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基于HPM模型的Smith-Waterman算法并行优化 被引量：2
1
作者 李玉岗 刘志勇 《计算机工程》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期56-58,共3页
用于生物序列联配的Smith Waterman算法在生物信息学中有着重要的意义,但是,算法需要的空间复杂度和时间复杂度都是O(mn),极大地限制了算法的应用。该文从并行计算模型HPM出发,从通信、存储两方面对Smith Waterman算法进行分析,提出了针... 用于生物序列联配的Smith Waterman算法在生物信息学中有着重要的意义,但是,算法需要的空间复杂度和时间复杂度都是O(mn),极大地限制了算法的应用。该文从并行计算模型HPM出发,从通信、存储两方面对Smith Waterman算法进行分析,提出了针对CoSMPs系统的分层的分块行流水并行算法,并通过计算不同规模的长序列进行验证,实验结果与理论分析一致。 展开更多
关键词 生物序列联配 动态规划 HPM模型
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生物序列局部联配中的马赛克问题的一种解决方法
2
作者 黄均才 王凤碧 周明天 《生物信息学》 2006年第3期117-120,共4页
生物信息学中,Smith Waterman算法用于同源长序列的局部联配时,经常会出现马赛克问题(相似度很低的保守区域夹在两个相似度很高的区域中间)。在分析问题成因的基础上,提出利用动态加速扣分策略解决马赛克问题,即在计算得分矩阵的过程中... 生物信息学中,Smith Waterman算法用于同源长序列的局部联配时,经常会出现马赛克问题(相似度很低的保守区域夹在两个相似度很高的区域中间)。在分析问题成因的基础上,提出利用动态加速扣分策略解决马赛克问题,即在计算得分矩阵的过程中,如果存在保守区域,则加大扣分的力度,争取在离开保守区域前让得分为0,从而将保守区域切断。实验结果表明,动态加速扣分策略顺利解决了序列局部联配中的马赛克问题,并且没有显著增加算法的时间复杂度和空间复杂度。 展开更多
关键词 生物序列联配 SMITH Waterman算法 马赛克问题 动态加速扣分策略
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