轻重的地位。虽然蛋白质相互作用的数据逐年递增,但是还远不能满足"大数据"的实际需求。为了使蛋白质相互作用组学研究更加高效、快捷... 酵母双杂交技术作为研究蛋白质相互作用的主要方法,在规模化蛋白质相互作用研究中占据举足轻重的地位。虽然蛋白质相互作用的数据逐年递增,但是还远不能满足"大数据"的实际需求。为了使蛋白质相互作用组学研究更加高效、快捷、准确,以及使酵母双杂交适用于全基因组规模筛选和蛋白质相互作用数据高度覆盖的研究需求,近年来对酵母双杂交技术进行了一系列的改进和发展。综述了近年来在规模化蛋白质相互作用组学研究中,酵母双杂交技术的最新改进和发展。 展开更多
关键词 大规模 酵母双杂交 蛋白质 相互作用
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病毒-宿主相互作用的系统生物学与宿主靶向抗病毒策略 被引量:3
10
作者 伯晓晨 杨静 王升启 《中国药理学与毒理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期127-131,共5页
以病毒蛋白为靶的抗病毒药物面临易产生耐药、抗病毒谱较窄等诸多问题,宿主分子靶向已经成目前抗病毒药物研究的重要策略,宿主靶标的辨识是宿主靶向药物设计的关键。病毒-宿主相互作用的系统生物学研究将成为抗病毒药物宿主靶标辨识和宿... 以病毒蛋白为靶的抗病毒药物面临易产生耐药、抗病毒谱较窄等诸多问题,宿主分子靶向已经成目前抗病毒药物研究的重要策略,宿主靶标的辨识是宿主靶向药物设计的关键。病毒-宿主相互作用的系统生物学研究将成为抗病毒药物宿主靶标辨识和宿主-病毒联合靶向治疗策略设计提供有力工具。近年来通过蛋白质组学、大规模基因沉默、基因芯片等实验得到了大量的病毒感染相关宿主分子和病毒-宿主分子相互作用关系,为在病毒-宿主分子网络水平揭示病毒生存策略奠定了基础。整合病毒感染基因表达谱和人蛋白相互作用网络可以构建病毒感染激活网络,进而通过网络分析获得关键的宿主因子。正在发展的动态蛋白质组学和动态网络分析技术将为建立更加真实的病毒-宿主分子网络模型,进而辨识有效的宿主靶标提供有力工具。 展开更多
关键词 抗病毒药物 病毒-宿主相互作用 宿主靶标
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大规模的酵母双杂交系统在蛋白质相互作用组图谱中的应用
11
作者 马海蓉 李维琪 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第6期119-123,共5页
蛋白质-蛋白质之间的相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一。通过研究蛋白质组中所有蛋白质之间的相互作用做出蛋白质相互作用对图谱是功能基因组时代许多科学家关注的问题,而大规模的酵母双杂交系统是蛋白质相互作用对图谱的研究... 蛋白质-蛋白质之间的相互作用是蛋白质发挥其功能的重要途径之一。通过研究蛋白质组中所有蛋白质之间的相互作用做出蛋白质相互作用对图谱是功能基因组时代许多科学家关注的问题,而大规模的酵母双杂交系统是蛋白质相互作用对图谱的研究中应用较为广泛的策略。近两年来该策略最具代表的实例是用它进行酵母中所有蛋白之间相互作用的检查。但是巨大的蛋白质网络比我们想象要大得多,单一的双杂交系统不能解决所有问题,需要同其它的方法有效地结合。 展开更多
关键词 大规模的酵母双杂交系统 蛋白质相互作用图谱 阵列筛选 文库筛选
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蛋白质相互作用数据库 被引量:2
12
作者 王建 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期760-767,共8页
随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分... 随着"蛋白质组学"的蓬勃发展和人类对生物大分子功能机制的知识积累,涌现出海量的蛋白质相互作用数据。随之,研究者开发了300多个蛋白质相互作用数据库,用于存储、展示和数据的重利用。蛋白质相互作用数据库是系统生物学、分子生物学和临床药物研究的宝贵资源。本文将数据库分为3类:(1)综合蛋白质相互作用数据库;(2)特定物种的蛋白质相互作用数据库;(3)生物学通路数据库。重点介绍常用的蛋白质相互作用数据库,包括BioGRID、STRING、IntAct、MINT、DIP、IMEx、HPRD、Reactome和KEGG等。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用 数据库 网络资源
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病毒受体鉴定技术最新进展
13
作者 孔维莎 江何伟 +1 位作者 郭书娟 陶生策 《生命的化学》 CAS 2023年第3期419-427,共9页
病毒感染是由病毒附着蛋白和宿主细胞表面结构之间的相互作用启动的。细胞受体是病毒入侵宿主的关键,开发高通量且准确的病毒受体鉴定方法对病毒性疾病的防控至关重要。近年来,多种技术推动了病毒受体鉴定,大体可分为基因组和相互作用... 病毒感染是由病毒附着蛋白和宿主细胞表面结构之间的相互作用启动的。细胞受体是病毒入侵宿主的关键,开发高通量且准确的病毒受体鉴定方法对病毒性疾病的防控至关重要。近年来,多种技术推动了病毒受体鉴定,大体可分为基因组和相互作用组两大类。基因组技术包括CRISPR/Cas9敲除、CRISPR激活、cDNA文库、RNA干扰以及随机插入诱变等;相互作用组技术包括蛋白质芯片、亲和纯化质谱和交联质谱等。本文试图重点分析基于基因组和相互作用组的相关技术,对其应用及优缺点进行归纳总结,以期为病毒受体鉴定技术的进一步发展提供参考。 展开更多
关键词 病毒-宿主相互作用 受体鉴定 基因技术 相互作用技术
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The BLOC Interactomes Form a Network in Endosomal Transport 被引量:1
14
作者 李巍 冯雅琴 +4 位作者 郝婵娟 郭小黎 崔艳艳 贺敏 何新 《Journal of Genetics and Genomics》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第8期669-682,共14页
With the identification of more than a dozen novel Hermansky-Pudlak Syndrome (HPS) proteins in vesicle trafficking in higher eukaryotes, a new class of trafficking pathways has been described. It mainly consists of ... With the identification of more than a dozen novel Hermansky-Pudlak Syndrome (HPS) proteins in vesicle trafficking in higher eukaryotes, a new class of trafficking pathways has been described. It mainly consists of three newly-defined protein com- plexes, BLOC-l, -2, and -3. Compelling evidence indicates that these complexes together with two other well-known complexes, AP3 and HOPS, play important roles in endosomal transport. The interactions between these complexes form a network in protein trafficking via endosomes and cytoskeleton. Each node of this network has intra-complex and extra-complex interactions. These complexes are connected by direct interactions between the subunits from different complexes or by indirect interactions through coupling nodes that interact with two or more subunits from different complexes. The dissection of this network facilitates the understanding of a dynamic but elaborate transport machinery in protein/membrane trafficking. The disruption of this network may lead to abnormal trafficking or defective organellar development as described in patients with Hermansky-Pudlak syndrome. 展开更多
关键词 biogenesis of lysosome-related organelles complex (BLOC) endosomal transport protein interactome Hermansky-Pudlak
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CRFR1拮抗剂CP-154526的脱靶作用 被引量:1
15
作者 陈少军 陈宏降 《中国医院药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第15期1245-1248,共4页
目的:CP-154526是选择性促肾上腺皮质激素释放激素1型受体(CRFR1)拮抗剂,但其脱靶作用仍未阐述清晰。方法:本研究以CP-154526为研究对象,以化合物-蛋白相互组学为手段,构建其药物-药物网络并做数据挖掘。结果:DRAR-CPI实验结果显示CP-15... 目的:CP-154526是选择性促肾上腺皮质激素释放激素1型受体(CRFR1)拮抗剂,但其脱靶作用仍未阐述清晰。方法:本研究以CP-154526为研究对象,以化合物-蛋白相互组学为手段,构建其药物-药物网络并做数据挖掘。结果:DRAR-CPI实验结果显示CP-154526与23个药物相似,与抗肿瘤药物和抗感染药物相似较多,与治疗帕金森病Bromocripti最为相似。数据挖掘进一步分析发现CP-154526可与单胺氧化酶B有作用。结论:CP-154526可能具有抗肿瘤、抗感染等多方面脱靶作用,还可能通过单胺氧化酶B治疗帕金森病症。本研究为快速评价药物的全面疗效提供一种思路。 展开更多
关键词 促肾上腺皮质激素释放激素1型受体 化合物-蛋白相互作用 脱靶 单胺氧化酶 CP-154526
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相对论平均场理论中各种有效相互作用对中子星性质的影响
16
作者 李俊 班淑芳 +2 位作者 贾焕玉 孟杰 桑建平 《武汉大学学报(理学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期38-42,共5页
基于相对论平均场理论,研究了各种相互作用参数组(NL1、NL3、NLSH、TM1和GL 97)对中子星物质的性质和中子星整体结构的影响.发现参数组NL1、NL3和NLSH所给出的中子星内部的介子场强度、物质的组成比例、物态方程和中子星的整体特点基本... 基于相对论平均场理论,研究了各种相互作用参数组(NL1、NL3、NLSH、TM1和GL 97)对中子星物质的性质和中子星整体结构的影响.发现参数组NL1、NL3和NLSH所给出的中子星内部的介子场强度、物质的组成比例、物态方程和中子星的整体特点基本相同,但与TM1和GL 97之间有较大的差别.相对于其他参数组,GL 97给出的介子场强度最弱,中子星的相对数密度最大,物态方程也最软,同时采用GL 97参数组计算的中子星的最大质量也最小. 展开更多
关键词 相对论 平均场理论 中子星 相互作用参数 物态方程 最大质量
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