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氧化苦参碱调控肝细胞癌进展枢纽基因的筛选及其作用机制
被引量：
2
1
作者
钟国强
林岩
+3 位作者
黄桂柳
潘丽英
韦丽军
黄赞松
《山东医药》
CAS
2023年第11期31-36,共6页
目的基于生物信息学方法筛选氧化苦参碱调控肝细胞癌(HCC)进展的枢纽基因,并分析其circ_0031450相关的内源竞争RNA(ceRNA)机制。方法通过circBANK、miRMAP及miRWALK等多个数据库预测并下载整理circ_0031450的miRNA靶点,利用Cytoscape软...
目的基于生物信息学方法筛选氧化苦参碱调控肝细胞癌(HCC)进展的枢纽基因,并分析其circ_0031450相关的内源竞争RNA(ceRNA)机制。方法通过circBANK、miRMAP及miRWALK等多个数据库预测并下载整理circ_0031450的miRNA靶点,利用Cytoscape软件构建ceRNA网络。通过STRING网站构建蛋白—蛋白互作(PPI)网络文件,并导入Cytoscape软件进行可视化,利用MCODE插件筛选关键基因并创建其子网络。利用R软件基于CIBERSORT算法,筛选免疫浸润相关性最显著的基因LCK作为枢纽基因。对LCK进行免疫检查点相关性分析及基因集富集分析(GSEA分析);通过GEPIA2数据库预测与LCK相关的前150个基因,通过R软件对其进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;比较LCK高、低表达组的总生存期(OS),对氧化苦参碱及LCK进行分子对接。结果共得到3个miRNA(miR-548c-5p、miR-548d-5p及miR-648)作为circ_0031450的靶点,得到28个mRNA作为miRNA及氧化苦参碱的靶点,并成功构建ceRNA网络、PPI网络及关键基因子网络。LCK表达与HCC免疫微环境中多个免疫细胞及免疫检查点的表达具有相关性(P均<0.05)。GSEA分析及GO、KEGG富集分析结果显示,LCK主要参与T、B淋巴细胞的激活、分化及其受体信号、免疫应答、细胞因子相互作用及趋化因子信号等生物学过程或通路。LCK高表达组OS高于LCK低表达组(P<0.05),氧化苦参碱与LCK具有良好的结合活性。结论氧化苦参碱可能通过作用于LCK并间接调控circ_0031450相关ceRNA机制,参与改变HCC的免疫微环境,从而影响HCC的发生与进展。
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关键词
氧化苦参碱
内源竞争
rna
LCK
环状
rna
_
0031450
微小
rna
-548c-5p
免疫微环境
肝细胞癌
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题名
氧化苦参碱调控肝细胞癌进展枢纽基因的筛选及其作用机制
被引量：
2
1
作者
钟国强
林岩
黄桂柳
潘丽英
韦丽军
黄赞松
机构
右江民族医学院研究生学院
右江民族医学院附属医院消化内科广西肝胆疾病临床医学研究中心
出处
《山东医药》
CAS
2023年第11期31-36,共6页
基金
广西自然科学基金资助项目(2020JA140192,2014GXNSFAA118143)
广西科技基地和人才专项(广西肝胆疾病临床医学研究中心研究课题)(桂科AD17129025)
+1 种基金
广西高校中青年教师科研基础能力提升项目(2021KY0562)
研究生创新项目(YXCXJH2022003)。
文摘
目的基于生物信息学方法筛选氧化苦参碱调控肝细胞癌(HCC)进展的枢纽基因,并分析其circ_0031450相关的内源竞争RNA(ceRNA)机制。方法通过circBANK、miRMAP及miRWALK等多个数据库预测并下载整理circ_0031450的miRNA靶点,利用Cytoscape软件构建ceRNA网络。通过STRING网站构建蛋白—蛋白互作(PPI)网络文件,并导入Cytoscape软件进行可视化,利用MCODE插件筛选关键基因并创建其子网络。利用R软件基于CIBERSORT算法,筛选免疫浸润相关性最显著的基因LCK作为枢纽基因。对LCK进行免疫检查点相关性分析及基因集富集分析(GSEA分析);通过GEPIA2数据库预测与LCK相关的前150个基因,通过R软件对其进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;比较LCK高、低表达组的总生存期(OS),对氧化苦参碱及LCK进行分子对接。结果共得到3个miRNA(miR-548c-5p、miR-548d-5p及miR-648)作为circ_0031450的靶点,得到28个mRNA作为miRNA及氧化苦参碱的靶点,并成功构建ceRNA网络、PPI网络及关键基因子网络。LCK表达与HCC免疫微环境中多个免疫细胞及免疫检查点的表达具有相关性(P均<0.05)。GSEA分析及GO、KEGG富集分析结果显示,LCK主要参与T、B淋巴细胞的激活、分化及其受体信号、免疫应答、细胞因子相互作用及趋化因子信号等生物学过程或通路。LCK高表达组OS高于LCK低表达组(P<0.05),氧化苦参碱与LCK具有良好的结合活性。结论氧化苦参碱可能通过作用于LCK并间接调控circ_0031450相关ceRNA机制,参与改变HCC的免疫微环境,从而影响HCC的发生与进展。
关键词
氧化苦参碱
内源竞争
rna
LCK
环状
rna
_
0031450
微小
rna
-548c-5p
免疫微环境
肝细胞癌
Keywords
oxymatrine
endogenous competitive
rna
LCK
circ
rna
_
0031450
mirco
rna
-548c-5p
immune microenvironment
hepatocellular carcinoma
分类号
R735.7 [医药卫生—肿瘤]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
氧化苦参碱调控肝细胞癌进展枢纽基因的筛选及其作用机制
钟国强
林岩
黄桂柳
潘丽英
韦丽军
黄赞松
《山东医药》
CAS
2023
2
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