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猪肌肉组织差异表达ESTs的克隆与分析
被引量：
3
1
作者
李重生
陈瑶生
+1 位作者
王翀
李加琪
《中国科学（C辑）》
CSCD
北大核心
2006年第2期139-144,共6页
中国地方猪种与引进瘦肉型猪种在肌肉生长和猪肉品质性状上表现出明显的差异.为了研究中外猪种这种表型差异的原因,寻找可能与猪生长或肉质性状相关的基因,本研究应用银染mRNA差异显示技术,对广东地方品种蓝塘猪和大白猪成年的眼肌组织m...
中国地方猪种与引进瘦肉型猪种在肌肉生长和猪肉品质性状上表现出明显的差异.为了研究中外猪种这种表型差异的原因,寻找可能与猪生长或肉质性状相关的基因,本研究应用银染mRNA差异显示技术,对广东地方品种蓝塘猪和大白猪成年的眼肌组织mRNA进行比较分析,并运用生物信息学技术对新发现的1条表达序列标签(ESTsp3)进行了深入的分析.结果表明:(i)采用30种引物对组合检测到蓝塘猪和大白猪眼肌组织近2000条cDNA片段,分离得到在两品种中存在差异表达的6个猪肌肉组织ESTs,对差异片段进行克隆测序,所有序列被GenBank收录.(ii)用电子延伸的方法得到了ESTsp3的一段786bp序列,经ORF分析预测其中含有一个83aa的完整开放阅读框架,并用RT-PCR方法对延伸序列进行了验证.电子表达谱分析表明ESTsp3在人的不同生长时期及绝大部分组织器官(如软组织、皮肤、骨骼肌和肾等)均有表达,但存在表达量的差异.
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关键词
猪
肌肉
MRNA差异显示
电子表
达
谱
原文传递
肝细胞癌中差异表达EST的生物信息学分析和功能预测
被引量：
4
2
作者
陈香宇
段芳龄
+6 位作者
李建生
朱武凌
韩泽广
李玉龙
曾艳丽
孙艳
孙嫣
《胃肠病学和肝病学杂志》
CAS
2004年第1期43-48,共6页
目的 采用生物信息学方法分析、预测在原发性肝细胞癌中差异表达表达序列标签 (expressionsequencetag ,EST)的全长、ORF、电子表达谱、染色体定位和编码蛋白质的功能 ,指导实验研究。方法 应用多种生物学软件进行分析。结果 获得两...
目的 采用生物信息学方法分析、预测在原发性肝细胞癌中差异表达表达序列标签 (expressionsequencetag ,EST)的全长、ORF、电子表达谱、染色体定位和编码蛋白质的功能 ,指导实验研究。方法 应用多种生物学软件进行分析。结果 获得两条新基因的全长序列 ,和RACE方法、测序获得的结果一致 ;两条EST分别定位于 2p13～ 15、3p14 ;高表达EST主要表达于肿瘤组织 ,低表达EST主要表达于正常组织 ;高表达基因所编码蛋白质参与细胞信号转导、前mRNA加工和细胞骨架组装 ,低表达编码蛋白质和机体T淋巴细胞介导的免疫反应有关。结论 采用生物信息学技术有助于高效、快速地克隆、鉴定新基因。
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关键词
肝细胞癌
EST
生物信息学
免疫反应
电子
基因定位
电子表
达
谱
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职称材料
玉米油脂代谢相关基因的全基因组挖掘、表达谱及与籽粒油份QTL共定位分析
被引量：
2
3
作者
李林
李慧
+4 位作者
李骥英
徐淑兔
杨小红
李建生
严建兵
《中国科学（C辑）》
CSCD
北大核心
2009年第12期1162-1174,共13页
油脂是植物中广泛存在且参与众多生物学过程的一类物质,具有重要的生物学功能.本研究从拟南芥和水稻油脂代谢基因出发,基于序列相似和功能域相同原则,克隆并注释了1003个玉米油脂代谢相关基因,其中,774个从GenBank中直接注释,229个为新...
油脂是植物中广泛存在且参与众多生物学过程的一类物质,具有重要的生物学功能.本研究从拟南芥和水稻油脂代谢基因出发,基于序列相似和功能域相同原则,克隆并注释了1003个玉米油脂代谢相关基因,其中,774个从GenBank中直接注释,229个为新克隆基因.电子表达谱分析发现97个基因在玉米籽粒、根、叶或分生组织中特异高表达.整合已发表籽粒油分相关QTL,在玉米基因组中发现70个控制籽粒油份的QTL富集区(分布于34%的基因组区域),其中59个QTL富集区内存在油脂代谢候选基因147个.在玉米籽粒中特异高表达的13个脂肪酸合成代谢基因都落在QTL富集区.本研究挖掘的油脂代谢相关基因信息,电子表达谱数据及整合的油份QTL结果,为玉米油份QTL的进一步精细定位和克隆、玉米籽粒油份形成的分子生物学基础研究提供了有益信息.
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关键词
油脂代谢
电子
克隆
电子表
达
谱
数量性状位点
玉米
原文传递
题名
猪肌肉组织差异表达ESTs的克隆与分析
被引量：
3
1
作者
李重生
陈瑶生
王翀
李加琪
机构
华南农业大学动物科学学院
出处
《中国科学（C辑）》
CSCD
北大核心
2006年第2期139-144,共6页
基金
国家重点基础研究发展计划(973)项目(批准号:2004CB117506)
广东省自然科学基金项目(批准号:010277)
广东省自然科学基金团队项目(04205804)资助
文摘
中国地方猪种与引进瘦肉型猪种在肌肉生长和猪肉品质性状上表现出明显的差异.为了研究中外猪种这种表型差异的原因,寻找可能与猪生长或肉质性状相关的基因,本研究应用银染mRNA差异显示技术,对广东地方品种蓝塘猪和大白猪成年的眼肌组织mRNA进行比较分析,并运用生物信息学技术对新发现的1条表达序列标签(ESTsp3)进行了深入的分析.结果表明:(i)采用30种引物对组合检测到蓝塘猪和大白猪眼肌组织近2000条cDNA片段,分离得到在两品种中存在差异表达的6个猪肌肉组织ESTs,对差异片段进行克隆测序,所有序列被GenBank收录.(ii)用电子延伸的方法得到了ESTsp3的一段786bp序列,经ORF分析预测其中含有一个83aa的完整开放阅读框架,并用RT-PCR方法对延伸序列进行了验证.电子表达谱分析表明ESTsp3在人的不同生长时期及绝大部分组织器官(如软组织、皮肤、骨骼肌和肾等)均有表达,但存在表达量的差异.
关键词
猪
肌肉
MRNA差异显示
电子表
达
谱
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
肝细胞癌中差异表达EST的生物信息学分析和功能预测
被引量：
4
2
作者
陈香宇
段芳龄
李建生
朱武凌
韩泽广
李玉龙
曾艳丽
孙艳
孙嫣
机构
郑州大学消化疾病研究所
郑州大学第一附属医院消化内科
新乡医学院病理科
国家人类基因组南方研究中心
出处
《胃肠病学和肝病学杂志》
CAS
2004年第1期43-48,共6页
基金
河南省医学科技创新人才工程项目 (No.2 0 0 1 0 90 1 2 2 0 0 30 1 4 )
文摘
目的 采用生物信息学方法分析、预测在原发性肝细胞癌中差异表达表达序列标签 (expressionsequencetag ,EST)的全长、ORF、电子表达谱、染色体定位和编码蛋白质的功能 ,指导实验研究。方法 应用多种生物学软件进行分析。结果 获得两条新基因的全长序列 ,和RACE方法、测序获得的结果一致 ;两条EST分别定位于 2p13～ 15、3p14 ;高表达EST主要表达于肿瘤组织 ,低表达EST主要表达于正常组织 ;高表达基因所编码蛋白质参与细胞信号转导、前mRNA加工和细胞骨架组装 ,低表达编码蛋白质和机体T淋巴细胞介导的免疫反应有关。结论 采用生物信息学技术有助于高效、快速地克隆、鉴定新基因。
关键词
肝细胞癌
EST
生物信息学
免疫反应
电子
基因定位
电子表
达
谱
Keywords
Bioinformatics
EST
HCC
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
R318.04 [医药卫生—临床医学]
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职称材料
题名
玉米油脂代谢相关基因的全基因组挖掘、表达谱及与籽粒油份QTL共定位分析
被引量：
2
3
作者
李林
李慧
李骥英
徐淑兔
杨小红
李建生
严建兵
机构
中国农业大学国家玉米改良中心
International Maize and Wheat Improvement Center(CIMMYT)
出处
《中国科学（C辑）》
CSCD
北大核心
2009年第12期1162-1174,共13页
基金
国家高技术研究发展计划(批准号:2006AA100103,2006AA10Z183)
北京市教育委员会大学生科学研究与创业计划建设项目资助
文摘
油脂是植物中广泛存在且参与众多生物学过程的一类物质,具有重要的生物学功能.本研究从拟南芥和水稻油脂代谢基因出发,基于序列相似和功能域相同原则,克隆并注释了1003个玉米油脂代谢相关基因,其中,774个从GenBank中直接注释,229个为新克隆基因.电子表达谱分析发现97个基因在玉米籽粒、根、叶或分生组织中特异高表达.整合已发表籽粒油分相关QTL,在玉米基因组中发现70个控制籽粒油份的QTL富集区(分布于34%的基因组区域),其中59个QTL富集区内存在油脂代谢候选基因147个.在玉米籽粒中特异高表达的13个脂肪酸合成代谢基因都落在QTL富集区.本研究挖掘的油脂代谢相关基因信息,电子表达谱数据及整合的油份QTL结果,为玉米油份QTL的进一步精细定位和克隆、玉米籽粒油份形成的分子生物学基础研究提供了有益信息.
关键词
油脂代谢
电子
克隆
电子表
达
谱
数量性状位点
玉米
分类号
S513 [农业科学—作物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
猪肌肉组织差异表达ESTs的克隆与分析
李重生
陈瑶生
王翀
李加琪
《中国科学（C辑）》
CSCD
北大核心
2006
3
原文传递
2
肝细胞癌中差异表达EST的生物信息学分析和功能预测
陈香宇
段芳龄
李建生
朱武凌
韩泽广
李玉龙
曾艳丽
孙艳
孙嫣
《胃肠病学和肝病学杂志》
CAS
2004
4
下载PDF
职称材料
3
玉米油脂代谢相关基因的全基因组挖掘、表达谱及与籽粒油份QTL共定位分析
李林
李慧
李骥英
徐淑兔
杨小红
李建生
严建兵
《中国科学（C辑）》
CSCD
北大核心
2009
2
原文传递
已选择
0
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参考文献
引证文献
统计分析
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