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6q25区域内一个新基因MTLC的克隆及特性分析 被引量：24
1
作者 邱广斌 邱广蓉 +5 位作者 徐振明 黄带发 宫立国 李春义 孙兴和 孙开来 《中华医学遗传学杂志》 EI CAS CSCD 2003年第2期94-97,共4页
目的　克隆 6q2 5区域内喉癌相关新基因。方法　以表达序列标签为电子探针 ,在人类基因组数据库中进行电子杂交 ,钓出相应基因组DNA克隆后进行基因预测。根据获得的基因序列设计引物 ,逆转录 聚合酶链反应扩增新基因cDNA。结果　克隆... 目的　克隆 6q2 5区域内喉癌相关新基因。方法　以表达序列标签为电子探针 ,在人类基因组数据库中进行电子杂交 ,钓出相应基因组DNA克隆后进行基因预测。根据获得的基因序列设计引物 ,逆转录 聚合酶链反应扩增新基因cDNA。结果　克隆了 1个 6q2 5区域内的新基因。该基因全长约 2 1kb ,含两个外显子 ,其cDNA序列长 10 0 6bp ,编码蛋白包括 2 3 5个氨基酸。其 5′侧翼序列存在癌蛋白c Myc的结合位点 ,将其命名为MTLC (c Myctargetfromlaryngealcancercells)基因。同源性分析表明该基因编码蛋白与小鼠MT MC1蛋白同源性达 78%。MTLC蛋白一级结构含有一个核定位信号结构域 ,亚细胞定位实验证实该基因主要在细胞核表达 ,Northern印迹分析表明MTLC基因在心肌、肝、肾、脑等多个组织有表达。结论　成功克隆了 1个新基因MTLC ,该基因可能作为c Myc的靶基因以转录因子形式参与维持细胞正常生理功能。 展开更多
关键词 MTLC基因 喉癌 电子杂交 基因克隆
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水稻苯达松敏感致死基因(ben)的电子杂交定位和基因预测 被引量：4
2
作者 杨剑波 向太和 +2 位作者 李莉 王永杰 黄大年 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第11期1152-1158,共7页
来自水稻突变体的苯达松敏感致死基因 (ben)能够作为一种除草剂筛选标志用于杂交水稻种子的安全生产。本研究利用我们已得到的与Ben ben基因紧密连锁的两个RAPD标记 (OPG1 8 972 ,OPG1 8 94 3 )以及与该标记高度同源的跨叠克隆Contig1... 来自水稻突变体的苯达松敏感致死基因 (ben)能够作为一种除草剂筛选标志用于杂交水稻种子的安全生产。本研究利用我们已得到的与Ben ben基因紧密连锁的两个RAPD标记 (OPG1 8 972 ,OPG1 8 94 3 )以及与该标记高度同源的跨叠克隆Contig1 0 96 8(来自中国水稻基因组框架序列 ,全长 82 73bp)的序列信息 ,沿标记的两端设计新的PCR引物 ,以携带苯达松抗性基因 (Ben)和苯达松敏感基因 (ben)的水稻近等基因系为模板 ,通过对扩增产物的序列拼接和比对 ,成功地将OPG1 8 972和OPG1 8 94 3标记从 972bp和 94 3bp步移延伸到 81 3 8bp和 81 0 3bp(提交到GenBank的登记号分别为AY1 81 2 0 4和AY1 81 2 0 3 )。并利用电子杂交将延伸后的序列定位于水稻第 2染色体上 1 5 0 5cM处 ,在对标记两端及其附近的序列进行生物信息学分析后 ,我们初步预测Ben基因可能是编码某种受体蛋白的基因或催化 6 OH 展开更多
关键词 水稻 苯达松敏感致死基因 定位 预测 电子杂交
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鳀科(Engraulidae)鱼类DNA条形码电子芯片研究 被引量：3
3
作者 柳淑芳 李献儒 +1 位作者 李达 庄志猛 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2016年第6期19-25,共7页
本研究将基于线粒体COI部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以缇科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stern-loop)... 本研究将基于线粒体COI部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合,以缇科11属30种鱼类为研究对象,在比对分析其DNA条形码序列的基础上,利用软件Oligo Array 2.1筛选探针,经OligoCalc优化探针,去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stern-loop)及自身二聚体结构(Homodimers)的探针,再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交,共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合。利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种,虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7%,但鉴定准确率可达100%。因此,基于COI基因的DNA芯片技术对缇科鱼类物种鉴定有一定的实用价值,但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间,通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键。 展开更多
关键词 鳀科 DNA条形码 探针 DNA芯片 电子杂交
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