病原宏基因组高通量测序技术质量控制与评价的挑战和思考 被引量：16

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作者 刘东来 张春涛 +1 位作者 王佑春 许四宏 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第12期2598-2609,共12页

病原宏基因组高通量测序技术理论上能够检测几乎所有病原体基因组核酸,且适用于几乎所有类型的临床样本,尤其适用于病原不明的疑难感染性疾病的诊断。因此该技术正逐渐成为实验室常规检测方法的重要补充和不可替代的项目。然而,基于该... 病原宏基因组高通量测序技术理论上能够检测几乎所有病原体基因组核酸,且适用于几乎所有类型的临床样本,尤其适用于病原不明的疑难感染性疾病的诊断。因此该技术正逐渐成为实验室常规检测方法的重要补充和不可替代的项目。然而,基于该技术的诊断试剂不仅检测流程繁琐复杂、技术更新迭代速度较快,同时相关质量控制与评价的方法和标准也有待明确,这些因素均给该技术的临床转化应用、行业发展以及监管带来挑战和不确定性。文中简述了该技术的原理和优势,以及检测流程和关键质量控制环节,最后着重介绍了关于该技术的质量评价方法和标准的相关思考。 展开更多

关键词 病原宏基因组 高通量测序 质量控制与评价

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病原宏基因组高通量测序中无菌部位临床标本的处理办法

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作者 梁志坤 孙荣同 +2 位作者 吴轶兰 王琳 唐翠燕 《分子诊断与治疗杂志》 2022年第2期354-358,共5页

病原宏基因组高通量测序(mNGs)不依赖于传统的微生物培养,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,具有无偏倚、广覆盖、快速等优点。检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),在重症感染领域,特别是疑难、罕见病... 病原宏基因组高通量测序(mNGs)不依赖于传统的微生物培养,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,具有无偏倚、广覆盖、快速等优点。检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),在重症感染领域,特别是疑难、罕见病导致的重症感染中发挥了关键作用。然而,感染性的临床样本多种多样,样本前处理及核酸提取方法并没有标准规范。各专家共识中也都指出样本前处理和核酸提取为mNGS技术流程的质量控制的重要节点。且相比有菌部位的标本,无菌部位的标本(静脉血、脑脊液、胸腔积液、组织)具有更高的临床价值,应尽量送检无菌部位的标本。因此,本文通过对mNGS无菌部位临床样本处理方法进行综述,着重阐述无菌部位样本的特性及处理方法,以期为医疗工作者及科研人员提供详实的参考信息。 展开更多

关键词 病原宏基因组 高通量测序 无菌样本处理

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病原宏基因组高通量测序临床本地化检测规范专家共识 被引量：2

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作者 中国药师协会 中华医学会细菌感染与耐药防治分会 +18 位作者 国家卫生健康委临床抗微生物药物敏感性折点研究和标准制定专家委员会 杨启文 王明贵 马筱玲 张建中 李轶 吴文娟 杨继勇 韩东升 李家斌 罗燕萍 周华 谷丽 张西京 李敏 单斌 胡付品 刘正印 周海健 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期454-465,共12页

感染性疾病严重危害人类生命健康,快速准确检测病原体是有效治疗和精准防控感染性疾病的关键环节。传统的病原学检验技术覆盖的微生物种类少,难以满足临床需求。宏基因组高通量测序(mNGS)理论上可同时检测所有已知基因序列的病原体,在... 感染性疾病严重危害人类生命健康,快速准确检测病原体是有效治疗和精准防控感染性疾病的关键环节。传统的病原学检验技术覆盖的微生物种类少,难以满足临床需求。宏基因组高通量测序(mNGS)理论上可同时检测所有已知基因序列的病原体,在很大程度上提高了临床疑难危重感染、罕见和新发病原体感染的诊断水平和救治能力。在个体化医疗需求的大背景下,新技术的实验室自建检测(LDT)能够持续提高临床诊治水平。由于mNGS技术平台研发起点高、操作流程复杂,为了保证该技术合理应用,保障患者医疗安全,本文在临床检验、感染、危重症及体外诊断等领域的专家就mNGS-LDT的流程搭建、性能确认、质量控制、报告审核等方面形成共识并提出规范要求和建议。 展开更多

关键词 病原宏基因组测序 实验室自建检测 性能确认 质量控制

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病原宏基因组测序对肺部感染病原体检测价值以及影响因素分析 被引量：5

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作者 李江蕾 施勇 +2 位作者 任鸿芋 刘玲艳 樊亚雄 《云南医药》 2022年第2期21-24,共4页

目的探讨mNGS对肺部感染病原体检测价值以及影响因素分析。方法收集2021年1月-2021年6月本院住院并送检mNGS的肺部感染者19例,记录患者临床资料、mNGS结果以及传统病原学检测结果。结果mNGS检测阳性率为73.68%,显著高于传统培养(47.37%,... 目的探讨mNGS对肺部感染病原体检测价值以及影响因素分析。方法收集2021年1月-2021年6月本院住院并送检mNGS的肺部感染者19例,记录患者临床资料、mNGS结果以及传统病原学检测结果。结果mNGS检测阳性率为73.68%,显著高于传统培养(47.37%,P<0.05);mNGS检测出2种及2种以上的病原体比例为52.63%,主要为铜绿假单胞菌、流感嗜血杆菌、人类疱疹病毒4型、人类疱疹病毒7型、细环病毒、星座链球菌、肺炎链球菌和白色念球菌。多因素Logistic回归分析显示未发现影响mNGS检测阳性率的因素。结论mNGS对肺部感染病原体检出率高,受干扰小,具有很高的临床应用价值。 展开更多

关键词 病原宏基因组测序 肺部感染 肺泡灌洗液 抗生素

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鹦鹉热衣原体重症肺炎的胸部HRCT特征 被引量：3

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作者 刘靖 刘海峰 +9 位作者 张东友 范学鹏 胡述立 吴艳霞 阳义 龙斌 柏玉涵 姜琼 尹龙 赵明 《放射学实践》 CSCD 北大核心 2023年第5期571-575,共5页

目的:总结分析鹦鹉热衣原体重症肺炎的临床及胸部HRCT影像特征。方法:回顾性分析2021年5月-2022年2月基于病原宏基因组学检测诊断的5例鹦鹉热衣原体重症肺炎患者的临床及影像资料,并复习相关文献。结果:5例患者临床均以高热为初期表现,... 目的:总结分析鹦鹉热衣原体重症肺炎的临床及胸部HRCT影像特征。方法:回顾性分析2021年5月-2022年2月基于病原宏基因组学检测诊断的5例鹦鹉热衣原体重症肺炎患者的临床及影像资料,并复习相关文献。结果:5例患者临床均以高热为初期表现,早期白细胞(WBC)正常或升高[(4.53~16.3)×109/L],中性粒细胞(NEUT)百分比升高(69.4%~87.6%),淋巴细胞(LYM)百分比降低(7.0%~35.6%),C反应蛋白(CRP)与DD二聚体进行性升高(CPR 78~207 mg/L,DD 1.13~8.69 mg/L),部分心肌酶谱升高(100~268 IU/L),肝功能减低(ALT 33~122 IU/L,AST 48~376 IU/L)。胸部HRCT主要表现为早期单侧肺叶实变伴磨玻璃样改变,均可见含气支气管征;进展期病灶发展快速,很快累及整个或双侧多个肺叶,可出现散在磨玻璃斑片影,可伴有纵隔淋巴结增大,双侧胸腔积液伴随病程发展出现,针对性抗生素治疗后病灶吸收明显。结论:鹦鹉热衣原体重症肺炎的胸部HRCT主要表现为实变及磨玻璃影,影像特异性差,病原学诊疗不明时病灶进展迅速,容易发展为重症,针对性抗生素治疗效果明显,需结合临床接触史及基因组学检测尽快发现病原体。 展开更多

关键词 鹦鹉热衣原体 重症肺炎 病原宏基因组学 体层摄影术 X线计算机 胸部

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病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价的研究现状与思考

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作者 刘东来 关文达 +3 位作者 吴林寰 王浩 杨子峰 许四宏 《中国食品药品监管》 2024年第5期34-41,共8页

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测... 病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测序数据中复杂多变的干扰因素的影响,包括临床样本中大量的人源核酸、试剂与耗材携带的微生物核酸、采样与湿实验引入的环境微生物核酸、数据库中基因组质量不均一或不同物种基因组之间的相似性过高导致的错误比对与注释,以及算法与参数差异对分类鉴定的影响等。上述干扰因素可能来自mNGS检测各个环节,不仅可能导致干实验输出错误的物种鉴定和微生物检测结果,也给干实验的质量控制与评价带来较大挑战。本文综述了mNGS干实验质量控制的关键问题以及关于质量评价方法的思考。 展开更多

关键词 病原宏基因组高通量测序 生物信息学分析 质量评价 数字参考品

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高质量临床微生物基因组参考数据库构建的思考

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作者 刘东来 吴林寰 +3 位作者 关文达 庞慧芳 胡松年 许四宏 《中国食品药品监管》 2024年第6期32-39,共8页

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因... 病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术因其检测时间短、分辨率高,能识别罕见、新发病原体引发的感染或者混合感染等优势,已经被广泛地应用于临床疑难感染的辅助诊断。然而,由于目前尚缺乏标准化生物信息学分析流程和高质量临床微生物基因组参考数据库等问题,一定程度上制约了该技术临床应用的进一步发展。本文介绍了高质量临床微生物基因组参考数据库建设现状,探讨了高质量临床微生物基因组参考数据库构建的技术要求、质量控制过程和实现方式,并提出相关思考和建议。 展开更多

关键词 病原宏基因组高通量测序 生物信息学分析 微生物基因组参考数据库 建设现状 技术要求

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病原宏基因组高通量测序技术质量评价参考品的建立 被引量：2

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作者 刘东来 沈舒 +3 位作者 田颖新 周海卫 张樱 许四宏 《分子诊断与治疗杂志》 2022年第5期727-730,共4页

目的建立医疗机构病原宏基因组高通量测序(mNGS)本地化检测质量评价所需参考品。方法10种微生物按1∶10梯度稀释3个浓度水平后,分别与临床样本相近的人源细胞浓度混合。人源细胞按1∶10梯度稀释3个浓度水平后,分别与低浓度微生物混合。... 目的建立医疗机构病原宏基因组高通量测序(mNGS)本地化检测质量评价所需参考品。方法10种微生物按1∶10梯度稀释3个浓度水平后,分别与临床样本相近的人源细胞浓度混合。人源细胞按1∶10梯度稀释3个浓度水平后,分别与低浓度微生物混合。对参考品冻融稳定性进行研究。结果D1系列参考品包含:人源细胞为10^(5) cells/mL,微生物约为10^(5)~10^(3) CFU/mL的D1⁃1~D1⁃3以及不含微生物的D0;微生物约为10^(3) CFU/mL,人源细胞为10^(5)~10^(3) cells/mL的D1⁃3、D1⁃2(10)和D1⁃1(100)。D2系列参考品与D1系列设置相同。对参考品进行检测(以D1系列为例):D1⁃1~D1⁃3各检测1次,参考品中微生物均检出、其他微生物未检出;D1⁃2重复检测3次,各微生物检出序列数的变异系数为18%~49%;D1⁃1~D1⁃3以及D1⁃3、D1⁃2(10)和D1⁃1(100)两组参考品中各微生物检出的序列数的线性相关系数|r|为0.86~0.96。参考品冻融2次后检测,各微生物的检出序列数均下降。结论建立了包含10种微生物的参考品及其使用方法,可用于医疗机构mNGS本地化检测质量评价。 展开更多

关键词 病原宏基因组高通量测序 质量评价 参考品

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1例长滩军团菌性重症肺炎诊治分析及文献复习

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作者 冯书 罗鹏勇 +1 位作者 黄实仁 欧宗兴 《中南大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2021年第10期1167-1171,共5页

长滩军团菌作为军团菌的一种,其导致的军团菌病在国内十分罕见,且患者早期临床症状不典型、毒力强、致死率高,常规病原学检测不易检出。通过支气管肺泡灌洗液病原宏基因组学确诊了1例长滩军团菌感染所致的重症肺炎患者,在针对性抗感染... 长滩军团菌作为军团菌的一种,其导致的军团菌病在国内十分罕见,且患者早期临床症状不典型、毒力强、致死率高,常规病原学检测不易检出。通过支气管肺泡灌洗液病原宏基因组学确诊了1例长滩军团菌感染所致的重症肺炎患者,在针对性抗感染治疗后患者病情好转。目前对长滩军团菌性肺炎认识有限,本文通过回顾性分析1例收治的长滩军团菌性重症肺炎患者的诊断、治疗过程,并对相关文献进行复习,可对其以后的诊断、治疗提供经验。 展开更多

关键词 长滩军团菌 重症肺炎 支气管肺泡灌洗液 病原宏基因组学

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病原宏基因组高通量测序医疗机构本地化质量评价联合研究

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作者 刘东来 张栋 +8 位作者 韩东升 艾静文 关文达 胡晋君 李曼郁 周海卫 王佑春 吴文娟 许四宏 《中国食品药品监管》 2022年第12期4-15,共12页

目的:开展病原宏基因组高通量测序(mNGS)质量评价联合研究,为医疗机构(医院mNGS本地化建设提供参考经验。方法:参加单位使用本地化建设的mNGS流程,按方案要求检测参考品标本并回报结果。对检测性能及技术选型等因素进行统计分析。结果:... 目的:开展病原宏基因组高通量测序(mNGS)质量评价联合研究,为医疗机构(医院mNGS本地化建设提供参考经验。方法:参加单位使用本地化建设的mNGS流程,按方案要求检测参考品标本并回报结果。对检测性能及技术选型等因素进行统计分析。结果:来自全国17个省、直辖市的42家医院的47个科室参加本次研究,检测流程包括3种测序平台的10种测序仪。参加单位按研究方案完成质量评价参考品的测试,共回报49组有效数据,其中全部性能指标均为满分的占29%,各性能指标的满分占比分别为阳性符合率(准确性)73%、阴性符合率(特异性)92%、重复性47%、检出限71%,以及稳健性37%。实验流程中标本前处理、病原富集及核酸片段化的技术选型,是显著影响满分率的因素。更大的测序数据量与满分率呈正相关,而不同测序方案则无统计学差异。结论:本次联合研究提示,目前mNGS流程的整体稳定性仍有较大优化空间,实验室在开展本地化建设时应充分考虑影响检测系统稳定的各潜在因素,有助于保证日常运行的稳定可控。 展开更多

关键词 病原宏基因组高通量测序 医疗机构 本地化 质量评价 参考品

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重症肺炎行有创机械通气患者ICU死亡的多因素分析及风险模型建立 被引量：15

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作者 罗松平 刘单霞 +4 位作者 韦兆吉 董文星 孙鑫 翟红瑞 李拥军 《中国急救医学》 CAS CSCD 2023年第4期268-272,共5页

目的分析重症肺炎行有创机械通气患者ICU死亡的危险因素,制定风险预警模型。方法回顾性收集2019年3月至2021年3月开封市中心医院EICU收治的138例重症肺炎行有创机械通气患者的25项资料:包括一般资料[年龄、性别、体重指数(BMI)]和入院... 目的分析重症肺炎行有创机械通气患者ICU死亡的危险因素,制定风险预警模型。方法回顾性收集2019年3月至2021年3月开封市中心医院EICU收治的138例重症肺炎行有创机械通气患者的25项资料:包括一般资料[年龄、性别、体重指数(BMI)]和入院时相关指标[体温(T)、呼吸频率(R)、心率(HR)、平均动脉压(MAP)、白细胞计数(WBC)、血小板计数(PLT)、血红蛋白(Hb)、血清钾(K^(+))、血清钠(Na^(+))、血清氯(Cl-)、动脉氢离子浓度指数(pH)、氧合指数(OI)、血乳酸(LAC)、D-二聚体、血肌酐(SCr)、总胆红素(TBIL)、白蛋白(ALB)、C-反应蛋白(CRP)、脑尿钠肽(pro-BNP)、降钙素原(PCT)、GCS评分、是否行病原体宏基因组学(mNGS)检测等]。根据患者在ICU治疗最终是否死亡分为存活组和死亡组,比较两组间各项指标的差异,对差异有统计学意义的指标应用二元Logistic回归分析,判断其与患者死亡的相关性,明确独立危险因素并建立死亡风险模型。结果存活组和死亡组BMI、T、Na^(+)、D-二聚体、SCr、PCT、是否行mNGS检测等7项指标差异有统计学意义(P<0.05),进一步多因素Logistic回归分析结果显示,BMI、SCr、是否行mNGS检测是患者死亡结局的独立危险因素,建立风险模型logit P=In(P/1-P)=-2.939+1.313×(BMI≤18.5)+1.725×(SCr>133μmol/L)+1.294×(未行mNGS检测),当P>0.39时患者死亡风险高,敏感度和特异度分别为72.7%和76.1%。结论BMI、SCr、是否行mNGS检测三者联合可较好地预测重症肺炎行有创机械通气患者的ICU预后。 展开更多

关键词 重症肺炎 有创机械通气 死亡 风险模型 病原体宏基因组学(mNGS)

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以反复破溃化脓和疤痕为表现的铜绿假单胞菌皮肤感染一例 被引量：1

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作者 周书文 罗志强 +2 位作者 史建强 周海园 吴玮 《中国麻风皮肤病杂志》 2024年第6期433-435,共3页

患者,女,28岁。左小腿反复破溃化脓和疤痕6个月余。皮肤科检查:左小腿外侧可见一约5 cm×6 cm红色斑块,部分呈凹陷性疤痕,部分隆起,质地偏软,可挤出少许黄色分泌物。新鲜组织mNGS检测提示铜绿假单胞菌,口服头孢克肟胶囊0.2 g,每日2... 患者,女,28岁。左小腿反复破溃化脓和疤痕6个月余。皮肤科检查:左小腿外侧可见一约5 cm×6 cm红色斑块,部分呈凹陷性疤痕,部分隆起,质地偏软,可挤出少许黄色分泌物。新鲜组织mNGS检测提示铜绿假单胞菌,口服头孢克肟胶囊0.2 g,每日2次,治疗2周后,原有皮疹大部分变平,未见脓性分泌物渗出,2个月随访未见复发。 展开更多

关键词 皮肤溃疡 化脓 疤痕 铜绿假单胞菌 病原微生物宏基因组检测

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肺泡灌洗液病原微生物宏基因组测序对儿童迁延性肺炎的诊断价值 被引量：1

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作者 谢向锌 黄伟萍 +2 位作者 潘强 屈翔 劳金泉 《浙江临床医学》 2022年第8期1193-1195,共3页

目的 探讨肺泡灌洗液病原微生物宏基因组二代测序(mNGS)对儿童迁延性肺炎病因的诊断价值.方法 选取2019年6月至2021年6月期间诊断为儿童迁延性肺炎的46例患者进行电子支气管镜检查,将肺泡灌洗液进行mNGS检测,同时进行传统病原学培养,比... 目的 探讨肺泡灌洗液病原微生物宏基因组二代测序(mNGS)对儿童迁延性肺炎病因的诊断价值.方法 选取2019年6月至2021年6月期间诊断为儿童迁延性肺炎的46例患者进行电子支气管镜检查,将肺泡灌洗液进行mNGS检测,同时进行传统病原学培养,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的检出结果,以评价mNGS对于迁延性肺炎病因的诊断价值.结果 纳入研究的46例迁延性肺炎的患儿中,通过mNGS检测出病原体41例,阳性率为89.1%,而传统病原学培养检出病原体为21例,阳性率为45.7%;两种检测方法比较,发现mNGS检测技术儿童迁延性肺炎病因的病原学诊断中的灵敏性为100%,准确性为56.52%;对检查前已经使用抗菌药物治疗的40例病例中,mNGS检测方法有较高的阳性检出率,与传统病原学检测方法相比,差异有统计学意义(P<0.05).结论 肺泡灌洗液mNGS检测的结果受抗菌药物暴露的影响小,且在儿童迁延性肺炎病原检测较为敏感、诊断较为准确,可提高儿童迁延性肺炎的病原学诊断率,值得在临床推广. 展开更多

关键词 支气管肺泡灌洗液 迁延性肺炎 病原微生物宏基因组二代测序

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