生长素作用方式的分子动力学模拟研究 被引量：1

1

作者 贾雪冰 张鋆 +3 位作者 孙宏伟 陈兰 沈荣欣 赖城明 《化学学报》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2010年第24期2500-2508,共9页

针对植物生长素、受体TIR1、辅酶InsP6和IAA7底物多肽链进行5组14个体系的分子动力学模拟研究,比较分析了4个生长素分子IAA,1-NAA,2,4-D和2-NAA与受体TIR1之间的相互作用方式以及辅酶InsP6和IAA7底物多肽链在早期生长素反应中所起的作用... 针对植物生长素、受体TIR1、辅酶InsP6和IAA7底物多肽链进行5组14个体系的分子动力学模拟研究,比较分析了4个生长素分子IAA,1-NAA,2,4-D和2-NAA与受体TIR1之间的相互作用方式以及辅酶InsP6和IAA7底物多肽链在早期生长素反应中所起的作用.计算结果表明,生长素与TIR1的结合能力与生长素活性顺序一致,生长素的分子结构对于反应活性具有重要影响;中心水分子与生长素之间的氢键作用使得生长素的位置取向有利于与TIR1形成强相互作用;辅酶InsP6与TIR1形成多个氢键使活性口袋结构稳定,保证生长素有效地与活性位点结合;在结合生长素后,IAA7运动加剧,使得生长素犹如激活IAA7多肽活性的"引发器",进而引发进一步的生长素反应. 展开更多

关键词 生长素反应 受体TIR1 IAA7底物多肽 分子动力学模拟

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拟南芥抗生长素突变体axr1-12的抑制型突变体筛选(英文)

2

作者 唐玉林 《细胞生物学杂志》 CSCD 2009年第5期658-664,共7页

利用抗生长素突变体axr1-12筛选获得了对生长素敏感并且果荚发育良好的突变体38个,对其中的两个非等位隐性突变体sa1和sa2进行了分析。新突变体sa1和sa2在叶形、株型、以及根系生长对生长素的反应等方面都在一定程度上表现出与原突变体a... 利用抗生长素突变体axr1-12筛选获得了对生长素敏感并且果荚发育良好的突变体38个,对其中的两个非等位隐性突变体sa1和sa2进行了分析。新突变体sa1和sa2在叶形、株型、以及根系生长对生长素的反应等方面都在一定程度上表现出与原突变体axr1-12相反的特征。sa1和sa2还使axr1-12的果荚发育缺陷得到了修复,但其种子发育表现异常。sa1的果荚中可见种子和无胚的种子状结构,在sa2的果荚中则同时存在部分健康种子和发育不良的胚珠。结果显示,sa1和sa2编码的蛋白质可能参与果荚对生长素的反应,sa1还可能在受精前种子发育初级阶段起调控作用。 展开更多

关键词 拟南芥 生长素反应 抑制型突变体 荚果发育 axr1-12

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桃生长素反应因子和生长素/吲哚乙酸蛋白家族基因的克隆及表达分析 被引量：15

3

作者 史梦雅 张巍 +2 位作者 余佳 王文平 刘悦萍 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期536-544,共9页

生长素对果实发育起着重要的调控作用。生长素反应因子(auxin response factor,ARF)和生长素/吲哚乙酸蛋白(auxin/indoleacetic acids protein,Aux/IAA)是生长素信号转导系统中的两个关键因子,在转录水平上对生长素参与的生理活动进行... 生长素对果实发育起着重要的调控作用。生长素反应因子(auxin response factor,ARF)和生长素/吲哚乙酸蛋白(auxin/indoleacetic acids protein,Aux/IAA)是生长素信号转导系统中的两个关键因子,在转录水平上对生长素参与的生理活动进行调控。为探索生长素调控桃果实发育的机制,选取ARF家族的1个基因PpARF1,Aux/IAA家族的5个基因PpIAA3、PpIAA9、PpIAA17、PpIAA26和PpIAA29,克隆其全长cDNA序列并进行生物信息学分析,对它们在桃果实不同发育时期中果皮和种子的表达进行qRT-PCR检测。序列分析表明:这6个基因的编码区全长分别为2 037、594、1 194、618、384和723 bp,分别编码678、197、397、205、127和240个氨基酸;氨基酸序列比对分析显示桃PpARF1蛋白序列和草莓的FvARF1(XP_004300014.1)同源性最高,达到90.56%,PpIAA家族的5个蛋白同源性很低,只有23.77%;荧光定量PCR结果显示,在花后52 d(果实发育硬核期),PpIAA3和PpIAA17在中果皮中的表达量显著升高;PpIAA26、PpIAA29和PpARF1在种子中的表达量显著升高。预示生长素可能在桃果实发育硬核期发挥着重要的调控作用。 展开更多

关键词 桃 生长素反应因子 生长素 吲哚乙酸蛋白 基因克隆 表达分析

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芒果生长素反应因子类蛋白的cDNA克隆和表达 被引量：6

4

作者 肖洁凝 黄学林 +1 位作者 黄霞 李筱菊 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第1期59-62,共4页

通过SSH法获得了一个与不定根形成相关的差异表达的cDNA片段 ,其推导的氨基酸序列与拟南芥的生长素反应因子 (ARF)类蛋白具有较大的同源性 ,因此将它命名为MiARF。用所设计的基因特异引物进行 3′RACE扩增获得包含完整读码框架 (ORF)的M... 通过SSH法获得了一个与不定根形成相关的差异表达的cDNA片段 ,其推导的氨基酸序列与拟南芥的生长素反应因子 (ARF)类蛋白具有较大的同源性 ,因此将它命名为MiARF。用所设计的基因特异引物进行 3′RACE扩增获得包含完整读码框架 (ORF)的MiARF1(GenBank登录号为AY2 5 5 70 5 )和MiARF2 (GenBank登录号为AY30 0 80 8)。MiARF1全长为 32 72bp ,其中 ,ORF含 2 5 2 3bp ,5′非翻译区 (5′UTR)含 2 85bp ,3′非翻译区 (3′UTR)含 4 6 4bp。由该序列所推导的氨基酸序列与拟南芥ARF2 (BAB10 16 2 )的ID值为 6 4 % ,E值为 0 ,在DNA结合区域 (DBD)、III和IV区域的同源性更高 ,ID值均大于 80 %。MiARF2cDNA全长为 14 74bp ,其中ORF含 981bp ,5′非翻译区含 2 85bp ,3′非翻译区含 2 0 8bp ,由该序列所推导的氨基酸序列与拟南芥ARF2 (BAB10 16 2 )的ID值为 84 % ,E值为e- 1 51 。MiARF2仅具有DBD保守区并与MiARF1的基本相同 ,但缺乏III和IV区域。VirturalNorthern杂交表明 :MiARF2在生根的组织中表达水平高 ,而在非生根的组织中未见表达 ;MiARF1在生根及非生根的组织中均有表达。 展开更多

关键词 芒果 子叶 不定根形成 生长素反应因子基因 CDNA克隆 表达

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基于苋菜转录组的ARF基因家族鉴定及表达 被引量：8

5

作者 王乐 陈何 +3 位作者 陈家兰 肖昉 郑友峰 刘生财 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期167-176,共10页

ARFs(auxin response factors)是重要的生长素响应因子,在植物的生长发育过程中起着关键的作用.基于‘大红’苋菜转录组数据,通过在线分析软件SMART和NCBI-Blastp的注释筛选苋菜ARF基因家族成员(AtrARF);利用生物信息学分析软件,对AtrA... ARFs(auxin response factors)是重要的生长素响应因子,在植物的生长发育过程中起着关键的作用.基于‘大红’苋菜转录组数据,通过在线分析软件SMART和NCBI-Blastp的注释筛选苋菜ARF基因家族成员(AtrARF);利用生物信息学分析软件,对AtrARFs蛋白的理化性质、二级结构、亚细胞定位、保守氨基酸序列进行预测分析;构建系统进化树,预测可能调控AtrARF的miRNAs.分析AtrARF在蓝光和黑暗处理下苋菜胚轴中,及在不同种类及浓度的生长素处理下苋菜幼苗中的表达水平.分析结果表明,在苋菜中共鉴定得到29个ARF基因,其编码蛋白的长度在80-1 107 aa之间,蛋白分子量约为8.850×10^(3)-123.300×10^(3),等电点在4.09-9.92之间.亚细胞定位预测结果均定位于细胞核,有15个保守氨基酸序列;系统进化树显示,29个AtrARF分为3个大组;MiRNA预测结果显示,至少有5个AtrARF家族成员受到miRNA调控.定量结果显示,AtrARFs在蓝光和黑暗、不同种类及浓度的生长素处理下表达模式均不相同.本研究表明AtrARFs受光质和生长素调控,在苋菜生长发育过程中发挥重要作用.(图8表4参34) 展开更多

关键词 苋菜 生长素反应因子 基因家族 表达分析 生物信息学分析

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植物生长素反应因子研究进展 被引量：7

6

作者 刘瑞娥 胡长贵 孙玉强 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期669-679,共11页

生长素反应因子(ARFs)是植物生长和发育的重要调节因子,在生长素早期反应蛋白(Aux/IAAs)的参与下,通过和生长素反应基因启动子区AuxRE元件的TGTCTC序列结合,共同调控这些基因的表达。近年来关于生长素反应因子的分子结构和ARF与Aux/IAA... 生长素反应因子(ARFs)是植物生长和发育的重要调节因子,在生长素早期反应蛋白(Aux/IAAs)的参与下,通过和生长素反应基因启动子区AuxRE元件的TGTCTC序列结合,共同调控这些基因的表达。近年来关于生长素反应因子的分子结构和ARF与Aux/IAA的相互作用及其对植物生长和发育的影响、作用的靶基因以及分子机制受到人们的重视,并在这些方面做了大量的研究。 展开更多

关键词 生长素反应因子 AuxRE元件 Aux/IAA阻遏子

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基于转录组的荔枝ARF基因家族的鉴定及表达分析 被引量：6

7

作者 董晨 魏永赞 +2 位作者 王弋 郑雪文 李伟才 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2017年第8期1485-1491,共7页

生长素反应因子(Auxin Response Factors,ARFs)是调节生长素表达的转录因子响应基因,ARF基因在植物中大多由多基因家族组成。基于转录组数据,通过生物信息学方法对荔枝ARF基因进行鉴定,并分析其理化性质、亚细胞定位、保守基序、系统进... 生长素反应因子(Auxin Response Factors,ARFs)是调节生长素表达的转录因子响应基因,ARF基因在植物中大多由多基因家族组成。基于转录组数据,通过生物信息学方法对荔枝ARF基因进行鉴定,并分析其理化性质、亚细胞定位、保守基序、系统进化以及基因的表达模式。在荔枝中鉴定出21个ARF基因,其编码的蛋白质含有53~1 117个氨基酸,分子量约为6.112~123.872 ku,等电点为4.21~9.45。亚细胞定位预测结果显示21个ARF均定位于细胞核。Lc ARFs基因家族具有相对保守的结构,即包含1个保守的B3 DNA结构域、ARF结构域和Aux/IAA结构域。进化树分析表明荔枝ARF蛋白分为5个亚家族。21个荔枝ARF基因在花穗发育过程中有明显不同的表达规律。该结果为进一步深入研究荔枝ARF基因家族的功能奠定了基础。 展开更多

关键词 荔枝 生长素反应因子 基因家族 生物信息分析 表达分析

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基于全长转录组的蛇足石杉ARF基因家族鉴定分析

8

作者 李海波 史济东 +5 位作者 张恺 谢锂波 化阳光 曹禹 李俊怡 汪得凯 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1091-1104,共14页

生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模... 生长素响应因子(ARF)是介导生长素信号传导并调节多种生物学过程的转录因子家族。为探究蛇足石杉ARF基因家族成员及其在高温和干旱胁迫响应中的作用,该研究利用全长转录组和RNA-seq数据,分析蛇足石杉ARF基因家族成员的系统发育及表达模式,并通过生物信息学分析,对ARF基因家族的理化性质、结构域、保守基序、系统发育、组织表达模式及高温和干旱胁迫下的表达模式进行分析。结果表明:(1)在蛇足石杉全长转录组中共筛选出24个ARF家族成员,均为酸性蛋白且均为亲水蛋白。(2)亚细胞定位预测显示,所有24个HsARF均定位于细胞核。(3)系统发育分析发现,HsARF与被子植物拟南芥和水稻亲缘关系较远,与高等开花植物只有2个共同的ARF祖先。(4)结构域分析发现,除HsARF18/23/24外,大多数HsARF有B3结构域。二级结构分析发现,HsARF蛋白占比最多的为无规卷曲,其次为延伸链和α-螺旋。24个HsARF蛋白中所用的三级结构模型只有4种。(5)RNA-seq分析显示,7个HsARF在所有检测的组织中表达量均较高,10个HsARF在茎中的表达量高于根和叶,而HsARF13和HsARF14在叶中的表达量低于根和茎。(6)HsARF在高温和干旱胁迫下表达量发生显著变化,其中18个HsARF基因不同程度高温胁迫诱导,有7个HsARF基因响应干旱胁迫,其中有3个HsARF基因受干旱诱导,有4个HsARF基因受干旱抑制。该研究结果为蛇足石杉HsARF基因的功能和生物育种提供了理论参考。 展开更多

关键词 蛇足石杉 生长素反应因子(ARF) 系统发育分析 全长转录组 非生物胁迫

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甘草生长素反应因子(ARF)基因家族的鉴定及表达分析 被引量：5

9

作者 关思静 高静 +7 位作者 徐蓉蓉 葛甜甜 王楠 颜永刚 张岗 陈莹 刘阿萍 程萌格 《中国农学通报》 2021年第29期20-27,共8页

本研究旨在鉴定甘草ARF基因家族并分析其在非生物胁迫下的表达模式。以乌拉尔甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)为研究对象,利用生物信息学方法对ARF基因家族进行鉴定,并对其蛋白质理化性质、保守结构域、基因结构、进化关系、顺式作... 本研究旨在鉴定甘草ARF基因家族并分析其在非生物胁迫下的表达模式。以乌拉尔甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)为研究对象,利用生物信息学方法对ARF基因家族进行鉴定,并对其蛋白质理化性质、保守结构域、基因结构、进化关系、顺式作用元件和表达模式分析。鉴定得到10个甘草ARF基因。其蛋白氨基酸序列长度在301~945 aa之间,分子量约为33.07~104.37kDa,等电点为5.93~8.50。亚细胞定位分析显示甘草ARF蛋白均位于细胞核。保守结构域分析显示GuARF蛋白大多包含B3、Auxin_resp和Aux/IAA结构域。基因结构发现外显子数量从6个到22个不等。在甘草ARF基因启动子区还存在5类不同的顺式调控元件。系统进化分析表明甘草ARF蛋白分为3类。转录组数据分析显示,10个GuARF基因在非生物胁迫下具有一定表达特异性。上述结果显示甘草ARF基因家族可能参与多种生物过程,这为进一步研究植物对非生物胁迫的生理和分子反应提供了有价值的信息。 展开更多

关键词 乌拉尔甘草 生长素反应因子 系统进化 基因表达 表达模式分析

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破坏光敏色素A改变生长素反应因子8的表达谱 被引量：3

10

作者 王海 周玉萍 +3 位作者 王小兰 林芳 段俊 田长恩 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期434-441,共8页

拟南芥生长素反应因子8(auxin response factor 8,ARF8)受光诱导表达,涉及光信号转导。为阐明光信号通过光受体传递给ARF8的过程和机理,首先利用半定量RT-PCR分析发现,PhyA的突变促进幼苗中ARF8的表达,而PhyB、Cry1和Cry2的突变对ARF8... 拟南芥生长素反应因子8(auxin response factor 8,ARF8)受光诱导表达,涉及光信号转导。为阐明光信号通过光受体传递给ARF8的过程和机理,首先利用半定量RT-PCR分析发现,PhyA的突变促进幼苗中ARF8的表达,而PhyB、Cry1和Cry2的突变对ARF8的表达没有明显影响。进而,利用GUS染色以及半定量和定量RT-PCR方法,系统分析PhyA基因的突变对ARF8基因表达的影响。结果表明,在黑暗、白光和远红光条件下,PhyA突变均明显提高拟南芥(Arabidopsis thaliana)幼苗子叶和叶片中ARF8的表达水平,并且明显降低其在幼苗下胚轴、茎尖和根尖中的表达水平。上述结果说明,PhyA基因的突变组成型地改变了ARF8基因的表达谱。然而,ARF8的突变并未明显改变PhyA的表达。说明在远红光信号通路中,ARF8位于PhyA的下游。 展开更多

关键词 生长素反应因子8 远红光信号 基因表达 基因突变 光敏色素A

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拟南芥突变体arf8和nph4/arf7的长下胚轴表型的初步研究

11

作者 田长恩 周玉萍 +1 位作者 Hideki Muto Kotaro T Yamamoto 《广州大学学报（自然科学版）》 CAS 2011年第4期32-35,共4页

通过对拟南芥(Arabidopsis thaliana)ARF8和NPH4/ARF7基因的突变体以及有关双突变体的下胚轴长度的表型和遗传分析,探讨了arf8-1、nph4-102和nph4-107长下胚轴表型的起源.结果表明,ARF8基因的其他突变体arf8-2、arf8-3和arf8-4都没有表... 通过对拟南芥(Arabidopsis thaliana)ARF8和NPH4/ARF7基因的突变体以及有关双突变体的下胚轴长度的表型和遗传分析,探讨了arf8-1、nph4-102和nph4-107长下胚轴表型的起源.结果表明,ARF8基因的其他突变体arf8-2、arf8-3和arf8-4都没有表现出类似于arf8-1的长下胚轴表型;在与ARF8同源性较高的NPH4/ARF7的突变体中,突变位点与arf8-1相似的nph4-102和nph4-107表现出与arf8-1相似的长下胚轴表型和不完全显性的遗传方式;双突变体arf8-1 nph4-102的下胚轴长度比两个单突变体的长,说明arf8-1与nph4-102在长下胚轴表型上存在加性效应.因此,arf8-1、nph4-102和nph4-107的长下胚轴表型极可能源于相应突变体蛋白的产生,而非相关基因功能的缺失. 展开更多

关键词 生长素反应因子7 生长素反应因子8 arf8 nph4/arf7 长下胚轴表型

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拟南芥光敏色素A反义RNA载体的构建及转化 被引量：1

12

作者 王海 王小兰 +2 位作者 周玉萍 段俊 田长恩 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期669-672,共4页

光敏色素A是植物远红光信号的关键受体,在植物光信号转导途径中起重要作用。一些具有重要功能的基因(如生长素反应因子8:auxin response factor 8,ARF8)受到PhyA调控。本实验拟通过构建PhyA基因反义株系,研究PhyA调控ARF8等重要功能基... 光敏色素A是植物远红光信号的关键受体,在植物光信号转导途径中起重要作用。一些具有重要功能的基因(如生长素反应因子8:auxin response factor 8,ARF8)受到PhyA调控。本实验拟通过构建PhyA基因反义株系,研究PhyA调控ARF8等重要功能基因表达的机理。以培养7 d的拟南芥幼苗为材料提取RNA,利用RT-PCR技术扩增出PhyA的全长CDS,将其反向插入表达载体pMD1得到反义表达载体pMD1-PhyA CDSR,并通过农杆菌介导转化拟南芥,经卡那霉素抗性平板筛选和PCR鉴定得到13个PhyA转基因株系。pMD1-PhyA CDSR及其转基因株系的获得为研究PhyA调控ARF8等基因表达的机理奠定了材料基础。 展开更多

关键词 光敏色素A 反义表达载体 拟南芥 生长素反应因子8

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破坏ARF8基因降低拟南芥对红光的敏感性

13

作者 田长恩 周玉萍 +6 位作者 陈琼华 陈羽中 程惠贞 雷德柱 姚焱 刘顺枝 柯德森 《广州大学学报（自然科学版）》 CAS 2009年第4期19-22,共4页

通过ARF8基因的突变体arf8-1以及arf8-1与红光受体突变体phyB-5所组成的双突变体在红光条件下的表型鉴定,探讨ARF8参与拟南芥对红光的反应以及PhyB与ARF8在红光信号转导中的关系.结果表明,在红光条件下,arf8-1和phyB-5幼苗下胚轴的长度... 通过ARF8基因的突变体arf8-1以及arf8-1与红光受体突变体phyB-5所组成的双突变体在红光条件下的表型鉴定,探讨ARF8参与拟南芥对红光的反应以及PhyB与ARF8在红光信号转导中的关系.结果表明,在红光条件下,arf8-1和phyB-5幼苗下胚轴的长度比相应野生型的长,倒伏度比相应野生型的低,而双突变体arf8-1 phyB-5的下胚轴的长度和倒伏度均比两个单突变体的更长和更低.上述结果说明,破坏ARF8基因降低了拟南芥对红光的敏感性,即ARF8参与了拟南芥对红光的反应,但没有介导PhyB所接收的红光信号转导. 展开更多

关键词 生长素反应因子8 光敏色素B 红光敏感性

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