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基于系统生物学方法筛选癫痫潜在风险基因
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作者 郭盼 张殊悦 +1 位作者 王学韬 蔡春泉 《航天医学与医学工程》 CAS 2024年第2期91-98,共8页
目的利用生物信息学方法综合分析癫痫相关基因,从网络和通路的角度探讨其主要功能,并提取疾病关键基因。方法通过OMIM、DisGeNET、GeneCards数据库以及文献检索收集癫痫相关基因,利用“ClusterProfiler”R包进行基因本体论(GO)和通路富... 目的利用生物信息学方法综合分析癫痫相关基因,从网络和通路的角度探讨其主要功能,并提取疾病关键基因。方法通过OMIM、DisGeNET、GeneCards数据库以及文献检索收集癫痫相关基因,利用“ClusterProfiler”R包进行基因本体论(GO)和通路富集分析,通过通路串话分析识别通路之间的关联;将癫痫相关基因映射到人类蛋白质互作网络(PPIN),获得癫痫特异性蛋白互作网络,基于网络拓扑学提取疾病关键基因和潜在基因。结果收集获得572个癫痫相关基因,富集分析获得642条显著GO生物学过程条目和80条京都基因和基因组数据库(KEGG)通路,涉及学习、记忆和认知等过程;通过PPIN,提取获得10个疾病关键基因,大部分为γ–氨基丁酸(GABA)受体基因;整合PPIN和加权基因共表达网络分析(WGCNA),提取获得17个疾病潜在基因,涉及热休克蛋白、生长因子受体结合蛋白等。结论癫痫的发生是一个复杂的过程,涉及多个功能基因的异常,基因间通过紧密联系调控多个生物学过程及通路,通路间彼此交叉,共同导致疾病的发生。 展开更多
关键词 癫痫 功能富集 生化通路 蛋白质互作网络
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微生态制剂与反刍动物甲烷减排 被引量：4
2
作者 刘凯珍 王继文 +2 位作者 周美丽 王禄禄 王立志 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期465-472,共8页
反刍动物瘤胃中产甲烷菌可以利用氢气、甲醇和甲胺等物质生成甲烷,不仅造成饲料能量的浪费,同时甲烷作为一种主要的温室气体也对环境构成了严重的威胁。因此,众多学者都在寻找降低反刍动物甲烷排放的方法,其中有学者提出在饲粮中添加适... 反刍动物瘤胃中产甲烷菌可以利用氢气、甲醇和甲胺等物质生成甲烷,不仅造成饲料能量的浪费,同时甲烷作为一种主要的温室气体也对环境构成了严重的威胁。因此,众多学者都在寻找降低反刍动物甲烷排放的方法,其中有学者提出在饲粮中添加适量可直接饲喂的微生物(Direct-fed microbes,DFM)是一种很有潜力的方法,但目前还处于初步探索阶段。本文综述了几种重要的DFM,并介绍了其作用机制及应用效果。 展开更多
关键词 甲烷 微生态制剂 瘤胃 生化通路
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认知相关基因的生化通路与蛋白质互作网络分析 被引量：2
3
作者 胡莹 赵晓宇 +2 位作者 杨海波 戴隆耀 贾蕾 《航天医学与医学工程》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期166-174,共9页
目的用生物信息学的方法揭示认知相关基因所调控的生物过程及通路,构建认知基因的特异蛋白网络,并挖掘其主要功能。方法在GO、phenopedia、GLAD4U3个数据库中,收集认知相关的基因,进行基因本体分析、通路分析及通路串话分析;从人类蛋白... 目的用生物信息学的方法揭示认知相关基因所调控的生物过程及通路,构建认知基因的特异蛋白网络,并挖掘其主要功能。方法在GO、phenopedia、GLAD4U3个数据库中,收集认知相关的基因,进行基因本体分析、通路分析及通路串话分析;从人类蛋白互作网络中提取认知相关特异蛋白网络,并通过聚类分析找出重要功能模块。结果明确了126个认知相关基因,这些基因主要参与学习或记忆、神经发育等生物过程;多条与神经突触发育、信号转导、成瘾相关的通路参与认知过程,且各个通路之间存在紧密的串话作用。认知相关基因之间存在显著的互相作用关系(P<10^-16),相比背景基因具有更高节点度(P=1.39×10^-4)以及介数中心性(P=2.07×10^-5);聚类分析挖掘出胺转运调节、胆碱能突触传递和学习等重要功能模块。结论认知是一个非常复杂的过程,涉及多个具有关键功能的基因,如HTR3A、CHRNA6、BDNF等,基因间通过紧密互相作用,调控多个生物过程及通路,包括胆碱能突触,多巴胺能突触、血清素能突触等,这些通路彼此协同发挥功能。 展开更多
关键词 认知相关基因 功能富集分析 生化通路 蛋白质互作网络
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